Thông tư 129/2008/TT-BTC hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định 123/2008/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng do Bộ Tài chính ban hành

B. CĂN CỨ VÀ PHƯƠNG PHÁP TÍNH THUẾ
Căn cứ tính thuế GTGT là giá tính thuế và thuế suất.
...
III. PHƯƠNG PHÁP TÍNH THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG
Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo một trong hai phương pháp: phương pháp khấu trừ thuế và phương pháp tính trực tiếp trên GTGT.
Đối tượng áp dụng và việc xác định thuế phải nộp theo từng phương pháp như sau:
1. Phương pháp khấu trừ thuế
...
1.2. Xác định thuế GTGT phải nộp:
(Công thức, xem chi tiết tại văn bản)
Trong đó:
...
c) Xác định thuế GTGT đầu vào được khấu trừ:
...
c.7. Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng nêu tại mục II phần A Thông tư này được tính vào nguyên giá tài sản cố định, giá trị nguyên vật liệu hoặc chi phí kinh doanh. Trừ các trường hợp sau:
- Thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh mua vào để sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức quốc tế để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại quy định tại điểm 19.e mục II phần A Thông tư này được khấu trừ toàn bộ.
- Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá, dịch vụ sử dụng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí được khấu trừ toàn bộ.

Thông tư 06/2012/TT-BTC hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng, Nghị định 123/2008/NĐ-CP và 121/2011/NĐ-CP do Bộ Tài chính ban hành

Điều 14. Nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
...
4. Cơ sở sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng đánh bắt thuỷ, hải sản có tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán kết quả sản xuất kinh doanh tập trung có sử dụng sản phẩm ở các khâu sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp. nuôi trồng, đánh bắt thuỷ, hải sản làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (bao gồm sản phẩm nông, lâm, thuỷ sản chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào phục vụ cho sản xuất kinh doanh ở tất cả các khâu đầu tư xây dựng cơ bản, sản xuất, chế biến. Trường hợp cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư để tiếp tục sản xuất, chế biến hoặc có văn bản cam kết tiếp tục sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT thì được kê khai, khấu trừ thuế GTGT ngay từ giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản. Đối với thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB, doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ, hoàn thuế nhưng sau đó xác định không đủ điều kiện, khấu trừ, hoàn thuế thì doanh nghiệp phải kê khai, điều chỉnh nộp lại tiền thuế GTGT đã khấu trừ, hoàn thuế. Trường hợp doanh nghiệp không thực hiện điều chỉnh, qua thanh tra, kiểm tra cơ quan thuế phát hiện ra thì cơ quan thuế sẽ thực hiện truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định. Doanh nghiệp phải hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã báo cáo, cam kết giải trình với cơ quan thuế liên quan đến việc khấu trừ, hoàn thuế.
Trường hợp cơ sở có bán hàng hóa là sản phẩm nông, lâm, thuỷ hải sản chưa qua chế biến hoặc mới qua sơ chế thông thường thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào được tính khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra
Ví dụ 42 : Doanh nghiệp A có dự án đầu tư vườn cây cao su, có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ ở khâu đầu tư XDCB, doanh nghiệp chưa có sản phẩm làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (bao gồm cả sản phẩm chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) nhưng có dự án xây dựng nhà máy chế biến mủ cao su (thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) và cam kết sản phẩm trồng trọt tiếp tục chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT thì Công ty được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào.
Trường hợp doanh nghiệp bán mủ cao su thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì doanh nghiệp không được khấu trừ thuế.
Trường hợp doanh nghiệp sử dụng một phần mủ cao su khai thác vào sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT, một phần bán ra thì thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:
- Thuế GTGT đầu vào của TSCĐ (vườn cây cao su, nhà máy chế biến…): doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ (bao gồm cả thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB).
- Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ: thực hiện khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hoá, dịch vụ bán ra.
...
6. Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng nêu tại Điều 4 Thông tư này được tính vào nguyên giá tài sản cố định, giá trị nguyên vật liệu hoặc chi phí kinh doanh. Trừ các trường hợp sau:
a) Thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh mua vào để sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức quốc tế để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại quy định tại khoản 19 Điều 4 Thông tư này được khấu trừ toàn bộ.
b) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá, dịch vụ sử dụng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đến ngày khai thác đầu tiên hoặc ngày sản xuất đầu tiên được khấu trừ toàn bộ.