Thông tư 28/2011/TT-BTC hướng dẫn Luật quản lý thuế, Nghị định 85/2007/NĐ-CP và 106/2010/NĐ-CP do Bộ Tài chính ban hành

Điều 10. Khai thuế giá trị gia tăng
1. Trách nhiệm nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế:
a) Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
...
d) Trường hợp người nộp thuế kê khai, nộp thuế theo phương pháp khấu trừ có cơ sở sản xuất trực thuộc (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu đóng trên địa bàn cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính thì:
Nếu cơ sở sản xuất trực thuộc có hạch toán kế toán thì phải đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ tại địa phương nơi sản xuất, khi điều chuyển bán thành phẩm hoặc thành phẩm, kể cả xuất cho trụ sở chính phải sử dụng hoá đơn giá trị gia tăng làm căn cứ kê khai, nộp thuế tại địa phương nơi sản xuất.
Nếu cơ sở sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán thì người nộp thuế thực hiện khai thuế tại trụ sở chính và nộp thuế cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc. Số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc được xác định theo tỷ lệ 2% (đối với hàng hoá chịu thuế suất thuế GTGT 10%) hoặc theo tỷ lệ 1% (đối với hàng hoá chịu thuế suất thuế GTGT 5%) trên doanh thu theo giá chưa có thuế GTGT của sản phẩm sản xuất ra hoặc sản phẩm cùng loại tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất.
Trường hợp tổng số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc do người nộp thuế xác định theo nguyên tắc nêu trên lớn hơn số thuế giá trị gia tăng phải nộp của người nộp thuế tại trụ sở chính thì người nộp thuế tự phân bổ số thuế phải nộp cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc như sau: Số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc được xác định bằng (=) số thuế giá trị gia tăng phải nộp của người nộp thuế tại trụ sở chính nhân (x) với tỷ lệ (%) giữa doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm do cơ sở trực thuộc sản xuất ra hoặc sản phẩm cùng loại tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc trên tổng doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra của toàn doanh nghiệp. Nếu người nộp thuế không phát sinh số thuế phải nộp tại trụ sở chính thì người nộp thuế không phải nộp thuế cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất.
Người nộp thuế phải lập và gửi “Bảng phân bổ thuế GTGT cho địa phương nơi đóng trụ sở chính và cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán” theo mẫu số 01-6/GTGT kèm theo Thông tư này cùng với hồ sơ khai thuế tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp, đồng thời gửi một bản Bảng phân bổ mẫu số 01-6/GTGT nêu trên tới các cơ quan thuế quản lý trực tiếp cơ sở sản xuất trực thuộc.
Căn cứ số thuế giá trị gia tăng được phân bổ giữa địa phương nơi đóng trụ sở chính của người nộp thuế và các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc trên Bảng phân bổ theo mẫu số 01-6/GTGT nêu trên, người nộp thuế lập chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng cho địa phương nơi có trụ sở chính và từng địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc. Trên chứng từ nộp thuế phải ghi rõ nộp vào tài khoản thu ngân sách nhà nước tại Kho bạc nhà nước đồng cấp với cơ quan thuế nơi trụ sở chính đăng ký kê khai thuế và địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc.
Ví dụ 1: Công ty A trụ sở tại Hà Nội có 2 đơn vị sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán đóng tại Hải Phòng và Hưng Yên. Sản phẩm sản xuất ra thuộc đối tượng áp dụng thuế suất thuế GTGT là 10% và do trụ sở chính xuất bán.
Trong kỳ khai thuế tháng 8/2011: doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hải Phòng là 500 triệu. doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hưng Yên là 600 triệu. Số thuế giá trị gia tăng phải nộp tại trụ sở chính của công ty A (theo tờ khai 01/GTGT) trong kỳ là: 25 triệu đồng.
Số thuế GTGT mà Công ty A phải nộp cho Hải Phòng là: 500 triệu x 2% = 10 triệu đồng.
Số thuế GTGT mà Công ty A phải nộp cho Hưng Yên là: 600 triệu x 2% = 12 triệu đồng.
Số thuế GTGT mà Công ty A phải nộp cho Hà Nội là: 25 triệu – 10 triệu - 12 triệu = 3 triệu đồng.
Ví dụ 2: Công ty A trụ sở tại Hà Nội có 3 nhà máy sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán đóng tại Hà Nội, Hải Phòng và Hưng Yên. Sản phẩm sản xuất ra do trụ sở chính xuất bán.
Trong kỳ khai thuế tháng 9/2011: doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hải Phòng là 500 triệu. doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hưng Yên là 600 triệu. doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hà Nội là 200 triệu.
Số thuế GTGT phải nộp tại trụ sở chính của Công ty A (theo tờ khai 01/GTGT) trong kỳ là: 20 triệu đồng.
Theo nguyên tắc tạm nộp tại các địa phương theo tỷ lệ 2% doanh thu đối với hàng hoá chịu thuế 10%, Công ty A xác định số thuế GTGT phải nộp cho Hải Phòng và Hưng Yên là: 500 triệu x 2% + 600 triệu x 2% = 22 triệu. Như vậy khi xác định theo nguyên tắc này thì số thuế phải nộp cho các địa phương sẽ lớn hơn số thuế GTGT phải nộp của Công ty A tại trụ sở chính. Vì vậy, Công ty A tự phân bổ số thuế GTGT phải nộp cho các địa phương như sau:
Số thuế GTGT mà Công ty A phải nộp cho Hải Phòng là:
20 triệu x 500 triệu / (500 triệu + 600 triệu +200 triệu) = 7.69 triệu đồng.
Số thuế GTGT mà Công ty A phải nộp cho Hưng Yên là:
20 triệu x 600 triệu / (500 triệu + 600 triệu + 200 triệu) = 9.23 triệu đồng.
Số thuế GTGT mà Công ty A phải nộp cho Hà Nội là: 20 triệu - 7.69 triệu - 9.23 triệu = 3.08 triệu đồng.
Ví dụ 3: Công ty A trụ sở tại Hà Nội có 2 đơn vị sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán đóng tại Hải Phòng và Hưng Yên. Sản phẩm sản xuất ra do trụ sở chính xuất bán.
Trong kỳ khai thuế tháng 10/2011: doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hải Phòng là 400 triệu. doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hưng Yên là 500 triệu. Tháng 10/2011, Công ty A không phát sinh số thuế phải nộp tại trụ sở chính. Công ty A cũng không phải nộp thuế giá trị gia tăng cho Hải Phòng và Hưng Yên.
e) Trường hợp người nộp thuế có hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai mà không thành lập đơn vị trực thuộc tại địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính (sau đây gọi là kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh) thì người nộp thuế phải nộp hồ sơ khai thuế cho Chi cục Thuế quản lý tại địa phương có hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai đó.
...
6. Khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh.
a) Người nộp thuế kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh thì khai thuế giá trị gia tăng tạm tính theo tỷ lệ 2% đối với hàng hoá, dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 10% hoặc theo tỷ lệ 1% đối với hàng hoá, dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5% trên doanh thu hàng hoá, dịch vụ chưa có thuế giá trị gia tăng với Chi cục Thuế quản lý địa phương nơi kinh doanh, bán hàng.
b) Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh là Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 05/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
c) Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh được nộp theo từng lần phát sinh doanh thu. Trường hợp phát sinh nhiều lần nộp hồ sơ khai thuế trong một tháng thì người nộp thuế có thể đăng ký với Chi cục Thuế nơi nộp hồ sơ khai thuế để chuyển sang nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo tháng.
d) Khi khai thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp, người nộp thuế phải tổng hợp doanh thu phát sinh và số thuế giá trị gia tăng đã nộp của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh trong hồ sơ khai thuế tại trụ sở chính. Số thuế đã nộp (theo chứng từ nộp tiền thuế) của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh được trừ vào số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo tờ khai thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế tại trụ sở chính.

Thông tư 156/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định 83/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 11. Khai thuế giá trị gia tăng
1. Trách nhiệm nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế
a) Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
...
d) Trường hợp người nộp thuế kê khai, nộp thuế theo phương pháp khấu trừ có cơ sở sản xuất trực thuộc (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu đóng trên địa bàn cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính thì:
Nếu cơ sở sản xuất trực thuộc có hạch toán kế toán thì phải đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ tại địa phương nơi sản xuất, khi điều chuyển bán thành phẩm hoặc thành phẩm, kể cả xuất cho trụ sở chính phải sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng làm căn cứ kê khai, nộp thuế tại địa phương nơi sản xuất.
Nếu cơ sở sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán thì người nộp thuế thực hiện khai thuế tại trụ sở chính và nộp thuế cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc. Số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc được xác định theo tỷ lệ 2% (đối với hàng hóa chịu thuế suất thuế GTGT 10%) hoặc theo tỷ lệ 1% (đối với hàng hóa chịu thuế suất thuế GTGT 5%) trên doanh thu theo giá chưa có thuế GTGT của sản phẩm sản xuất ra. Việc xác định doanh thu của sản phẩm sản xuất ra được xác định trên cơ sở giá thành sản phẩm hoặc doanh thu của sản phẩm cùng loại tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất.
Trường hợp tổng số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc do người nộp thuế xác định theo nguyên tắc nêu trên lớn hơn số thuế giá trị gia tăng phải nộp của người nộp thuế tại trụ sở chính thì người nộp thuế tự phân bổ số thuế phải nộp cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc như sau: Số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc được xác định bằng (=) số thuế giá trị gia tăng phải nộp của người nộp thuế tại trụ sở chính nhân (x) với tỷ lệ (%) giữa doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm do cơ sở trực thuộc sản xuất ra hoặc sản phẩm cùng loại tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc trên tổng doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra của toàn doanh nghiệp. Nếu người nộp thuế không phát sinh số thuế phải nộp tại trụ sở chính thì người nộp thuế không phải nộp thuế cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất.
