Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế sửa đổi 2016

Điều 1
Sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 đã được sửa đổi, bổ sung một số Điều theo Luật số 31/2013/QH13:
1. Các Khoản 1, 9 và 23 Điều 5 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“1. Sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu.
Doanh nghiệp, hợp tác xã mua sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã khác thì không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng nhưng được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.”
“9. Dịch vụ y tế, dịch vụ thú y, bao gồm dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh, phòng bệnh cho người và vật nuôi. dịch vụ chăm sóc người cao tuổi, người khuyết tật.”
“23. Sản phẩm xuất khẩu là tài nguyên, khoáng sản khai thác chưa chế biến thành sản phẩm khác. sản phẩm xuất khẩu là hàng hóa được chế biến từ tài nguyên, khoáng sản có tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên.”
2. Điểm g Khoản 1 Điều 8 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“g) Sản phẩm xuất khẩu quy định tại Khoản 23 Điều 5 của Luật này.
Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu là hàng hóa, dịch vụ được tiêu dùng ở ngoài Việt Nam, trong khu phi thuế quan. hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho khách hàng nước ngoài theo quy định của Chính phủ.”
3. Khoản 1 và Khoản 2 Điều 13 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.
Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.
Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:
a) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn Điều lệ như đã đăng ký. kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có Điều kiện khi chưa đủ các Điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư hoặc không bảo đảm duy trì đủ Điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động.
b) Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01 tháng 7 năm 2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.
Chính phủ quy định chi Tiết Khoản này.
2. Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hóa nhập khẩu để xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật hải quan. Thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với người nộp thuế sản xuất hàng hóa xuất khẩu không vi phạm pháp luật về thuế, hải quan trong thời gian hai năm liên tục. người nộp thuế không thuộc đối tượng rủi ro cao theo quy định của Luật quản lý thuế.”

Thông tư 156/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định 83/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 11. Khai thuế giá trị gia tăng
...
3. Khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ
a) Đối tượng khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ là người nộp thuế tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế theo quy định của pháp luật về thuế GTGT.
b) Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tháng, quý áp dụng phương pháp khấu trừ thuế
- Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 01/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
- Bảng kê hóa đơn hàng hóa dịch vụ bán ra theo mẫu số 01-1/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
- Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-2/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
- Bảng kê hàng hóa, dịch vụ được áp dụng thuế suất 0% theo mẫu số 01-3/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
- Bảng phân bổ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào được khấu trừ trong tháng, quý theo mẫu số 01-4A/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này (áp dụng đối với trường hợp người nộp thuế phân bổ số thuế giá trị gia tăng được khấu trừ trong tháng, quý theo tỷ lệ (%) doanh thu hàng hóa dịch vụ bán ra chịu thuế giá trị gia tăng trên tổng doanh thu hàng hóa dịch vụ bán ra của tháng, quý).
- Bảng kê khai điều chỉnh thuế giá trị gia tăng đầu vào phân bổ được khấu trừ năm theo mẫu số 01-4B/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này (áp dụng đối với trường hợp người nộp thuế tính phân bổ lại số thuế giá trị gia tăng được khấu trừ trong năm theo tỷ lệ (%) doanh thu hàng hóa dịch vụ bán ra chịu thuế giá trị gia tăng trên tổng doanh thu hàng hóa dịch vụ bán ra của năm). Số liệu điều chỉnh tăng, giảm thuế giá trị gia tăng đầu vào phân bổ được khấu trừ được tổng hợp vào Tờ khai thuế giá trị gia tăng tháng mười hai hoặc của quý 4 của năm.
- Bảng kê số thuế giá trị gia tăng đã nộp của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh theo mẫu số 01-5/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
- Bảng phân bổ thuế GTGT cho địa phương nơi đóng trụ sở chính và cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán (nếu có) theo mẫu số 01-6/GTGT kèm theo Thông tư này.
- Bảng kê số lượng xe ô tô, xe hai bánh gắn máy bán ra theo mẫu số 01-7/GTGT (áp dụng đối với cơ sở kinh doanh xe ô tô, xe hai bánh gắn máy).
*Điểm này được sửa đổi bởi Khoản 2 Điều 1 Thông tư 119/2014/TT-BTC
Điều 1. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của của Luật Quản lý thuế. Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ như sau:
...
2. Sửa đổi điểm b khoản 3 Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC như sau:
“b) Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tháng, quý áp dụng phương pháp khấu trừ thuế:
- Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 01/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
- Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ bán ra theo mẫu số 01-1/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
- Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-2/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
- Bảng kê số thuế giá trị gia tăng đã nộp của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh theo mẫu số 01-5/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
- Bảng phân bổ thuế GTGT cho địa phương nơi đóng trụ sở chính và cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán (nếu có) theo mẫu số 01-6/GTGT kèm theo Thông tư này”.*
**Điểm này được sửa đổi bởi Điểm c Khoản 1 Điều 2 Thông tư 26/2015/TT-BTC
Điều 2. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế. Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014) như sau:
1. Sửa đổi, bổ sung Điều 11 (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính) như sau:
...
c) Sửa đổi điểm b Khoản 3 Điều 11 như sau:
“b) Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tháng, quý áp dụng phương pháp khấu trừ thuế:
- Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 01/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này (thay thế cho mẫu Tờ khai thuế giá trị tăng theo mẫu số 01/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính).
Trường hợp người nộp thuế có hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh hoặc có cơ sở sản xuất trực thuộc tại địa phương khác nơi đóng trụ sở chính thì người nộp thuế nộp cùng Tờ khai thuế GTGT tài liệu sau:
- Bảng tổng hợp số thuế giá trị gia tăng đã nộp của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh (nếu có) theo mẫu số 01-5/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính.
- Bảng phân bổ thuế GTGT cho địa phương nơi đóng trụ sở chính và cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán (nếu có) theo mẫu số 01-6/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính.
- Bảng phân bổ số thuế GTGT phải nộp cho các địa phương nơi có công trình xây dựng, lắp đặt liên tỉnh (nếu có) theo mẫu số 01-7/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.”**
c) Trường hợp người nộp thuế thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cùng nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư thì lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết theo mức quy định của pháp luật về thuế GTGT thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.
Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, thì người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi đóng trụ sở chính. Nếu số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư theo mức quy định của pháp luật về thuế GTGT thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.
Trường hợp người nộp thuế có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương. Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Ví dụ 27: Doanh nghiệp A có trụ sở chính tại Hà Nội, có dự án đầu tư tại Hải Phòng, đồng thời có thành lập Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh tại Hải Phòng để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý dự án đầu tư này. Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế riêng với cơ quan thuế tại Hải Phòng.
Ví dụ 28: Doanh nghiệp A có trụ sở tại Hà Nội, năm 2014 có dự án xây dựng nhà máy thép ở Hải Phòng (dự án gồm 3 tổ hợp), dự án đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, doanh nghiệp A lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và nộp tại cơ quan thuế Hà Nội - nơi đóng trụ sở chính, và thực hiện hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư tại Hà Nội. Đến năm 2017, Nhà máy thép Hải phòng đã đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế có tổ hợp thứ nhất đi vào hoạt động và có doanh thu đầu ra thì nhà máy thực hiện kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ tại Hải Phòng. Đối với tổ hợp thứ hai và tổ hợp thứ ba vẫn đang trong giai đoạn tiếp tục xây dựng thì Nhà máy thực hiện kê khai thuế GTGT riêng cho dự án đầu tư, bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của Nhà máy và đề nghị hoàn thuế GTGT tại Hải Phòng
Ví dụ 29: Doanh nghiệp A hoạt động trong lĩnh vực xây dựng, kinh doanh bất động sản. Doanh nghiệp A có dự án xây dựng nhà chung cư để bán thì đây là hoạt động sản xuất kinh doanh chính của doanh nghiệp, không thuộc trường hợp được hoàn thuế GTGT theo dự án đầu tư.
Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư bao gồm:
- Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư theo mẫu số 02/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
- Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-2/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư và phải thực hiện bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện thì việc kê khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư theo tháng hay quý được thực hiện cùng với việc kê khai thuế giá trị gia tăng của trụ sở chính.

Thông tư 156/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định 83/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 23. Khai, nộp thuế đối với hoạt động sản xuất thủy điện
1. Khai, nộp thuế GTGT đối với hoạt động sản xuất thủy điện
Cơ sở sản xuất thủy điện thực hiện kê khai thuế GTGT tại địa phương nơi đóng trụ sở chính và nộp thuế GTGT vào kho bạc địa phương nơi có nhà máy sản xuất thủy điện (nơi có tuabin, đập thủy điện và những cơ sở vật chất chủ yếu của nhà máy thủy điện). Trường hợp nhà máy thủy điện nằm chung trên địa bàn các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương thì thuế GTGT do cơ sở sản xuất thủy điện nộp ngân sách các tỉnh thực hiện theo tỷ lệ tương ứng giá trị đầu tư của nhà máy (bao gồm: tuabin, đập thủy điện và các cơ sở vật chất chủ yếu của nhà máy thủy điện) nằm trên địa bàn các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương. cơ sở sản xuất thủy điện thực hiện kê khai thuế GTGT tại địa phương nơi đóng trụ sở chính đồng thời sao gửi tờ khai thuế GTGT cho cơ quan thuế địa phương nơi được hưởng nguồn thu thuế GTGT.
Ví dụ 36: Nhà máy thủy điện X nằm chung trên địa bàn 2 tỉnh A và B. Tỷ lệ phân chia thuế GTGT của Nhà máy Thủy điện X cho 2 tỉnh A và B được xác định như sau:
(Bảng biểu, xem tại văn bản)
Căn cứ vào số liệu trên thì số thuế GTGT của Nhà máy Thủy điện X thực hiện nộp cho Tỉnh A là 38% và nộp cho Tỉnh B là 62%.
Cơ sở sản xuất thủy điện thực hiện kê khai thuế GTGT theo Tờ khai thuế GTGT mẫu số 01/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này. Trường hợp cơ sở sản xuất thủy điện có nhà máy thủy điện tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác nơi cơ sở sản xuất thủy điện đóng trụ sở vừa có hoạt động sản xuất thủy điện và hoạt động sản xuất kinh doanh khác, phải xác định riêng số thuế GTGT phát sinh của hoạt động sản xuất thủy điện để nộp cho các địa phương nơi được hưởng nguồn thu từ các nhà máy thủy điện. Cơ sở sản xuất thủy điện thực hiện khai số thuế GTGT phát sinh phải nộp của hoạt động sản xuất thủy điện theo từng nhà máy điện vào phụ lục Bảng kê số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất thủy điện mẫu số 01-1/TĐ-GTGT ban hành kèm theo Thông tư này, số thuế GTGT phát sinh phải nộp của hoạt động sản xuất thủy điện được xác định bằng số thuế GTGT đầu ra trừ (-) số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất thủy điện. Số thuế GTGT đã nộp (theo chứng từ nộp thuế) của hoạt động sản xuất thủy điện được trừ vào số thuế GTGT phải nộp theo Tờ khai thuế GTGT mẫu số 01/GTGT của cơ sở sản xuất thủy điện.
Đối với cơ sở sản xuất thủy điện hạch toán phụ thuộc Tập đoàn Điện lực Việt Nam và cơ sở sản xuất thủy điện hạch toán phụ thuộc các Tổng công ty phát điện thuộc Tập đoàn Điện lực Việt Nam: thực hiện kê khai thuế GTGT theo Tờ khai thuế GTGT dùng cho các cơ sở sản xuất thủy điện hạch toán phụ thuộc EVN hoặc hạch toán phụ thuộc các Tổng công ty phát điện thuộc Tập đoàn Điện lực Việt Nam mẫu số 01/TĐ-GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
Trường hợp thuế GTGT của cơ sở sản xuất thủy điện nộp ngân sách các tỉnh theo tỷ lệ tương ứng giá trị đầu tư của nhà máy thì cơ sở sản xuất thủy điện lập Bảng phân bổ số thuế GTGT phải nộp của cơ sở sản xuất thủy điện cho các địa phương mẫu số 01-2/TĐ-GTGT ban hành kèm theo Thông tư này và sao gửi kèm theo Tờ khai thuế GTGT cho cơ quan thuế địa phương nơi được hưởng nguồn thu thuế GTGT.

Thông tư 130/2016/TT-BTC hướng dẫn Nghị định 100/2016/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế sửa đổi và sửa đổi các Thông tư về thuế do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014, Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 và Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính) như sau:
...
3. Sửa đổi, bổ sung Điều 18 như sau:
“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết phát sinh trước kỳ tính thuế tháng 7/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trước kỳ tính thuế quý 3/2016 (đối với trường hợp kê khai theo quý) đủ điều kiện hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại Khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC thì cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế theo quy định của pháp luật.
Ví dụ: Doanh nghiệp A thực hiện khai thuế GTGT theo quý, tại kỳ tính thuế quý 3/2016 có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết là 80 triệu thì doanh nghiệp A được khấu trừ vào kỳ tính thuế quý 4/2016. Trường hợp các kỳ tính thuế quý 4/2016, quý 1/2017 và quý 2/2017 vẫn còn số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết thì doanh nghiệp A chuyển số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết để tiếp tục khấu trừ tại kỳ tính thuế quý 3/2017 và các kỳ tính thuế tiếp theo.
2. Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này. Trường hợp, nếu số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.
3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư
a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mà chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.
Ví dụ: Công ty A có trụ sở chính tại Hà Nội, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại Hà Nội, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty A thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 900 triệu đồng. Công ty A phải bù trừ 500 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (900 triệu đồng), vậy số thuế GTGT mà Công ty A còn phải nộp trong kỳ tính thuế tháng 8/2016 là 400 triệu đồng.
Ví dụ: Công ty B có trụ sở chính tại Hải Phòng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại Hải Phòng, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty B thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 200 triệu đồng. Công ty B phải bù trừ 200 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (200 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty B có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết là 300 triệu đồng. Công ty B được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Ví dụ: Công ty C có trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại thành phố Hồ Chí Minh, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty C thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 300 triệu đồng. Công ty C phải bù trừ 300 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (300 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty C có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết là 200 triệu đồng. Công ty C không thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, Công ty C thực hiện kết chuyển 200 triệu đồng vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tháng 9/2016.
Ví dụ: Công ty D có trụ sở chính tại thành phố Đà Nẵng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại thành phố Đà Nẵng, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty D thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 100 triệu đồng. Vậy, tại kỳ tính thuế tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư (500 triệu đồng) thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (100 triệu đồng) thì được khấu trừ vào kỳ tính thuế tháng 9/2016.
b) Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương. Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế.
Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại Khoản 2, Khoản 3 Điều này là dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.
Ví dụ: Công ty A có trụ sở chính tại Hà Nội, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Hưng Yên, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty A thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại Hà Nội trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 900 triệu đồng. Công ty A phải bù trừ 500 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (900 triệu đồng), vậy Công ty A còn phải nộp trong kỳ tính thuế tháng 8/2016 là 400 triệu đồng.
