Thông tư 06/2012/TT-BTC hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng, Nghị định 123/2008/NĐ-CP và 121/2011/NĐ-CP do Bộ Tài chính ban hành

Điều 14. Nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế giá trị gia tăng đầu vào không được bồi thường của hàng hoá chịu thuế giá trị gia tăng bị tổn thất.
Trường hợp hàng hoá có hao hụt tự nhiên do tính chất lý hoá trong quá trình vận chuyển, bơm rót như xăng, dầu… thì được kê khai, khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của số lượng hàng hoá thực tế hao hụt tự nhiên không vượt quá định mức hao hụt theo quy định. Số thuế GTGT đầu vào của số lượng hàng hoá hao hụt vượt định mức không được khấu trừ, hoàn thuế.
2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ. trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh số chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh số của hàng hoá, dịch vụ bán ra. Cơ sở kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT hàng tháng tạm phân bổ số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào được khấu trừ trong tháng, cuối năm cơ sở kinh doanh thực hiện tính phân bổ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của năm để kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu vào đã tạm phân bổ khấu trừ theo tháng.
3. Thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT và không chịu thuế GTGT thì được khấu trừ toàn bộ.
Thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định trong các trường hợp sau đây không được khấu trừ mà tính vào nguyên giá của tài sản cố định: tài sản cố định chuyên dùng phục vụ sản xuất vũ khí, khí tài phục vụ quốc phòng, an ninh. tài sản cố định, máy móc, thiết bị của các tổ chức tín dụng, doanh nghiệp kinh doanh tái bảo hiểm, bảo hiểm nhân thọ, kinh doanh chứng khoán, các bệnh viện, trường học. tàu bay dân dụng, du thuyền không sử dụng cho mục đích kinh doanh vận chuyển hàng hoá, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn.
Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp như nhà ăn ca, nhà nghỉ giữa ca, nhà ở miễn phí, phòng thay quần áo, nhà để xe, nhà vệ sinh, bể nước phục vụ cho người lao động làm việc trong khu vực sản xuất, kinh doanh và nhà ở, trạm y tế cho người lao động làm việc trong các khu công nghiệp được khấu trừ toàn bộ.
Tài sản cố định là ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống (trừ ô tô sử dụng vào kinh doanh vận chuyển hàng hoá, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn) có trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng (giá chưa có thuế GTGT) thì số thuế GTGT đầu vào tương ứng với phần trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng không được khấu trừ.
4. Cơ sở sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng đánh bắt thuỷ, hải sản có tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán kết quả sản xuất kinh doanh tập trung có sử dụng sản phẩm ở các khâu sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp. nuôi trồng, đánh bắt thuỷ, hải sản làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (bao gồm sản phẩm nông, lâm, thuỷ sản chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào phục vụ cho sản xuất kinh doanh ở tất cả các khâu đầu tư xây dựng cơ bản, sản xuất, chế biến. Trường hợp cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư để tiếp tục sản xuất, chế biến hoặc có văn bản cam kết tiếp tục sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT thì được kê khai, khấu trừ thuế GTGT ngay từ giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản. Đối với thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB, doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ, hoàn thuế nhưng sau đó xác định không đủ điều kiện, khấu trừ, hoàn thuế thì doanh nghiệp phải kê khai, điều chỉnh nộp lại tiền thuế GTGT đã khấu trừ, hoàn thuế. Trường hợp doanh nghiệp không thực hiện điều chỉnh, qua thanh tra, kiểm tra cơ quan thuế phát hiện ra thì cơ quan thuế sẽ thực hiện truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định. Doanh nghiệp phải hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã báo cáo, cam kết giải trình với cơ quan thuế liên quan đến việc khấu trừ, hoàn thuế.
Trường hợp cơ sở có bán hàng hóa là sản phẩm nông, lâm, thuỷ hải sản chưa qua chế biến hoặc mới qua sơ chế thông thường thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào được tính khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra
Ví dụ 42 : Doanh nghiệp A có dự án đầu tư vườn cây cao su, có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ ở khâu đầu tư XDCB, doanh nghiệp chưa có sản phẩm làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (bao gồm cả sản phẩm chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) nhưng có dự án xây dựng nhà máy chế biến mủ cao su (thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) và cam kết sản phẩm trồng trọt tiếp tục chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT thì Công ty được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào.
Trường hợp doanh nghiệp bán mủ cao su thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì doanh nghiệp không được khấu trừ thuế.
