Thông tư 38/2015/TT-BTC Quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 104. Đăng ký Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu được miễn thuế
1. Trường hợp phải đăng ký Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế:
Hàng hoá nêu tại khoản 1, khoản 4 và khoản 5 Điều 12 Quyết định số 72/2013/QĐ-TTg và các khoản 7, khoản 8, khoản 9, khoản 10, khoản 11, khoản 12, khoản 13, khoản 14, khoản 15, khoản 16 và khoản 18, khoản 21 Điều 103 Thông tư này.
2. Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế phải phù hợp với ngành nghề, lĩnh vực đầu tư, mục tiêu, quy mô, công suất của dự án được xây dựng một lần cho cả dự án, hoặc xây dựng từng giai đoạn thực hiện dự án, từng hạng mục công trình của dự án (nếu tại Giấy chứng nhận đầu tư của cơ quan có thẩm quyền cấp hoặc luận chứng kinh tế kỹ thuật, các tài liệu khoa học kỹ thuật của dự án,… thể hiện dự án thực hiện theo từng giai đoạn hoặc theo từng hạng mục công trình), hoặc xây dựng theo từng tổ hợp, dây chuyền nếu hàng hoá là hệ thống tổ hợp dây chuyền thiết bị, máy móc.
Trường hợp Danh mục đã đăng ký cho cả dự án hoặc cho từng giai đoạn, cho từng hạng mục, công trình, tổ hợp, dây chuyền có sai sót hoặc cần thay đổi thì người khai hải quan được sửa đổi với điều kiện phải có chứng từ, tài liệu nộp cho cơ quan hải quan trước thời điểm nhập khẩu hàng hoá để chứng minh việc bổ sung, điều chỉnh là phù hợp với nhu cầu của dự án.
3. Người đăng ký Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế: tổ chức, cá nhân sử dụng hàng hóa (chủ dự án, chủ cơ sở đóng tàu,…) là người đăng ký Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế (theo mẫu số 13/ĐKDMMT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm theo Thông tư này đối với trường hợp đăng ký Danh mục miễn thuế bản giấy). Trường hợp chủ dự án không trực tiếp nhập khẩu hàng hoá miễn thuế mà nhà thầu chính hoặc nhà thầu phụ hoặc Công ty cho thuê tài chính nhập khẩu hàng hóa thì nhà thầu, Công ty cho thuê tài chính sử dụng danh mục miễn thuế do chủ dự án đã đăng ký với cơ quan hải quan.
4. Nơi đăng ký Danh mục
Cục Hải quan nơi thực hiện dự án đầu tư đối với dự án xác định được Cục Hải quan nơi thực hiện dự án đầu tư hoặc Cục Hải quan nơi đóng trụ sở chính đối với dự án không xác định được Cục Hải quan nơi thực hiện dự án đầu tư hoặc Cục Hải quan gần nhất đối với tỉnh, thành phố không có cơ quan hải quan. Cục trưởng Cục Hải quan lựa chọn và giao cho một đơn vị có đủ khả năng thực hiện đăng ký Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế.
Trường hợp Cục Hải quan quản lý hải quan đối với một số tỉnh thì ngoài đơn vị đăng ký Danh mục nêu trên, Cục trưởng Cục Hải quan xem xét quyết định giao Chi cục Hải quan quản lý hải quan trên địa bàn tỉnh nơi có dự án đầu tư thực hiện đăng ký Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế đối với các dự án thuộc địa bàn tỉnh đó.
5. Hồ sơ đăng ký
Khi thực hiện đăng ký Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế với cơ quan hải quan, người đăng ký Danh mục hàng hóa nộp, xuất trình cho cơ quan hải quan hồ sơ gồm :
a) Công văn đề nghị đăng ký Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế, nêu rõ số hàng hoá, lý do đề nghị miễn thuế theo ban hành kèm theo Thông tư này (mẫu số 14/CVĐKDMMT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm Thông tư này): nộp 01 bản chính.
b) Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu được miễn thuế đối với trường hợp không đăng ký Danh mục trên Hệ thống: nộp 02 bản chính kèm theo 01 phiếu theo dõi trừ lùi (theo mẫu số 15/PTDTL/TXNK phụ lục VI ban hành kèm theo Thông tư này).
