Thông tư 59/2007/TT-BTC hướng dẫn thi hành thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu do Bộ Tài Chính ban hành

PHẦN E:
HOÀN THUẾ
...
IV/ Thủ tục, trình tự xét hoàn thuế:
1/ Nộp, tiếp nhận hồ sơ xét hoàn thuế:
Việc nộp, tiếp nhận hồ sơ xét hoàn thuế thực hiện theo quy định tại Điều 59 Luật quản lý thuế.
2/ Phân loại hồ sơ hoàn thuế:
2.1/ Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau: là hồ sơ của người nộp thuế có quá trình chấp hành tốt pháp luật thuế và các giao dịch được thanh toán qua ngân hàng thương mại hoặc tổ chức tín dụng khác.
2.2/ Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau: là hồ sơ của người nộp thuế thuộc một trong các trường hợp sau:
- Yêu cầu hoàn thuế theo quy định của Điều ước quốc tế mà Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.
- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu.
- Người nộp thuế đã có hành vi trốn thuế, gian lận về thuế trong thời hạn 2 (hai) năm tính từ thời điểm đề nghị hoàn thuế trở về trước.
- Người nộp thuế không thực hiện giao dịch thanh toán qua ngân hàng theo quy định.
- Doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động. giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp Nhà nước.
- Hết thời hạn theo thông báo của cơ quan hải quan nhưng người nộp thuế không giải trình thông tin, tài liệu hoặc không khai bổ sung hồ sơ hoàn thuế theo yêu cầu.
- Hàng hóa đã kê khai, nộp thuế theo mức thuế suất thuế nhập khẩu thông thường hoặc ưu đãi đề nghị được tính lại theo mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi hoặc ưu đãi đặc biệt và được hoàn lại số tiền thuế chênh lệch. Hàng hoá nhập khẩu là ô tô, linh kiện và phụ tùng. xe mô tô (xe máy), linh kiện và phụ tùng. xăng dầu, sắt thép. Hàng hoá nhập khẩu khác thuộc diện Nhà nước quản lý theo quy định của pháp luật.
3/ Xử lý hồ sơ hoàn thuế:
3.1/ Đối với hồ sơ hoàn thuế trước kiểm tra sau:
Cơ quan hải quan kiểm tra sơ bộ hồ sơ, đối chiếu tính thống nhất, hợp lệ của hồ sơ, xác định nếu thuộc đối tượng hoàn thuế, kê khai của người nộp thuế là chính xác thì ban hành quyết định hoàn thuế theo kê khai của người nộp thuế.
Trường hợp qua kiểm tra sơ bộ, có cơ sở xác định kê khai của người nộp thuế chưa chính xác thì thông báo cho người nộp thuế biết về việc chuyển hồ sơ sang kiểm tra trước, hoàn thuế sau.
Trường hợp xác định không thuộc đối tượng được hoàn thuế, căn cứ văn bản pháp luật quy định, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế biết lý do không hoàn thuế.
Thời hạn cơ quan hải quan phải ban hành quyết định hoàn thuế hoặc thông báo cho người nộp thuế biết về việc chuyển hồ sơ sang kiểm tra trước, hoàn thuế sau hoặc thông báo lý do không hoàn thuế cho người nộp thuế là trong vòng 15 (mười lăm) ngày, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế.
Sau khi ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan hải quan kiểm tra chi tiết hồ sơ hoàn thuế, nếu xác định không đủ điều kiện hoàn thuế thì thu hồi lại quyết định hoàn thuế và thực hiện truy thu, xử phạt theo quy định.
3.2/ Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau:
3.2.1/ Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau, cơ quan hải quan thực hiện các công việc sau:
- Kiểm tra sơ bộ hồ sơ, đối chiếu tính thống nhất, hợp lệ của hồ sơ.
- Kiểm tra chứng từ, sổ sách kế toán, phiếu nhập xuất kho, chứng từ thanh toán tiền hàng. việc hạch toán kế toán tại đơn vị. định mức tiêu hao nguyên liệu, vật tư. Kiểm tra thực tế hoạt động sản xuất, kinh doanh của đơn vị.
- Kiểm tra xác minh đối chiếu các giao dịch kinh doanh với các tổ chức, cá nhân khác có liên quan trong trường hợp qua kiểm tra phát hiện vụ việc có tính chất phức tạp, cần tiến hành kiểm tra thêm.
3.2.2/ Trường hợp qua kiểm tra, xác định không thuộc đối tượng được hoàn thuế thì thông báo cho người nộp thuế biết lý do không hoàn thuế.
3.2.3/ Trường hợp qua kiểm tra xác định thuộc đối tượng hoàn thuế, kê khai của người nộp thuế là chính xác thì ban hành quyết định hoàn thuế theo kê khai của người nộp thuế chậm nhất trong thời hạn sáu mươi (60) ngày, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế.
3.3/ Căn cứ vào số tiền thuế người nộp thuế được hoàn, cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế. Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền phạt thì ban hành quyết định hoàn thuế và lệnh thu Ngân sách.
3.4/ Quá thời hạn nêu trên, nếu việc chậm ra quyết định hoàn thuế do lỗi của cơ quan hải quan thì ngoài số tiền thuế phải hoàn, cơ quan hải quan còn phải trả tiền lãi tính từ ngày cơ quan hải quan phải ra quyết định hoàn thuế đến ngày cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế.
4/ Trên cơ sở quyết định hoàn thuế, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn phải thanh khoản số thuế được hoàn và ghi rõ trên Tờ khai hải quan gốc lưu tại đơn vị và Tờ khai hải quan gốc người nộp thuế lưu: "Hoàn thuế... đồng, theo Quyết định số... ngày... tháng... năm... của..." và thực hiện theo trình tự xử lý tiền thuế được hoàn, nộp thừa, theo hướng dẫn tại điểm 5 dưới đây.
5/ Xử lý số tiền thuế được hoàn, nộp thừa:
5.1/ Trường hợp nguồn tiền hoàn thuế từ tài khoản tạm thu:
Cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn, nộp thừa phải đối chiếu trên mạng theo dõi nợ thuế và xử lý theo trình tự như sau:
5.1.1/ Nếu người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền phạt thì thực hiện hoàn trả tiền thuế cho người nộp thuế theo đúng quy định.
Trường hợp người nộp thuế có văn bản đề nghị không hoàn trả lại tiền thuế còn thừa mà cho bù trừ vào số tiền thuế phát sinh của hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần sau, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn, nộp thừa thực hiện bù trừ theo đề nghị của người nộp thuế.
Khi bù trừ vào số tiền thuế phải nộp lần sau của người nộp thuế, cơ quan hải quan phải ghi rõ trên Tờ khai hải quan được trừ thuế với nội dung "Số tiền thuế được trừ ... đồng, theo Quyết định hoàn thuế số... ngày... tháng... năm ... của... và Quyết định khấu trừ số... ngày... tháng... năm... của...". Đồng thời ghi số tiền thuế đã trừ và số, ngày, tháng, năm của Tờ khai hải quan được bù trừ lên bản chính Quyết định hoàn thuế, các Tờ khai hải quan được hoàn thuế, Chứng từ nộp thuế của Tờ khai hải quan được hoàn thuế để theo dõi.
5.1.2/ Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền phạt, cơ quan hải quan thực hiện bù trừ số tiền thuế nộp thừa, được hoàn với số tiền thuế nợ, tiền thuế truy thu hoặc tiền phạt người nộp thuế còn nợ.
5.1.3/ Nếu sau khi đã thực hiện bù trừ như nêu trên mà còn thừa, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn, nộp thừa làm thủ tục hoàn trả số tiền thuế còn lại cho người nộp thuế.
Trường hợp người nộp thuế đề nghị không hoàn trả lại tiền thuế còn thừa sau khi đã thực hiện thanh toán hết các khoản nợ theo thứ tự thanh toán tiền thuế mà có văn bản đề nghị cho bù trừ vào số tiền thuế phát sinh của hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần sau, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn, nộp thừa thực hiện bù trừ theo đề nghị của người nộp thuế như hướng dẫn tại điểm 5.1.1 nêu trên.
5.2/ Trường hợp nguồn tiền hoàn thuế từ ngân sách:
5.2.1/ Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền phạt và không yêu cầu bù trừ vào số tiền thuế phải nộp của lần tiếp theo, cơ quan hải quan gửi quyết định hoàn thuế cho Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế. Căn cứ quyết định hoàn thuế do cơ quan hải quan ban hành, Kho bạc Nhà nước thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế.
Việc hạch toán hoàn trả thực hiện như sau:
- Trường hợp khoản thu chưa quyết toán, Kho bạc Nhà nước thực hiện thoái thu theo đúng mục lục ngân sách Nhà nước.
- Trường hợp khoản thu đã quyết toán, Kho bạc Nhà nước hạch toán chi ngân sách theo số tiền tương ứng và gửi 01 bản chứng từ hoàn trả thuế cho cơ quan hải quan nơi ban hành quyết định hoàn thuế để theo dõi, quản lý.
5.2.2/ Trường hợp người nộp thuế được hoàn thuế và phải nộp bù trừ cho các khoản thuế khác, cơ quan hải quan gửi quyết định hoàn thuế và lệnh thu ngân sách cho Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế để Kho bạc Nhà nước hạch toán theo quy định.
Việc hạch toán hoàn trả thực hiện như sau:
- Trường hợp Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế đồng thời là Kho bạc Nhà nước nơi thu thuế thì việc hạch toán hoàn trả thực hiện theo hướng dẫn tại điểm 5.2.1 nêu trên. việc hạch toán thu ngân sách thực hiện theo lệnh thu của cơ quan hải quan, thanh toán tiền hoàn thuế còn thừa (nếu có) cho người nộp thuế.
- Trường hợp Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế khác với Kho bạc Nhà nước nơi thu thuế thì Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả hạch toán hoàn trả thuế theo hướng dẫn tại điểm 5.2.1 nêu trên. chuyển số tiền được hoàn trả cùng với lệnh thu ngân sách của cơ quan hải quan cho Kho bạc Nhà nước nơi thu thuế để hạch toán thu ngân sách Nhà nước theo đúng nội dung ghi trên lệnh thu, thanh toán tiền hoàn thuế còn thừa (nếu có) cho người nộp thuế.
5.3/ Việc xử lý số tiền thuế nộp thừa hướng dẫn tại điểm này không áp dụng đối với số tiền thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu do người nộp thuế nộp nhầm, nộp thừa cho cơ quan hải quan.
Trường hợp người nộp thuế nộp nhầm, nộp thừa thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu cho cơ quan hải quan, cơ quan hải quan xác nhận số tiền thuế nộp nhầm, nộp thừa để cơ quan thuế thực hiện hoàn trả người nộp thuế theo quy định. Việc xác nhận thực hiện như sau:
- Người nộp thuế lập và gửi hồ sơ đề nghị xác nhận số tiền thuế giá trị gia tăng đã nộp nhầm, nộp thừa cho cơ quan hải quan nơi đăng ký Tờ khai hải quan. Hồ sơ bao gồm:
+ Công văn đề nghị xác nhận số tiền thuế giá trị gia tăng đã nộp nhầm, nộp thừa, lý do nộp nhầm, nộp thừa: 01 bản chính.
+ Tờ khai hải quan của số tiền thuế giá trị gia tăng đã nộp nhầm, nộp thừa: 01 bản chính, 01 bản photocopy.
+ Chứng từ nộp thuế: 01 bản chính.
- Cơ quan hải quan đối chiếu giữa bản chính và bản photocopy của Tờ khai hải quan, chứng từ nộp thuế, trả lại bản chính Tờ khai cho người nộp thuế và cấp giấy xác nhận số tiền thuế giá trị gia tăng đã nộp nhầm, nộp thừa.
- Trường hợp số tiền thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa do chính cơ quan hải quan phát hiện thì người nộp thuế không phải gửi hồ sơ đề nghị xác nhận. Cơ quan hải quan có trách nhiệm thông báo cho người nộp thuế biết và cấp giấy xác nhận theo quy định.
6/ Thẩm quyền xét hoàn thuế:
Cục trưởng Cục Hải quan địa phương nơi người nộp thuế có số tiền thuế nộp thừa hoặc được hoàn thuế thực hiện hoàn thuế cho người nộp thuế theo quy định tại Mục này.
7/ Thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế:
7.1/ Người nộp thuế nộp hồ sơ hoàn thuế (không thu thuế) của các trường hợp thuộc điểm 4, 6, 7, 8, 9 Mục I Phần E Thông tư này cho cơ quan hải quan nơi có thẩm quyền hoàn thuế chậm nhất là trong thời hạn 45 ngày kể từ ngày đăng ký Tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu đối với trường hợp đề nghị hoàn thuế nhập khẩu hoặc chậm nhất là trong thời hạn 45 ngày kể từ ngày đăng ký Tờ khai hải quan hàng hóa nhập khẩu đối với trường hợp đề nghị hoàn thuế xuất khẩu.
7.2/ Trường hợp thuộc điểm 5 Mục I Phần E Thông tư này:
7.2.1/ Nếu người nộp thuế thực xuất khẩu hàng hóa trong thời hạn nộp thuế thì thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế chậm nhất là 45 (bốn lăm) ngày kể từ ngày đăng ký Tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu cuối cùng thuộc Tờ khai hải quan nhập khẩu nguyên liệu, vật tư đề nghị hoàn thuế.
7.2.2/ Nếu người nộp thuế không thực xuất khẩu hàng hóa trong thời hạn nộp thuế thì phải kê khai nộp thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng (nếu có) kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế. Cơ quan hải quan kiểm tra, thu thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng theo quy định.
Người nộp thuế được hoàn lại số tiền thuế đã nộp theo quy định khi thực tế xuất khẩu sản phẩm sản xuất từ hàng hoá nhập khẩu đã nộp thuế. Thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế chậm nhất là 45 ngày kể từ ngày đăng ký Tờ khai hải quan hàng xuất khẩu.
7.3/ Trường hợp thời hạn thanh toán tại hợp đồng xuất khẩu dài hơn 45 ngày kể từ ngày thực xuất khẩu hàng hoá, người nộp thuế vẫn phải nộp hồ sơ hoàn thuế cho cơ quan hải quan theo đúng thời hạn hướng dẫn tại điểm 7.1 và 7.2 nêu trên đồng thời phải có bản cam kết xuất trình chứng từ thanh toán trong thời hạn 15 (mười lăm) ngày kể từ ngày hết thời hạn thanh toán ghi trên hợp đồng.
7.4/ Nếu quá thời hạn nêu tại điểm 7.1, 7.2 và 7.3 mà người nộp thuế chưa nộp hồ sơ hoàn thuế, thì bị xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan.
8/ Thủ tục, trình tự, thẩm quyền xét không thu thuế đối với các trường hợp thuộc đối tượng hoàn thuế còn trong thời hạn nộp thuế và chưa nộp thuế nhưng thực tế đã xuất khẩu hoặc nhập