Thông tư 99/2016/TT-BTC hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 14. Xác định số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ được bù trừ với số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn
1. Cơ quan thuế có trách nhiệm xác định số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các Khoản thu khác còn nợ ngân sách nhà nước (sau đây gọi là tiền thuế nợ) để thực hiện bù trừ với số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế.
2. Tiền thuế nợ của người nộp thuế phải bù trừ (không bao gồm tiền thuế nợ đang thực hiện thủ tục để xoá nợ, tiền thuế nợ được nộp dần theo quy định tại Điều 32, 39 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ quy định chi Tiết thi hành một số Điều của Luật Quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật Quản lý thuế), bao gồm:
a) Tiền thuế nợ do ngành Thuế quản lý trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế.
b) Tiền thuế nợ (trừ tiền phí, tiền lệ phí hải quan) do cơ quan hải quan cung cấp theo Quy chế trao đổi thông tin và phối hợp công tác giữa cơ quan hải quan và cơ quan thuế.
c) Tiền thuế nợ Ngân sách nhà nước theo văn bản đề nghị của các cơ quan, tổ chức có thẩm quyền theo quy định của pháp luật.
3. Sau khi đã bù trừ theo quy định tại Khoản 2 Điều này, trường hợp người nộp thuế là doanh nghiệp trụ sở chính vẫn có số thuế còn được hoàn trả nhưng có Chi nhánh hạch toán phụ thuộc có số tiền thuế nợ quá hạn trên 90 ngày do cơ quan thuế quản lý trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế thì cơ quan thuế phải tiếp tục thực hiện bù trừ. Trường hợp nhiều Chi nhánh hạch toán phụ thuộc có số tiền thuế nợ thì thứ tự bù trừ ưu tiên cho Khoản nợ có hạn nộp xa nhất của Chi nhánh.
Trường hợp Chi nhánh hạch toán phụ thuộc có số thuế còn được hoàn thì phải thực hiện bù trừ với số tiền thuế nợ quá hạn trên 90 ngày của doanh nghiệp trụ sở chính.
4. Cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế phải chịu trách nhiệm về số tiền thuế nợ trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế. cơ quan, tổ chức có đề nghị số tiền thuế nợ Ngân sách nhà nước được bù trừ phải chịu trách nhiệm về số liệu đã cung cấp cho cơ quan thuế.