6. Căn cứ để người khai hải quan kê khai, đăng ký Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế với cơ quan hải quan gồm:
a) Lĩnh vực được ưu đãi về thuế nhập khẩu hoặc địa bàn được ưu đãi thuế nhập khẩu thực hiện theo quy định của pháp luật có liên quan.
b) Các danh mục hàng hóa do cơ quan có thẩm quyền ban hành, tùy theo từng trường hợp cụ thể sau đây:
b.1) Danh mục máy móc, thiết bị, phụ tùng thay thế, phương tiện vận tải chuyên dùng, nguyên liệu, vật tư, bán thành phẩm trong nước đã sản xuất được theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
b.2) Danh mục hoặc tiêu chuẩn xác định phương tiện vận tải chuyên dùng trong dây chuyền công nghệ của Bộ Khoa học và Công nghệ.
b.3) Danh mục giống cây trồng, vật nuôi được phép nhập khẩu của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
b.4) Danh mục các nhóm trang thiết bị chỉ được miễn thuế nhập khẩu lần đầu quy định tại Phụ lục II và Điều 12 Nghị định số 87/2010/NĐ-CP.
b.5) Danh mục hoặc tiêu chuẩn xác định của Bộ Khoa học và Công nghệ đối với phương tiện vận tải chuyên dùng cần thiết cho hoạt động dầu khí.
b.6) Xác nhận của Bộ Y tế đối với trang thiết bị y tế và thuốc cấp cứu sử dụng trên các giàn khoan và công trình nổi.
b.7) Danh mục hoặc tiêu chuẩn xác định của Bộ Khoa học và Công nghệ đối với hàng hoá là phương tiện vận tải chuyên dùng trong dây chuyền công nghệ để tạo tài sản cố định của cơ sở đóng tàu.
b.8) Danh mục máy móc, thiết bị, phụ tùng, vật tư, phương tiện vận tải, công nghệ sử dụng trực tiếp vào hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ trong nước đã sản xuất được để làm cơ sở xác định hàng hóa phục vụ nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ do Bộ Kế hoạch và Đầu tư ban hành.
7. Thời điểm đăng ký Danh mục: Trước khi đăng ký tờ khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đầu tiên của dự án, hạng mục, giai đoạn dự án hoặc dự án mở rộng.
8. Trách nhiệm của người nộp thuế:
a) Thực hiện việc đăng ký, sửa Danh mục hàng hóa được miễn thuế qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan (trừ trường hợp chưa thực hiện được việc đăng ký Danh mục qua Hệ thống):
a.1) Người nộp thuế khai báo đầy đủ thông tin Danh mục hàng hóa được miễn thuế theo các tiêu chí, định dạng chuẩn gửi đến Hệ thống.
a.2) Nộp các chứng từ thuộc hồ sơ đăng ký, sửa Danh mục miễn thuế theo quy định tại Điều này.
a.3) Tiếp nhận thông tin phản hồi của cơ quan hải quan thông qua Hệ thống.
a.4) Lưu giữ các chứng từ liên quan đến cơ sở xác định hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế và xuất trình cho cơ quan hải quan, cơ quan có thẩm quyền khi thực hiện thanh tra, kiểm tra theo quy định.
b) Tự xác định nhu cầu sử dụng và xây dựng Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế theo quy định có liên quan.
c) Chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc kê khai chính xác, trung thực các mặt hàng nhập khẩu tại Danh mục miễn thuế và việc sử dụng đúng mục đích miễn thuế đối với số hàng hoá này.
9. Trách nhiệm của cơ quan hải quan:
a) Cơ quan hải quan có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ và xử lý trong tối đa 10 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ, cụ thể như sau:
a.1) Trường hợp phát hiện hàng hoá không thuộc đối tượng miễn thuế theo quy định thì không đăng ký Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế, có văn bản trả lời cho doanh nghiệp.
