Thông tư 129/2008/TT-BTC hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định 123/2008/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng do Bộ Tài chính ban hành

C. HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG
Đối tượng và trường hợp được hoàn thuế GTGT được quy định như sau:
...
3. Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động (trừ các doanh nghiệp hạch toán toàn ngành) thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư cơ sở sản xuất mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này.

Thông tư 06/2012/TT-BTC hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng, Nghị định 123/2008/NĐ-CP và 121/2011/NĐ-CP do Bộ Tài chính ban hành

Điều 18. Đối tượng và trường hợp được hoàn thuế GTGT
...
3. Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.
Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Trường hợp số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh và dự án đầu tư dưới 200 triệu đồng và 3 tháng chưa được khấu trừ hết thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này.
Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư cơ sở sản xuất mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này. Trường hợp có ban quản lý dự án thì ban quản lý dự án thực hiện đăng ký, kê khai lập hồ sơ hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế (trừ ban quản lý dự án cùng địa bàn tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính do doanh nghiệp trụ sở chính lập hồ sơ hoàn thuế GTGT). Khi dự án đầu tư thành lập doanh nghiệp mới đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
*Khoản 3 Điều 18 được sửa đổi bởi Khoản 10 Điều 1 Thông tư 65/2013/TT-BTC
10. Sửa đổi Khoản 3, Khoản 4 Điều 18 Mục 2 Chương III như sau:
“3. Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.
Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Trường hợp số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh và dự án đầu tư dưới 200 triệu đồng và 3 tháng chưa được khấu trừ hết thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này.
Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này. Trường hợp có ban quản lý dự án thì ban quản lý dự án thực hiện đăng ký, kê khai lập hồ sơ hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế (trừ ban quản lý dự án cùng địa bàn tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính do doanh nghiệp trụ sở chính lập hồ sơ hoàn thuế GTGT). Khi dự án đầu tư thành lập doanh nghiệp mới đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp."*

Nghị định 98/2007/NĐ-CP về xử lý vi phạm pháp luật về thuế và cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế

Điều 13. Xử phạt đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn
1. Các trường hợp khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, bao gồm:
a) Hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, tăng số thuế được miễn, giảm, nhưng người nộp thuế đã ghi chép kịp thời, đầy đủ, trung thực các nghiệp vụ kinh tế làm phát sinh nghĩa vụ thuế trên sổ kế toán, hoá đơn, chứng từ.
b) Hành vi khai sai của người nộp thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm không thuộc trường hợp quy định tại điểm a khoản 1 Điều này nhưng khi bị cơ quan có thẩm quyền phát hiện, người vi phạm đã tự giác nộp đủ số tiền thuế khai thiếu vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan thuế lập biên bản kiểm tra thuế, kết luận thanh tra thuế.
c) Hành vi khai sai của người nộp thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, số thuế được giảm đã bị cơ quan có thẩm quyền lập biên bản kiểm tra thuế, kết luận thanh tra thuế xác định là có hành vi khai man trốn thuế, nhưng nếu người nộp thuế vi phạm lần đầu, có tình tiết giảm nhẹ và đã tự giác nộp đủ số tiền thuế vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan có thẩm quyền ra quyết định xử lý thì cơ quan thuế lập biên bản ghi nhận để xác định lại hành vi khai thiếu thuế.
d) Sử dụng hoá đơn, chứng từ bất hợp pháp để hạch toán giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế được miễn, số tiền thuế được giảm, nhưng khi cơ quan thuế kiểm tra phát hiện, người mua chứng minh được lỗi vi phạm sử dụng hoá đơn bất hợp pháp thuộc về bên bán hàng và người mua đã hạch toán kế toán đầy đủ theo quy định.
2. Mức xử phạt đối với các hành vi vi phạm quy định tại khoản 1 Điều này là 10% tính trên số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm cao hơn so với mức quy định của pháp luật về thuế.
3. Cơ quan thuế xác định số tiền thuế thiếu, số tiền phạt. số ngày chậm nộp tiền thuế, tiền phạt chậm nộp tiền thuế và ra quyết định xử phạt đối với người nộp thuế.

Nghị định 98/2007/NĐ-CP về xử lý vi phạm pháp luật về thuế và cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế

Điều 13. Xử phạt đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn
1. Các trường hợp khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, bao gồm:
a) Hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, tăng số thuế được miễn, giảm, nhưng người nộp thuế đã ghi chép kịp thời, đầy đủ, trung thực các nghiệp vụ kinh tế làm phát sinh nghĩa vụ thuế trên sổ kế toán, hoá đơn, chứng từ.
b) Hành vi khai sai của người nộp thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm không thuộc trường hợp quy định tại điểm a khoản 1 Điều này nhưng khi bị cơ quan có thẩm quyền phát hiện, người vi phạm đã tự giác nộp đủ số tiền thuế khai thiếu vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan thuế lập biên bản kiểm tra thuế, kết luận thanh tra thuế.
c) Hành vi khai sai của người nộp thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, số thuế được giảm đã bị cơ quan có thẩm quyền lập biên bản kiểm tra thuế, kết luận thanh tra thuế xác định là có hành vi khai man trốn thuế, nhưng nếu người nộp thuế vi phạm lần đầu, có tình tiết giảm nhẹ và đã tự giác nộp đủ số tiền thuế vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan có thẩm quyền ra quyết định xử lý thì cơ quan thuế lập biên bản ghi nhận để xác định lại hành vi khai thiếu thuế.
d) Sử dụng hoá đơn, chứng từ bất hợp pháp để hạch toán giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế được miễn, số tiền thuế được giảm, nhưng khi cơ quan thuế kiểm tra phát hiện, người mua chứng minh được lỗi vi phạm sử dụng hoá đơn bất hợp pháp thuộc về bên bán hàng và người mua đã hạch toán kế toán đầy đủ theo quy định.
2. Mức xử phạt đối với các hành vi vi phạm quy định tại khoản 1 Điều này là 10% tính trên số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm cao hơn so với mức quy định của pháp luật về thuế.
3. Cơ quan thuế xác định số tiền thuế thiếu, số tiền phạt. số ngày chậm nộp tiền thuế, tiền phạt chậm nộp tiền thuế và ra quyết định xử phạt đối với người nộp thuế.

Nghị định 112/2009/NĐ-CP về quản lý chi phí đầu tư xây dựng công trình

Điều 4. Nội dung tổng mức đầu tư xây dựng công trình
...
3. Các chi phí của tổng mức đầu tư được quy định cụ thể như sau:
a) Chi phí xây dựng bao gồm: chi phí xây dựng các công trình, hạng mục công trình. chi phí phá dỡ các công trình xây dựng. chi phí san lấp mặt bằng xây dựng. chi phí xây dựng công trình tạm, công trình phụ trợ phục vụ thi công. nhà tạm tại hiện trường để ở và điều hành thi công.
b) Chi phí thiết bị bao gồm: chi phí mua sắm thiết bị công nghệ. chi phí đào tạo và chuyển giao công nghệ (nếu có). chi phí lắp đặt, thí nghiệm, hiệu chỉnh. chi phí vận chuyển, bảo hiểm. thuế và các loại phí liên quan khác.
c) Chi phí bồi thường, hỗ trợ và tái định cư bao gồm: chi phí bồi thường nhà, công trình trên đất, các tài sản gắn liền với đất theo quy định được bồi thường và chi phí bồi thường khác. các khoản hỗ trợ khi nhà nước thu hồi đất. chi phí tái định cư. chi phí tổ chức bồi thường, hỗ trợ và tái định cư. chi phí sử dụng đất trong thời gian xây dựng (nếu có). chi phí đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật (nếu có).
d) Chi phí quản lý dự án bao gồm các chi phí để tổ chức thực hiện quản lý dự án từ khi lập dự án đến khi hoàn thành, nghiệm thu bàn giao, đưa công trình vào khai thác sử dụng và chi phí giám sát, đánh giá dự án đầu tư.
đ) Chi phí tư vấn đầu tư xây dựng bao gồm: chi phí tư vấn khảo sát, lập dự án, thiết kế, giám sát xây dựng và các chi phí tư vấn khác liên quan.
e) Chi phí khác bao gồm: vốn lưu động trong thời gian sản xuất thử đối với các dự án đầu tư xây dựng nhằm mục đích kinh doanh. lãi vay trong thời gian xây dựng và các chi phí cần thiết khác.
g) Chi phí dự phòng bao gồm: chi phí dự phòng cho khối lượng công việc phát sinh và chi phí dự phòng cho yếu tố trượt giá trong thời gian thực hiện dự án.

Thông tư 28/2011/TT-BTC hướng dẫn Luật quản lý thuế, Nghị định 85/2007/NĐ-CP và 106/2010/NĐ-CP do Bộ Tài chính ban hành

Điều 10. Khai thuế giá trị gia tăng
...
3. Khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ:
...
c) Trường hợp người nộp thuế thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cùng nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư thì lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.
Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi đóng trụ sở chính. Nếu số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư. Trường hợp người nộp thuế có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương, Ban Quản lý dự án có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế phụ thuộc thì Ban quản lý dự án được lập hồ sơ khai thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế.
Riêng người nộp thuế là cơ sở kinh doanh hạch toán toàn ngành có dự án đầu tư bao gồm cả dự án đầu tư ở cùng tỉnh hay khác tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương với tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì thì lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư. Đối với những trường hợp Thủ tướng Chính phủ đồng ý hoặc giao Bộ Tài chính hướng dẫn thì được thực hiện theo hướng dẫn riêng của cơ quan có thẩm quyền.
Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tháng của dự án đầu tư bao gồm:
- Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư theo mẫu số 02/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
- Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-2/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.