National technical regulation on Procedure for identification of tomato canker (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Smith) Davis et al.) - Plant Quarantine pest of Vietnam
Lời nói đầu
QCVN 01 - 161 : 2014/BNNPTNT do Trung tâm giám định Kiểm dịch thực vật biên soạn, Cục Bảo vệ thực vật trình duyệt Bộ Nông nghiệp & PTNT ban hành tại Thông tư số 16/TT-BNNPTNT ngày 05 tháng 6 năm 2014.
QUY CHUẨN KỸ THUẬT QUỐC GIA VỀ QUY TRÌNH GIÁM ĐỊNH BỆNH THỐI LOÉT CÀ CHUA CLAVIBACTER MICHIGANENSIS SUBSP. MICHIGANENSIS (SMITH) DAVIS ET AL. LÀ DỊCH HẠI KIỂM DỊCH THỰC VẬT CỦA VIỆT NAM
National technical regulation on Procedure for identification of tomato canker (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Smith) Davis et al.) - Plant Quarantine pest of Vietnam
1.1. Phạm vi điều chỉnh
Quy chuẩn này quy định quy trình giám định bệnh thối loét cà chua (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Smith) Davis et al.) là dịch hại kiểm dịch thực vật nhóm I của Việt Nam
1.2. Đối tượng áp dụng
Quy chuẩn này áp dụng đối với các tổ chức, cá nhân Việt Nam hoặc nước ngoài có hoạt động liên quan đến lĩnh vực bảo vệ và kiểm dịch thực vật thực hiện giám định bệnh thối loét cà chua (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Smith) Davis et al.) là dịch hại kiểm dịch thực vật (KDTV) nhóm I thuộc Danh mục dịch hại KDTV của Việt Nam.
1.3. Giải thích từ ngữ
Trong quy chuẩn này, các từ ngữ dưới đây được hiểu như sau:
1.3.1. Dịch hại kiểm dịch thực vật (plant quarantine pest)
Là loài dịch hại có nguy cơ gây hại nghiêm trọng tài nguyên thực vật trong một vùng mà ở đó loài sinh vật này chưa xuất hiện hoặc xuất hiện có phân bố hẹp và phải được kiểm soát chính thức.
1.3.2. Thực vật (plant)
Là cây và những bộ phận của cây còn sống, kể cả hạt giống và sinh chất có khả năng làm giống.
1.3.3. Mẫu (sample)
Là khối lượng thực vật, sản phẩm thực vật hoặc tàn dư của sản phẩm thực vật được lấy ra theo một qui tắc nhất định.
1.3.8. Tiêu bản (specimen)
Là mẫu vật điển hình tiêu biểu của dịch hại được xử lý để dùng cho việc định loại, nghiên cứu, giảng dạy, phổ biến kỹ thuật và trưng bày thành các bộ sưu tập.
1.3.9. Xét nghiệm hấp thụ miễn dịch liên kết với enzyme ((Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay - ELISA) hay (Enzyme Immuno Assay - EIA)
Là một kỹ thuật sinh hóa để phát hiện kháng thể hay kháng nguyên trong mẫu cần phân tích.
1.3.10. Phản ứng chuỗi trùng hợp hoặc phản ứng khuếch đại gen (Polymerase Chain Reaction - PCR)
Là một kỹ thuật trong sinh học phân tử nhằm khuếch đại (tạo ra nhiều bản sao) một đoạn DNA mà không cần sử dụng các sinh vật sống
2.1. Phương pháp thu thập và bảo quản mẫu
2.1.1. Thu thập mẫu
Đối với hàng xuất, nhập khẩu, quá cảnh hoặc vận chuyển, bảo quản trong nước: Tiến hành lấy mẫu theo tiêu chuẩn quốc gia TCVN 4731:891 "Kiểm dịch thực vật - phương pháp lấy mẫu", quy chuẩn kỹ thuật quốc gia QCVN 01-21:2010/BNNPTNT1 "Phương pháp kiểm tra củ, quả xuất nhập khẩu và quá cảnh", QCVN 01-23:2010/BNNPTNT1 "Phương pháp kiểm tra các loại hạt xuất, nhập khẩu và quá cảnh", QCVN 01-22:2010/BNNPTNT1 "Phương pháp kiểm tra cây xuất nhập khẩu và quá cảnh".
