Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 14. Nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa chịu thuế GTGT bị tổn thất.
Các trường hợp tổn thất không được bồi thường được khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm: thiên tai, hỏa hoạn, các trường hợp tổn thất không được bảo hiểm bồi thường, hàng hóa mất phẩm chất, quá hạn sử dụng phải tiêu hủy. Cơ sở kinh doanh phải có đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh các trường hợp tổn thất không được bồi thường để khấu trừ thuế.
Trường hợp hàng hóa có hao hụt tự nhiên do tính chất lý hóa trong quá trình vận chuyển, bơm rót như xăng, dầu… thì được kê khai, khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của số lượng hàng hóa thực tế hao hụt tự nhiên không vượt quá định mức hao hụt theo quy định. Số thuế GTGT đầu vào của số lượng hàng hóa hao hụt vượt định mức không được khấu trừ, hoàn thuế.
Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ hình thành tài sản cố định là nhà ăn ca, nhà nghỉ giữa ca, phòng thay quần áo, nhà để xe, nhà vệ sinh, bể nước phục vụ cho người lao động trong khu vực sản xuất, kinh doanh và nhà ở, trạm y tế cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp được khấu trừ toàn bộ.
Trường hợp nhà ở cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp do cơ sở kinh doanh đi thuê thực hiện theo quy định của pháp luật về tiêu chuẩn thiết kế và giá cho thuê nhà ở công nhân khu công nghiệp thì thuế GTGT đối với khoản tiền thuê nhà trong trường hợp này được khấu trừ theo quy định. Trường hợp cơ sở kinh doanh xây dựng hoặc mua nhà ở ngoài khu công nghiệp phục vụ cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp, nhà xây dựng hoặc nhà mua thực hiện theo quy định của pháp luật về tiêu chuẩn thiết kế nhà ở công nhân khu công nghiệp thì thuế GTGT của nhà xây dựng, nhà mua phục vụ cho công nhân được khấu trừ toàn bộ.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có các chuyên gia nước ngoài sang Việt Nam công tác, giữ các chức vụ quản lý tại Việt Nam, hưởng lương tại Việt Nam theo hợp đồng lao động ký với cơ sở kinh doanh tại Việt Nam thì cơ sở kinh doanh không được khấu trừ thuế GTGT của khoản tiền thuê nhà cho các chuyên gia nước ngoài này.
Trường hợp các chuyên gia nước ngoài vẫn là nhân viên của doanh nghiệp ở nước ngoài, chịu sự điều động của doanh nghiệp ở nước ngoài, được doanh nghiệp ở nước ngoài trả lương và hưởng các chế độ của doanh nghiệp ở nước ngoài trong thời gian sang Việt Nam công tác, giữa doanh nghiệp ở nước ngoài và cơ sở kinh doanh tại Việt Nam có hợp đồng bằng văn bản nêu rõ doanh nghiệp tại Việt Nam phải chịu các chi phí về chỗ ở cho các chuyên gia nước ngoài trong thời gian công tác ở Việt Nam thì thuế GTGT của khoản tiền thuê nhà cho các chuyên gia nước ngoài làm việc tại Việt Nam do cơ sở kinh doanh tại Việt Nam chi trả được khấu trừ.

Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 18. Đối tượng và trường hợp được hoàn thuế GTGT
1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo. trường hợp lũy kế sau ít nhất mười hai tháng tính từ tháng đầu tiên hoặc sau ít nhất bốn quý tính từ quý đầu tiên phát sinh số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết mà vẫn còn số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế.
Ví dụ 71: Doanh nghiệp A thực hiện kê khai thuế GTGT theo tháng có số thuế GTGT đầu vào, đầu ra như sau:
(Bảng biểu xem chi tiết tại văn bản)
Theo ví dụ trên, doanh nghiệp A lũy kế sau 12 tháng tính từ tháng đầu tiên có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết (tháng 5/2014) đến tháng 4/2015 vẫn còn số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết. Doanh nghiệp A thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT với số thuế tối đa là 190 triệu đồng.
Ví dụ 72: Doanh nghiệp B thực hiện kê khai thuế GTGT theo tháng có số thuế GTGT đầu vào, đầu ra như sau:
(Bảng biểu xem chi tiết tại văn bản)
Theo ví dụ trên, doanh nghiệp B có tháng 1/2014, tháng 2/2014 và tháng 3/2014 có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết chuyển sang tháng 4/2014 để tiếp tục khấu trừ. Tháng 4/2014, doanh nghiệp B phát sinh số thuế phải nộp là 10 triệu đồng. Tháng 5/2015 doanh nghiệp B lại có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết, lũy kế sau 12 tháng tính từ tháng 5/2014 đến tháng 4/2015, doanh nghiệp B vẫn còn số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thì doanh nghiệp B thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT với số thuế tối đa là 180 triệu đồng.
Ví dụ 73: Doanh nghiệp C thực hiện kê khai thuế GTGT theo quý có số thuế GTGT đầu vào, đầu ra như sau:
(Bảng biểu xem chi tiết tại văn bản)
Theo ví dụ trên, doanh nghiệp C lũy kế sau 4 quý tính từ quý đầu tiên có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết (quý 2/2014) đến quý 1/2015 vẫn còn số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết. Doanh nghiệp C thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT với số thuế tối đa là 70 triệu đồng.
*Điều này được sửa đổi bởi Khoản 3 Điều 1 Thông tư 130/2016/TT-BTC
Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014, Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 và Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính) như sau:
...
3. Sửa đổi, bổ sung Điều 18 như sau:
“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết phát sinh trước kỳ tính thuế tháng 7/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trước kỳ tính thuế quý 3/2016 (đối với trường hợp kê khai theo quý) đủ điều kiện hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC thì cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế theo quy định của pháp luật.
Ví dụ: Doanh nghiệp A thực hiện khai thuế GTGT theo quý, tại kỳ tính thuế quý 3/2016 có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết là 80 triệu thì doanh nghiệp A được khấu trừ vào kỳ tính thuế quý 4/2016. Trường hợp các kỳ tính thuế quý 4/2016, quý 1/2017 và quý 2/2017 vẫn còn số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết thì doanh nghiệp A chuyển số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết để tiếp tục khấu trừ tại kỳ tính thuế quý 3/2017 và các kỳ tính thuế tiếp theo.*