Trường hợp doanh nghiệp sử dụng một phần mủ cao su khai thác vào sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT, một phần bán ra thì thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:
- Thuế GTGT đầu vào của TSCĐ (vườn cây cao su, nhà máy chế biến…): doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ (bao gồm cả thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB).
- Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ: thực hiện khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hoá, dịch vụ bán ra.
*Khoản này được sửa đổi bởi Khoản 8 Điều 1 Thông tư 65/2013/TT-BTC
Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại Thông tư số 06/2012/TT-BTC:
...
8. Sửa đổi Khoản 4 Điều 14 Mục 1 Chương III như sau:
“4. Cơ sở sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng đánh bắt thuỷ, hải sản có tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán kết quả sản xuất kinh doanh tập trung có sử dụng sản phẩm ở các khâu sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp. nuôi trồng, đánh bắt thuỷ, hải sản làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (bao gồm sản phẩm nông, lâm, thuỷ sản chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào phục vụ cho sản xuất kinh doanh ở tất cả các khâu đầu tư xây dựng cơ bản, sản xuất, chế biến. Trường hợp cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư để tiếp tục sản xuất, chế biến và có văn bản cam kết tiếp tục sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT thì được kê khai, khấu trừ thuế GTGT ngay từ giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản. Đối với thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB, doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ, hoàn thuế nhưng sau đó xác định không đủ điều kiện, khấu trừ, hoàn thuế thì doanh nghiệp phải kê khai, điều chỉnh nộp lại tiền thuế GTGT đã khấu trừ, hoàn thuế. Trường hợp doanh nghiệp không thực hiện điều chỉnh, qua thanh tra, kiểm tra cơ quan thuế phát hiện ra thì cơ quan thuế sẽ thực hiện truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định. Doanh nghiệp phải hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã báo cáo, cam kết giải trình với cơ quan thuế liên quan đến việc khấu trừ, hoàn thuế.
Trường hợp cơ sở có bán hàng hóa là sản phẩm nông, lâm, thuỷ hải sản chưa qua chế biến hoặc mới qua sơ chế thông thường thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào được tính khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.
Ví dụ 42 : Doanh nghiệp A có dự án đầu tư vườn cây cao su, có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ ở khâu đầu tư XDCB, doanh nghiệp chưa có sản phẩm làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (bao gồm cả sản phẩm chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) nhưng có dự án xây dựng nhà máy chế biến mủ cao su (thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) và cam kết sản phẩm trồng trọt tiếp tục chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT thì Công ty được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào.
Trường hợp doanh nghiệp bán mủ cao su thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì doanh nghiệp không được khấu trừ thuế.
Trường hợp doanh nghiệp sử dụng một phần mủ cao su khai thác vào sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT, một phần bán ra thì thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:
- Thuế GTGT đầu vào của TSCĐ (vườn cây cao su, nhà máy chế biến…): doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ (bao gồm cả thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB).
- Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ: thực hiện khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hoá, dịch vụ bán ra.”*
5. Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá (kể cả hàng hoá mua ngoài hoặc hàng hoá do doanh nghiệp tự sản xuất) mà doanh nghiệp sử dụng để cho, biếu, tặng, khuyến mại, quảng cáo dưới các hình thức, phục vụ cho sản xuất kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT thì được khấu trừ.
6. Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng nêu tại Điều 4 Thông tư này được tính vào nguyên giá tài sản cố định, giá trị nguyên vật liệu hoặc chi phí kinh doanh. Trừ các trường hợp sau:
a) Thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh mua vào để sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức quốc tế để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại quy định tại khoản 19 Điều 4 Thông tư này được khấu trừ toàn bộ.
b) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá, dịch vụ sử dụng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đến ngày khai thác đầu tiên hoặc ngày sản xuất đầu tiên được khấu trừ toàn bộ.
7. Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.
a) Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ còn sót hoá đơn chưa kê khai, khấu trừ thì được kê khai, khấu trừ bổ sung. thời gian để kê khai, khấu trừ bổ sung tối đa là 6 (sáu) tháng, kể từ tháng phát sinh hoá đơn bỏ sót, trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm b khoản này.
