Thông tư 156/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định 83/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 28. Địa điểm và thủ tục nộp thuế
...
3. Kho bạc nhà nước nơi chủ đầu tư mở tài khoản giao dịch có trách nhiệm khấu trừ số thuế GTGT để nộp vào ngân sách nhà nước khi chủ đầu tư đến làm thủ tục thanh toán theo tỷ lệ quy định là 2% trên số tiền thanh toán khối lượng các công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước, các khoản thanh toán từ nguồn ngân sách nhà nước cho các công trình xây dựng cơ bản của các dự án sử dụng vốn ODA thuộc diện chịu thuế GTGT (phần vốn đối ứng trong nước thanh toán tại Kho bạc Nhà nước cho các công trình xây dựng cơ bản của các dự án ODA). Kho bạc Nhà nước chưa thực hiện khấu trừ thuế GTGT đối với trường hợp chủ đầu tư làm thủ tục tạm ứng vốn khi chưa có khối lượng công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản hoàn thành.
Các khoản thanh toán vốn đầu tư xây dựng cơ bản không có hợp đồng kinh tế như: thanh toán cho các công việc quản lý dự án do chủ đầu tư trực tiếp thực hiện. các khoản chi của ban quản lý dự án, chi giải phóng mặt bằng, chi đối với các dự án do dân tự làm,…. các khoản thanh toán đối với các công trình xây dựng cơ bản thuộc các dự án ODA, mà chủ đầu tư không thực hiện mở tài khoản và thanh toán qua Kho bạc Nhà nước. các khoản thanh toán vốn của các dự án đầu tư thuộc lĩnh vực an ninh, quốc phòng chi từ tài khoản tiền gửi tại Kho bạc Nhà nước mà Kho bạc Nhà nước không thực hiện kiểm soát chi. các trường hợp người nộp thuế chứng minh đã nộp đầy đủ tiền thuế vào ngân sách nhà nước thì không thuộc phạm vi khấu trừ thuế GTGT hướng dẫn tại Điều này.
Chủ đầu tư có trách nhiệm lập chứng từ thanh toán theo mẫu C2-02/NS “Giấy rút dự toán ngân sách” hoặc mẫu C3-01/NS “Giấy rút vốn đầu tư”, hoặc mẫu số C4-02/NS “ủy nhiệm chi chuyển khoản, chuyển tiền điện tử” ban hành kèm theo Thông tư số 08/2013/TT-BTC ngày 10/1/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện kế toán nhà nước áp dụng cho hệ thống thông tin quản lý ngân sách và nghiệp vụ kho bạc (TABMIS) (sau đây gọi là chứng từ thanh toán) gửi Kho bạc nhà nước nơi mở tài khoản giao dịch để kiểm soát, thanh toán theo quy định hiện hành và bổ sung thêm việc kê khai chi tiết tên, mã số thuế, cơ quan thuế quản lý của đơn vị nhận thầu hoặc cơ quan quản lý thuế nơi phát sinh công trình (trường hợp nhà thầu có hoạt động xây dựng, lắp đặt khác tỉnh/thành phố với nơi nhà thầu đóng trụ sở chính), Kho bạc nhà nước hạch toán khoản thu (là Kho bạc nhà nước ngang cấp với cơ quan thuế quản lý nhà thầu hoặc Kho bạc nhà nước nơi có công trình trong trường hợp nhà thầu có hoạt động xây dựng, lắp đặt khác địa bàn tỉnh/thành phố với nơi nhà thầu đóng trụ sở chính) vào phần “nộp thuế” để Kho bạc nhà nước thực hiện khấu trừ thuế GTGT và hạch toán thu ngân sách nhà nước.
Sau khi Kho bạc nhà nước thực hiện kiểm soát và phê duyệt các chứng từ thanh toán cho các công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước, các dự án ODA thuộc diện chịu thuế GTGT, Kho bạc nhà nước thực hiện xác nhận trên chứng từ thanh toán, hạch toán thu ngân sách nhà nước đối với khoản thuế GTGT đã khấu trừ và chuyển chứng từ cho cơ quan thuế quản lý theo thông tin về cơ quan quản lý thu ghi trên chứng từ.
Căn cứ vào hồ sơ chứng từ thanh toán được phê duyệt, Kho bạc nhà nước thực hiện thanh toán cho nhà thầu (bằng tổng số thanh toán trừ đi số thuế GTGT phải khấu trừ). Kho bạc nhà nước trả 02 liên chứng từ thanh toán cho chủ đầu tư để chủ đầu tư trả 01 liên cho nhà thầu. Số thuế GTGT do Kho bạc nhà nước khấu trừ theo chứng từ thanh toán này được trừ vào số thuế GTGT phải nộp của người nộp thuế là đơn vị nhận thầu. Chủ đầu tư thực hiện theo dõi việc giao nhận chứng từ thanh toán giữa chủ đầu tư với các đơn vị nhận thầu.
Kho bạc nhà nước có trách nhiệm phối hợp chặt chẽ với cơ quan thuế đồng cấp trong việc khấu trừ thu thuế GTGT các công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước trên địa bàn, đồng thời hạch toán thu ngân sách nhà nước đối với số thuế GTGT đã khấu trừ theo nguyên tắc:
*Nội dung này được sửa đổi bởi Khoản 8 Điều 1 Thông tư 119/2014/TT-BTC
Điều 1. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của của Luật Quản lý thuế. Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ như sau:
...
8. Sửa đổi, bổ sung khổ thứ 6, 7, 8, 9 khoản 3 Điều 28 Thông tư số 156/2013/TT-BTC như sau:
“Kho bạc nhà nước có trách nhiệm phối hợp chặt chẽ với cơ quan thuế đồng cấp trong việc khấu trừ thu thuế GTGT các công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước trên địa bàn, đồng thời hạch toán thu ngân sách nhà nước đối với số thuế GTGT đã khấu trừ theo nguyên tắc:
Công trình xây dựng cơ bản phát sinh tại địa phương cấp tỉnh nào, thì số thuế GTGT khấu trừ sẽ được hạch toán vào thu ngân sách của địa phương cấp tỉnh đó.
Đối với các công trình liên tỉnh thì chủ đầu tư phải tự xác định doanh thu công trình chi tiết theo từng tỉnh gửi Kho bạc nhà nước để khấu trừ thuế GTGT và hạch toán thu ngân sách cho từng tỉnh.
Đối với các công trình liên huyện, nếu xác định được doanh thu công trình chi tiết theo từng huyện, thì số thuế GTGT khấu trừ sẽ được Kho bạc Nhà nước hạch toán vào thu ngân sách của từng huyện tương ứng với số phát sinh doanh thu công trình. Đối với các công trình liên huyện mà không xác định được chính xác doanh thu công trình chi tiết theo từng địa bàn huyện, thì chủ đầu tư xác định tỷ lệ doanh thu của công trình trên từng địa bàn gửi KBNN thực hiện khấu trừ thuế GTGT, trường hợp chủ đầu tư không xác định được tỷ lệ doanh thu của công trình trên từng địa bàn thì giao Cục trưởng Cục thuế xem xét quyết định.”*
Công trình xây dựng cơ bản phát sinh tại địa phương cấp tỉnh nào, thì số thuế GTGT khấu trừ sẽ được hạch toán vào thu ngân sách của địa phương cấp tỉnh đó.
Đối với các công trình liên tỉnh thì chủ đầu tư phải tự xác định doanh thu công trình chi tiết theo từng tỉnh gửi Kho bạc nhà nước để khấu trừ thuế GTGT và hạch toán thu ngân sách cho từng tỉnh.
Riêng công trình phát sinh trong cùng tỉnh nhưng khác địa bàn huyện với nơi nhà thầu đóng trụ sở chính hoặc công trình phát sinh trên nhiều huyện (công trình liên huyện) thì Kho bạc nhà nước hạch toán thu ngân sách cho địa bàn nơi nhà thầu đóng trụ sở chính.