Kính gửi: Cục Hải quan TP. Hải Phòng.

1. Về việc áp dụng văn bản quy phạm pháp luật:

Khoản 3 Điều 44 của Luật Chuyển giao công nghệ số 80/2006/QH11 ngày 29/11/2006 quy định: “Máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải chuyên dùng thuộc loại trong nước chưa sản xuất được phục vụ cho việc thực hiện hợp đồng chuyển giao công nghệ không chịu thuế giá trị gia tăng”.

Khoản 21 Điều 5 Luật Thuế GTGT số 13/2008/QH12 ngày 3/6/2008 quy định về đối tượng không chịu thuế GTGT như sau: “Chuyển giao công nghệ theo quy định của Luật chuyển giao công nghệ; chuyển nhượng quyền sở hữu trí tuệ theo quy định của Luật sở hữu trí tuệ; phần mềm máy tính”.

Khoản 3 Điều 83 Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật số 17/2008/QH12 ngày 03/6/2008 quy định về việc áp dụng văn bản quy phạm pháp luật như sau: “Trong trường hợp các văn bản quy phạm pháp luật do cùng một cơ quan ban hành mà có quy định khác nhau về cùng một vấn đề thì áp dụng quy định của văn bản được ban hành sau”.

2. Các quy định về thuế GTGT tại thời điểm Công ty thực hiện việc nhập khẩu phụ tùng, thiết bị theo hợp đồng CGCN đã ký (ngày 31/10/2013 và ngày 04/12/2013):

Khoản 21 Điều 5 Luật Thuế GTGT số 13/2008/QH12 ngày 3/6/2008 quy định về đối tượng không chịu thuế GTGT như sau: “Chuyển giao công nghệ theo quy định của Luật chuyển giao công nghệ; chuyển nhượng quyền sở hữu trí tuệ theo quy định của Luật sở hữu trí tuệ; phần mềm máy tính”.

- Khoản 11 Điều 3 Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày 08/12/2008 của Chính phủ (nay là khoản 10 Điều 3 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ) quy định về đối tượng không chịu thuế như sau: “Trường hợp chuyển giao công nghệ, chuyển nhượng quyền sở hữu trí tuệ theo quy định tại khoản 21 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng mà có kèm theo chuyển giao máy móc, thiết bị thì đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng tính trên phần giá trị công nghệ; quyền sở hữu trí tuệ chuyển giao, chuyển nhượng; trường hợp không tách riêng được thì thuế giá trị gia tăng được tính trên cả phần giá trị công nghệ, quyền sở hữu trí tuệ chuyển giao, chuyển nhượng cùng với máy móc, thiết bị”.

Khoản 21 Điều 4 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 của Bộ Tài chính (nay là khoản 21 Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính) hướng dẫn về đối tượng không chịu thuế GTGT quy định: “Chuyển giao công nghệ theo quy định của Luật chuyển giao công nghệ; chuyển nhượng quyền sở hữu trí tuệ theo quy định của Luật sở hữu trí tuệ. Trường hợp hợp đồng chuyển giao công nghệ, chuyển nhượng quyền sở hữu trí tuệ có kèm theo chuyển giao máy móc, thiết bị thì đối tượng không chịu thuế GTGT tính trên phần giá trị công nghệ, quyền sở hữu trí tuệ chuyển giao, chuyển nhượng; trường hợp không tách riêng được thì thuế GTGT được tính trên cả phần giá trị công nghệ, quyền sở hữu trí tuệ chuyển giao, chuyển nhượng cùng với máy móc, thiết bị...”.

Về vướng mắc của Công ty TNHH Nam Nhật, Bộ Khoa học và Công nghệ cũng đã có công văn số 1203/BKHCN-ĐTG ngày 08/4/2014 trả lời Công ty (đính kèm). Theo đó, các máy móc, thiết bị đi kèm Hợp đồng chuyển giao công nghệ thuộc đối tượng phải chịu thuế GTGT theo quy định của pháp luật về thuế.