Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 4. Đối tượng không chịu thuế GTGT
...
11. Dịch vụ duy trì vườn thú, vườn hoa, công viên, cây xanh đường phố, chiếu sáng công cộng. dịch vụ tang lễ. Các dịch vụ nêu tại khoản này không phân biệt nguồn kinh phí chi trả. Cụ thể:
a) Dịch vụ duy trì vườn thú, vườn hoa, công viên, cây xanh đường phố, bảo vệ rừng do Nhà nước làm chủ rừng, bao gồm hoạt động quản lý, trồng cây, chăm sóc cây, bảo vệ chim, thú ở các công viên, vườn thú, khu vực công cộng, rừng quốc gia, vườn quốc gia.
b) Chiếu sáng công cộng bao gồm chiếu sáng đường phố, ngõ, xóm trong khu dân cư, vườn hoa, công viên. Doanh thu không chịu thuế là doanh thu từ hoạt động chiếu sáng công cộng.
c) Dịch vụ tang lễ của các cơ sở có chức năng kinh doanh dịch vụ tang lễ bao gồm các hoạt động cho thuê nhà tang lễ, xe ô tô phục vụ tang lễ, mai táng, hỏa táng, cải táng, di chuyển mộ, chăm sóc mộ.
...
Điều 14. Nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
...
2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ. trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra không hạch toán riêng được.
Cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT hàng tháng tạm phân bổ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào được khấu trừ trong tháng, cuối năm cơ sở kinh doanh thực hiện tính phân bổ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của năm để kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu vào đã tạm phân bổ khấu trừ theo tháng.
*Khoản này được sửa đổi bởi Điểm a Khoản 9 Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC
Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính) như sau:
…
9. Sửa đổi, bổ sung Điều 14 như sau:
a) Sửa đổi khoản 2 Điều 14 như sau:
“2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ. trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT, doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra bao gồm cả doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế không hạch toán riêng được.
Cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT hàng tháng/quý tạm phân bổ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào được khấu trừ trong tháng/quý, cuối năm cơ sở kinh doanh thực hiện tính phân bổ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của năm để kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu vào đã tạm phân bổ khấu trừ theo tháng/quý.”*
...
4. Khấu trừ thuế GTGT trong một số trường hợp cụ thể như sau:
a) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung có sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT qua các khâu để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào tại các khâu được khấu trừ toàn bộ.
Ví dụ 58: Doanh nghiệp X đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất, chế biến phi lê cá tra, cá ba sa, tôm đông lạnh xuất khẩu. Doanh nghiệp tổ chức sản xuất khép kín từ khâu nuôi trồng, kể cả trường hợp thuê gia công nuôi trồng mà doanh nghiệp đầu tư toàn bộ giống, ao, hồ, hàng rào, hệ thống tưới tiêu, tàu thuyền và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, dịch vụ thú y, đến khâu chế biến tôm, cá để xuất khẩu. Doanh nghiệp X được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại tất cả các khâu sản xuất, chế biến.
Ví dụ 59: Doanh nghiệp Y đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất, chế biến các sản phẩm từ sữa tươi sống (sữa tươi tiệt trùng, sữa chua, pho mát,...). Doanh nghiệp tổ chức sản xuất khép kín từ khâu chăn nuôi, kể cả trường hợp thuê gia công chăn nuôi mà doanh nghiệp đầu tư toàn bộ con giống (bò, dê), chuồng, trại, hàng rào, trang thiết bị vắt sữa, hệ thống vệ sinh chuồng, trại và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, dịch vụ thú y, đến khâu chế biến thành các sản phẩm từ sữa. Doanh nghiệp Y được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại tất cả các khâu sản xuất, chế biến.
b) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh có dự án đầu tư thực hiện đầu tư theo nhiều giai đoạn, bao gồm cả cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập, có phương án sản xuất, kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung và sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế GTGT nhưng trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản có cung cấp hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào trong giai đoạn đầu tư để hình thành tài sản cố định được khấu trừ toàn bộ. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào không sử dụng cho đầu tư tài sản cố định phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT để kê khai khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh số chịu thuế GTGT so với tổng doanh số hàng hóa, dịch vụ bán ra.
Đối với cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư để tiếp tục sản xuất, chế biến và có văn bản cam kết tiếp tục sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT thì được kê khai, khấu trừ thuế GTGT ngay từ giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản. Đối với thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB, doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ, hoàn thuế nhưng sau đó xác định không đủ điều kiện, khấu trừ, hoàn thuế thì doanh nghiệp phải kê khai, điều chỉnh nộp lại tiền thuế GTGT đã khấu trừ, hoàn thuế. Trường hợp doanh nghiệp không thực hiện điều chỉnh, qua thanh tra, kiểm tra cơ quan thuế phát hiện ra thì cơ quan thuế sẽ thực hiện truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định. Doanh nghiệp phải hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã báo cáo, cam kết giải trình với cơ quan thuế liên quan đến việc khấu trừ, hoàn thuế.
Trường hợp cơ sở có bán hàng hóa là sản phẩm nông, lâm, thủy hải sản chưa qua chế biến hoặc mới qua sơ chế thông thường thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào được tính khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.
Ví dụ 60: Doanh nghiệp A có dự án đầu tư vườn cây cao su, có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ ở khâu đầu tư XDCB, doanh nghiệp chưa có sản phẩm làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (bao gồm cả sản phẩm chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) nhưng có dự án xây dựng nhà máy chế biến mủ cao su (thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) và cam kết sản phẩm trồng trọt tiếp tục chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT thì Công ty được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào.
Trường hợp doanh nghiệp bán mủ cao su của toàn bộ dự án thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì doanh nghiệp không được khấu trừ thuế.
Trường hợp doanh nghiệp sử dụng một phần mủ cao su khai thác của dự án vào sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT, một phần bán ra thì thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:
- Thuế GTGT đầu vào của TSCĐ (vườn cây cao su, nhà máy chế biến…): doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ (bao gồm cả thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB).
- Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ: thực hiện khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.
c) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh có dự án đầu tư, bao gồm cả cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản được tạm khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra theo phương án sản xuất, kinh doanh của cơ sở kinh doanh. Số thuế tạm khấu trừ được điều chỉnh theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra trong ba năm kể từ năm đầu tiên có doanh thu.
Ví dụ 61: Doanh nghiệp Z thành lập mới từ dự án đầu tư vào lĩnh vực vận tải. Phương án sản xuất kinh doanh theo dự án đầu tư của doanh nghiệp có doanh thu từ vận chuyển hành khách công cộng bằng xe buýt và không bằng xe buýt, từ bán quảng cáo và dịch vụ sửa chữa, bảo dưỡng phương tiện vận tải. trong đó doanh thu từ vận tải hành khách công cộng bằng xe buýt chiếm tỷ trọng 30% tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra. Giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản mua sắm phương tiện, xây dựng trạm chờ, nhà xưởng kéo dài trong 02 năm từ tháng 6/2014 đến tháng 5/2016. Trong thời gian 02 năm này, số thuế giá trị gia tăng đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản và của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho việc thành lập doanh nghiệp (chi phí thành lập doanh nghiệp) được tạm khấu trừ theo tỷ lệ 70% và được hoàn thuế theo quy định (Riêng thuế GTGT của tài sản cố định là xe ô tô đăng ký sử dụng làm xe buýt công cộng không khấu trừ). Doanh nghiệp đi vào hoạt động có doanh thu từ tháng 6/2016. Đến hết tháng 5/2019, tỷ trọng doanh thu từ vận tải hành khách công cộng bằng xe buýt trong thời gian 03 năm từ tháng 6 năm 2016 chiếm 35% tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra thì doanh nghiệp kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng của tài sản cố định đã được khấu trừ, hoàn thuế tương ứng với tỷ lệ 5% (= 70% - 65%) và tính nộp số điều chỉnh giảm khấu trừ, hoàn thuế này vào số thuế GTGT của kỳ khai thuế tháng 5/2019. Doanh nghiệp không bị xử phạt chậm nộp và không bị tính lãi chậm nộp đối với số thuế giá trị gia tăng của tài sản cố định được khấu trừ phải điều chỉnh giảm.
*Khoản này được bổ sung bởi Khoản 5 Điều 3 Thông tư 119/2014/TT-BTC
Điều 3. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng như sau:
...
5. Bổ sung ví dụ số 58a tại khoản 4 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:
“Ví dụ số 58a: Doanh nghiệp A đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất khép kín từ khâu nuôi trồng (bao gồm cả thuê gia công nuôi trồng mà doanh nghiệp A đầu tư toàn bộ giống, ao, hồ, hàng rào, hệ thống tưới tiêu, tàu thuyền và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, dịch vụ thú y…), đến khâu chế biến phi-lê cá tra đông lạnh để xuất khẩu và bán trong nước. Trong quá trình sản xuất doanh nghiệp A đã mua thêm cá tra của các doanh nghiệp khác hoặc của các hộ nông dân. Cá tra mua ngoài trước khi đưa vào nhà máy đều được tập trung nuôi tại ao hồ của doanh nghiệp A cùng cá tra do doanh nghiệp A tự nuôi. Cá tra do doanh nghiệp tự nuôi và cá tra mua ngoài được đưa vào nhà máy chế biến thành sản phẩm cá tra phi-lê (cá fillet) qua công đoạn và theo quy trình: Cá nguyên liệu - làm sạch - cắt đầu, lột da - bỏ nội tạng - cắt phi-lê - ướp muối - đông lạnh - xuất bán. Doanh nghiệp A được thực hiện kê khai khấu trừ thuế GTGT như sau:
- Doanh nghiệp A được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại nhà máy phục vụ khâu sơ chế cá tra phi-lê theo quy trình nêu trên.