Ví dụ: Công ty B có trụ sở chính tại Hải Phòng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Thái Bình, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty B thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại Hải Phòng trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 200 triệu đồng. Công ty B phải bù trừ 200 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (200 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty B có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 300 triệu đồng. Công ty B được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Ví dụ: Công ty C có trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Đồng Nai, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty C thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại TP. Hồ Chí Minh trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 300 triệu đồng. Công ty C phải bù trừ 300 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (300 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty C có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 200 triệu đồng. Công ty C không thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, Công ty C thực hiện kết chuyển 200 triệu đồng vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tháng 9/2016.
Ví dụ: Công ty D có trụ sở chính tại thành phố Đà Nẵng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Quảng Nam, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty D thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại thành phố Đà Nẵng trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 100 triệu đồng. Vậy, tại kỳ tính thuế tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư (500 triệu đồng) thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (100 triệu đồng) thì được khấu trừ vào kỳ tính thuế tháng 9/2016.
c) Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:
c.1) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật. Các hồ sơ đề nghị hoàn thuế dự án đầu tư nộp từ ngày 01/7/2016 của cơ sở kinh doanh nhưng tính đến ngày nộp hồ sơ không góp đủ số vốn điều lệ như đăng ký theo quy định của pháp luật thì không được hoàn thuế.
c.2) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng cơ sở kinh doanh chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. chưa được cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. chưa có văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. hoặc chưa đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện mà không cần phải có xác nhận, chấp thuận dưới hình thức văn bản theo quy định của pháp luật về đầu tư.
c.3) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh bị thu hồi giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. bị thu hồi giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. bị thu hồi văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. hoặc trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh không đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định của pháp luật về đầu tư thì thời điểm không hoàn thuế giá trị gia tăng được tính từ thời điểm cơ sở kinh doanh bị thu hồi một trong các loại giấy tờ nêu trên hoặc từ thời điểm cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, phát hiện cơ sở kinh doanh không đáp ứng được các điều kiện về đầu tư kinh doanh có điều kiện.
c.4) Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.
Việc xác định tài nguyên, khoáng sản. trị giá tài nguyên, khoáng sản và thời điểm xác định trị giá tài nguyên, khoáng sản và chi phí năng lượng thực hiện theo hướng dẫn tại Khoản 23 Điều 4 Thông tư này.
4. Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu
a) Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý. trường hợp trong tháng, quý số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.
Cơ sở kinh doanh trong tháng/quý vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ bán trong nước thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ của các kỳ khai thuế giá trị gia tăng tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại.
Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu (bao gồm số thuế GTGT đầu vào hạch toán riêng được và số thuế GTGT đầu vào được phân bổ theo tỷ lệ nêu trên) nếu sau khi bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hàng hóa, dịch vụ tiêu thụ trong nước còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Số thuế GTGT được hoàn của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu không vượt quá doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nhân (x) với 10%.
Đối tượng được hoàn thuế trong một số trường hợp xuất khẩu như sau: Đối với trường hợp ủy thác xuất khẩu, là cơ sở có hàng hóa ủy thác xuất khẩu. đối với gia công chuyển tiếp, là cơ sở ký hợp đồng gia công xuất khẩu với phía nước ngoài. đối với hàng hóa xuất khẩu để thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài, là doanh nghiệp có hàng hóa, vật tư xuất khẩu thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài. đối với hàng hóa xuất khẩu tại chỗ là cơ sở kinh doanh có hàng hóa xuất khẩu tại chỗ.
b) Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan, Nghị định số 01/2015/NĐ-CP ngày 02/01/2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành phạm vi địa bàn hoạt động hải quan, trách nhiệm phối hợp trong phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới và các văn bản hướng dẫn.
Ví dụ: Công ty thương mại A nhập khẩu 500 chiếc điều hòa từ Nhật Bản và đã nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu. Sau đó Công ty thương mại A xuất khẩu 500 chiếc điều hòa này sang Campuchia thì Công ty thương mại A không phải tính thuế GTGT đầu ra, số thuế GTGT của 500 chiếc điều hòa này đã nộp ở khâu nhập khẩu và thuế GTGT đầu vào của dịch vụ vận chuyển, lưu kho không được hoàn thuế mà thực hiện khấu trừ.
Ví dụ: Công ty TNHH sản xuất và thương mại B xuất khẩu tinh bột sắn sang Trung Quốc qua đường mòn, lối mở không thuộc địa bàn hoạt động hải quan thì Công ty TNHH sản xuất và thương mại B không được hoàn thuế GTGT đối với tinh bột sắn xuất khẩu.
c) Cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với người nộp thuế sản xuất hàng hóa xuất khẩu không bị xử lý đối với hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, trốn thuế, gian lận thuế, gian lận thương mại trong thời gian hai năm liên tục. người nộp thuế không thuộc đối tượng rủi ro cao theo quy định của Luật quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.
Ví dụ: Tháng 9/2016, Công ty C đề nghị hoàn thuế GTGT đối với hàng xuất khẩu sang HongKong. Tháng 6/2015, Công ty C đã bị xử lý vi phạm pháp luật về thuế đối với hành vi trốn thuế. Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra trước khi hoàn thuế đối với đề nghị hoàn thuế của Công ty C.
5. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế giá trị gia tăng khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế giá trị gia tăng nộp thừa hoặc số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.
Cơ sở kinh doanh trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh nhưng phải giải thể, phá sản hoặc chấm dứt hoạt động chưa phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu ra của hoạt động kinh doanh chính theo dự án đầu tư thì chưa phải điều chỉnh lại số thuế giá trị gia tăng đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được hoàn. Cơ sở kinh doanh phải thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp về việc giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động theo quy định.
Trường hợp cơ sở kinh doanh sau khi làm đầy đủ thủ tục theo quy định của pháp luật về giải thể, phá sản thì đối với số thuế GTGT đã được hoàn thực hiện theo quy định của pháp luật về giải thể, phá sản và quản lý thuế. đối với số thuế GTGT chưa được hoàn thì không được giải quyết hoàn thuế.
Trường hợp cơ sở kinh doanh chấm dứt hoạt động và không phát sinh thuế GTGT đầu ra của hoạt động kinh doanh chính thì phải nộp lại số thuế đã được hoàn vào ngân sách nhà nước. Trường hợp có phát sinh bán tài sản chịu thuế GTGT thì không phải điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào tương ứng của tài sản bán ra.
Ví dụ: Năm 2015, doanh nghiệp A trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh, doanh nghiệp A có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của giai đoạn đầu tư đã được cơ quan thuế hoàn trong tháng 8/2015 là 700 triệu đồng. Do khó khăn, tháng 2/2016 doanh nghiệp A quyết định giải thể và có văn bản gửi cơ quan thuế về việc sẽ giải thể thì trong giai đoạn doanh nghiệp A chưa hoàn thành thủ tục pháp lý để giải thể, cơ quan thuế chưa thu hồi lại thuế GTGT đã hoàn. Hai mươi ngày trước khi doanh nghiệp A có đủ thủ tục pháp lý để giải thể chính thức vào tháng 10/2016, doanh nghiệp thực hiện bán một (01) tài sản đã đầu tư thì doanh nghiệp A không phải điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào tương ứng của tài sản bán ra (số thuế đã được cơ quan thuế hoàn). Đối với những tài sản không bán ra, doanh nghiệp A phải kê khai điều chỉnh để nộp lại số thuế GTGT đã được hoàn.
6. Hoàn thuế GTGT đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại hoặc viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo.
a) Đối với dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại: chủ chương trình, dự án hoặc nhà thầu chính, tổ chức do phía nhà tài trợ nước ngoài chỉ định việc quản lý chương trình, dự án được hoàn lại số thuế GTGT đã trả đối với hàng hoá, dịch vụ mua ở Việt Nam để sử dụng cho chương trình, dự án.
b) Tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ nhân đạo của tổ chức, cá nhân nước ngoài để mua hàng hoá, dịch vụ phục vụ cho chương trình, dự án viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo tại Việt Nam thì được hoàn thuế GTGT đã trả của hàng hoá, dịch vụ đó.
Ví dụ: Hội chữ thập đỏ được Tổ chức quốc tế viện trợ tiền để mua hàng viện trợ nhân đạo cho nhân dân các tỉnh bị thiên tai là 200 triệu đồng. Giá trị hàng mua chưa có thuế là 200 triệu đồng, thuế GTGT là 20 triệu đồng. Hội chữ thập đỏ sẽ được hoàn thuế theo quy định là 20 triệu đồng.
Việc hoàn thuế GTGT đã trả đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
7. Đối tượng được hưởng quyền ưu đãi miễn trừ ngoại giao theo quy định của pháp luật về ưu đãi miễn trừ ngoại giao mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam để sử dụng được hoàn số thuế giá trị gia tăng đã trả ghi trên hoá đơn giá trị gia tăng hoặc trên chứng từ thanh toán ghi giá thanh toán đã có thuế giá trị gia tăng.
8. Người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mang hộ chiếu hoặc giấy tờ nhập cảnh do cơ quan có thẩm quyền nước ngoài cấp được hoàn thuế đối với hàng hoá mua tại Việt Nam mang theo người khi xuất cảnh. Việc hoàn thuế GTGT thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính về hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá của người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mua tại Việt Nam mang theo khi xuất cảnh.
9. Cơ sở kinh doanh có quyết định xử lý hoàn thuế của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật và trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.”

Nghị định 100/2016/NĐ-CP hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế sửa đổi

Điều 1. Sửa đổi, bổ sung Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18 tháng 12 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng đã được sửa đổi bổ sung tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12 tháng 02 năm 2015 của Chính phủ như sau:
...
6. Điều 10 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 10. Hoàn thuế giá trị gia tăng
1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.
2. Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế đối với dự án đầu tư như sau:
a) Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này. Trường hợp, nếu số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.
Trường hợp dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra, kiểm toán thì cơ quan thuế có thể sử dụng kết quả thanh tra, kiểm tra, kiểm toán để quyết định việc hoàn thuế giá trị gia tăng và phải chịu trách nhiệm về quyết định của mình.
b) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh tại trụ sở chính, sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư, trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với dự án đầu tư.
c) Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:
- Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư quy định tại điểm a khoản 1 Điều 13 Luật thuế giá trị gia tăng đã được sửa đổi, bổ sung tại Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng cơ sở kinh doanh chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. chưa được cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. chưa có văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. hoặc chưa đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện mà không cần phải có xác nhận, chấp thuận dưới hình thức văn bản theo quy định của pháp luật về đầu tư.
Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động quy định tại điểm a khoản 1 Điều 13 Luật thuế giá trị gia tăng đã được sửa đổi, bổ sung tại Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh bị thu hồi giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. bị thu hồi giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. bị thu hồi văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. hoặc trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh không đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định của pháp luật về đầu tư thì thời điểm không hoàn thuế giá trị gia tăng được tính từ thời điểm cơ sở kinh doanh bị thu hồi một trong các loại giấy tờ nêu trên hoặc từ thời điểm cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, phát hiện cơ sở kinh doanh không đáp ứng được các điều kiện về đầu tư kinh doanh có điều kiện.
- Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01 tháng 7 năm 2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.
Việc xác định tài nguyên, khoáng sản. trị giá tài nguyên, khoáng sản và thời điểm xác định trị giá tài nguyên, khoáng sản và chi phí năng lượng thực hiện theo quy định tại khoản 11 Điều 3 Nghị định này.
3. Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý. trường hợp trong tháng, quý số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo. trường hợp vừa có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hóa, dịch vụ tiêu thụ nội địa nếu sau khi bù trừ với số thuế phải nộp, số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế giá trị gia tăng đầu vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ của các kỳ khai thuế giá trị gia tăng tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại.
Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật hải quan và các văn bản hướng dẫn.
Cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với người nộp thuế sản xuất hàng hóa xuất khẩu không bị xử lý đối với hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, trốn thuế, gian lận thuế, gian lận thương mại trong thời gian hai năm liên tục. người nộp thuế không thuộc đối tượng rủi ro cao theo quy định của Luật quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.
*Khoản này được sửa đổi bởi Khoản 2 Điều 1 Nghị định 146/2017/NĐ-CP
Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18 tháng 12 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng, đã được sửa đổi bổ sung tại Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01 tháng 7 năm 2016 của Chính phủ
...
2. Sửa đổi, bổ sung khoản 3 Điều 10 như sau:
“3. Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu bao gồm cả trường hợp: Hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu vào khu phi thuế quan. hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu ra nước ngoài, có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý. trường hợp trong tháng, quý số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo. trường hợp vừa có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hóa, dịch vụ tiêu thụ nội địa nếu sau khi bù trừ với số thuế phải nộp, số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế giá trị gia tăng đầu vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ của các kỳ khai thuế giá trị gia tăng tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại.
Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng đối với trường hợp: Hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu mà hàng hóa xuất khẩu đó không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan. hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan.
Cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với người nộp thuế sản xuất hàng hóa xuất khẩu không bị xử lý đối với hành vi buôn lậu vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, trốn thuế, gian lận thuế gian lận thương mại trong thời gian hai năm liên tục. người nộp thuế không thuộc đối tượng rủi ro cao theo quy định của Luật quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.”*
4. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế giá trị gia tăng khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế giá trị gia tăng nộp thừa hoặc số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.
Cơ sở kinh doanh trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh nhưng phải giải thể, phá sản hoặc chấm dứt hoạt động chưa phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu ra của hoạt động kinh doanh chính theo dự án đầu tư thì chưa phải điều chỉnh lại số thuế giá trị gia tăng đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được hoàn. Việc kê khai, tính nộp thuế trong trường hợp chuyển nhượng dự án đầu tư, bán tài sản của dự án đầu tư hoặc chuyển đổi mục đích sản xuất, kinh doanh của dự án đầu tư thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
5. Việc hoàn thuế giá trị gia tăng đối với các chương trình. dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại hoặc viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo được quy định như sau:
a) Chủ chương trình, dự án hoặc nhà thầu chính, tổ chức do phía nhà tài trợ nước ngoài chỉ định việc quản lý chương trình, dự án sử dụng vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại được hoàn số thuế giá trị gia tăng đã trả cho hàng hóa, dịch vụ mua tại Việt Nam để phục vụ cho chương trình, dự án.
b) Tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ không hoàn lại, tiền viện trợ nhân đạo của tổ chức, cá nhân nước ngoài để mua hàng hóa, dịch vụ phục vụ cho chương trình, dự án viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo tại Việt Nam thì được hoàn số thuế giá trị gia tăng đã trả cho hàng hóa, dịch vụ đó.
6. Đối tượng được hưởng quyền ưu đãi miễn trừ ngoại giao theo quy định của pháp luật về ưu đãi miễn trừ ngoại giao mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam để sử dụng được hoàn số thuế giá trị gia tăng đã trả ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng hoặc trên chứng từ thanh toán ghi giá thanh toán đã có thuế giá trị gia tăng.
7. Người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mang hộ chiếu hoặc giấy tờ nhập cảnh do cơ quan có thẩm quyền nước ngoài cấp được hoàn thuế đối với hàng hóa mua tại Việt Nam mang theo người khi xuất cảnh.
8. Cơ sở kinh doanh có quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật và trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.”