Đối với cây trồng ngoài đồng ruộng: Lấy mẫu theo Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia QCVN 01-38/2010/BNNPTNT1 về phương pháp điều tra phát hiện dịch hại cây trồng
2.1.2. Bảo quản mẫu
Các bộ phận tươi có triệu chứng bệnh (cành, lá, thân, quả...) chứa trong các túi ni-lông có lỗ thông khí bảo quản trong tủ lạnh ở nhiệt độ 3-5oC.
Mẫu hạt được chứa trong các túi ni-lông hoặc hộp nhựa kín và bảo quản ở nhiệt độ phòng.
2.2. Thiết bị, dụng cụ, hóa chất
Máy ly tâm, máy lắc, tủ sấy, tủ định ôn, cân điện tử, máy ủ, máy rửa, bể ổn nhiệt, hệ thống ELISA, PCR, máy điện di, hệ thống chụp ảnh, tủ lạnh và tủ âm sâu.
Bộ dao, kim giải phẫu, panh, kéo, bộ micro pipet, túi ni-lông, bản ELISA
Đèn cồn, đĩa petri, ống hút, lam, lamen, cốc đong, giấy parafilm.
Na2CO3, NaHCO3, NaN3, NaCI, KCl, MgCI2.6H2O, HN(CH2CH2OH)2, MgSO4.7H2O, KH2PO4, K2HPO4, Na2HPO4, NaOH,
Cồn tuyệt đối, cồn 70% nước cất vô trùng, Tween 20, glycerol, ethylium bromide, agarose, cycloheximide. môi trường NGA (Nutrient Glucose Agar) hoặc YPGA (Yeast Peptone Glucose Agar). Kít PCR, kháng thể
2.3. Phương pháp phát hiện và giám định bệnh
2.3.1. Phát hiện và thu thập mẫu bệnh
Trên lá, vết bệnh ban đầu là những đốm màu xanh nhợt có dạng giọt dầu ở phần phiến lá giữa các gân lá. Các vết này nhanh chóng khô đi tạo ra các vết chết hoại có màu trắng hoặc màu nâu (hình 1, phụ lục 1). Khi bệnh từ phiến lá xâm nhiễm vào hệ thống mạch dẫn một số lá chét ở một phía của lá kép bị héo rũ (hình 2, phụ lục 1).
Trên thân cây, triệu chứng bệnh có thể là các sọc vàng, đôi khi thân bị nứt dọc theo các đốt thân (hình 3, phụ lục 1). Bó mạch của các cây nhiễm bệnh có màu vàng sậm hoặc nâu (hình 4, phụ lục 1).
Trên quả, triệu chứng thường bắt đầu từ những đốm nhỏ hơi lồi lên, vết bệnh có viền hoặc quầng trắng. Các vết bệnh phát triển to ra và có màu nâu ở tâm vết bệnh tạo ra dạng "mắt chim" (hình 5, phụ lục 1).
Trên hạt, bệnh không biểu hiện triệu chứng.
2.3.2. Phân lập vi khuẩn
2.3.2.1. Tách chiết vi khuẩn
Tách chiết vi khuẩn từ mô cây (lá, thân, quả): Cắt một đoạn mô cây đã được khử trùng bề mặt bằng cồn 70o ngâm trong nước cất vô trùng 30 phút hoặc nghiền nhỏ mô cây trong nước cất vô trùng.
Tách chiết vi khuẩn từ hạt: Lượng mẫu tối thiểu để tách chiết là 2.000 hạt (khoảng 7g). Hạt được cho vào bình tam giác có chứa 20ml dịch chiết hạt (phụ lục 2) và lắc mạnh bằng tay trong 20-30 giây. Sau đó, đưa bình tam giác có dịch chiết hạt lên máy lắc và lắc trong 36-48 giờ với tốc độ 150 vòng/phút.
2.3.2.2. Phân lập vi khuẩn trên môi trường nhân tạo
Trải đều 1ml dịch chiết thu được từ mô cây hoặc từ hạt trên môi trường bán đặc hiệu và nuôi cấy ở 26oC trong 8 ngày.Theo dõi sự xuất hiện của khuẩn lạc. Khuẩn lạc của vi khuẩn C.michiganensis subsp. michiganensis có màu vàng sáng, phồng, có dạng tròn đôi khi có dạng bất định.
