Công văn 400/TCT-QLN năm 2025 xử lý tiền chậm nộp tiền thuế giá trị gia tăng bị thu hồi hoàn do Tổng cục Thuế ban hành

Kính gửi: Cục Thuế thành phố Hà Nội

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 54019/CTHN-QLN ngày 02/10/2024 của Cục Thuế thành phố Hà Nội xin ý kiến về việc xử lý tiền chậm nộp phát sinh trên khoản thu hồi hoàn thuế GTGT của Công ty cổ phần đầu tư và phát triển Ngân Lực (sau đây gọi là Công ty Ngân Lực). Về việc này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Tại khoản 1 Điều 59 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH13 quy định về xử lý đối với việc chậm nộp tiền thuế như sau:

“1. Các trường hợp phải nộp tiền chậm nộp bao gồm:

a) Người nộp thuế chậm nộp tiền thuế so với thời hạn quy định, thời hạn gia hạn nộp thuế, thời hạn ghi trong thông báo của cơ quan quản lý thuế, thời hạn trong quyết định ấn định thuế hoặc quyết định xử lý của cơ quan quản lý thuế;

b) Người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm tăng số tiền thuế phải nộp hoặc cơ quan quản lý thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện khai thiếu số tiền thuế phải nộp thì phải nộp tiên chậm nộp đối với số tiền thuế phải nộp tăng thêm kể từ ngày kể tiếp ngày cuối cùng thời hạn nộp thuế của kỳ tính thuế có sai, sót hoặc kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế của tờ khai hải quan ban đầu;

c) Người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số tiền thuế đã được hoàn trả hoặc cơ quan quản lý thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện số tiền thuế được hoàn nhỏ hơn số tiền thuế đã hoàn thì phải nộp tiền chậm nộp đối với số tiền thuế đã hoàn trả phải thu hồi kể từ ngày nhận được tiền hoàn trả từ ngân sách nhà nước;

…”

- Tại khoản 3 Điều 21 Thông tư 80/2020/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định về việc xử lý đối với việc chậm nộp tiền thuế như sau:

“3. Điều chỉnh giảm tiền chậm nộp

a) Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuê làm giảm nghĩa vụ thuế phải nộp thì người nộp thuế tự xác định số tiền chậm nộp được điều chỉnh giảm trên tờ khai bổ sung. Cơ quan thuế căn cứ thông tin quản lý nghĩa vụ của người nộp thuế để xác định số tiền chậm nộp được điều chỉnh giảm và thông báo cho người nộp thuế theo mẫu số 03/TTN ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

b) Trường hợp cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền qua thanh tra, kiểm tra phát hiện số tiền thuế phải nộp giảm hoặc cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền có quyết định, thông báo giảm số tiền thuế phải nộp thì cơ quan thuế thực hiện điều chỉnh giảm số tiền chậm nộp đã tính tương ứng với số tiền thuế chênh lệch giảm và thông báo cho người nộp thuế theo mẫu số 03/TTN ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.”

Theo báo cáo của Cục Thuế thành phố Hà Nội và hồ sơ kèm theo thì số tiền chậm nộp (5.704.487.217 đồng) mà Cục Thuế đề nghị xem xét xử lý cho Công ty Ngân Lực phát sinh trên số tiền thu hồi hoàn thuế giá trị gia tăng theo Quyết định số 41177/QĐ-CT-KTNB ngày 25/8/2014 của Cục Thuế về xử lý về thuế đối với Công ty Ngân Lực trên cơ sở Kết luận Thanh tra thuế số 41176/KL-CT-KTNB.

Tại Kết luận Thanh tra số 2386/KL-TTCP ngày 16/9/2016 của Thanh tra Chính phủ đã nêu rõ: Cục Thuế TP Hà Nội xác định giao dịch giữa BIDV.UC và SUDICO không có hàng hóa kèm theo, hóa đơn GTGT SUDICO phát hành là hóa đơn khống, hủy Quyết định xử lý số 34842/QĐ-CT-TTr1 ngày 29/8/2013 và thu hồi tiền hoàn thuế (25.288 triệu đồng) của BIDV.UC là chưa đủ cơ sở pháp lý. Ngày 12/12/2016, Tổng cục Thuế đã ban hành công văn số 5746/TCT-TTr về việc thực hiện kiến nghị của Thanh tra Chính phủ đối với hồ sơ của Công ty Ngân Lực, trong đó có nội dung: Tổng cục Thuế đề nghị Cục Thuế TP Hà Nội căn cứ quy định hiện hành, thực tế hồ sơ tại doanh nghiệp để thực hiện nghiêm túc kết luận của Thanh tra Chính phủ.

Do đó, đề nghị Cục Thuế thành phố Hà Nội thực hiện theo đúng hướng dẫn của Tổng cục Thuế tại công văn số 5746/TCT-TTr nêu trên. Sau khi xử lý Quyết định thu hồi hoàn thì Cục Thuế TP Hà Nội thực hiện xử lý tiền chậm nộp theo quy định.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế thành phố Hà Nội biết và thực hiện./.