Ví dụ 43: Cơ sở kinh doanh A có 01 hoá đơn GTGT mua vào lập ngày 10/3/2012. Trong kỳ kê khai thuế tháng 3/2012, kế toán của cơ sở kinh doanh bỏ sót không kê khai hoá đơn này thì cơ sở kinh doanh A được kê khai và khấu trừ bổ sung tối đa là kỳ kê khai tháng 8/2012.
b) Trường hợp cơ sở kinh doanh kê khai sót về số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu (kể cả số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu có chứng từ nộp thuế trước ngày 01/3/2012), số thuế GTGT đầu vào đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động thì được kê khai, khấu trừ bổ sung theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
Ví dụ 44 : Cơ sở kinh doanh B đã nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu theo chứng từ nộp thuế ngày 01/3/2012, do nhầm lẫn, kế toán của doanh nghiệp đã bỏ sót không kê khai chứng từ này tại Tờ khai thuế GTGT của các tháng tiếp theo thì cơ sở kinh doanh B được kê khai khấu trừ bổ sung thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu (theo chứng từ nộp thuế) theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
Ví dụ 45 : Cơ sở kinh doanh Y đã nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu theo chứng từ nộp thuế trước ngày 01/3/2012, do nhầm lẫn, kế toán của cơ sở kinh doanh đã bỏ sót không kê khai chứng từ này, ngày 1/3/2012 kế toán của cơ sở kinh doanh mới phát hiện ra việc khai sót chứng từ nêu trên thì cơ sở kinh doanh B được kê khai khấu trừ bổ sung thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu (theo chứng từ nộp thuế) theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
c) Trường hợp cơ sở kinh doanh đã lập hoá đơn GTGT bán hàng hoá, dịch vụ nhưng phát hiện sai sót về thuế GTGT, phải lập hoá đơn điều chỉnh, bổ sung thì thời hạn kê khai khấu trừ, bổ sung thuế GTGT của cơ sở kinh doanh mua hàng hoá, dịch vụ được tính từ thời điểm lập hoá đơn điều chỉnh, bổ sung.
8. Số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, cơ sở kinh doanh được hạch toán vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc vào tính vào nguyên giá tài sản cố định theo quy định của pháp luật.
9. Văn phòng Tổng công ty, tập đoàn không trực tiếp hoạt động kinh doanh và các đơn vị hành chính sự nghiệp trực thuộc như: Bệnh viện, Trạm xá, Nhà nghỉ điều dưỡng, Viện, Trường đào tạo... không phải là người nộp thuế GTGT thì không được khấu trừ hay hoàn thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ mua vào phục vụ cho hoạt động của các đơn vị này.
Trường hợp các đơn vị này có hoạt động kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT thì phải đăng ký, kê khai nộp thuế GTGT riêng cho các hoạt động này.
Ví dụ 46: Văn phòng Tổng công ty A không trực tiếp sản xuất, kinh doanh, sử dụng kinh phí do các cơ sở trực thuộc đóng góp để hoạt động nhưng Văn phòng Tổng công ty có cho thuê nhà (văn phòng) phần không sử dụng hết thì Văn phòng Tổng công ty phải hạch toán, kê khai nộp thuế riêng cho hoạt động cho thuê văn phòng. Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ phục vụ cho hoạt động của Văn phòng Tổng công ty không được khấu trừ hay hoàn thuế.
10. Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá, dịch vụ sử dụng cho các hoạt động cung cấp hàng hoá, dịch vụ không kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng quy định tại Điều 5 Thông tư này được khấu trừ toàn bộ.
Ví dụ 47: Công ty cổ phần xây dựng X nhận xây dựng công trình tại Lào. Ngoài số nguyên liệu, vật tư xuất khẩu sang Lào để thực hiện công trình xây dựng, Công ty CP xây dựng X có phát sinh một số chi phí khác tại Việt Nam phục vụ hoạt động thi công công trình tại Lào như chi phí quản lý, các chi phí này có hóa đơn GTGT (đối với những hóa đơn GTGT có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thực hiện thanh toán qua ngân hàng) thì Công ty cổ phần xây dựng X được kê khai, khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của các chi phí nêu trên.
11. Cơ sở kinh doanh được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mua vào dưới hình thức uỷ quyền cho tổ chức, cá nhân khác mà hoá đơn mang tên tổ chức, cá nhân được uỷ quyền bao gồm các trường hợp sau đây:
a) Doanh nghiệp bảo hiểm ủy quyền cho người tham gia bảo hiểm sửa chữa tài sản. chi phí sửa chữa tài sản cùng các vật tư, phụ tùng thay thế có hóa đơn GTGT ghi tên người tham gia bảo hiểm, doanh nghiệp bảo hiểm thực hiện thanh toán cho người tham gia bảo hiểm phí bảo hiểm tương ứng theo hợp đồng bảo hiểm thì doanh nghiệp bảo hiểm được kê khai khấu trừ thuế GTGT tương ứng với phần bồi thường bảo hiểm thanh toán theo hóa đơn GTGT đứng tên người tham gia bảo hiểm. trường hợp phần bồi thường bảo hiểm do doanh nghiệp bảo hiểm thanh toán cho người tham gia bảo hiểm có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì phải thực hiện thanh toán qua ngân hàng.
b) Trước khi thành lập doanh nghiệp, các sáng lập viên có văn bản ủy quyền cho tổ chức, cá nhân thực hiện chi hộ một số khoản chi phí liên quan đến việc thành lập doanh nghiệp, mua sắm hàng hóa, vật tư thì doanh nghiệp được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hóa đơn GTGT đứng tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền và phải thực hiện thanh toán cho tổ chức, cá nhân được ủy quyền qua ngân hàng đối với những hóa đơn có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên.
12. Trường hợp cá nhân, tổ chức không kinh doanh có góp vốn bằng tài sản vào công ty trách nhiệm hữu hạn, công ty cổ phần thì chứng từ đối với tài sản góp vốn là biên bản chứng nhận góp vốn, biên bản giao nhận tài sản. Trường hợp tài sản góp vốn là tài sản mới mua, chưa sử dụng, có hoá đơn hợp pháp được hội đồng giao nhận vốn góp chấp nhận thì trị giá vốn góp được xác định theo trị giá ghi trên hoá đơn bao gồm cả thuế GTGT. Bên nhận vốn góp được kê khai khấu trừ thuế GTGT ghi trên hoá đơn mua tài sản của bên góp vốn.
13. Đối với hộ kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp trên GTGT được chuyển sang nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế, được khấu trừ thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào phát sinh kể từ tháng được áp dụng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế. đối với hàng hoá, dịch vụ mua vào trước tháng được áp dụng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế thì không được tính khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
14. Cơ sở kinh doanh không được tính khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với trường hợp:
- Hoá đơn GTGT sử dụng không đúng quy định của pháp luật như: hóa đơn GTGT không ghi thuế GTGT (trừ trường hợp đặc thù được dùng hoá đơn GTGT ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT).
- Hoá đơn không ghi hoặc ghi không đúng một trong các chỉ tiêu như tên, địa chỉ, mã số thuế của người bán nên không xác định được người bán.
- Hoá đơn không ghi hoặc ghi không đúng một trong các chỉ tiêu như tên, địa chỉ, mã số thuế của người mua nên không xác định được người mua (trừ trường hợp hướng dẫn tại khoản 11 Điều này).
- Hóa đơn, chứng từ nộp thuế GTGT giả, hóa đơn bị tẩy xóa, hóa đơn khống (không có hàng hóa, dịch vụ kèm theo).
- Hóa đơn ghi giá trị không đúng giá trị thực tế của hàng hóa, dịch vụ mua, bán hoặc trao đổi.
Điều 15. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Có hoá đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hoá, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.
2. Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hoá nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT.
a) Chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán mở tại các tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán theo các hình thức thanh toán phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành như séc, uỷ nhiệm chi hoặc lệnh chi, uỷ nhiệm thu, thẻ ngân hàng, sim điện thoại (ví điện tử) và các hình thức thanh toán khác theo quy định (bao gồm cả trường hợp bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua sang tài khoản bên bán mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân hoặc bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân sang tài khoản bên bán nếu tài khoản này đã được đăng ký giao dịch với cơ quan thuế).
Các chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán hoặc chứng từ thanh toán theo các hình thức không phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành không đủ điều kiện để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá, dịch vụ mua vào từ hai mươi triệu đồng trở lên.
b) Hàng hoá, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn từ hai mươi triệu đồng trở lên theo giá đã có thuế GTGT nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ. Đối với những hoá đơn này, cơ sở kinh doanh kê khai vào mục hàng hoá, dịch vụ không đủ điều kiện khấu trừ trong bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào.
c) Đối với hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hoá, dịch vụ mua từ hai mươi triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hoá, dịch vụ bằng văn bản, hoá đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào, đồng thời ghi rõ thời hạn thanh toán vào phần ghi chú trên bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.
Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào đã khấu trừ của giá trị hàng hoá không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Sau khi cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tương ứng với giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, cơ sở kinh doanh mới có được chứng từ chứng minh việc thanh toán qua ngân hàng thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung.