Các khuẩn lạc điển hình được cấy truyền trên môi trường NGA (Nutrient Glucose Agar) hoặc YPGA (Yeast Peptone Glucose Agar)
2.3.3. Giám định bằng phương pháp ELISA (chỉ áp dụng đối với mẫu quả, cây, vi khuẩn nuôi cấy trên môi trường nhân tạo)
2.3.3.1. Chuẩn bị dịch mẫu
Mẫu mô cây (quả, thân, lá): lấy một mẫu nhỏ mô cây (quả hoặc thân hoặc lá) ngâm trong 1ml nước cất khoảng 15-20 phút. Sau đó nước chứa vi khuẩn được ly tâm 13.000 vòng/phút trong 5 phút thu tủa vi khuẩn. Hòa tan tủa vi khuẩn thu được trong 1ml dung dịch đệm chiết mẫu (phụ lục 2).
Đối với vi khuẩn nuôi cấy trên môi trường nhân tạo: Hòa tan một phần khuẩn lạc trong 1ml dung dịch đệm chiết mẫu.
2.3.3.2. Quy trình giám định bằng phương pháp ELISA
Nhỏ vào mỗi giếng ELISA 100ml dịch mẫu đã chuẩn bị. Bọc bản giếng bằng túi ni-lông ủ ở 37oC qua đêm (khoảng 4-6 giờ). Sau đó, nhỏ thêm vào mỗi giếng 200ml dung dịch đệm cố định mẫu (phụ lục 2). Bọc bản giếng bằng túi ni-lông ủ 30 phút ở nhiệt độ phòng. Rửa giếng bằng đệm rửa (phụ lục 2) ba lần sau đó loại sạch đệm rửa bằng cách vỗ nhẹ bản giếng trên giấy thấm. Thêm vào mỗi giếng 100ml kháng thể.Bọc bản giếng bằng túi ni-lông ủ 1 giờ ở nhiệt độ phòng. Rửa giếng bằng đệm rửa tám lần sau đó loại sạch đệm rửa bằng cách vỗ nhẹ bản giếng trên giấy thấm. Thêm vào mỗi giếng 100ml Enzym gắn. Bọc bản giếng bằng túi ni-lông ủ 1 giờ ở nhiệt độ phòng.
Rửa giếng bằng đệm rửa tám lần sau đó loại sạch đệm rửa bằng cách vỗ nhẹ bản giếng trên giấy thấm. Thêm vào mỗi giếng 100ml đệm cơ chất (phụ lục 2). Ủ 1 giờ ở nhiệt độ phòng.
Đọc kết quả bằng mắt thường hoặc bằng máy đọc ở bước sóng 405nm.
2.3.4. Giám định bằng phương pháp PCR
2.3.4.1. Tách chiết DNA
Tách chiết DNA từ vi khuẩn đã phân lập (xem mục 2.3.2.2): Dùng que cấy vi khuẩn lấy một khuẩn lạc trên môi trường cho vào ống eppendorf đã chứa 100ml nước cất vô trùng khuấy đều để hòa tan khuẩn lạc. Tiếp theo để ống eppendorf ở nhiệt độ 95oC trong 15 phút trong bể ổn nhiệt sau đó đặt ngay lên đá lạnh. Ly tâm dịch vi khuẩn trong 5-10 giây.
Tách chiết DNA từ dịch vi khuẩn (xem mục 2.3.2.1): Cho 100ml dịch chiết vi khuẩn vào ống eppendorf và để ở nhiệt độ 95oC trong 15 phút trong bể ổn nhiệt sau đó đặt ngay lên đá lạnh. Tiếp theo, ly tâm dịch chiết trong 5-10 giây.
2.3.4.2. Quy trình giám định bằng PCR
Đoạn mồi sử dụng
PSA-4: 5'-TCA TTG GTC AAT TCT GTC TCC C -3'
PSA-R: 5-TAC TGA GAT GTT TCA CTT CCC C -3'
Chu trình nhiệt:
94oC trong 2,5 phút | |
94oC trong 30 giây | Lặp lại 30 chu kì |
63oC trong 20 giây | |
72oC trong 45 giây | |
72oC trong 10 phút | |
Đọc kết quả sản phẩm được điện di bằng gel agarose 2% trong đệm TAE, nhuộm bản gel trong dung dịch ethydium bromide và quan sát dưới đèn UV.
