Thông tư 28/2011/TT-BTC hướng dẫn Luật quản lý thuế, Nghị định 85/2007/NĐ-CP và 106/2010/NĐ-CP do Bộ Tài chính ban hành

Điều 11. Khai thuế thu nhập doanh nghiệp
...
7. Khai thuế thu nhập doanh nghiệp đối với trường hợp doanh nghiệp có cơ sở sản xuất (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) hạch toán phụ thuộc hoạt động tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với địa bàn nơi đơn vị đóng trụ sở chính thì khi nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp, doanh nghiệp tại nơi đóng trụ sở chính có trách nhiệm khai tập trung tại trụ sở chính cả phần phát sinh tại nơi đóng trụ sở chính và ở nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc.
Số thuế thu nhập doanh nghiệp tính nộp ở tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc được xác định bằng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong kỳ nhân (x) tỷ lệ chi phí của cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc với tổng chi phí của doanh nghiệp.
Doanh nghiệp tại nơi đóng trụ sở chính có trách nhiệm khai thuế, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp đối với số thuế thu nhập phát sinh tại trụ sở chính và tại cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc theo phụ lục số 05/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này (bao gồm khai tạm tính theo quý và khai quyết toán theo năm) cho cơ quan thuế quản lý trụ sở chính đồng thời gửi 1 bản cho các cơ quan thuế quản lý các cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc.
a) Thủ tục luân chuyển chứng từ giữa Kho bạc và cơ quan thuế
Căn cứ số thuế thu nhập doanh nghiệp được tính nộp tại nơi có trụ sở chính và các cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc trên phụ lục số 05/TNDN, doanh nghiệp lập chứng từ nộp thuế thu nhập doanh nghiệp cho địa phương nơi có trụ sở chính và từng địa phương nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc. Trên chứng từ nộp thuế phải ghi rõ nộp vào tài khoản thu ngân sách nhà nước tại Kho bạc Nhà nước đồng cấp với cơ quan thuế nơi trụ sở chính đăng ký kê khai thuế và địa phương nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc. Kho bạc Nhà nước nơi đóng trụ sở chính chuyển tiền và chứng từ thu ngân sách nhà nước cho Kho bạc Nhà nước liên quan để hạch toán thu ngân sách nhà nước phần thuế của cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc.
b) Quyết toán thuế
Doanh nghiệp khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp tại nơi đóng trụ sở chính, số thuế thu nhập doanh nghiệp còn phải nộp được xác định bằng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp theo quyết toán trừ đi số đã tạm nộp tại nơi đóng trụ sở chính và tạm nộp tại nơi có các cơ sở sản xuất phụ thuộc. Số thuế thu nhập doanh nghiệp còn phải nộp hoặc hoàn khi quyết toán cũng được phân bổ theo đúng tỷ lệ tại nơi đóng trụ sở chính và tại nơi có các cơ sở sản xuất phụ thuộc.