Trường hợp đã quá hạn thanh toán chậm trả theo quy định trong hợp đồng, cơ sở kinh doanh không thực hiện điều chỉnh giảm theo quy định nhưng trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra tại trụ sở, cơ sở kinh doanh có đầy đủ chứng từ chứng minh đã thanh toán qua ngân hàng thì nếu việc không điều chỉnh giảm không dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn thì cơ sở kinh doanh bị xử phạt vi phạm về thủ tục thuế, nếu việc không điều chỉnh giảm dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn thì cơ sở kinh doanh bị truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định của Luật Quản lý thuế.
Ví dụ 48: Tháng 3/2012, Công ty A mua một lô hàng của Công ty B để phục vụ sản xuất kinh doanh, tổng giá trị hợp đồng là 330 triệu đồng (giá chưa thuế là 300 triệu, thuế GTGT theo thuế suất 10% là 30 triệu), theo thoả thuận trong hợp đồng đến tháng 7/2012 Công ty A mới thanh toán tiền hàng cho Công ty B.
Trong trường hợp này Công ty A được kê khai thuế GTGT đầu vào vào kỳ kê khai của tháng 3/2012 là 30 triệu đồng. Đến thời hạn thanh toán là tháng 7/2012 Công ty A phải cung cấp chứng từ thanh toán qua ngân hàng có giá trị là 330 triệu đồng, nếu Công ty A không cung cấp được chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì Công ty A phải kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT (30 triệu đồng) đã khấu trừ.
Trường hợp đến thời điểm thanh toán là tháng 7/2012, Công ty A cung cấp được chứng từ thanh toán qua ngân hàng nhưng số tiền ghi trên chứng từ thanh toán này có giá trị 275 triệu đồng (tương ứng giá chưa có thuế là 250 triệu, thuế GTGT theo thuế suất 10% là 25 triệu) thì Công ty A chỉ được chấp nhận khấu trừ thuế GTGT 25 triệu đồng (tương ứng với số tiền được thanh toán qua ngân hàng là 275 triệu đồng) và Công ty A phải điều chỉnh giảm số thuế GTGT (5 triệu đồng = 30 triệu – 25 triệu) đã kê khai khấu trừ vào kỳ kê khai tháng 3/2012.
Đến tháng 11/ 2012 Công ty A cung cấp được chứng từ thanh toán qua ngân hàng cho giá trị thanh toán 55 triệu đồng (tương ứng giá chưa có thuế là 50 triệu, thuế GTGT là 5 triệu) thì Công ty A được khai bổ sung để được khấu trừ đối với số thuế GTGT là 5 triệu tương ứng với giá trị thanh toán qua ngân hàng là 50 triệu.
Ví dụ 49: Tháng 11/2012, cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra về thuế GTGT tại Công ty TNHH Z, thời kỳ kiểm tra là năm 2011 và 5 tháng của năm 2012. Tại thời điểm kiểm tra, Công ty TNHH Z không xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với một số hợp đồng thanh toán trả chậm đã đến thời hạn trả trong năm 2011 và trong 5 tháng năm 2012, theo đó cơ quan thuế không chấp thuận Công ty TNHH Z được kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Tuy nhiên trong tháng 11/2012 và tháng 12/2012 Công ty TNHH Z mới có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với các hóa đơn đã bị cơ quan thuế kiểm tra không chấp thuận cho khấu trừ thuế thì Công ty TNHH Z vẫn được kê khai bổ sung khấu trừ thuế GTGT của hóa đơn nêu trên có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trên Tờ khai thuế GTGT của tháng 11, 12/2012.
*Điểm này được sửa đổi bởi Khoản 9 Điều 1 Thông tư 65/2013/TT-BTC
Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại Thông tư số 06/2012/TT-BTC:
...
9. Sửa đổi điểm c Khoản 2 Điều 15 Mục I Chương III như sau:
“c) Đối với hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hoá, dịch vụ mua từ hai mươi triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hoá, dịch vụ bằng văn bản, hoá đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào, đồng thời ghi rõ thời hạn thanh toán vào phần ghi chú trên bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.
Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào đã khấu trừ của giá trị hàng hoá không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Trường hợp khi điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tương ứng với giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, cơ sở kinh doanh đồng thời hạch toán tăng chi phí tính thuế thu nhập doanh nghiệp khoản chi phí tương ứng số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ đã điều chỉnh giảm thì sau khi có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, cơ sở kinh doanh được khai bổ sung thuế GTGT và thực hiện điều chỉnh giảm chi phí tính thuế TNDN tương ứng. Trường hợp cơ sở kinh doanh không hạch toán tăng chi phí tính thuế TNDN khoản chi phí tương ứng số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ đã điều chỉnh giảm thì không phải điều chỉnh lại chi phí tính thuế TNDN.