Trường hợp phát hiện dự án thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn ưu đãi đầu tư nhưng hàng hoá tại Danh mục đăng ký xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế không phù hợp mục tiêu, quy mô của dự án thì hướng dẫn, thông báo cho doanh nghiệp biết để điều chỉnh lại Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế.
a.2) Trường hợp chưa đủ cơ sở xác định hàng hóa không thuộc đối tượng miễn thuế theo điểm a.1 nêu trên thì chấp thuận nội dung tự kê khai của người đăng ký danh mục, thực hiện vào sổ theo dõi, đóng dấu xác nhận vào 02 bản Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế và 01 bản phiếu theo dõi trừ lùi (giao cho người nộp thuế 01 bản Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế và 01 bản phiếu theo dõi trừ lùi để xuất trình cho cơ quan hải quan thực hiện trừ lùi khi làm thủ tục hải quan cho hàng hoá thực tế xuất khẩu, nhập khẩu và cơ quan hải quan nơi cấp lưu 01 bản Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế) theo qui định trong trường hợp đăng ký Danh mục bản giấy.
a.3) Trường hợp tại thời điểm đăng ký Danh mục hàng hoá miễn thuế chưa có đủ cơ sở xác định hàng hoá đáp ứng điều kiện quy định tại điểm a và điểm c khoản 7 Điều 103 thì cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục ghi chú vào Danh mục và phiếu theo dõi trừ lùi để thực hiện kiểm tra, đối chiếu khi nhập khẩu hoặc thực hiện kiểm tra sau thông quan.
a.4) Nhận xét, ghi chú vào Danh mục hàng hoá miễn thuế về mức độ kết quả kiểm tra hồ sơ đăng ký danh mục để Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện kiểm tra, đối chiếu khi nhập khẩu hoặc để tổ chức thực hiện kiểm tra sau thông quan.
b) Trường hợp thực hiện việc đăng ký Danh mục hàng hóa nhập khẩu được miễn thuế qua Hệ thống xử lý dữ liệu của hải quan:
b.1) Cơ quan hải quan tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ và xử lý theo quy định tại Điều này.
b.2) Cấp mã quản lý chung, nhập đầy đủ thông tin kết quả xử lý vào Hệ thống.
b.3) Phản hồi kết quả xử lý cho người khai hải quan thông qua Hệ thống.
c) Chế độ báo cáo:
Định kỳ 3 tháng một lần chậm nhất vào ngày 10 của tháng đầu quý tiếp theo Cục Hải quan nơi đăng ký Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế, lập bảng kê các trường hợp đã đăng ký Danh mục hàng hoá miễn thuế tại đơn vị mình báo cáo Tổng cục Hải quan theo mẫu số 16/BCTHDMMT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm theo Thông tư này.
d) Cục trưởng Cục Hải quan nơi đăng ký danh mục miễn thuế tổ chức phối hợp với cơ quan có thẩm quyền để thu thập thông tin phục vụ việc kiểm tra hồ sơ đăng ký danh mục miễn thuế quy định tại điểm a khoản này, thực hiện kiểm tra sau thông quan để xác định hàng hóa do tổ chức, cá nhân kê khai miễn thuế nhập khẩu thực tế có hay không được sử dụng đúng mục đích được miễn thuế và xử lý theo quy định nếu tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm.
Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra tất cả các trường hợp hàng hóa nhập khẩu miễn thuế theo điều ước quốc tế trong thời hạn 03 năm kể từ thời điểm đăng ký danh mục miễn thuế hoặc thời điểm nhập khẩu hàng hóa miễn thuế.
10. Trường hợp sau khi cơ quan hải quan đã xác nhận đăng ký Danh mục hàng hóa miễn thuế và Phiếu theo dõi trừ lùi nhưng phát hiện việc kê khai trên Danh mục có sai sót (số lượng hàng hóa vượt quá quy mô thực tế của dự án. chủng loại hàng hóa không phù hợp với mục tiêu, mục đích sử dụng của hàng hóa,…) thì cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục có trách nhiệm:
a) Thông báo cho người đăng ký Danh mục để điều chỉnh Danh mục theo đúng quy định.
b) Thực hiện kiểm tra việc điều chỉnh và cập nhật kết quả xử lý vào Danh mục đã đăng ký theo mục tiêu, quy mô thực tế của dự án.
c) Thực hiện thu thuế đối với lượng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế vượt số lượng, chủng loại so với Danh mục mới sau điều chỉnh.
11. Trường hợp các dự án đầu tư bị cơ quan có thẩm quyền thu hồi Giấy chứng nhận đầu tư:
a) Cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế có trách nhiệm:
a.1) Xóa Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được miễn thuế khỏi hệ thống sau khi rà soát, kiểm tra, sao lưu ra bên ngoài hệ thống theo hướng dẫn của Tổng cục Hải quan.
Trường hợp đăng ký Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế bằng giấy thì thu hồi Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế đã cấp.
a.2) Thông báo với các cơ quan hải quan trên toàn quốc dừng làm thủ tục miễn thuế theo Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế đã được cấp.
b) Các cơ quan hải quan nơi đã thực hiện miễn thuế cho dự án theo Danh mục đã bị thu hồi thực hiện thu thuế đối với hàng hóa đã miễn thuế theo quy định.
12. Trường hợp đăng ký danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế bản giấy, tổ chức, cá nhân mất Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế và Phiếu theo dõi trừ lùi thì trên cơ sở đề nghị của tổ chức, cá nhân và xác nhận của các Cục Hải quan địa phương khác về việc tổ chức, cá nhân đã mất Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế và Phiếu theo dõi trừ lùi, cơ quan hải quan nơi tổ chức, cá nhân đăng ký Danh mục miễn thuế kiểm tra cụ thể và cấp lại Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế, Phiếu theo dõi trừ lùi cho số hàng hóa chưa xuất khẩu, nhập khẩu của dự án.
Việc kiểm tra và cấp lại Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế, Phiếu theo dõi trừ lùi thực hiện như sau:
a) Hồ sơ đề nghị cấp lại:
a.1) Công văn đề nghị cấp lại Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế và phiếu theo dõi trừ lùi của doanh nghiệp, trong đó nêu rõ lý do mất Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế và phiếu theo dõi trừ lùi.
a.2) Bản Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế và phiếu theo dõi trừ lùi của cơ quan hải quan nơi làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu lô hàng cuối cùng trước khi thất lạc (01 bản phô tô có xác nhận của cơ quan hải quan nơi nhập khẩu).
b.2) Trường hợp mất Phiếu theo dõi trừ lùi:
b.2.1) Căn cứ vào hồ sơ khai báo bị mất Phiếu theo dõi trừ lùi và đề nghị cấp lại của tổ chức, cá nhân, cơ quan hải quan thực hiện:
b.2.1.1) Cơ quan hải quan nơi cấp lại thông báo cho Cục hải quan các tỉnh, thành phố về việc hủy Phiếu theo dõi trừ lùi đã được cấp nhưng bị mất. đồng thời trước khi xem xét cấp lại đề nghị các Cục Hải quan có văn bản xác nhận số lượng hàng hóa tổ chức, cá nhân đã xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế theo Danh mục và Phiếu theo dõi trừ lùi đã được cấp (nêu rõ số Danh mục, Phiếu theo dõi trừ lùi và ngày cấp).
b.2.1.2) Cơ quan hải quan các tỉnh, thành phố trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày nhận được văn bản của cơ quan hải quan nơi cấp lại có trách nhiệm: Kiểm tra, đối chiếu hồ sơ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. hệ thống số liệu xuất nhập khẩu, xác định số lượng hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế theo Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế và Phiếu theo dõi trừ lùi đã được cấp nay bị mất, gửi văn bản xác nhận cho cơ quan hải quan nơi cấp lại. tạm dừng xử lý miễn thuế cho các lô hàng tiếp theo thuộc Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế và Phiếu theo dõi trừ lùi bị mất cho đến khi được cấp lại Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế và Phiếu theo dõi trừ lùi.
b.2.2) Sau khi nhận được đầy đủ các văn bản xác nhận của các Cục Hải quan về số lượng hàng hóa tổ chức, cá nhân đã xuất khẩu, nhập khẩu theo Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế và Phiếu theo dõi trừ lùi đã được cấp, cơ quan hải quan nơi cấp lại thực hiện:
b.2.2.1) Tổng hợp số lượng hàng hóa tổ chức, cá nhân đã xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế theo Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế và Phiếu theo dõi trừ lùi đã được cấp.
b.2.2.2) Kiểm tra xác định số hàng hóa đã được miễn thuế xuất khẩu, nhập khẩu của dự án và việc sử dụng số hàng hóa miễn thuế nhập khẩu trước khi cấp lại Phiếu theo dõi trừ lùi bị mất.
b.2.2.3) Cấp lại Phiếu theo dõi trừ lùi mới cho số lượng hàng hóa còn lại chưa xuất khẩu, nhập khẩu của Phiếu theo dõi trừ lùi bị mất.
b.2.2.4) Ghi rõ vào Phiếu theo dõi trừ lùi cấp lại: “CẤP LẠI LẦN 1”.
b.2.2.5) Xử lý vi phạm quy định về lưu hồ sơ, chứng từ.
Thời hạn giải quyết trong vòng 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đầy đủ văn bản xác nhận của các Cục Hải quan.
Trong thời hạn 01 năm kể từ ngày cấp lại Danh mục và Phiếu theo dõi trừ lùi, cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra sau thông quan đối với các dự án đề nghị cấp lại.
Điều 105. Hồ sơ, thủ tục miễn thuế
1. Hồ sơ miễn thuế là hồ sơ hải quan theo hướng dẫn tại Thông tư này.
Đối với trường hợp người nộp thuế gặp khó khăn do nguyên nhân khách quan và các trường hợp khác thuộc trường hợp miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu theo quy định của Chính phủ phải có thêm văn bản xác nhận của cơ quan có thẩm quyền về lý do khách quan đề nghị được miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.
2. Thủ tục miễn thuế:
a) Đối với trường hợp không phải đăng ký Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế:
a.1) Người nộp thuế phải tự tính, khai số tiền thuế được miễn cho từng mặt hàng (trừ hàng hóa xuất nhập khẩu theo loại hình gia công), tờ khai hải quan như đối với trường hợp phải nộp thuế. Cơ quan hải quan căn cứ hồ sơ miễn thuế, số tiền thuế đề nghị miễn, đối chiếu với các quy định hiện hành để làm thủ tục miễn thuế cho từng tờ khai hải quan theo qui định.
Trường hợp cơ quan hải quan kiểm tra, xác định hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu không thuộc đối tượng miễn thuế như khai báo thì thực hiện các thủ tục để thu thuế và xử phạt vi phạm (nếu có) theo quy định.
a.2) Trường hợp người nộp thuế gặp khó khăn do nguyên nhân khách quan và các trường hợp khác thuộc đối tượng miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu theo quy định của Chính phủ:
a.2.1) Người nộp thuế tự xác định số tiền thuế đề nghị miễn và có văn bản (kèm hồ sơ liên quan) gửi Tổng cục Hải quan đề nghị báo cáo Bộ Tài chính trình Thủ tướng Chính phủ xem xét miễn thuế.
a.2.2) Tổng cục Hải quan kiểm tra lại toàn bộ hồ sơ. Nếu hồ sơ chưa đầy đủ hoặc cần làm rõ thêm lý do đề nghị miễn thuế, thì có văn bản yêu cầu bổ sung. Sau khi có đủ căn cứ khách quan, Tổng cục Hải quan dự thảo công văn báo cáo Bộ Tài chính để trình Thủ tướng Chính phủ.
a.2.3) Căn cứ ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Tài chính có văn bản thông báo gửi người nộp thuế và cơ quan hải quan có liên quan để thực hiện.
a.2.4) Cơ quan hải quan nơi làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá thực hiện miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu cho số hàng hoá đã được Thủ tướng Chính phủ cho phép miễn thuế hoặc thu đủ thuế theo đúng ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ.
b) Đối với trường hợp phải đăng ký Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế:
b.1) Người nộp thuế, cơ quan hải quan thực hiện theo hướng dẫn như điểm a.1 khoản 2 Điều này.
b.2) Hệ thống tự động trừ lùi số lượng hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tương ứng với số lượng hàng hóa trong Danh mục hàng hóa miễn thuế.
Trường hợp đăng ký Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế bằng giấy, ngoài thủ tục hải quan theo hướng dẫn như điểm a.1 khoản 2 Điều này, cơ quan hải quan cập nhật số lượng, theo dõi trừ lùi hàng hoá đã xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế vào bản chính phiếu theo dõi trừ lùi của người nộp thuế và ký xác nhận theo quy định, lưu 01 bản chụp Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế và phiếu trừ lùi đã ghi rõ tên hàng, số lượng hàng hoá đã miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu cùng hồ sơ xuất khẩu, nhập khẩu (bao gồm cả trường hợp hàng hoá của đối tượng miễn thuế chuyển nhượng cho đối tượng miễn thuế khác).
Trường hợp nhập khẩu miễn thuế theo tổ hợp, dây chuyền, phải nhập khẩu làm nhiều chuyến để lắp ráp thành tổ hợp thành dây chuyền hoàn chỉnh, không thể thực hiện trừ lùi theo số lượng hàng hóa tại thời điểm nhập khẩu thì thực hiện việc trừ lùi sau khi kết thúc việc nhập khẩu hàng hóa của tổ hợp, dây chuyền như sau:
Tổ chức, cá nhân thực hiện nhập khẩu các lô hàng để lắp ráp từng tổ hợp, dây chuyền máy móc thiết bị tại 01 Chi cục Hải quan và dự kiến thời gian hoàn thành nhập khẩu tổ hợp, dây chuyền.
Tại thời điểm nhập khẩu, tổ chức, cá nhân phải kê khai chi tiết số lượng, tên hàng cụ thể hàng hóa thực nhập và ghi rõ hàng hóa của tổ hợp, dây chuyền máy móc nào thuộc Danh mục hàng hóa miễn thuế đã đăng ký.
Trong thời hạn 15 ngày kể từ khi kết thúc việc nhập khẩu lô hàng cuối cùng của mỗi tổ hợp, dây chuyền, tổ chức, cá nhân có trách nhiệm tổng hợp các tờ khai đã nhập khẩu để cơ quan hải quan kiểm tra và trừ lùi số lượng của từng tổ hợp, dây chuyền máy móc thiết bị trên Phiếu theo dõi trừ lùi.
Cục trưởng Cục Hải quan xem xét quyết định từng trường hợp cụ thể không thể thực hiện trừ lùi theo số lượng hàng hóa tại thời điểm nhập khẩu và tổ chức thực hiện kiểm tra sau thông quan để xác định hàng hóa do tổ chức, cá nhân kê khai miễn thuế nhập khẩu thực tế có hay không được sử dụng đúng mục đích phục vụ dự án theo quy định hiện hành và thực hiện xử lý theo quy định nếu tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm.
b.3) Cơ quan hải quan chỉ thực hiện miễn thuế đối với trường hợp đăng ký tờ khai hải quan sau khi đăng ký Danh mục. Trường hợp đăng ký tờ khai hải quan phát sinh trước ngày đăng ký Danh mục, Cục trưởng Cục Hải quan nơi làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu phối hợp với Cục Hải quan có thẩm quyền đăng ký danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế xem xét giải quyết từng trường hợp cụ thể.
b.4) Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày Hệ thống tự động trừ lùi hết số lượng hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tương ứng, cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục hàng hóa miễn thuế có trách nhiệm xóa Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được miễn thuế khỏi hệ thống sau khi rà soát, kiểm tra, sao lưu ra bên ngoài hệ thống theo hướng dẫn của Tổng cục Hải quan.
Trường hợp đăng ký Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế bằng giấy, hết lượng hàng hóa nhập khẩu ghi trong phiếu theo dõi trừ lùi, cơ quan hải quan nơi làm thủ tục cuối cùng xác nhận lên bản chính phiếu theo dõi trừ lùi của người khai hải quan, lưu 01 bản chụp, cấp cho người khai hải quan 01 bản chụp và gửi bản chính đến cơ quan hải quan nơi cấp phiếu theo dõi trừ lùi.
Trường hợp cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục đồng thời là cơ quan hải quan nơi làm thủ tục cuối cùng, sau khi đã xác nhận hết lượng hàng hóa nhập khẩu trong phiếu theo dõi trừ lùi thì lưu bản chính để thực hiện kiểm tra việc nhập khẩu, sử dụng hàng hóa miễn thuế, cấp cho người khai hải quan 01 bản chụp.
3. Việc miễn thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh thực hiện theo Thông tư của Bộ Tài chính quy định thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh.