Thông tư 128/2013/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất, nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất, nhập khẩu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 105. Hồ sơ xét miễn thuế
Hồ sơ xét miễn thuế gồm:
1. Hồ sơ hải quan theo hướng dẫn tại Thông tư này: nộp 01 bản chụp.
2. Các giấy tờ khác, tùy theo từng trường hợp cụ thể sau đây:
a) Công văn yêu cầu xét miễn thuế của tổ chức, cá nhân sử dụng hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu (trừ trường hợp tại điểm b khoản này). trong đó nêu rõ loại hàng hoá, trị giá, số tiền thuế, lý do xét miễn thuế, tờ khai hải quan. trường hợp có nhiều loại hàng hoá, thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau thì phải liệt kê các loại hàng hoá, các tờ khai hải quan xét miễn thuế. cam kết kê khai chính xác, cung cấp đúng hồ sơ và sử dụng đúng mục đích miễn thuế: nộp 01 bản chính.
b) Công văn yêu cầu xét miễn thuế của Bộ Quốc phòng, Bộ Công an hoặc đơn vị được Bộ Quốc phòng, Bộ Công an ủy quyền, phân cấp (trong đó nêu rõ: Hàng hóa nhập khẩu phục vụ an ninh, quốc phòng thuộc nguồn vốn ngân sách trung ương, địa phương. Số lượng, chủng loại, trị giá hàng hoá nhập khẩu của từng mục thuộc Danh mục do Bộ Quốc phòng, Bộ Công an phê duyệt, đã được thống nhất với Bộ Tài chính từ đầu năm - chậm nhất đến hết 31/03 hàng năm Bộ Quốc phòng, Bộ Công an phải đăng ký kế hoạch nhập khẩu trong năm với Bộ Tài chính. Số tiền thuế, tờ khai hải quan. Trường hợp có nhiều loại hàng hóa thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau thì phải liệt kê các loại hàng hóa, các tờ khai hải quan xét miễn thuế. Cam kết kê khai chính xác, cung cấp đúng hồ sơ và sử dụng đúng mục đích miễn thuế) kèm theo phiếu theo dõi trừ lùi đối với hàng hoá nhập khẩu chuyên dùng trực tiếp phục vụ an ninh, quốc phòng: công văn nộp 01 bản chính, phiếu theo dõi trừ lùi nộp 01 bản chính.
c) Hợp đồng uỷ thác nhập khẩu (đối với trường hợp uỷ thác nhập khẩu) hoặc giấy báo trúng thầu kèm theo hợp đồng cung cấp hàng hoá (đối với trường hợp nhập khẩu thông qua đấu thầu), trong đó nêu rõ giá thanh toán không bao gồm thuế nhập khẩu: nộp 01 bản chụp.
d) Quyết định phê duyệt đề tài nghiên cứu khoa học và Danh mục hàng hóa cần nhập khẩu để thực hiện đề tài do Bộ quản lý chuyên ngành cấp đối với hàng hoá nhập khẩu chuyên dùng trực tiếp phục vụ cho nghiên cứu khoa học: nộp 01 bản chính quyết định phê duyệt, 01 bản chụp Danh mục hàng hoá cần nhập khẩu để thực hiện đề tài kèm theo bản chính để đối chiếu (trường hợp nhập khẩu nhiều lần thì phải kèm theo phiếu theo dõi trừ lùi).
e) Quyết định phê duyệt dự án đầu tư trang thiết bị và Danh mục trang thiết bị thuộc dự án cần nhập khẩu do Bộ quản lý chuyên ngành cấp đối với hàng hoá nhập khẩu chuyên dùng trực tiếp phục vụ cho giáo dục, đào tạo: nộp 01 bản chính (trường hợp nhập khẩu nhiều lần thì phải kèm theo phiếu theo dõi trừ lùi).
g) Điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên: nộp 01 bản chụp. văn bản của cơ quan Nhà nước liên quan về việc xác nhận phạm vi, hàng hóa miễn thuế theo Điều ước quốc tế: 01 bản chính đối với trường hợp đề nghị miễn thuế theo Điều ước quốc tế.
h) Đối với hàng hoá là quà biếu, quà tặng, hàng mẫu:
h.1) Thông báo hoặc quyết định hoặc thoả thuận biếu, tặng hàng hoá. thông báo hoặc thoả thuận gửi hàng mẫu: nộp 01 bản chụp.
h.2) Giấy xác nhận của Ủy ban nhân dân cấp xã, phường đối với trường hợp thân nhân là gia đình có công với cách mạng, thương binh, liệt sỹ, người già yếu không nơi nương tựa nhận quà biếu là thuốc chữa bệnh từ người Việt Nam định cư ở nước ngoài: nộp 01 bản chính.
h.3) Giấy uỷ quyền làm thủ tục hải quan của tổ chức, cá nhân được biếu, tặng hoặc nhận hàng mẫu đối với trường hợp hàng hoá là quà biếu, quà tặng hoặc hàng mẫu do người được uỷ quyền làm thủ tục hải quan: nộp 01 bản chụp.