Trường hợp đã quá hạn thanh toán chậm trả theo quy định trong hợp đồng, cơ sở kinh doanh không thực hiện điều chỉnh giảm theo quy định nhưng trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra tại trụ sở, cơ sở kinh doanh có đầy đủ chứng từ chứng minh đã thanh toán qua ngân hàng thì nếu việc không điều chỉnh giảm không dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn thì cơ sở kinh doanh bị xử phạt vi phạm về thủ tục thuế, nếu việc không điều chỉnh giảm dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn thì cơ sở kinh doanh bị truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định của Luật Quản lý thuế.
Trường hợp cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra tại trụ sở và có quyết định xử lý không chấp nhận cho khấu trừ thuế đối với các hóa đơn GTGT không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, sau khi có quyết định xử lý của cơ quan thuế cơ sở kinh doanh mới có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì:
- Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung thuế GTGT.
- Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã không điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung nếu có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong thời hạn 6 tháng kể từ tháng có Quyết định xử lý của cơ quan thuế.
Ví dụ 49: Tháng 11/2012, cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra về thuế GTGT tại Công ty TNHH Z, thời kỳ kiểm tra là năm 2011 và 5 tháng của năm 2012. Tại thời điểm kiểm tra, Công ty TNHH Z không xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với một số hợp đồng thanh toán trả chậm đã đến thời hạn trả trong năm 2011 và trong 5 tháng năm 2012, theo đó cơ quan thuế không chấp thuận Công ty TNHH Z được kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Tuy nhiên trong tháng 11/2012 và tháng 12/2012 Công ty TNHH Z mới có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với các hóa đơn đã bị cơ quan thuế kiểm tra không chấp thuận cho khấu trừ thuế thì Công ty TNHH Z vẫn được kê khai bổ sung khấu trừ thuế GTGT của hóa đơn nêu trên có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trên Tờ khai thuế GTGT của tháng 11, 12/2012.
Ví dụ 49a:
Tại Công ty TNHH Super có tình hình như sau:
Tháng 2, 3 năm 2012 Công ty TNHH Super có hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là ngày 31/10/2012. Căn cứ hóa đơn GTGT do người bán cung cấp, Công ty TNHH Super đã kê khai khấu trừ thuế GTGT trên Tờ khai thuế GTGT tháng 2, tháng 3 năm 2012. Đến thời hạn trả (ngày 31/10/2012) do có khó khăn về tài chính nên Công ty TNHH Z không có khả năng trả. Công ty TNHH Super đã tự kê khai điều chỉnh giảm trên Tờ khai thuế GTGT tháng 10 năm 2012, đồng thời kế toán đã khai tăng chi phí tính thuế TNDN khoản chi phí tương ứng số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ điều chỉnh giảm.
Tháng 4 năm 2013 cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra về thuế GTGT tại Công ty TNHH Super. Đối với hóa đơn GTGT mua hàng trong tháng 2, tháng 3 năm 2012 theo hợp đồng trả chậm với thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2012, do Công ty đã tự điều chỉnh giảm số thuế đã kê khai khấu trừ trên Tờ khai thuế GTGT tháng 10 năm 2012 nên Đoàn kiểm tra ghi nhận số liệu đã điều chỉnh giảm.
Tháng 5 năm 2013 cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý về thuế GTGT đối với Công ty TNHH Super (trong Quyết định không có nội dung xử lý về thuế GTGT của các hóa đơn GTGT mua hàng trong tháng 2, tháng 3 năm 2012 theo hợp đồng trả chậm với thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2012 do Đoàn kiểm tra đã ghi nhận số liệu kế toán đã điều chỉnh giảm).
Tháng 12 năm 2013 Công ty TNHH Super có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 2, 3 năm 2012 (thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2012) thì Công ty TNHH Super được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT. Đồng thời Công ty TNHH Super thực hiện điều chỉnh giảm chi phí tính thuế TNDN tương ứng.
Ví dụ 49b:
Tại Công ty TNHH YKK có tình hình như sau:
- Tháng 3, 4 năm 2012 Công ty TNHH YKK có hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là trong tháng 9 năm 2012. Căn cứ hóa đơn GTGT do người bán cung cấp, kế toán Công ty TNHH Z đã kê khai khấu trừ thuế GTGT trên Tờ khai thuế tháng 3, tháng 4 năm 2012. Đến thời hạn trả trong tháng 9 năm 2012 Công ty TNHH YKK không có khả năng thanh toán, tuy nhiên Công ty đã không kê khai điều chỉnh giảm.
Tháng 4 năm 2013, cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra về thuế GTGT tại Công ty TNHH YKK, thời kỳ kiểm tra là năm 2012. Tại thời điểm kiểm tra, Công ty TNHH YKK không xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là trong tháng 9 năm 2012. Đoàn kiểm tra xử lý không chấp thuận cho Công ty TNHH YKK được kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
Tháng 5 năm 2013 cơ quan thuế đã ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế GTGT tại Công ty TNHH YKK.
Trong tháng 10 năm 2013 Công ty TNHH YKK có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 3 năm 2012 (thời hạn trả là trong tháng 9 năm 2012) thì Công ty TNHH YKK được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT do thời điểm có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong thời hạn 6 tháng kể từ khi cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế.
Tháng 12 năm 2013 Công ty TNHH YKK có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 4 năm 2012 (thời hạn thanh toán trong tháng 9 năm 2012) thì Công ty TNHH YKK không được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT do thời điểm có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đã quá thời hạn 6 tháng kể từ khi cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế.
Ví dụ 49c:
Tháng 9 năm 2012 Cục thuế tỉnh B ban hành Quyết định xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty cổ phần PNG qua kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế, tại Quyết định xử lý có nội dung thu hồi tiền hoàn thuế GTGT là 460.000.000 đồng là khoản tiền thuế GTGT khấu trừ mua hàng trên 20 triệu đồng đến thời điểm kiểm tra chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, quá hạn theo hợp đồng của bộ hồ sơ đã được hoàn thuế của kỳ hoàn từ tháng 01/2012 đến tháng 03/2012. Công ty cổ phần PNG đã chấp hành nộp đầy đủ vào NSNN số tiền thuế truy thu.
Trong tháng 10 năm 2012 Công ty cổ phần PNG có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hóa đơn mua hàng hóa theo hợp đồng quá hạn tương ứng số thuế GTGT 460.000.000 đồng đã bị cơ quan thuế thu hồi thì Công ty cổ phần PNG được kê khai bổ sung vào Tờ khai thuế GTGT của tháng 10 năm 2012”.*
d) Các trường hợp được coi là thanh toán qua ngân hàng để khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm:
d.1) Trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hoá, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có biên bản đối chiếu số liệu và xác nhận giữa hai bên về việc thanh toán bù trừ giữa hàng hoá, dịch vụ mua vào với hàng hoá, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng. Trường hợp bù trừ công nợ qua bên thứ ba phải có biên bản bù trừ công nợ của ba (3) bên làm căn cứ khấu trừ thuế.
d.2) Trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào theo phương thức bù trừ công nợ như vay, mượn tiền. cấn trừ công nợ qua người thứ ba mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có hợp đồng vay, mượn tiền dưới hình thức văn bản được lập trước đó và có chứng từ chuyển tiền từ tài khoản của bên cho vay sang tài khoản của bên đi vay đối với khoản vay bằng tiền bao gồm cả trường hợp bù trừ giữa giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào với khoản tiền mà người bán hỗ trợ cho người mua, hoặc nhờ người mua chi hộ.
d.3) Trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào được thanh toán uỷ quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng (bao gồm cả trường hợp bên bán yêu cầu bên mua thanh toán tiền qua ngân hàng cho bên thứ ba do bên bán chỉ định) thì việc thanh toán theo uỷ quyền hoặc thanh toán cho bên thứ ba theo chỉ định của bên bán phải được quy định cụ thể trong hợp đồng dưới hình thức văn bản và bên thứ ba là một pháp nhân hoặc thể nhân đang hoạt động theo quy định của pháp luật.
Trường hợp sau khi thực hiện các hình thức thanh toán nêu trên mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Khi kê khai hoá đơn thuế giá trị gia tăng đầu vào, cơ sở kinh doanh ghi rõ phương thức thanh toán được quy định cụ thể trong hợp đồng vào phần ghi chú trên bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào.
đ) Trường hợp mua hàng hoá, dịch vụ của một nhà cung cấp có giá trị dưới hai mươi triệu đồng nhưng mua nhiều lần trong cùng một ngày có tổng giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Nhà cung cấp là người nộp thuế có mã số thuế, trực tiếp khai và nộp thuế GTGT.
...
Điều 18. Đối tượng và trường hợp được hoàn thuế GTGT
...
2. Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm. Trường hợp, nếu số thuế GTGT luỹ kế của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.
...
5. Cơ sở kinh doanh quyết toán thuế khi chia, tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu. giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp Nhà nước có số thuế GTGT đầu vào chưa đuợc khấu trừ hết hoặc có số thuế GTGT nộp thừa.
Trường hợp cơ sở kinh doanh trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh giải thể không phát sinh thuế GTGT đầu ra của hoạt động kinh doanh chính theo dự án đầu tư thì không thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT. Trường hợp cơ sở kinh doanh đã được hoàn thuế cho dự án đầu tư thì phải truy hoàn số thuế đã được hoàn cho ngân sách nhà nước.
...
Điều 19. Điều kiện và thủ tục hoàn thuế GTGT
1. Các cơ sở kinh doanh, tổ chức thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại điểm 1, 2, 3, 4, 5, 8 Điều 18 Thông tư này phải là cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy phép đầu tư (giấy phép hành nghề) hoặc quyết định thành lập của cơ quan có thẩm quyền, có con dấu theo đúng quy định của pháp luật, lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán. có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh.
2. Các trường hợp cơ sở kinh doanh đã kê khai đề nghị hoàn thuế trên Tờ khai thuế GTGT thì không được kết chuyển số thuế đầu vào đã đề nghị hoàn thuế vào số thuế được khấu trừ của tháng tiếp sau.
3. Thủ tục hoàn thuế GTGT thực hiện theo quy định tại Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Thông tư 28/2011/TT-BTC hướng dẫn Luật quản lý thuế, Nghị định 85/2007/NĐ-CP và 106/2010/NĐ-CP do Bộ Tài chính ban hành

Điều 10. Khai thuế giá trị gia tăng
...
3. Khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ:
a) Người nộp thuế tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế bao gồm: cơ sở kinh doanh và các đơn vị trực thuộc thực hiện chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ trừ trường hợp áp dụng phương pháp tính thuế trực tiếp trên giá trị gia tăng quy định tại khoản 4 Điều này.
b) Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tháng áp dụng phương pháp khấu trừ thuế:
- Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 01/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
- Bảng kê hoá đơn hàng hoá dịch vụ bán ra theo mẫu số 01-1/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
- Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-2/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
- Bảng kê số lượng xe ô tô, xe hai bánh gắn máy bán ra theo mẫu số 01-3/GTGT (áp dụng đối với cơ sở kinh doanh xe ô tô, xe hai bánh gắn máy).
- Bảng phân bổ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào được khấu trừ trong tháng theo mẫu số 01-4A/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này (áp dụng đối với trường hợp người nộp thuế phân bổ số thuế giá trị gia tăng được khấu trừ trong tháng theo tỷ lệ (%) doanh thu hàng hoá dịch vụ bán ra chịu thuế giá trị gia tăng trên tổng doanh thu hàng hoá dịch vụ bán ra của tháng).
- Bảng kê khai điều chỉnh thuế giá trị gia tăng đầu vào phân bổ được khấu trừ năm theo mẫu số 01-4B/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này (áp dụng đối với trường hợp người nộp thuế tính phân bổ lại số thuế giá trị gia tăng được khấu trừ trong năm theo tỷ lệ (%) doanh thu hàng hoá dịch vụ bán ra chịu thuế giá trị gia tăng trên tổng doanh thu hàng hoá dịch vụ bán ra của năm). Số liệu điều chỉnh tăng, giảm thuế giá trị gia tăng đầu vào phân bổ được khấu trừ được tổng hợp vào Tờ khai thuế giá trị gia tăng tháng mười hai của năm.
- Bảng kê số thuế giá trị gia tăng đã nộp của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh theo mẫu số 01-5/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
c) Trường hợp người nộp thuế thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cùng nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư thì lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.
Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi đóng trụ sở chính. Nếu số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư. Trường hợp người nộp thuế có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương, Ban Quản lý dự án có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế phụ thuộc thì Ban quản lý dự án được lập hồ sơ khai thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế.
Riêng người nộp thuế là cơ sở kinh doanh hạch toán toàn ngành có dự án đầu tư bao gồm cả dự án đầu tư ở cùng tỉnh hay khác tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương với tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì thì lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư. Đối với những trường hợp Thủ tướng Chính phủ đồng ý hoặc giao Bộ Tài chính hướng dẫn thì được thực hiện theo hướng dẫn riêng của cơ quan có thẩm quyền.
Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tháng của dự án đầu tư bao gồm:
- Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư theo mẫu số 02/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
- Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-2/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.