Thông tư 78/2014/TT-BTC hướng dẫn thi hành Nghị định 218/2013/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 3. Phương pháp tính thuế
...
5. Đơn vị sự nghiệp, tổ chức khác không phải là doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam, doanh nghiệp nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp mà các đơn vị này xác định được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ, cụ thể như sau:
+ Đối với dịch vụ (bao gồm cả lãi tiền gửi, lãi tiền cho vay): 5%.
Riêng hoạt động giáo dục, y tế, biểu diễn nghệ thuật: 2%.
+ Đối với kinh doanh hàng hóa: 1%.
+ Đối với hoạt động khác: 2%.
Ví dụ 3: Đơn vị sự nghiệp A có phát sinh hoạt động cho thuê nhà, doanh thu cho thuê nhà một (01) năm là 100 triệu đồng, đơn vị không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động cho thuê nhà nêu trên do vậy đơn vị lựa chọn kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ như sau:
Số thuế TNDN phải nộp = 100.000.000 đồng x 5% = 5.000.000 đồng.

Nghị định 139/2016/NĐ-CP quy định về lệ phí môn bài

Điều 2. Người nộp lệ phí môn bài
Người nộp lệ phí môn bài là tổ chức, cá nhân hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ, trừ trường hợp quy định tại Điều 3 Nghị định này, bao gồm:
1. Doanh nghiệp được thành lập theo quy định của pháp luật.
2. Tổ chức được thành lập theo Luật hợp tác xã.
3. Đơn vị sự nghiệp được thành lập theo quy định của pháp luật.
4. Tổ chức kinh tế của tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức xã hội, tổ chức xã hội - nghề nghiệp, đơn vị vũ trang nhân dân.
5. Tổ chức khác hoạt động sản xuất, kinh doanh.
6. Chi nhánh, văn phòng đại diện và địa điểm kinh doanh của các tổ chức quy định tại các khoản 1, 2, 3, 4 và 5 Điều này (nếu có).
7. Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 13. Phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng
...
2. Số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng bằng tỷ lệ % nhân với doanh thu áp dụng như sau:
a) Đối tượng áp dụng:
- Doanh nghiệp, hợp tác xã đang hoạt động có doanh thu hàng năm dưới mức ngưỡng doanh thu một tỷ đồng, trừ trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế quy định tại khoản 3 Điều 12 Thông tư này.
- Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập, trừ trường hợp đăng ký tự nguyện theo hướng dẫn tại khoản 3 Điều 12 Thông tư này.
- Hộ, cá nhân kinh doanh.
- Tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam không theo Luật Đầu tư và các tổ chức khác không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật, trừ các tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụ để tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển và khai thác dầu khí.
- Tổ chức kinh tế khác không phải là doanh nghiệp, hợp tác xã, trừ trường hợp đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ.
b) Tỷ lệ % để tính thuế GTGT trên doanh thu được quy định theo từng hoạt động như sau:
- Phân phối, cung cấp hàng hóa: 1%.
- Dịch vụ, xây dựng không bao thầu nguyên vật liệu: 5%.
- Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hóa, xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu: 3%.
- Hoạt động kinh doanh khác: 2%.
c) Doanh thu để tính thuế GTGT là tổng số tiền bán hàng hóa, dịch vụ thực tế ghi trên hóa đơn bán hàng đối với hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT bao gồm các khoản phụ thu, phí thu thêm mà cơ sở kinh doanh được hưởng.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có doanh thu bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT và doanh thu hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu thì không áp dụng tỷ lệ (%) trên doanh thu đối với doanh thu này.
Ví dụ 57: Công ty TNHH A là doanh nghiệp kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp. Công ty TNHH A có doanh thu phát sinh từ hoạt động bán phần mềm máy tính và dịch vụ tư vấn thành lập doanh nghiệp thì Công ty TNHH A không phải nộp thuế GTGT theo tỷ lệ (%) trên doanh thu từ hoạt động bán phần mềm máy tính (do phần mềm máy tính thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT) và phải kê khai, nộp thuế GTGT theo tỷ lệ 5% trên doanh thu từ dịch vụ tư vấn thành lập doanh nghiệp.
Cơ sở kinh doanh nhiều ngành nghề có mức tỷ lệ khác nhau phải khai thuế GTGT theo từng nhóm ngành nghề tương ứng với các mức tỷ lệ theo quy định. trường hợp người nộp thuế không xác định được doanh thu theo từng nhóm ngành nghề hoặc trong một hợp đồng kinh doanh trọn gói bao gồm các hoạt động tại nhiều nhóm tỷ lệ khác nhau mà không tách được thì sẽ áp dụng mức tỷ lệ cao nhất của nhóm ngành nghề mà cơ sở sản xuất, kinh doanh.