- Cá tra phi-lê có nguồn gốc do doanh nghiệp A tự nuôi để xuất khẩu được áp dụng thuế suất 0% và doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào có liên quan đến hoạt động xuất khẩu cá tra phi-lê. Trường hợp doanh nghiệp nuôi cá tra sau đó chế biến thành cá tra phi-lê vừa để xuất khẩu vừa để bán trong nước thì thuế GTGT đầu vào được phân bổ theo tỷ lệ % doanh thu xuất khẩu/Tổng Doanh thu (doanh thu xuất khẩu và doanh thu bán trong nước).”*
...
Điều 15. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Có hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.
2. Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT.
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt gồm chứng từ thanh toán qua ngân hàng và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt khác hướng dẫn tại khoản 3 và khoản 4 Điều này.
3. Chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán (tài khoản của bên mua và tài khoản của bên bán phải là tài khoản đã đăng ký hoặc thông báo với cơ quan thuế) mở tại các tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán theo các hình thức thanh toán phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành như séc, ủy nhiệm chi hoặc lệnh chi, ủy nhiệm thu, nhờ thu, thẻ ngân hàng, thẻ tín dụng, sim điện thoại (ví điện tử) và các hình thức thanh toán khác theo quy định (bao gồm cả trường hợp bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua sang tài khoản bên bán mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân hoặc bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân sang tài khoản bên bán nếu tài khoản này đã được đăng ký giao dịch với cơ quan thuế).
a) Các chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán hoặc chứng từ thanh toán theo các hình thức không phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành không đủ điều kiện để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ hai mươi triệu đồng trở lên.
b) Hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn từ hai mươi triệu đồng trở lên theo giá đã có thuế GTGT nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ. Đối với những hóa đơn này, cơ sở kinh doanh kê khai vào mục hàng hóa, dịch vụ không đủ điều kiện khấu trừ trong bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào.
c) Đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hóa, dịch vụ mua từ hai mươi triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ bằng văn bản, hóa đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào, đồng thời ghi rõ thời hạn thanh toán vào phần ghi chú trên bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc trước ngày 31 tháng 12 hàng năm đối với trường hợp thời điểm thanh toán theo hợp đồng sớm hơn ngày 31 tháng 12, cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc đến ngày 31 tháng 12 hàng năm đối với trường hợp thời điểm thanh toán theo hợp đồng sớm hơn ngày 31 tháng 12, nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ của giá trị hàng hóa không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Sau khi cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tương ứng với giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, cơ sở kinh doanh mới có được chứng từ chứng minh việc thanh toán qua ngân hàng thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung.
Trường hợp đã quá hạn thanh toán chậm trả theo quy định trong hợp đồng hoặc đến ngày 31 tháng 12 hàng năm, cơ sở kinh doanh không thực hiện điều chỉnh giảm theo quy định nhưng trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra tại trụ sở, cơ sở kinh doanh có đầy đủ chứng từ chứng minh đã thanh toán qua ngân hàng thì nếu việc không điều chỉnh giảm không dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn thì cơ sở kinh doanh bị xử phạt vi phạm về thủ tục thuế, nếu việc không điều chỉnh giảm dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn thì cơ sở kinh doanh bị truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định của Luật Quản lý thuế.
Trường hợp cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra tại trụ sở và có quyết định xử lý không chấp nhận cho khấu trừ thuế đối với các hóa đơn GTGT không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, sau khi có quyết định xử lý của cơ quan thuế cơ sở kinh doanh mới có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì:
- Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung thuế GTGT.
- Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã không điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung nếu có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong thời hạn 6 tháng kể từ tháng có Quyết định xử lý của cơ quan thuế.
Ví dụ 64:
Trong năm 2014, Công ty TNHH ANB có phát sinh các hóa đơn GTGT mua hàng theo hợp đồng trả chậm như sau:
- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 3/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/9/2014.
- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 4/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/10/2014.
- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 5/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/11/2014.
- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 6/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/12/2014.
Công ty TNHH ANB đã kê khai khấu trừ thuế GTGT khi nhận được hóa đơn GTGT mua hàng. Đến thời điểm thanh toán theo các hợp đồng, Công ty TNHH ANB chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, Công ty TNHH ANB được lựa chọn kê khai điều chỉnh giảm theo từng hóa đơn hoặc đến ngày 31/12/2014, Công ty TNHH ANB vẫn chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì trong kỳ kê khai thuế tháng 12/2014, Công ty TNHH ANB thực hiện tổng hợp kê khai điều chỉnh giảm cho tất cả 4 hóa đơn GTGT mua hàng nói trên theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
Ví dụ 65:
Tại Công ty TNHH Super có tình hình như sau:
Tháng 2, 3 năm 2014 Công ty TNHH Super có hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là ngày 31/10/2014. Căn cứ hóa đơn GTGT do người bán cung cấp, Công ty TNHH Super đã kê khai khấu trừ thuế GTGT trên Tờ khai thuế GTGT tháng 2, tháng 3 năm 2014. Đến thời hạn trả (ngày 31/10/2014) do có khó khăn về tài chính nên Công ty TNHH Super chưa thanh toán theo đúng thời hạn trong hợp đồng. Trong kỳ kê khai tháng 10/2014, Công ty TNHH Super đã tự kê khai điều chỉnh giảm theo quy định đối với số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ, đồng thời đã khai tăng chi phí tính thuế TNDN khoản chi phí tương ứng số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ điều chỉnh giảm.
Tháng 4 năm 2015, cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra về thuế GTGT tại Công ty TNHH Super. Đối với hóa đơn GTGT mua hàng trong tháng 2, tháng 3 năm 2014 theo hợp đồng trả chậm với thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2014, do Công ty đã tự điều chỉnh giảm số thuế đã kê khai khấu trừ theo quy định nên Đoàn kiểm tra ghi nhận số liệu đã điều chỉnh giảm.
Tháng 5 năm 2015 cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý về thuế GTGT đối với Công ty TNHH Super (trong Quyết định không có nội dung xử lý về thuế GTGT của các hóa đơn GTGT mua hàng trong tháng 2, tháng 3 năm 2014 theo hợp đồng trả chậm với thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2014 do Đoàn kiểm tra đã ghi nhận số liệu kế toán đã điều chỉnh giảm).
Tháng 12 năm 2015 Công ty TNHH Super có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 2, 3 năm 2014 (thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2014) thì Công ty TNHH Super được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT. Đồng thời Công ty TNHH Super thực hiện điều chỉnh giảm chi phí tính thuế TNDN tương ứng.
Ví dụ 66:
Tại Công ty TNHH YKK có tình hình như sau:
Tháng 3, 4 năm 2014 Công ty TNHH YKK có hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là ngày 30/9/2014. Căn cứ hóa đơn GTGT do người bán cung cấp, Công ty TNHH YKK đã kê khai khấu trừ thuế GTGT trên Tờ khai thuế tháng 3, tháng 4 năm 2014. Đến thời hạn trả (ngày 30/9/2014), Công ty TNHH YKK không có khả năng thanh toán, tuy nhiên, Công ty đã không kê khai điều chỉnh giảm. Đến thời điểm ngày 31/12/2014, Công ty TNHH YKK cũng không kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã khấu trừ chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
Tháng 4 năm 2015, cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra về thuế GTGT tại Công ty TNHH YKK, thời kỳ kiểm tra là năm 2014. Tại thời điểm kiểm tra, Công ty TNHH YKK không xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là ngày 30/9/2014. Đoàn kiểm tra xử lý không chấp thuận cho Công ty TNHH YKK được kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
Tháng 5 năm 2015 cơ quan thuế đã ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế GTGT tại Công ty TNHH YKK.
Trường hợp trong tháng 10 năm 2015 Công ty TNHH YKK có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 3 năm 2014 (thời hạn trả là trong tháng 9 năm 2014) thì Công ty TNHH YKK được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT do thời điểm có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong thời hạn 6 tháng kể từ khi cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế.
Trường hợp trong tháng 12 năm 2015, Công ty TNHH YKK có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 4 năm 2014 (thời hạn thanh toán là ngày 30/9/2014) thì Công ty TNHH YKK không được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT do thời điểm có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đã quá thời hạn 6 tháng kể từ khi cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế.
Ví dụ 67:
Tháng 9/2014, Cục thuế tỉnh B qua kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế đã ban hành Quyết định xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty cổ phần PNG. Tại Quyết định xử lý có nội dung thu hồi tiền hoàn thuế GTGT 460 triệu đồng là khoản tiền thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 20 triệu đồng trở lên Công ty đã thực hiện kê khai, khấu trừ nhưng đến thời điểm kiểm tra đã quá thời hạn thanh toán theo hợp đồng mà chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng của bộ hồ sơ đã được hoàn thuế của kỳ hoàn từ tháng 8/2013 đến tháng 8/2014. Công ty cổ phần PNG đã chấp hành nộp đầy đủ vào NSNN số tiền thuế truy thu.
Trong tháng 10/2014, Công ty cổ phần PNG có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hóa đơn mua hàng hóa theo hợp đồng đã quá hạn thanh toán tương ứng với số thuế GTGT 460 triệu đồng đã bị cơ quan thuế thu hồi thì trong tháng 10/2014, Công ty cổ phần PNG được kê khai bổ sung điều chỉnh theo quy định.
*Điểm này được sửa đổi bởi Điểm a Khoản 6 Điều 3 Thông tư 119/2014/TT-BTC
Điều 3. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng như sau:
...
6. Sửa đổi, bổ sung Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:
a) Sửa đổi khổ thứ nhất điểm c khoản 3 Điều 15 như sau:
“c) Đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hóa, dịch vụ mua từ hai mươi triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ bằng văn bản, hóa đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc trước ngày 31 tháng 12 hàng năm đối với trường hợp thời điểm thanh toán theo hợp đồng sớm hơn ngày 31 tháng 12, cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào”.*
**Điểm này được sửa đổi bởi Điều 10 Thông tư 151/2014/TT-BTC
Điều 10. Sửa đổi, bổ sung điểm c Khoản 3 Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:
“c) Đối với hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hoá, dịch vụ mua từ hai mươi triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hoá, dịch vụ bằng văn bản, hoá đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng thì cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.
Trường hợp khi thanh toán, cơ sở kinh doanh không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng vào kỳ tính thuế phát sinh việc thanh toán bằng tiền mặt (kể cả trong trường hợp cơ quan thuế và các cơ quan chức năng đã có quyết định thanh tra, kiểm tra kỳ tính thuế có phát sinh thuế GTGT đã kê khai, khấu trừ).”**
*Khoản này được sửa đổi bởi Điểm b Khoản 6 Điều 3 Thông tư 119/2014/TT-BTC
Điều 3. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng như sau:
...
6. Sửa đổi, bổ sung Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:
...
b) Sửa đổi, bổ sung khổ đầu khoản 3 Điều 15 như sau:
“3. Chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán (tài khoản của bên mua và tài khoản của bên bán phải là tài khoản đã đăng ký hoặc thông báo với cơ quan thuế. Bên mua không cần phải đăng ký hoặc thông báo với cơ quan thuế tài khoản tiền vay tại các tổ chức tín dụng dùng để thanh toán cho nhà cung cấp) mở tại các tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán theo các hình thức thanh toán phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành như séc, uỷ nhiệm chi hoặc lệnh chi, uỷ nhiệm thu, nhờ thu, thẻ ngân hàng, thẻ tín dụng, sim điện thoại (ví điện tử) và các hình thức thanh toán khác theo quy định (bao gồm cả trường hợp bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua sang tài khoản bên bán mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân hoặc bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân sang tài khoản bên bán nếu tài khoản này đã được đăng ký giao dịch với cơ quan thuế).”*
4. Các trường hợp thanh toán không dùng tiền mặt khác để khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm:
a) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có biên bản đối chiếu số liệu và xác nhận giữa hai bên về việc thanh toán bù trừ giữa hàng hóa, dịch vụ mua vào với hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng. Trường hợp bù trừ công nợ qua bên thứ ba phải có biên bản bù trừ công nợ của ba (3) bên làm căn cứ khấu trừ thuế.
b) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức bù trừ công nợ như vay, mượn tiền. cấn trừ công nợ qua người thứ ba mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có hợp đồng vay, mượn tiền dưới hình thức văn bản được lập trước đó và có chứng từ chuyển tiền từ tài khoản của bên cho vay sang tài khoản của bên đi vay đối với khoản vay bằng tiền bao gồm cả trường hợp bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với khoản tiền mà người bán hỗ trợ cho người mua, hoặc nhờ người mua chi hộ.
c) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào được thanh toán ủy quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng (bao gồm cả trường hợp bên bán yêu cầu bên mua thanh toán tiền qua ngân hàng cho bên thứ ba do bên bán chỉ định) thì việc thanh toán theo ủy quyền hoặc thanh toán cho bên thứ ba theo chỉ định của bên bán phải được quy định cụ thể trong hợp đồng dưới hình thức văn bản và bên thứ ba là một pháp nhân hoặc thể nhân đang hoạt động theo quy định của pháp luật.
Trường hợp sau khi thực hiện các hình thức thanh toán nêu trên mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Khi kê khai hóa đơn thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh ghi rõ phương thức thanh toán được quy định cụ thể trong hợp đồng vào phần ghi chú trên bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào.
*Điểm này được sửa đổi bởi Điểm c Khoản 6 Điều 3 Thông tư 119/2014/TT-BTC
Điều 3. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng như sau:
...
6. Sửa đổi, bổ sung Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:
...
c) Sửa đổi, bổ sung điểm c khoản 4 Điều 15 như sau:
“c) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào được thanh toán uỷ quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng (bao gồm cả trường hợp bên bán yêu cầu bên mua thanh toán tiền qua ngân hàng cho bên thứ ba do bên bán chỉ định) thì việc thanh toán theo uỷ quyền hoặc thanh toán cho bên thứ ba theo chỉ định của bên bán phải được quy định cụ thể trong hợp đồng dưới hình thức văn bản và bên thứ ba là một pháp nhân hoặc thể nhân đang hoạt động theo quy định của pháp luật.
Trường hợp sau khi thực hiện các hình thức thanh toán nêu trên mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng”.*
d) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào được thanh toán qua ngân hàng vào tài khoản của bên thứ ba mở tại Kho bạc Nhà nước để thực hiện cưỡng chế bằng biện pháp thu tiền, tài sản do tổ chức, cá nhân khác đang nắm giữ (theo Quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền) thì cũng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Ví dụ 68:
Công ty A mua hàng của Công ty B và Công ty A đang còn nợ tiền hàng của Công ty B. Tuy nhiên Công ty B đang còn nợ tiền thuế vào ngân sách nhà nước. Căn cứ Luật Quản lý thuế, cơ quan thuế thực hiện thu tiền, tài sản của Công ty B do Công ty A đang nắm giữ để thi hành quyết định hành chính thuế thì khi Công ty A chuyển tiền vào tài khoản thu ngân sách cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng, số thuế GTGT đầu vào tương ứng với doanh số của hàng hóa mua vào được kê khai, khấu trừ.
Ví dụ 69:
Công ty C thực hiện ký hợp đồng kinh tế với Công ty D về việc cung cấp hàng hóa và Công ty D đang còn nợ tiền hàng của Công ty C.
Thực hiện Quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về việc yêu cầu thu toàn bộ số tiền mà Công ty D đang còn nợ Công ty C để chuyển vào tài khoản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền mở tại Kho bạc Nhà nước để giải quyết “Tranh chấp hợp đồng mua bán hàng hóa” giữa Công ty C và đối tác.
Khi Công ty D chuyển trả số tiền vào tài khoản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền (việc chuyển tiền này không được quy định cụ thể trong hợp đồng mua bán giữa Công ty C và Công ty D) thì trường hợp này cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng, số thuế GTGT đầu vào tương ứng với doanh số của hàng hóa mua vào được kê khai, khấu trừ.
5. Trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ của một nhà cung cấp có giá trị dưới hai mươi triệu đồng nhưng mua nhiều lần trong cùng một ngày có tổng giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Nhà cung cấp là người nộp thuế có mã số thuế, trực tiếp khai và nộp thuế GTGT.
*Điều này được sửa đổi bởi Khoản 10 Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC
Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính) như sau:
…
10. Sửa đổi, bổ sung Điều 15 (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính) như sau:
“Điều 15. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Có hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.
2. Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ các trường hợp giá trị hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu từng lần có giá trị dưới hai mươi triệu đồng, hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT và trường hợp cơ sở kinh doanh nhập khẩu hàng hóa là quà biếu, quà tặng của tổ chức, cá nhân ở nước ngoài.
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt gồm chứng từ thanh toán qua ngân hàng và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt khác hướng dẫn tại khoản 3 và khoản 4 Điều này.
3. Chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán (tài khoản của bên mua và tài khoản của bên bán phải là tài khoản đã đăng ký hoặc thông báo với cơ quan thuế. Bên mua không cần phải đăng ký hoặc thông báo với cơ quan thuế tài khoản tiền vay tại các tổ chức tín dụng dùng để thanh toán cho nhà cung cấp) mở tại các tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán theo các hình thức thanh toán phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành như séc, uỷ nhiệm chi hoặc lệnh chi, uỷ nhiệm thu, nhờ thu, thẻ ngân hàng, thẻ tín dụng, sim điện thoại (ví điện tử) và các hình thức thanh toán khác theo quy định (bao gồm cả trường hợp bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua sang tài khoản bên bán mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân hoặc bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân sang tài khoản bên bán nếu tài khoản này đã được đăng ký giao dịch với cơ quan thuế).
a) Các chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán hoặc chứng từ thanh toán theo các hình thức không phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành không đủ điều kiện để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ hai mươi triệu đồng trở lên.
b) Hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn từ hai mươi triệu đồng trở lên theo giá đã có thuế GTGT nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ.
c) Đối với hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hoá, dịch vụ mua từ hai mươi triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hoá, dịch vụ bằng văn bản, hoá đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng thì cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.
Trường hợp khi thanh toán, cơ sở kinh doanh không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng vào kỳ tính thuế phát sinh việc thanh toán bằng tiền mặt (kể cả trong trường hợp cơ quan thuế và các cơ quan chức năng đã có quyết định thanh tra, kiểm tra kỳ tính thuế có phát sinh thuế GTGT đã kê khai, khấu trừ).
4. Các trường hợp thanh toán không dùng tiền mặt khác để khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm:
a) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có biên bản đối chiếu số liệu và xác nhận giữa hai bên về việc thanh toán bù trừ giữa hàng hóa, dịch vụ mua vào với hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng. Trường hợp bù trừ công nợ qua bên thứ ba phải có biên bản bù trừ công nợ của ba (3) bên làm căn cứ khấu trừ thuế.
b) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức bù trừ công nợ như vay, mượn tiền. cấn trừ công nợ qua người thứ ba mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có hợp đồng vay, mượn tiền dưới hình thức văn bản được lập trước đó và có chứng từ chuyển tiền từ tài khoản của bên cho vay sang tài khoản của bên đi vay đối với khoản vay bằng tiền bao gồm cả trường hợp bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với khoản tiền mà người bán hỗ trợ cho người mua, hoặc nhờ người mua chi hộ.
c) Trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào được thanh toán uỷ quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng (bao gồm cả trường hợp bên bán yêu cầu bên mua thanh toán tiền qua ngân hàng cho bên thứ ba do bên bán chỉ định) thì việc thanh toán theo uỷ quyền hoặc thanh toán cho bên thứ ba theo chỉ định của bên bán phải được quy định cụ thể trong hợp đồng dưới hình thức văn bản và bên thứ ba là một pháp nhân hoặc thể nhân đang hoạt động theo quy định của pháp luật.
Trường hợp sau khi thực hiện các hình thức thanh toán nêu trên mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
d) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào được thanh toán qua ngân hàng vào tài khoản của bên thứ ba mở tại Kho bạc Nhà nước để thực hiện cưỡng chế bằng biện pháp thu tiền, tài sản do tổ chức, cá nhân khác đang nắm giữ (theo Quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền) thì cũng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Ví dụ 68:
Công ty A mua hàng của Công ty B và Công ty A đang còn nợ tiền hàng của Công ty B. Tuy nhiên Công ty B đang còn nợ tiền thuế vào ngân sách nhà nước. Căn cứ Luật Quản lý thuế, cơ quan thuế thực hiện thu tiền, tài sản của Công ty B do Công ty A đang nắm giữ để thi hành quyết định hành chính thuế thì khi Công ty A chuyển tiền vào tài khoản thu ngân sách cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng, số thuế GTGT đầu vào tương ứng với doanh số của hàng hóa mua vào được kê khai, khấu trừ.
Ví dụ 69:
Công ty C thực hiện ký hợp đồng kinh tế với Công ty D về việc cung cấp hàng hóa và Công ty D đang còn nợ tiền hàng của Công ty C.
Thực hiện Quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về việc yêu cầu thu toàn bộ số tiền mà Công ty D đang còn nợ Công ty C để chuyển vào tài khoản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền mở tại Kho bạc Nhà nước để giải quyết “Tranh chấp hợp đồng mua bán hàng hóa” giữa Công ty C và đối tác.
Khi Công ty D chuyển trả số tiền vào tài khoản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền (việc chuyển tiền này không được quy định cụ thể trong hợp đồng mua bán giữa Công ty C và Công ty D) thì trường hợp này cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng, số thuế GTGT đầu vào tương ứng với doanh số của hàng hóa mua vào được kê khai, khấu trừ.
5. Trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ của một nhà cung cấp có giá trị dưới hai mươi triệu đồng nhưng mua nhiều lần trong cùng một ngày có tổng giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Nhà cung cấp là người nộp thuế có mã số thuế, trực tiếp khai và nộp thuế GTGT.
Trường hợp người nộp thuế là cơ sở kinh doanh có các cửa hàng là các đơn vị phụ thuộc sử dụng chung mã số thuế và mẫu hóa đơn của cơ sở kinh doanh, trên hoá đơn có tiêu thức “Cửa hàng số” để phân biệt các cửa hàng của cơ sở kinh doanh và có đóng dấu treo của từng cửa hàng thì mỗi cửa hàng là một nhà cung cấp.”*
...
Điều 18. Đối tượng và trường hợp được hoàn thuế GTGT
...
3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư mới
...
b) Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.
Trường hợp trong kỳ kê khai, cơ sở kinh doanh có số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh chưa được khấu trừ hết và số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 và khoản 3 Điều này theo quy định.
Riêng đối với dự án quan trọng quốc gia do Quốc hội quyết định chủ trương đầu tư và quy định tiêu chuẩn dự án thì không thực hiện kết chuyển mà thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương. Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều này là dự án đầu tư được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư. Trường hợp dự án đầu tư không thuộc đối tượng được phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư thì phải có phương án đầu tư được người có thẩm quyền ra quyết định đầu tư phê duyệt.
Ví dụ 78: Công ty A có trụ sở chính tại Hà Nội, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại Hưng Yên, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty A thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại Hà Nội trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 900 triệu đồng. Công ty A phải bù trừ 500 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (900 triệu đồng), vậy Công ty A còn phải nộp trong kỳ tính thuế tháng 4/2014 là 400 triệu đồng.
Ví dụ 79: Công ty B có trụ sở chính tại Hải Phòng, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại Thái Bình, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty B thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại Hải Phòng trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 200 triệu đồng. Công ty B phải bù trừ 200 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (200 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 4/2014 Công ty B có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 300 triệu đồng. Công ty B được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Ví dụ 80: Công ty C có trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại Đồng Nai, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty C thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại TP. Hồ Chí Minh trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 300 triệu đồng. Công ty C phải bù trừ 300 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (300 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 4/2014 Công ty C có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 200 triệu đồng. Công ty C không thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, Công ty C thực hiện kết chuyển 200 triệu đồng vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tháng 5/2014.
Ví dụ 81: Công ty D có trụ sở chính tại thành phố Đà Nẵng, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại Quảng Nam, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty D thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại thành phố Đà Nẵng trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 100 triệu đồng. Vậy, tại kỳ tính thuế tháng 4/2014, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư (500 triệu đồng) thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (100 triệu đồng) thì được xét hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 1 Điều này.
*Khoản này được sửa đổi bởi Điểm a Khoản 12 Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC
Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính) như sau:
…
12. Sửa đổi, bổ sung Điều 18 như sau:
a) Sửa đổi, bổ sung Khoản 3 như sau:
“3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư
a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mà chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.
Trường hợp trong kỳ kê khai, cơ sở kinh doanh có số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh chưa được khấu trừ hết và số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 và khoản 3 Điều này theo quy định.
Ví dụ 74: Công ty A có trụ sở chính tại Hà Nội, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư tại Hà Nội, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty A thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 900 triệu đồng. Công ty A phải bù trừ 500 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (900 triệu đồng), vậy số thuế GTGT mà Công ty A còn phải nộp trong kỳ tính thuế tháng 4/2014 là 400 triệu đồng.
Ví dụ 75: Công ty B có trụ sở chính tại Hải Phòng, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư tại Hải Phòng, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty B thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 200 triệu đồng. Công ty B phải bù trừ 200 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (200 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 4/2014 Công ty B có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết là 300 triệu đồng. Công ty B được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Ví dụ 76: Công ty C có trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư tại thành phố Hồ Chí Minh, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty C thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 300 triệu đồng. Công ty C phải bù trừ 300 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (300 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 4/2014 Công ty C có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết là 200 triệu đồng. Công ty C không thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, Công ty C thực hiện kết chuyển 200 triệu đồng vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tháng 5/2014.
Ví dụ 77: Công ty D có trụ sở chính tại thành phố Đà Nẵng, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư tại thành phố Đà Nẵng, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty D thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 100 triệu đồng. Vậy, tại kỳ tính thuế tháng 4/2014, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư (500 triệu đồng) thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (100 triệu đồng) thì được xét hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 1 Điều này.
b) Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.
Trường hợp trong kỳ kê khai, cơ sở kinh doanh có số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh chưa được khấu trừ hết và số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 và khoản 3 Điều này theo quy định.
Riêng đối với dự án quan trọng quốc gia do Quốc hội quyết định chủ trương đầu tư và quy định tiêu chuẩn dự án thì không thực hiện kết chuyển mà thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương. Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều này là dự án đầu tư được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư. Trường hợp dự án đầu tư không thuộc đối tượng được phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư thì phải có phương án đầu tư được người có thẩm quyền ra quyết định đầu tư phê duyệt.
Ví dụ 78: Công ty A có trụ sở chính tại Hà Nội, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại Hưng Yên, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty A thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại Hà Nội trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 900 triệu đồng. Công ty A phải bù trừ 500 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (900 triệu đồng), vậy Công ty A c̣n phải nộp trong kỳ tính thuế tháng 4/2014 là 400 triệu đồng.
Ví dụ 79: Công ty B có trụ sở chính tại Hải Phòng, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại Thái Bình, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty B thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại Hải Phòng trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 200 triệu đồng. Công ty B phải bù trừ 200 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (200 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 4/2014 Công ty B có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 300 triệu đồng. Công ty B được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Ví dụ 80: Công ty C có trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại Đồng Nai, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty C thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại TP. Hồ Chí Minh trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 300 triệu đồng. Công ty C phải bù trừ 300 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (300 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 4/2014 Công ty C có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 200 triệu đồng. Công ty C không thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, Công ty C thực hiện kết chuyển 200 triệu đồng vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tháng 5/2014.
Ví dụ 81: Công ty D có trụ sở chính tại thành phố Đà Nẵng, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại Quảng Nam, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty D thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại thành phố Đà Nẵng trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 100 triệu đồng. Vậy, tại kỳ tính thuế tháng 4/2014, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư (500 triệu đồng) thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (100 triệu đồng) thì được xét hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 1 Điều này.”*

Thông tư 26/2015/TT-BTC hướng dẫn thuế giá trị gia tăng và quản lý thuế tại Nghị định 12/2015/NĐ-CP, sửa đổi Thông tư 39/2014/TT-BTC về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ do Bộ Tài chính ban hành

Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính) như sau:
...
9. Sửa đổi, bổ sung Điều 14 như sau:
a) Sửa đổi khoản 2 Điều 14 như sau:
“2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ. trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT, doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra bao gồm cả doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế không hạch toán riêng được.
Cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT hàng tháng/quý tạm phân bổ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào được khấu trừ trong tháng/quý, cuối năm cơ sở kinh doanh thực hiện tính phân bổ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của năm để kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu vào đã tạm phân bổ khấu trừ theo tháng/quý.”
...
12. Sửa đổi, bổ sung Điều 18 như sau:
...
b) Sửa đổi, bổ sung Khoản 4 Điều 18 như sau:
“4. Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu nếu thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý. trường hợp trong tháng, quý số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.
Cơ sở kinh doanh trong tháng/quý vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ bán trong nước thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế GTGT cho hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu nếu số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên.