Mẫu dương tính cho đoạn gen kích thước 270bp.
III. THẨM ĐỊNH KẾT QUẢ GIÁM ĐỊNH VÀ BÁO CÁO
Sau khi khẳng định kết quả giám định bệnh thối loét cà chua Clavibactermichiganensis subsp. michiganensis (Smith) Davis et al. là dịch hại kiểm dịch thực vật của Việt Nam, đơn vị giám định phải gửi báo cáo về Cục Bảo vệ thực vật kèm theo phiếu kết quả giám định (phụ lục 3).
Đối với đơn vị lần đầu tiên giám định và phát hiện được bệnh thối loét cà chua (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Smith) Davis et al.) phải gửi mẫu hoặc tiêu bản về Trung tâm Giám định kiểm dịch thực vật để thẩm định.
Tất cả các đơn vị thuộc hệ thống Bảo vệ và KDTV phải lưu giữ, quản lý và khai thác dữ liệu về kết quả điều tra, báo cáo và giám định bệnh thối loét cà chua là dịch hại kiểm dịch thực vật nhóm I của Việt Nam.
Đơn vị giám định phải đảm bảo thời gian lưu mẫu theo quy định hiệnhành.
Cục Bảo vệ thực vật có trách nhiệm phổ biến; tổ chức, hướng dẫn và kiểm tra việc thực hiện Quy chuẩn này trong hệ thống tổ chức chuyên ngành Bảo vệ và Kiểm dịch thực vật cũng như các tổ chức, cá nhân khác có liên quan;
Các tổ chức, cá nhân có hoạt động liên quan đến điều tra, thu thập mẫu, xử lý và bảo quản mẫu bệnh thối loét cà chua tại Việt Nam phải tuân theo quy định của quy chuẩn này cũng như các quy định của pháp luật có liên quan hiện hành.
1. Phân bố và ký chủ
1.1. Phân bố
Trong nước: Bệnh chưa có ở Việt Nam
Trên thế giới: Châu Á (Israel, Thổ Nhĩ Kì, Armenia, Azerbaijan, Trung Quốc, Ấn Độ, Indonesia, Iran; Nhật Bản, Hàn Quốc, Syria), Châu Phi (Nam Phi, Ai Cập, Kenya, Madagascar, Togo, Uganda, Zambia, Morocco, Tanzania; Tunisia; Zimbabwe), Châu Mỹ (Canada, Hoa Kì, Uruguay, Costa Rica, Cuba, Dominica, Dominican Republic, Grenada; Guadeloupe, Panama; Argentina, Brazil bang Pernambuco, Sao Paulo, Colombia, Peru, Chile, Ecuador), Châu Âu (Pháp, Hy Lạp, Liên bang Nga, Thụy Sỹ, Cộng hòa Séc, Lithuania, Hà Lan, Belarus, Ba Lan, Romania, Tây Ban Nha, Bulgaria, Cyprus, Đức, Hungary, Italy, Serbia, Slovenia, Ukraine, Liên bang Nam Tư...) và Châu Đại Dương (Australia, New Zealand).
1.2. Kí chủ: Kí chủ chính là cây Cà chua Solanum lycopersicum, ngoài ra còn gây hại trên ớt ngọt Capsicum annuum kí chủ dại họ cà như Solanum douglasii, S. nigrum and S. triflorum (Bradbury, 1986)
2. Tên khoa học và vị trí phân loại
- Tên tiếng Việt:
Bệnh thối loét cà chua
- Tên khoa học:
Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Smith) Davis et al.
- Tên khác:
Corynebacterium michiganense pv. michiganense (Smith) Dye &Kemp
Corynebacterium michiganense (Smith) Jensen
- Vị trí phân loại:
Lớp: Actinobacteria.
Bộ: Actinomycetales
Họ: Microbacteriaceae
Giống: Clavibacter
C. michiganensis subsp. michiganensis là một vi khuẩn hảo khí, hình gậy cong, không di động, gram dương.
3. Triệu chứng bệnh thối loét cà chua.
Hình 1: Triệu chứng trên lá của bệnh thối loét cà chua (Nguồn: CABI,2012) | Hình 2: Triệu chứng héo lá một bên của bệnh thối loét cà chua (Nguồn: CABI,2012) |
Hình 3: Triệu chứng vỡ thân của bệnh thối loét cà chua (Nguồn: CABI,2012) | Hình 4:Triệu chứng trên bó mạch của bệnh thối loét cà chua (Nguồn: CABI,2012) |
Hình 5: Triệu chứng trên quả của bệnh thối loét cà chua
(Nguồn: CABI,2012)
4. Đặc điểm vi khuẩn gây bệnh thối loét cà chua
C. michiganensis subsp. michiganensis là một vi khuẩn hảo khí, gram dương, hình gậy cong, không di động.
Vi khuẩn phát triển chậm trên môi trường nutrient gluco agar (NGA) hoặc yeast peptone glucose agar (YPGA), khuẩn lạc có màu vàng, tròn, sáng, mịn.
1. Dịch chiết hạt
Na2HPO4 KH2PO4 Nước cất pH | : 4,26 g : 2,72 g : 1000ml : 7,0 |
Hòa tan các thành phần trên vào 1.000 ml nước cất khử trùng ở 121oC trong 15 phút. Khử trùng Tween 20 riêng rẽ để nguội tới 60oC. Thêm Tween 20 với nồng độ 0.02%.
Thêm vào 200mg cycloheximide (1.0 ml dung dịch 200 mg/ml trong 70% ethanol)
2. Dung dịch đệm chiết mẫu
Na2CO3 NaHCO3 NaN3 | : 1,59g : 2,93g :0,2g |
Hòa tan các thành phần trên trong 1000ml nước cất, chỉnh pH 9,6 bảo quản ở 4oC.
3. Dung dịch đệm rửa
NaCl Na2HPO4 KH2PO4 KCI Tween-20 | : 8,0g : 1,15g : 0,2g : 0,2g : 0,5g |
Hòa tan các thành phần trên trong 1000ml nước cất, chỉnh pH 7,4
4. Dung dịch đệm cố định mẫu
Na2HPO4 KCI KH2PO4 NaCl NaN3 | : 1,15g : 0,2g : 0,2g : 8,0g : 0,2g |
Hòa tan các thành phần trên trong 930ml nước cất, chỉnh pH 7,4 thêm nước cất cho đủ 1000ml. Trước khi dùng cho thêm 5g sữa khô không béo/lít đệm đã pha.
5. Dung dịch đệm cơ chất
MgCI2.6H2O NaN3 HN(CH2CH2OH)2 | : 0,1g : 0,2g : 97ml |
Hòa tan trong 800ml nước, chỉnh pH về 9,8. Thêm nước cất cho đủ 1000ml. bảo quản ở 4oC. Trước khi dùng thêm viên cơ chất để đạt nồng độ 1mg/ml.
(quy định)
Cơ quan Bảo vệ | CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM |
| ……….. ngày …. tháng …. năm 20….. |
PHIẾU KẾT QUẢ GIÁM ĐỊNH
Bệnh thối loét cà chuaClavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Smith) Davis et al. - là dịch hại kiểm dịch thực vật của Việt Nam
1. Tên hàng hóa | : | |
2. Nước xuất khẩu | : | |
3. Xuất xứ | : | |
4. Phương tiện vận chuyển | : | Khối lượng: |
5. Địa điểm lấy mẫu | : | |
6. Ngày lấy mẫu | : | |
7. Người lấy mẫu | : | |
8. Tình trạng mẫu | : | |
9. Ký hiệu mẫu | : | |
10. Số mẫu lưu | : | |
11. Người giám định | : | |
12. Phương pháp giám định: Theo quy chuẩn kỹ thuật quốc gia QCVN 01 -161 : 2014/BNNPTNT về "Quy trình giám định bệnh thối loét cà chua Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Smith) Davis et al. là dịch hại kiểm dịch thực vật của Việt Nam".
13. Kết quả giám định
Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Smith) Davis etal.
Lớp: Actinobacteria.
Bộ: Actinomycetales
Họ: Microbacteriaceae
Giống: Clavibacter
Là dịch hại kiểm dịch thực vật thuộc danh mục dịch hại kiểm dịch thực vật của Việt Nam.
TRƯỞNG PHÒNG KỸ THUẬT | THỦ TRƯỞNG ĐƠN VỊ |
1 Trường hợp các văn bản viện dẫn trong quy chuẩn này sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế thì thực hiện theo quy định của văn bản mới. A