h.4) Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về việc cho phép không tái xuất hàng hoá tạm nhập tái xuất để làm quà tặng, quà biếu cho các tổ chức, cá nhân Việt Nam (đối với những trường hợp phải có giấy phép). hoá đơn hoặc phiếu xuất kho của số hàng hoá biếu, tặng. bản giao nhận số hàng hoá giữa đối tượng biếu, tặng và đối tượng nhận biếu, tặng đối với trường hợp hàng hoá là quà biếu, quà tặng từ các đối tượng nhập khẩu miễn thuế theo hình thức tạm nhập - tái xuất: nộp 01 bản chụp.
h.5) Xác nhận của cơ quan chủ quản cấp trên về việc cho phép tiếp nhận để sử dụng hàng hoá miễn thuế đối với trường hợp hàng hoá quà biếu, quà tặng cho cơ quan hành chính sự nghiệp, cơ quan đoàn thể hoạt động bằng kinh phí Nhà nước cấp phát có trị giá vượt quá định mức xét miễn thuế.
i) Tài liệu khác liên quan đến việc xác định số tiền thuế được xét miễn: nộp 01 bản chụp.
k) Bảng kê danh mục tài liệu hồ sơ đề nghị xét miễn thuế.
Điều 106. Thủ tục, trình tự xét miễn thuế
1. Nộp và tiếp nhận hồ sơ xét miễn thuế
a) Người nộp thuế tự xác định số tiền thuế được xét miễn đối với các trường hợp thuộc đối tượng xét miễn thuế. nộp hồ sơ cho cơ quan hải quan nơi có thẩm quyền xét miễn thuế theo quy định tại Điều 107 Thông tư này. Trường hợp thẩm quyền xét miễn thuế là Bộ Tài chính, người nộp thuế xác định số tiền thuế được xét miễn và nộp hồ sơ đề nghị xét miễn thuế cho Tổng cục Hải quan.
Đối với hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng xét miễn thuế, thời hạn nộp hồ sơ xét miễn thuế chậm nhất là 15 ngày làm việc kể từ ngày thông quan hoặc giải phóng hàng.
b) Trường hợp hồ sơ xét miễn thuế được nộp trực tiếp tại cơ quan hải quan, công chức hải quan tiếp nhận và đóng dấu tiếp nhận hồ sơ, ghi thời gian nhận hồ sơ, ghi nhận số lượng tài liệu trong hồ sơ.
c) Trường hợp hồ sơ xét miễn thuế được nộp bằng đường bưu chính, công chức hải quan đóng dấu ghi ngày nhận hồ sơ và ghi vào sổ văn thư của cơ quan hải quan.
d) Trường hợp hồ sơ xét miễn thuế được nộp bằng giao dịch điện tử thì việc tiếp nhận, kiểm tra, chấp nhận hồ sơ xét miễn thuế do cơ quan hải quan thực hiện thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử.
2. Cơ quan hải quan có trách nhiệm kiểm tra hồ sơ xét miễn thuế do người nộp thuế khai và xử lý như sau:
a) Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ thì thông báo cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ để hoàn chỉnh hồ sơ.
b) Ban hành quyết định miễn thuế theo quy định hoặc thông báo cho người nộp thuế biết lý do không thuộc đối tượng xét miễn thuế, số tiền thuế phải nộp trong thời hạn 15 ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận đầy đủ hồ sơ và xử phạt theo quy định hiện hành (nếu có). trường hợp cần kiểm tra thực tế để có đủ căn cứ giải quyết hồ sơ thì thời hạn này có thể kéo dài tối đa là 50 ngày, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ.
3. Trên cơ sở quyết định miễn thuế, cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan thanh khoản số tiền thuế được miễn, đóng dấu trên tờ khai hải quan gốc lưu tại đơn vị và tờ khai hải quan gốc do người nộp thuế lưu: "Hàng hoá được miễn thuế theo Quyết định số... ngày... tháng... năm... của.." (Mẫu dấu theo mẫu số 14/MDHT/2013 Phụ lục số II ban hành kèm theo Thông tư này).
4. Đối với người nộp thuế là doanh nghiệp ưu tiên thuộc đối tượng xét miễn thuế theo Điều ước quốc tế, cơ quan hải quan thực hiện tạm thời miễn thuế theo kê khai của doanh nghiệp, không hạch toán vào hệ thống KT559 và thực hiện mở số theo dõi việc tạm thời miễn thuế .
Định kỳ 06 tháng/lần, doanh nghiệp thực hiện quyết toán với cơ quan hải quan về hàng hóa nhập khẩu miễn thuế. Doanh nghiệp lập bảng thống kê số tờ khai nhập khẩu (không phải nộp tờ khai hải quan), số tiền thuế được miễn ... trong 06 tháng và các giấy tờ chứng minh thuộc đối tượng xét miễn thuế theo Điều ước quốc tế theo quy định tại Điều 105 Thông tư này cho cơ quan hải quan nơi nhập khẩu hàng hóa.
Trên cơ sở kết quả quyết toán, cơ quan hải quan ban hành quyết định miễn thuế chính thức cho người nộp thuế theo quy định.