Số thuế GTGT đầu vào được hoàn cho hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu được xác định như sau:
Số thuế GTGT chưa khấu trừ hết của tháng /quý = Thuế GTGT đầu ra của hàng hóa, dịch vụ bán trong nước - Tổng số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ trong tháng/quý (bao gồm: thuế GTGT đầu vào phục vụ hoạt động xuất khẩu, phục vụ hoạt động kinh doanh trong nước chịu thuế trong tháng/quý và thuế GTGT chưa khấu trừ hết từ tháng/quý trước chuyển sang)
Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu = Số thuế GTGT chưa khấu trừ hết của tháng/quý x [Tổng doanh thu xuất khẩu trong tháng/quý : Tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ trong kỳ bán ra chịu thuế, doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế (bao gồm cả doanh thu xuất khẩu) trong tháng/quý] x 100%
Nếu số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu đã tính phân bổ như trên chưa được khấu trừ nhỏ hơn 300 triệu đồng thì cơ sở kinh doanh không được xét hoàn thuế theo tháng/quý mà kết chuyển sang kỳ tính thuế tiếp theo. nếu số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế GTGT theo tháng/quý.
Ví dụ 82:
Tháng 3/2014 Tờ khai thuế GTGT của doanh nghiệp X có số liệu:
- Thuế GTGT kỳ trước chuyển sang: 0,15 tỷ đồng.
- Thuế GTGT đầu vào phục vụ hoạt động xuất khẩu, phục vụ hoạt động kinh doanh trong nước chịu thuế phát sinh trong tháng: 4,8 tỷ đồng.
- Tổng doanh thu (TDT) là 21,6 tỷ, trong đó: doanh thu xuất khẩu (DTXK) là 13,2 tỷ đồng, doanh thu bán trong nước chịu thuế GTGT là 8,4 tỷ đồng.
Tỷ lệ % DTXK/TDT = 13,2/21,6 x 100% = 61%.
- Thuế GTGT đầu ra của hàng hóa, dịch vụ bán trong nước là 0,84 tỷ đồng.
Số thuế GTGT được hoàn theo tháng của hàng xuất khẩu được xác định như sau:
Số thuế GTGT chưa khấu trừ hết của tháng = 0,84 tỷ đồng - (0,15 + 4,8 ) tỷ đồng = - 4,11 tỷ đồng.
Như vậy số thuế GTGT chưa khấu trừ hết của tháng là 4,11 tỷ đồng.
- Xác định số thuế GTGT đầu vào của hàng xuất khẩu
Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa xuất khẩu = 4,11 tỷ đồng x 61% = 2,507 tỷ đồng
Số thuế GTGT đầu vào của hàng xuất khẩu (sau khi bù trừ và sau khi phân bổ) chưa khấu trừ hết là 2,507 tỷ đồng lớn hơn (>) 300 triệu đồng, theo đó doanh nghiệp được hoàn 2,507 tỷ đồng tiền thuế GTGT theo tháng/quý. Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ bán trong nước không được hoàn theo tháng là 1,603 tỷ đồng (1,603 tỷ = 4,11 tỷ - 2,507 tỷ) được chuyển kỳ sau khấu trừ tiếp.
Đối tượng được hoàn thuế trong một số trường hợp xuất khẩu như sau: Đối với trường hợp ủy thác xuất khẩu, là cơ sở có hàng hóa ủy thác xuất khẩu. đối với gia công chuyển tiếp, là cơ sở ký hợp đồng gia công xuất khẩu với phía nước ngoài. đối với hàng hóa xuất khẩu để thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài, là doanh nghiệp có hàng hóa, vật tư xuất khẩu thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài. đối với hàng hóa xuất khẩu tại chỗ là cơ sở kinh doanh có hàng hóa xuất khẩu tại chỗ.”

Thông tư 06/2012/TT-BTC hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng, Nghị định 123/2008/NĐ-CP và 121/2011/NĐ-CP do Bộ Tài chính ban hành

Điều 4. Đối tượng không chịu thuế GTGT
...
11. Dịch vụ phục vụ công cộng về vệ sinh, thoát nước đường phố và khu dân cư. duy trì vườn thú, vườn hoa, công viên, cây xanh đường phố, chiếu sáng công cộng. dịch vụ tang lễ. Các dịch vụ nêu tại điểm này không phân biệt nguồn kinh phí chi trả. Cụ thể:
a) Dịch vụ phục vụ công cộng về vệ sinh, thoát nước đường phố và khu dân cư cung cấp cho tổ chức, cá nhân bao gồm các hoạt động thu, dọn, vận chuyển, xử lý rác và chất phế thải. thoát nước, xử lý nước thải. bơm hút, vận chuyển và xử lý phân bùn, bể phốt. thông tắc công trình vệ sinh, hệ thống thoát nước thải. quét dọn nhà vệ sinh công cộng. duy trì vệ sinh tại các nhà vệ sinh lưu động và thu gom, vận chuyển xử lý chất thải khác.
Trường hợp cơ sở kinh doanh cung cấp dịch vụ như dịch vụ lau dọn văn phòng, lau dọn nhà cửa thì dịch vụ này thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.
Ví dụ 3: Công ty TNHH B cung cấp dịch vụ lau dọn văn phòng cho đơn vị C, cung cấp dịch vụ lau chùi hành lang, cầu thang cho chung cư H thì các dịch vụ này thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.
*Điểm này được sửa đổi bởi Khoản 2 Điều 1 Thông tư 65/2013/TT-BTC
Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại Thông tư số 06/2012/TT-BTC:
...
2. Sửa đổi bổ sung điểm a Khoản 11 Điều 4 Thông tư số 06/2012/TT-BTC như sau:
“a) Dịch vụ phục vụ công cộng về vệ sinh, thoát nước đường phố và khu dân cư cung cấp cho tổ chức, cá nhân (kể cả tổ chức, cá nhân trong và ngoài khu công nghiệp) bao gồm các hoạt động thu, dọn, vận chuyển, xử lý rác và chất phế thải. thoát nước, xử lý nước thải. bơm hút, vận chuyển và xử lý phân bùn, bể phốt. thông tắc công trình vệ sinh, hệ thống thoát nước thải. quét dọn nhà vệ sinh công cộng. duy trì vệ sinh tại các nhà vệ sinh lưu động và thu gom, vận chuyển xử lý chất thải khác.
Trường hợp cơ sở kinh doanh cung cấp dịch vụ như dịch vụ lau dọn văn phòng, lau dọn nhà cửa thì dịch vụ này thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.
Ví dụ 3: Công ty TNHH B cung cấp dịch vụ lau dọn văn phòng cho đơn vị C, cung cấp dịch vụ lau chùi hành lang, cầu thang cho chung cư H thì các dịch vụ này thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.”*
b) Duy trì vườn thú, vườn hoa, công viên, cây xanh đường phố bao gồm hoạt động quản lý, trồng cây, chăm sóc cây, bảo vệ chim, thú ở các công viên, vườn thú, khu vực công cộng, rừng quốc gia, vườn quốc gia.
c) Chiếu sáng công cộng bao gồm chiếu sáng đường phố, ngõ, xóm trong khu dân cư, vườn hoa, công viên.
d) Dịch vụ tang lễ của các cơ sở có chức năng kinh doanh dịch vụ tang lễ bao gồm các hoạt động cho thuê nhà tang lễ, xe ô tô phục vụ tang lễ, mai táng, hoả táng, cải táng.
...
Điều 14. Nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế giá trị gia tăng đầu vào không được bồi thường của hàng hoá chịu thuế giá trị gia tăng bị tổn thất.
Trường hợp hàng hoá có hao hụt tự nhiên do tính chất lý hoá trong quá trình vận chuyển, bơm rót như xăng, dầu… thì được kê khai, khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của số lượng hàng hoá thực tế hao hụt tự nhiên không vượt quá định mức hao hụt theo quy định. Số thuế GTGT đầu vào của số lượng hàng hoá hao hụt vượt định mức không được khấu trừ, hoàn thuế.
2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ. trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh số chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh số của hàng hoá, dịch vụ bán ra. Cơ sở kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT hàng tháng tạm phân bổ số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào được khấu trừ trong tháng, cuối năm cơ sở kinh doanh thực hiện tính phân bổ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của năm để kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu vào đã tạm phân bổ khấu trừ theo tháng.
3. Thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT và không chịu thuế GTGT thì được khấu trừ toàn bộ.
Thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định trong các trường hợp sau đây không được khấu trừ mà tính vào nguyên giá của tài sản cố định: tài sản cố định chuyên dùng phục vụ sản xuất vũ khí, khí tài phục vụ quốc phòng, an ninh. tài sản cố định, máy móc, thiết bị của các tổ chức tín dụng, doanh nghiệp kinh doanh tái bảo hiểm, bảo hiểm nhân thọ, kinh doanh chứng khoán, các bệnh viện, trường học. tàu bay dân dụng, du thuyền không sử dụng cho mục đích kinh doanh vận chuyển hàng hoá, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn.
Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp như nhà ăn ca, nhà nghỉ giữa ca, nhà ở miễn phí, phòng thay quần áo, nhà để xe, nhà vệ sinh, bể nước phục vụ cho người lao động làm việc trong khu vực sản xuất, kinh doanh và nhà ở, trạm y tế cho người lao động làm việc trong các khu công nghiệp được khấu trừ toàn bộ.
Tài sản cố định là ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống (trừ ô tô sử dụng vào kinh doanh vận chuyển hàng hoá, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn) có trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng (giá chưa có thuế GTGT) thì số thuế GTGT đầu vào tương ứng với phần trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng không được khấu trừ.
4. Cơ sở sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng đánh bắt thuỷ, hải sản có tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán kết quả sản xuất kinh doanh tập trung có sử dụng sản phẩm ở các khâu sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp. nuôi trồng, đánh bắt thuỷ, hải sản làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (bao gồm sản phẩm nông, lâm, thuỷ sản chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào phục vụ cho sản xuất kinh doanh ở tất cả các khâu đầu tư xây dựng cơ bản, sản xuất, chế biến. Trường hợp cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư để tiếp tục sản xuất, chế biến hoặc có văn bản cam kết tiếp tục sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT thì được kê khai, khấu trừ thuế GTGT ngay từ giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản. Đối với thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB, doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ, hoàn thuế nhưng sau đó xác định không đủ điều kiện, khấu trừ, hoàn thuế thì doanh nghiệp phải kê khai, điều chỉnh nộp lại tiền thuế GTGT đã khấu trừ, hoàn thuế. Trường hợp doanh nghiệp không thực hiện điều chỉnh, qua thanh tra, kiểm tra cơ quan thuế phát hiện ra thì cơ quan thuế sẽ thực hiện truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định. Doanh nghiệp phải hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã báo cáo, cam kết giải trình với cơ quan thuế liên quan đến việc khấu trừ, hoàn thuế.
Trường hợp cơ sở có bán hàng hóa là sản phẩm nông, lâm, thuỷ hải sản chưa qua chế biến hoặc mới qua sơ chế thông thường thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào được tính khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra
Ví dụ 42 : Doanh nghiệp A có dự án đầu tư vườn cây cao su, có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ ở khâu đầu tư XDCB, doanh nghiệp chưa có sản phẩm làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (bao gồm cả sản phẩm chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) nhưng có dự án xây dựng nhà máy chế biến mủ cao su (thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) và cam kết sản phẩm trồng trọt tiếp tục chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT thì Công ty được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào.
Trường hợp doanh nghiệp bán mủ cao su thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì doanh nghiệp không được khấu trừ thuế.
Trường hợp doanh nghiệp sử dụng một phần mủ cao su khai thác vào sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT, một phần bán ra thì thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:
- Thuế GTGT đầu vào của TSCĐ (vườn cây cao su, nhà máy chế biến…): doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ (bao gồm cả thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB).
- Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ: thực hiện khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hoá, dịch vụ bán ra.
*Khoản này được sửa đổi bởi Khoản 8 Điều 1 Thông tư 65/2013/TT-BTC
Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại Thông tư số 06/2012/TT-BTC:
...
8. Sửa đổi Khoản 4 Điều 14 Mục 1 Chương III như sau:
“4. Cơ sở sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng đánh bắt thuỷ, hải sản có tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán kết quả sản xuất kinh doanh tập trung có sử dụng sản phẩm ở các khâu sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp. nuôi trồng, đánh bắt thuỷ, hải sản làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (bao gồm sản phẩm nông, lâm, thuỷ sản chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào phục vụ cho sản xuất kinh doanh ở tất cả các khâu đầu tư xây dựng cơ bản, sản xuất, chế biến. Trường hợp cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư để tiếp tục sản xuất, chế biến và có văn bản cam kết tiếp tục sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT thì được kê khai, khấu trừ thuế GTGT ngay từ giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản. Đối với thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB, doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ, hoàn thuế nhưng sau đó xác định không đủ điều kiện, khấu trừ, hoàn thuế thì doanh nghiệp phải kê khai, điều chỉnh nộp lại tiền thuế GTGT đã khấu trừ, hoàn thuế. Trường hợp doanh nghiệp không thực hiện điều chỉnh, qua thanh tra, kiểm tra cơ quan thuế phát hiện ra thì cơ quan thuế sẽ thực hiện truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định. Doanh nghiệp phải hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã báo cáo, cam kết giải trình với cơ quan thuế liên quan đến việc khấu trừ, hoàn thuế.
Trường hợp cơ sở có bán hàng hóa là sản phẩm nông, lâm, thuỷ hải sản chưa qua chế biến hoặc mới qua sơ chế thông thường thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào được tính khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.
Ví dụ 42 : Doanh nghiệp A có dự án đầu tư vườn cây cao su, có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ ở khâu đầu tư XDCB, doanh nghiệp chưa có sản phẩm làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (bao gồm cả sản phẩm chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) nhưng có dự án xây dựng nhà máy chế biến mủ cao su (thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) và cam kết sản phẩm trồng trọt tiếp tục chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT thì Công ty được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào.
Trường hợp doanh nghiệp bán mủ cao su thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì doanh nghiệp không được khấu trừ thuế.
Trường hợp doanh nghiệp sử dụng một phần mủ cao su khai thác vào sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT, một phần bán ra thì thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:
- Thuế GTGT đầu vào của TSCĐ (vườn cây cao su, nhà máy chế biến…): doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ (bao gồm cả thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB).
- Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ: thực hiện khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hoá, dịch vụ bán ra.”*
5. Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá (kể cả hàng hoá mua ngoài hoặc hàng hoá do doanh nghiệp tự sản xuất) mà doanh nghiệp sử dụng để cho, biếu, tặng, khuyến mại, quảng cáo dưới các hình thức, phục vụ cho sản xuất kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT thì được khấu trừ.
6. Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng nêu tại Điều 4 Thông tư này được tính vào nguyên giá tài sản cố định, giá trị nguyên vật liệu hoặc chi phí kinh doanh. Trừ các trường hợp sau:
a) Thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh mua vào để sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức quốc tế để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại quy định tại khoản 19 Điều 4 Thông tư này được khấu trừ toàn bộ.
b) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá, dịch vụ sử dụng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đến ngày khai thác đầu tiên hoặc ngày sản xuất đầu tiên được khấu trừ toàn bộ.
7. Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.
a) Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ còn sót hoá đơn chưa kê khai, khấu trừ thì được kê khai, khấu trừ bổ sung. thời gian để kê khai, khấu trừ bổ sung tối đa là 6 (sáu) tháng, kể từ tháng phát sinh hoá đơn bỏ sót, trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm b khoản này.
Ví dụ 43: Cơ sở kinh doanh A có 01 hoá đơn GTGT mua vào lập ngày 10/3/2012. Trong kỳ kê khai thuế tháng 3/2012, kế toán của cơ sở kinh doanh bỏ sót không kê khai hoá đơn này thì cơ sở kinh doanh A được kê khai và khấu trừ bổ sung tối đa là kỳ kê khai tháng 8/2012.
b) Trường hợp cơ sở kinh doanh kê khai sót về số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu (kể cả số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu có chứng từ nộp thuế trước ngày 01/3/2012), số thuế GTGT đầu vào đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động thì được kê khai, khấu trừ bổ sung theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
Ví dụ 44 : Cơ sở kinh doanh B đã nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu theo chứng từ nộp thuế ngày 01/3/2012, do nhầm lẫn, kế toán của doanh nghiệp đã bỏ sót không kê khai chứng từ này tại Tờ khai thuế GTGT của các tháng tiếp theo thì cơ sở kinh doanh B được kê khai khấu trừ bổ sung thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu (theo chứng từ nộp thuế) theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
Ví dụ 45 : Cơ sở kinh doanh Y đã nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu theo chứng từ nộp thuế trước ngày 01/3/2012, do nhầm lẫn, kế toán của cơ sở kinh doanh đã bỏ sót không kê khai chứng từ này, ngày 1/3/2012 kế toán của cơ sở kinh doanh mới phát hiện ra việc khai sót chứng từ nêu trên thì cơ sở kinh doanh B được kê khai khấu trừ bổ sung thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu (theo chứng từ nộp thuế) theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
c) Trường hợp cơ sở kinh doanh đã lập hoá đơn GTGT bán hàng hoá, dịch vụ nhưng phát hiện sai sót về thuế GTGT, phải lập hoá đơn điều chỉnh, bổ sung thì thời hạn kê khai khấu trừ, bổ sung thuế GTGT của cơ sở kinh doanh mua hàng hoá, dịch vụ được tính từ thời điểm lập hoá đơn điều chỉnh, bổ sung.
8. Số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, cơ sở kinh doanh được hạch toán vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc vào tính vào nguyên giá tài sản cố định theo quy định của pháp luật.
9. Văn phòng Tổng công ty, tập đoàn không trực tiếp hoạt động kinh doanh và các đơn vị hành chính sự nghiệp trực thuộc như: Bệnh viện, Trạm xá, Nhà nghỉ điều dưỡng, Viện, Trường đào tạo... không phải là người nộp thuế GTGT thì không được khấu trừ hay hoàn thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ mua vào phục vụ cho hoạt động của các đơn vị này.
Trường hợp các đơn vị này có hoạt động kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT thì phải đăng ký, kê khai nộp thuế GTGT riêng cho các hoạt động này.
Ví dụ 46: Văn phòng Tổng công ty A không trực tiếp sản xuất, kinh doanh, sử dụng kinh phí do các cơ sở trực thuộc đóng góp để hoạt động nhưng Văn phòng Tổng công ty có cho thuê nhà (văn phòng) phần không sử dụng hết thì Văn phòng Tổng công ty phải hạch toán, kê khai nộp thuế riêng cho hoạt động cho thuê văn phòng. Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ phục vụ cho hoạt động của Văn phòng Tổng công ty không được khấu trừ hay hoàn thuế.
10. Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá, dịch vụ sử dụng cho các hoạt động cung cấp hàng hoá, dịch vụ không kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng quy định tại Điều 5 Thông tư này được khấu trừ toàn bộ.
Ví dụ 47: Công ty cổ phần xây dựng X nhận xây dựng công trình tại Lào. Ngoài số nguyên liệu, vật tư xuất khẩu sang Lào để thực hiện công trình xây dựng, Công ty CP xây dựng X có phát sinh một số chi phí khác tại Việt Nam phục vụ hoạt động thi công công trình tại Lào như chi phí quản lý, các chi phí này có hóa đơn GTGT (đối với những hóa đơn GTGT có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thực hiện thanh toán qua ngân hàng) thì Công ty cổ phần xây dựng X được kê khai, khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của các chi phí nêu trên.
11. Cơ sở kinh doanh được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mua vào dưới hình thức uỷ quyền cho tổ chức, cá nhân khác mà hoá đơn mang tên tổ chức, cá nhân được uỷ quyền bao gồm các trường hợp sau đây:
a) Doanh nghiệp bảo hiểm ủy quyền cho người tham gia bảo hiểm sửa chữa tài sản. chi phí sửa chữa tài sản cùng các vật tư, phụ tùng thay thế có hóa đơn GTGT ghi tên người tham gia bảo hiểm, doanh nghiệp bảo hiểm thực hiện thanh toán cho người tham gia bảo hiểm phí bảo hiểm tương ứng theo hợp đồng bảo hiểm thì doanh nghiệp bảo hiểm được kê khai khấu trừ thuế GTGT tương ứng với phần bồi thường bảo hiểm thanh toán theo hóa đơn GTGT đứng tên người tham gia bảo hiểm. trường hợp phần bồi thường bảo hiểm do doanh nghiệp bảo hiểm thanh toán cho người tham gia bảo hiểm có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì phải thực hiện thanh toán qua ngân hàng.
b) Trước khi thành lập doanh nghiệp, các sáng lập viên có văn bản ủy quyền cho tổ chức, cá nhân thực hiện chi hộ một số khoản chi phí liên quan đến việc thành lập doanh nghiệp, mua sắm hàng hóa, vật tư thì doanh nghiệp được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hóa đơn GTGT đứng tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền và phải thực hiện thanh toán cho tổ chức, cá nhân được ủy quyền qua ngân hàng đối với những hóa đơn có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên.
12. Trường hợp cá nhân, tổ chức không kinh doanh có góp vốn bằng tài sản vào công ty trách nhiệm hữu hạn, công ty cổ phần thì chứng từ đối với tài sản góp vốn là biên bản chứng nhận góp vốn, biên bản giao nhận tài sản. Trường hợp tài sản góp vốn là tài sản mới mua, chưa sử dụng, có hoá đơn hợp pháp được hội đồng giao nhận vốn góp chấp nhận thì trị giá vốn góp được xác định theo trị giá ghi trên hoá đơn bao gồm cả thuế GTGT. Bên nhận vốn góp được kê khai khấu trừ thuế GTGT ghi trên hoá đơn mua tài sản của bên góp vốn.
13. Đối với hộ kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp trên GTGT được chuyển sang nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế, được khấu trừ thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào phát sinh kể từ tháng được áp dụng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế. đối với hàng hoá, dịch vụ mua vào trước tháng được áp dụng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế thì không được tính khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
14. Cơ sở kinh doanh không được tính khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với trường hợp:
- Hoá đơn GTGT sử dụng không đúng quy định của pháp luật như: hóa đơn GTGT không ghi thuế GTGT (trừ trường hợp đặc thù được dùng hoá đơn GTGT ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT).
- Hoá đơn không ghi hoặc ghi không đúng một trong các chỉ tiêu như tên, địa chỉ, mã số thuế của người bán nên không xác định được người bán.
- Hoá đơn không ghi hoặc ghi không đúng một trong các chỉ tiêu như tên, địa chỉ, mã số thuế của người mua nên không xác định được người mua (trừ trường hợp hướng dẫn tại khoản 11 Điều này).
- Hóa đơn, chứng từ nộp thuế GTGT giả, hóa đơn bị tẩy xóa, hóa đơn khống (không có hàng hóa, dịch vụ kèm theo).
- Hóa đơn ghi giá trị không đúng giá trị thực tế của hàng hóa, dịch vụ mua, bán hoặc trao đổi.
Điều 15. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Có hoá đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hoá, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.
2. Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hoá nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT.
a) Chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán mở tại các tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán theo các hình thức thanh toán phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành như séc, uỷ nhiệm chi hoặc lệnh chi, uỷ nhiệm thu, thẻ ngân hàng, sim điện thoại (ví điện tử) và các hình thức thanh toán khác theo quy định (bao gồm cả trường hợp bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua sang tài khoản bên bán mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân hoặc bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân sang tài khoản bên bán nếu tài khoản này đã được đăng ký giao dịch với cơ quan thuế).
Các chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán hoặc chứng từ thanh toán theo các hình thức không phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành không đủ điều kiện để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá, dịch vụ mua vào từ hai mươi triệu đồng trở lên.
b) Hàng hoá, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn từ hai mươi triệu đồng trở lên theo giá đã có thuế GTGT nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ. Đối với những hoá đơn này, cơ sở kinh doanh kê khai vào mục hàng hoá, dịch vụ không đủ điều kiện khấu trừ trong bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào.
c) Đối với hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hoá, dịch vụ mua từ hai mươi triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hoá, dịch vụ bằng văn bản, hoá đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào, đồng thời ghi rõ thời hạn thanh toán vào phần ghi chú trên bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.
Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào đã khấu trừ của giá trị hàng hoá không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Sau khi cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tương ứng với giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, cơ sở kinh doanh mới có được chứng từ chứng minh việc thanh toán qua ngân hàng thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung.
Trường hợp đã quá hạn thanh toán chậm trả theo quy định trong hợp đồng, cơ sở kinh doanh không thực hiện điều chỉnh giảm theo quy định nhưng trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra tại trụ sở, cơ sở kinh doanh có đầy đủ chứng từ chứng minh đã thanh toán qua ngân hàng thì nếu việc không điều chỉnh giảm không dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn thì cơ sở kinh doanh bị xử phạt vi phạm về thủ tục thuế, nếu việc không điều chỉnh giảm dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn thì cơ sở kinh doanh bị truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định của Luật Quản lý thuế.
Ví dụ 48: Tháng 3/2012, Công ty A mua một lô hàng của Công ty B để phục vụ sản xuất kinh doanh, tổng giá trị hợp đồng là 330 triệu đồng (giá chưa thuế là 300 triệu, thuế GTGT theo thuế suất 10% là 30 triệu), theo thoả thuận trong hợp đồng đến tháng 7/2012 Công ty A mới thanh toán tiền hàng cho Công ty B.
Trong trường hợp này Công ty A được kê khai thuế GTGT đầu vào vào kỳ kê khai của tháng 3/2012 là 30 triệu đồng. Đến thời hạn thanh toán là tháng 7/2012 Công ty A phải cung cấp chứng từ thanh toán qua ngân hàng có giá trị là 330 triệu đồng, nếu Công ty A không cung cấp được chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì Công ty A phải kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT (30 triệu đồng) đã khấu trừ.
Trường hợp đến thời điểm thanh toán là tháng 7/2012, Công ty A cung cấp được chứng từ thanh toán qua ngân hàng nhưng số tiền ghi trên chứng từ thanh toán này có giá trị 275 triệu đồng (tương ứng giá chưa có thuế là 250 triệu, thuế GTGT theo thuế suất 10% là 25 triệu) thì Công ty A chỉ được chấp nhận khấu trừ thuế GTGT 25 triệu đồng (tương ứng với số tiền được thanh toán qua ngân hàng là 275 triệu đồng) và Công ty A phải điều chỉnh giảm số thuế GTGT (5 triệu đồng = 30 triệu – 25 triệu) đã kê khai khấu trừ vào kỳ kê khai tháng 3/2012.
Đến tháng 11/ 2012 Công ty A cung cấp được chứng từ thanh toán qua ngân hàng cho giá trị thanh toán 55 triệu đồng (tương ứng giá chưa có thuế là 50 triệu, thuế GTGT là 5 triệu) thì Công ty A được khai bổ sung để được khấu trừ đối với số thuế GTGT là 5 triệu tương ứng với giá trị thanh toán qua ngân hàng là 50 triệu.
Ví dụ 49: Tháng 11/2012, cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra về thuế GTGT tại Công ty TNHH Z, thời kỳ kiểm tra là năm 2011 và 5 tháng của năm 2012. Tại thời điểm kiểm tra, Công ty TNHH Z không xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với một số hợp đồng thanh toán trả chậm đã đến thời hạn trả trong năm 2011 và trong 5 tháng năm 2012, theo đó cơ quan thuế không chấp thuận Công ty TNHH Z được kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Tuy nhiên trong tháng 11/2012 và tháng 12/2012 Công ty TNHH Z mới có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với các hóa đơn đã bị cơ quan thuế kiểm tra không chấp thuận cho khấu trừ thuế thì Công ty TNHH Z vẫn được kê khai bổ sung khấu trừ thuế GTGT của hóa đơn nêu trên có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trên Tờ khai thuế GTGT của tháng 11, 12/2012.
*Điểm này được sửa đổi bởi Khoản 9 Điều 1 Thông tư 65/2013/TT-BTC
Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại Thông tư số 06/2012/TT-BTC:
...
9. Sửa đổi điểm c Khoản 2 Điều 15 Mục I Chương III như sau:
“c) Đối với hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hoá, dịch vụ mua từ hai mươi triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hoá, dịch vụ bằng văn bản, hoá đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào, đồng thời ghi rõ thời hạn thanh toán vào phần ghi chú trên bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.
Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào đã khấu trừ của giá trị hàng hoá không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Trường hợp khi điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tương ứng với giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, cơ sở kinh doanh đồng thời hạch toán tăng chi phí tính thuế thu nhập doanh nghiệp khoản chi phí tương ứng số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ đã điều chỉnh giảm thì sau khi có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, cơ sở kinh doanh được khai bổ sung thuế GTGT và thực hiện điều chỉnh giảm chi phí tính thuế TNDN tương ứng. Trường hợp cơ sở kinh doanh không hạch toán tăng chi phí tính thuế TNDN khoản chi phí tương ứng số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ đã điều chỉnh giảm thì không phải điều chỉnh lại chi phí tính thuế TNDN.
Trường hợp đã quá hạn thanh toán chậm trả theo quy định trong hợp đồng, cơ sở kinh doanh không thực hiện điều chỉnh giảm theo quy định nhưng trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra tại trụ sở, cơ sở kinh doanh có đầy đủ chứng từ chứng minh đã thanh toán qua ngân hàng thì nếu việc không điều chỉnh giảm không dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn thì cơ sở kinh doanh bị xử phạt vi phạm về thủ tục thuế, nếu việc không điều chỉnh giảm dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn thì cơ sở kinh doanh bị truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định của Luật Quản lý thuế.
Trường hợp cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra tại trụ sở và có quyết định xử lý không chấp nhận cho khấu trừ thuế đối với các hóa đơn GTGT không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, sau khi có quyết định xử lý của cơ quan thuế cơ sở kinh doanh mới có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì:
- Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung thuế GTGT.
- Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã không điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung nếu có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong thời hạn 6 tháng kể từ tháng có Quyết định xử lý của cơ quan thuế.
Ví dụ 49: Tháng 11/2012, cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra về thuế GTGT tại Công ty TNHH Z, thời kỳ kiểm tra là năm 2011 và 5 tháng của năm 2012. Tại thời điểm kiểm tra, Công ty TNHH Z không xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với một số hợp đồng thanh toán trả chậm đã đến thời hạn trả trong năm 2011 và trong 5 tháng năm 2012, theo đó cơ quan thuế không chấp thuận Công ty TNHH Z được kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Tuy nhiên trong tháng 11/2012 và tháng 12/2012 Công ty TNHH Z mới có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với các hóa đơn đã bị cơ quan thuế kiểm tra không chấp thuận cho khấu trừ thuế thì Công ty TNHH Z vẫn được kê khai bổ sung khấu trừ thuế GTGT của hóa đơn nêu trên có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trên Tờ khai thuế GTGT của tháng 11, 12/2012.
Ví dụ 49a:
Tại Công ty TNHH Super có tình hình như sau:
Tháng 2, 3 năm 2012 Công ty TNHH Super có hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là ngày 31/10/2012. Căn cứ hóa đơn GTGT do người bán cung cấp, Công ty TNHH Super đã kê khai khấu trừ thuế GTGT trên Tờ khai thuế GTGT tháng 2, tháng 3 năm 2012. Đến thời hạn trả (ngày 31/10/2012) do có khó khăn về tài chính nên Công ty TNHH Z không có khả năng trả. Công ty TNHH Super đã tự kê khai điều chỉnh giảm trên Tờ khai thuế GTGT tháng 10 năm 2012, đồng thời kế toán đã khai tăng chi phí tính thuế TNDN khoản chi phí tương ứng số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ điều chỉnh giảm.
Tháng 4 năm 2013 cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra về thuế GTGT tại Công ty TNHH Super. Đối với hóa đơn GTGT mua hàng trong tháng 2, tháng 3 năm 2012 theo hợp đồng trả chậm với thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2012, do Công ty đã tự điều chỉnh giảm số thuế đã kê khai khấu trừ trên Tờ khai thuế GTGT tháng 10 năm 2012 nên Đoàn kiểm tra ghi nhận số liệu đã điều chỉnh giảm.
Tháng 5 năm 2013 cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý về thuế GTGT đối với Công ty TNHH Super (trong Quyết định không có nội dung xử lý về thuế GTGT của các hóa đơn GTGT mua hàng trong tháng 2, tháng 3 năm 2012 theo hợp đồng trả chậm với thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2012 do Đoàn kiểm tra đã ghi nhận số liệu kế toán đã điều chỉnh giảm).
Tháng 12 năm 2013 Công ty TNHH Super có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 2, 3 năm 2012 (thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2012) thì Công ty TNHH Super được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT. Đồng thời Công ty TNHH Super thực hiện điều chỉnh giảm chi phí tính thuế TNDN tương ứng.
Ví dụ 49b:
Tại Công ty TNHH YKK có tình hình như sau:
- Tháng 3, 4 năm 2012 Công ty TNHH YKK có hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là trong tháng 9 năm 2012. Căn cứ hóa đơn GTGT do người bán cung cấp, kế toán Công ty TNHH Z đã kê khai khấu trừ thuế GTGT trên Tờ khai thuế tháng 3, tháng 4 năm 2012. Đến thời hạn trả trong tháng 9 năm 2012 Công ty TNHH YKK không có khả năng thanh toán, tuy nhiên Công ty đã không kê khai điều chỉnh giảm.
Tháng 4 năm 2013, cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra về thuế GTGT tại Công ty TNHH YKK, thời kỳ kiểm tra là năm 2012. Tại thời điểm kiểm tra, Công ty TNHH YKK không xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là trong tháng 9 năm 2012. Đoàn kiểm tra xử lý không chấp thuận cho Công ty TNHH YKK được kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
Tháng 5 năm 2013 cơ quan thuế đã ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế GTGT tại Công ty TNHH YKK.
Trong tháng 10 năm 2013 Công ty TNHH YKK có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 3 năm 2012 (thời hạn trả là trong tháng 9 năm 2012) thì Công ty TNHH YKK được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT do thời điểm có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong thời hạn 6 tháng kể từ khi cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế.
Tháng 12 năm 2013 Công ty TNHH YKK có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 4 năm 2012 (thời hạn thanh toán trong tháng 9 năm 2012) thì Công ty TNHH YKK không được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT do thời điểm có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đã quá thời hạn 6 tháng kể từ khi cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế.
Ví dụ 49c:
Tháng 9 năm 2012 Cục thuế tỉnh B ban hành Quyết định xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty cổ phần PNG qua kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế, tại Quyết định xử lý có nội dung thu hồi tiền hoàn thuế GTGT là 460.000.000 đồng là khoản tiền thuế GTGT khấu trừ mua hàng trên 20 triệu đồng đến thời điểm kiểm tra chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, quá hạn theo hợp đồng của bộ hồ sơ đã được hoàn thuế của kỳ hoàn từ tháng 01/2012 đến tháng 03/2012. Công ty cổ phần PNG đã chấp hành nộp đầy đủ vào NSNN số tiền thuế truy thu.
Trong tháng 10 năm 2012 Công ty cổ phần PNG có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hóa đơn mua hàng hóa theo hợp đồng quá hạn tương ứng số thuế GTGT 460.000.000 đồng đã bị cơ quan thuế thu hồi thì Công ty cổ phần PNG được kê khai bổ sung vào Tờ khai thuế GTGT của tháng 10 năm 2012”.*
d) Các trường hợp được coi là thanh toán qua ngân hàng để khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm:
d.1) Trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hoá, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có biên bản đối chiếu số liệu và xác nhận giữa hai bên về việc thanh toán bù trừ giữa hàng hoá, dịch vụ mua vào với hàng hoá, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng. Trường hợp bù trừ công nợ qua bên thứ ba phải có biên bản bù trừ công nợ của ba (3) bên làm căn cứ khấu trừ thuế.
d.2) Trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào theo phương thức bù trừ công nợ như vay, mượn tiền. cấn trừ công nợ qua người thứ ba mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có hợp đồng vay, mượn tiền dưới hình thức văn bản được lập trước đó và có chứng từ chuyển tiền từ tài khoản của bên cho vay sang tài khoản của bên đi vay đối với khoản vay bằng tiền bao gồm cả trường hợp bù trừ giữa giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào với khoản tiền mà người bán hỗ trợ cho người mua, hoặc nhờ người mua chi hộ.
d.3) Trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào được thanh toán uỷ quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng (bao gồm cả trường hợp bên bán yêu cầu bên mua thanh toán tiền qua ngân hàng cho bên thứ ba do bên bán chỉ định) thì việc thanh toán theo uỷ quyền hoặc thanh toán cho bên thứ ba theo chỉ định của bên bán phải được quy định cụ thể trong hợp đồng dưới hình thức văn bản và bên thứ ba là một pháp nhân hoặc thể nhân đang hoạt động theo quy định của pháp luật.
Trường hợp sau khi thực hiện các hình thức thanh toán nêu trên mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Khi kê khai hoá đơn thuế giá trị gia tăng đầu vào, cơ sở kinh doanh ghi rõ phương thức thanh toán được quy định cụ thể trong hợp đồng vào phần ghi chú trên bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào.
đ) Trường hợp mua hàng hoá, dịch vụ của một nhà cung cấp có giá trị dưới hai mươi triệu đồng nhưng mua nhiều lần trong cùng một ngày có tổng giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Nhà cung cấp là người nộp thuế có mã số thuế, trực tiếp khai và nộp thuế GTGT.
...
Điều 18. Đối tượng và trường hợp được hoàn thuế GTGT
...
3. Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.
Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Trường hợp số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh và dự án đầu tư dưới 200 triệu đồng và 3 tháng chưa được khấu trừ hết thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này.
Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư cơ sở sản xuất mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này. Trường hợp có ban quản lý dự án thì ban quản lý dự án thực hiện đăng ký, kê khai lập hồ sơ hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế (trừ ban quản lý dự án cùng địa bàn tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính do doanh nghiệp trụ sở chính lập hồ sơ hoàn thuế GTGT). Khi dự án đầu tư thành lập doanh nghiệp mới đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
*Khoản này được sửa đổi bởi Khoản 10 Điều 1 Thông tư 65/2013/TT-BTC
Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại Thông tư số 06/2012/TT-BTC:
...
10. Sửa đổi Khoản 3 ... Điều 18 Mục 2 Chương III như sau:
“3. Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.
Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Trường hợp số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh và dự án đầu tư dưới 200 triệu đồng và 3 tháng chưa được khấu trừ hết thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này.
Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này. Trường hợp có ban quản lý dự án thì ban quản lý dự án thực hiện đăng ký, kê khai lập hồ sơ hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế (trừ ban quản lý dự án cùng địa bàn tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính do doanh nghiệp trụ sở chính lập hồ sơ hoàn thuế GTGT). Khi dự án đầu tư thành lập doanh nghiệp mới đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp."*