Thông tư liên tịch 12/2016/TTLT-BKHCN-BTC hướng dẫn nội dung chi và quản lý Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp do Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ - Bộ Tài chính ban hành

Điều 12. Quản lý tài chính Quỹ
...
2. Quỹ chỉ được sử dụng cho hoạt động đầu tư khoa học và công nghệ của doanh nghiệp theo các nội dung quy định tại Điều 7, Điều 8, Điều 9, Điều 10, Điều 11 của Thông tư này. Doanh nghiệp không được sử dụng nguồn vốn của Quỹ để đầu tư cho các hoạt động khác không gắn với việc phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp hoặc chi trùng lắp cho các hạng Mục kinh phí của các nhiệm vụ khoa học và công nghệ đã được tài trợ bởi các nguồn vốn khác.
...
Điều 14. Xử lý Quỹ khi doanh nghiệp không sử dụng, sử dụng không hết và sử dụng không đúng Mục đích
...
2. Mức trích lập và sử dụng Quỹ được tính theo nguyên tắc số tiền trích quỹ trước thì sử dụng trước.
3. Trong thời hạn 05 năm, kể từ khi trích lập, tổng số tiền đã sử dụng và số tiền nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia hoặc Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của các bộ chủ quản, tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp đăng ký nộp thuế không hết 70% số quỹ đã trích lập kể cả nhận Điều chuyển (nếu có) thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên số tiền Quỹ còn lại và phần lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó.
Thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp dùng để tính số thuế thu hồi là thuế suất áp dụng cho doanh nghiệp trong thời gian trích lập Quỹ.
Lãi suất tính lãi đối với số thuế thu hồi tính trên phần quỹ không sử dụng hết là lãi suất trái phiếu kho bạc loại kỳ hạn một năm (hoặc lãi suất tín phiếu kho bạc loại kỳ hạn một năm) áp dụng tại thời Điểm thu hồi và thời gian tính lãi là hai năm.
...
5. Doanh nghiệp không được tính trừ vào thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp đối với số tiền lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp.
...
7. Tùy theo loại hình doanh nghiệp, số tiền trích lập Quỹ khi doanh nghiệp không sử dụng, sử dụng không hết 70% trong thời hạn 05 năm kể từ năm trích lập hoặc sử dụng không đúng Mục đích sẽ được xử lý như sau:
a) Đối với doanh nghiệp nhà nước
- Doanh nghiệp nhà nước trích Quỹ theo quy định tại Điểm a Khoản 1 Điều 4 Thông tư này, nếu Quỹ không được sử dụng, sử dụng không hết 70% số Quỹ đã trích lập kể cả nhận Điều chuyển (nếu có) thì phải nộp một phần Quỹ chưa sử dụng hoặc sử dụng không hết về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia hoặc Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của các bộ chủ quản, tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp đăng ký nộp thuế.
Số tiền nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia hoặc Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của các bộ chủ quản, tỉnh, thành phố được xác định tối thiểu bằng 20% số Quỹ đã trích lập không được sử dụng, sử dụng không hết 70% số Quỹ đã trích lập kể cả nhận Điều chuyển (nếu có).
- Tổng số tiền đã sử dụng và số tiền nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia hoặc Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của các bộ chủ quản, tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp đăng ký nộp thuế không hết 70% số Quỹ đã trích lập kể cả nhận Điều chuyển (nếu có) thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên số tiền Quỹ còn lại và phần lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó.
- Sau khi nộp các Khoản tiền theo quy định nêu trên, số tiền trích lập Quỹ còn lại doanh nghiệp được thực hiện theo quy định.
* Ví dụ 1:
Tổng công ty X (doanh nghiệp Nhà nước), trong báo cáo trích lập và sử dụng Quỹ phát triển khoa học và công nghệ năm 2021 có số liệu sau:
Năm 2016, Tổng công ty X trích lập quỹ khoa học công nghệ của doanh nghiệp 10% là 20 tỷ đồng. Đến năm 2021, Tổng công ty X mới sử dụng Quỹ cho hoạt động khoa học công nghệ là 10 tỷ đồng (chiếm 50% số Quỹ đã trích lập). Số Quỹ doanh nghiệp sử dụng không hết 70% Quỹ là 10 tỷ đồng (20 tỷ - 10 tỷ) và phải nộp một phần về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia hoặc Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của các bộ chủ quản, tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp đăng ký nộp thuế.
+ Giả sử Tổng công ty X nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia 40% số Quỹ chưa sử dụng hết là 4 tỷ đồng (40% x 10 tỷ). Như vậy, tổng số tiền Tổng công ty X đã sử dụng và nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia là: 14 tỷ đồng (10 tỷ + 4 tỷ) chiếm 70% số Quỹ đã trích lập nên số tiền trích lập Quỹ còn lại 6 tỷ đồng (20 tỷ - 14 tỷ) doanh nghiệp không phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp và được sử dụng theo quy định.
+ Giả sử Tổng công ty X nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia 20% số Quỹ chưa sử dụng hết là 2 tỷ đồng (20% x 10 tỷ đồng). Như vậy, tổng số tiền Tổng công ty X đã sử dụng và nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia là: 12 tỷ đồng (10 tỷ + 2 tỷ) chiếm 60% số Quỹ đã trích lập (
Số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp do sử dụng và nộp về Quỹ khoa học và công nghệ quốc gia không hết 70% Quỹ (thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời gian trích lập Quỹ năm 2016 là 20%) là:
8 tỷ đồng x 20% = 1,6 tỷ đồng.
Số tiền lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp nêu trên là (giả sử lãi suất trái phiếu kho bạc kỳ hạn 1 năm là 12%) là:
1,6 tỷ đồng x 12% x 2 năm = 384 triệu đồng.
- Trường hợp doanh nghiệp Nhà nước sử dụng Quỹ không đúng Mục đích thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên Khoản thu nhập đã trích lập quỹ mà sử dụng không đúng Mục đích và phần lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó.