Công văn 2191/CT-CS năm 2026 về chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp do Cục Thuế ban hành

Kính gửi: Thuế tỉnh Ninh Bình.

Cục Thuế nhận được Công văn số 5770/NBI-QLDN2 ngày 15/12/2025 của Thuế tỉnh Ninh Bình vướng mắc về việc xác định thời gian ưu đãi thuế của Công ty cổ phần Dược phẩm Minh Dân. Trên cơ sở thông tin được cung cấp tại Công văn số 5770/NBI-QLDN2, Cục Thuế có ý kiến như sau:

- Khoản 1 Điều 12 Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/2/2019 của Chính phủ quy định về doanh nghiệp khoa học và công nghệ quy định:

“1. Thu nhập của doanh nghiệp khoa học và công nghệ từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp như doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư mới thuộc lĩnh vực nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, cụ thể: được miễn thuế 04 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 09 năm tiếp theo”.

- Điểm e khoản 2 Điều 12 Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 quy định:

"e) ... doanh nghiệp khoa học và công nghệ theo quy định của Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo” thuộc ngành, nghề ưu đãi thuế TNDN.”

Căn cứ quy định tại khoản 1 Điều 13 và khoản 1 Điều 14 Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 thì doanh nghiệp KHCN được áp dụng thuế suất 10% trong 15 năm, miễn thuế 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo.

- Điều 39 Luật KHCN và đổi mới sáng tạo số 93/2025/QH15 quy định:

“Điều 39. Doanh nghiệp khoa học và công nghệ

1. Doanh nghiệp khoa học và công nghệ là doanh nghiệp thực hiện hoạt động nghiên cứu, phát triển, chuyển giao, đổi mới công nghệ, có năng lực hấp thụ, làm chủ công nghệ và mang lại hiệu quả về kinh tế, xã hội, môi trường.

2. Doanh nghiệp khoa học và công nghệ được ưu tiên thuê đất, cơ sở hạ tầng tại khu công nghiệp, khu chế xuất, khu kinh tế, khu công nghệ cao, khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, khu công nghệ số tập trung; ưu tiên sử dụng trang thiết bị nghiên cứu, phát triển tại phòng thí nghiệm dùng chung, cơ sở ươm tạo, trung tâm đổi mới sáng tạo; được hỗ trợ thông tin, truyền thông xúc tiến thương mại.

3. Doanh nghiệp khoa học và công nghệ có trách nhiệm cung cấp thông tin về tình hình hoạt động và kết quả thụ hưởng chính sách hỗ trợ phục vụ quản lý nhà nước.

4. Chính phủ quy định chi tiết Điều này; quy định điều kiện, trình tự, thủ tục, thẩm quyền chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ”.

Điều 47, 48 và 49 Nghị định số 268/2025/NĐ-CP ngày 14/10/2025 của Chính phủ quy định cụ thể về Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ, thẩm quyền cấp. Trong đó, so với quy định trước đây tại Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ (Điều 5, Điều 6) thì thẩm quyền cấp Giấy và điều kiện để doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ đã có sự thay đổi (thẩm quyền cấp Giấy là UBND cấp tỉnh thay vì Sở Khoa học và Công nghệ và điều kiện cấp Giấy tại Nghị định số 268/2025/NĐ-CP cũng yêu cầu thêm về chi cho hoạt động nghiên cứu và phát triển và nhân lực hoạt động khoa học công nghệ).

- Điều 53 Nghị định số 268/2025/NĐ-CP quy định:

“Điều 53. Thu hồi, hủy bỏ hiệu lực Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ

1. Định kỳ 03 năm kể từ ngày cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ, cơ quan có thẩm quyền tổ chức kiểm tra, đánh giá việc chấp hành các điều kiện quy định tại Điều 49 Nghị định này để xem xét việc duy trì hiệu lực Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

2. Cơ quan có thẩm quyền quy định tại Điều 48 Nghị định này thông báo cho doanh nghiệp và quyết định thu hồi Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ trong các trường hợp sau:

a) Doanh nghiệp khoa học và công nghệ giải thể, phá sản, thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp theo quy định của pháp luật;

b) Doanh nghiệp khoa học và công nghệ không thực hiện chế độ báo cáo trong 03 năm liên tiếp theo quy định;

c) Doanh nghiệp không còn quyền sở hữu hoặc sử dụng hợp pháp công nghệ, kết quả nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ và đổi mới sáng tạo;

d) Doanh nghiệp không đảm bảo các điều kiện quy định tại Điều 49 Nghị định này trong 03 năm liên tiếp.

Trường hợp bị thu hồi Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ, doanh nghiệp không tiếp tục được hưởng những chính sách ưu đãi, hỗ trợ của Nhà nước đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ”.

- Khoản 1 Điều 68 Nghị định số 268/2025/NĐ-CP quy định:

“1. Doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ đang trong thời gian hưởng các ưu đãi, hỗ trợ, kể cả trường hợp doanh nghiệp đã được cấp Giấy chứng nhận nhưng chưa được hưởng ưu đãi theo quy định của các văn bản quy phạm pháp luật trước thời điểm Nghị định này có hiệu lực thi hành thì tiếp tục được hưởng các ưu đãi, hỗ trợ cho thời gian còn lại theo quy định của các văn bản đó. Trường hợp doanh nghiệp đáp ứng các điều kiện chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ quy định tại Nghị định này thì thực hiện thủ tục cấp thay đổi Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ và được hưởng các ưu đãi, hỗ trợ theo quy định của Nghị định này cho thời gian còn lại. Trường hợp doanh nghiệp chỉ thực hiện cấp thay đổi nội dung, cấp lại Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ nhưng không đáp ứng đầy đủ các điều kiện quy định tại Nghị định này thì chỉ được cấp thay đổi nội dung, cấp lại Giấy chứng nhận, tiếp tục được hưởng các ưu đãi, hỗ trợ cho thời gian còn lại theo quy định của các văn bản trước thời điểm Nghị định này có hiệu lực”.

- Nghị định 320/2025/NĐ-CP ngày 25/12/2025 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 quy định:

“Điều 23. Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

...2. Trong cùng một thời gian, nếu doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất:

...b) Trường hợp doanh nghiệp đã hưởng hết ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của các văn bản quy phạm pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp mà được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp công nghệ cao, Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ, Giấy chứng nhận dự án ứng dụng công nghệ cao, Giấy xác nhận ưu đãi dự án sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ thì được hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại. Thời gian ưu đãi còn lại được xác định bằng mức ưu đãi áp dụng cho doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, doanh nghiệp khoa học công nghệ, dự án ứng dụng công nghệ cao, dự án sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ trừ đi thời gian ưu đãi đã hưởng trước đó theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp (số năm đã áp dụng miễn thuế, giảm thuế và thuế suất ưu đãi);

Căn cứ các quy định nêu trên thì trường hợp doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận KHCN theo quy định của Luật KHCN và ĐMST số 93/2025/QH15 và các văn bản hướng dẫn thì được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 (thuế suất 10% trong 15 năm, miễn thuế 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo); trường hợp doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận KHCN theo quy định của Nghị định số 13/2019/NĐ-CP thì được áp dụng ưu đãi thuế TNDN theo quy định tại Nghị định số 13/2019/NĐ-CP và Thông tư số 03/2021/TT-BTC của Bộ Tài chính (miễn thuế 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo).

Theo thông tin tại hồ sơ thì mặc dù Công ty CP dược phẩm Minh Dân được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ ngày 09/10/2025 (sau ngày Luật KHCN và ĐMST có hiệu lực thi hành) nhưng Giấy chứng nhận do Sở Khoa học và Công nghệ tỉnh Ninh Bình cấp nên điều kiện cấp Giấy và thủ tục cấp Giấy vẫn thực hiện theo quy định tại Nghị định số 13/2019/NĐ-CP. Do đó, nếu Công ty không thực hiện cấp lại Giấy chứng nhận doanh nghiệp KHCN theo quy định tại Nghị định số 268/2025/NĐ-CP thì Công ty chỉ được hưởng ưu đãi thuế theo quy định tại Nghị định số 13/2019/NĐ-CP (miễn thuế 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo).

Tuy nhiên, trước khi được cấp Giấy chứng nhận DN KHCN, Công ty đã được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo điều kiện khác với mức thuế suất 10% trong 15 năm, miễn thuế TNDN 04 năm và giảm thuế TNDN 09 năm tiếp theo theo quy định của Luật thuế TNDN 2008 và các văn bản hướng dẫn thi hành (từ năm 2008 đến năm 2021). Căn cứ quy định tại điểm b khoản 2 Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, về xác định thời gian ưu đãi còn lại, Công ty không được tiếp tục hưởng ưu đãi theo quy định đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ từ năm 2025.

Cục Thuế trả lời để Thuế tỉnh Ninh Bình được biết và hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện đúng quy định./.