Người nộp thuế phải lập và gửi “Bảng phân bổ thuế GTGT cho địa phương nơi đóng trụ sở chính và cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán” theo mẫu số 01-6/GTGT kèm theo Thông tư này cùng với hồ sơ khai thuế tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp, đồng thời gửi một bản Bảng phân bổ mẫu số 01-6/GTGT nêu trên tới các cơ quan thuế quản lý trực tiếp cơ sở sản xuất trực thuộc.
Căn cứ số thuế giá trị gia tăng được phân bổ giữa địa phương nơi đóng trụ sở chính của người nộp thuế và các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc trên Bảng phân bổ theo mẫu số 01-6/GTGT nêu trên, người nộp thuế lập chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng cho địa phương nơi có trụ sở chính và từng địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc. Trên chứng từ nộp thuế phải ghi rõ nộp vào tài khoản thu ngân sách nhà nước tại Kho bạc nhà nước đồng cấp với cơ quan thuế nơi trụ sở chính đăng ký kê khai thuế và địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc.
Ví dụ 13: Công ty A trụ sở tại Hà Nội có 2 đơn vị sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán đóng tại Hải Phòng và Hưng Yên. Sản phẩm sản xuất ra thuộc đối tượng áp dụng thuế suất thuế GTGT là 10% và do trụ sở chính xuất bán.
Trong kỳ khai thuế tháng 8/2014: doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hải Phòng là 500 triệu. doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hưng Yên là 600 triệu. Số thuế giá trị gia tăng phải nộp tại trụ sở chính của công ty A (theo tờ khai 01/GTGT) trong kỳ là: 25 triệu đồng.
Số thuế GTGT mà Công ty A phải nộp cho Hải Phòng là:
500 triệu x 2% = 10 triệu đồng.
Số thuế GTGT mà Công ty A phải nộp cho Hưng Yên là:
600 triệu x 2% = 12 triệu đồng.
Số thuế GTGT mà Công ty A phải nộp cho Hà Nội là:
25 triệu - 10 triệu - 12 triệu = 3 triệu đồng.
Ví dụ 14: Công ty A trụ sở tại Hà Nội có 3 nhà máy sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán đóng tại Hà Nội, Hải Phòng và Hưng Yên. Sản phẩm sản xuất ra do trụ sở chính xuất bán.
Trong kỳ khai thuế tháng 9/2014: doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hải Phòng là 500 triệu. doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hưng Yên là 600 triệu. doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hà Nội là 200 triệu.
Số thuế GTGT phải nộp tại trụ sở chính của Công ty A (theo tờ khai 01/GTGT) trong kỳ là: 20 triệu đồng.
Theo nguyên tắc tạm nộp tại các địa phương theo tỷ lệ 2% doanh thu đối với hàng hóa chịu thuế 10%, Công ty A xác định số thuế GTGT phải nộp cho Hải Phòng và Hưng Yên là: 500 triệu x 2% + 600 triệu x 2% = 22 triệu. Như vậy khi xác định theo nguyên tắc này thì số thuế phải nộp cho các địa phương sẽ lớn hơn số thuế GTGT phải nộp của Công ty A tại trụ sở chính. Vì vậy, Công ty A tự phân bổ số thuế GTGT phải nộp cho các địa phương như sau:
Số thuế GTGT mà Công ty A phải nộp cho Hải Phòng là:
20 triệu x 500 triệu / (500 triệu + 600 triệu +200 triệu) = 7.69 triệu đồng.
Số thuế GTGT mà Công ty A phải nộp cho Hưng Yên là:
20 triệu x 600 triệu / (500 triệu + 600 triệu + 200 triệu) = 9.23 triệu đồng.
Số thuế GTGT mà Công ty A phải nộp cho Hà Nội là:
20 triệu - 7.69 triệu - 9.23 triệu = 3.08 triệu đồng.
Ví dụ 15: Công ty A trụ sở tại Hà Nội có 2 đơn vị sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán đóng tại Hải Phòng và Hưng Yên. Sản phẩm sản xuất ra do trụ sở chính xuất bán.
Trong kỳ khai thuế tháng 10/2014: doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hải Phòng là 400 triệu. doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hưng Yên là 500 triệu. Tháng 10/2014, Công ty A không phát sinh số thuế phải nộp tại trụ sở chính. Công ty A cũng không phải nộp thuế giá trị gia tăng cho Hải Phòng và Hưng Yên.
đ) Trường hợp người nộp thuế có hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh không thuộc trường hợp quy định tại điểm c khoản 1 Điều này, mà không thành lập đơn vị trực thuộc tại địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính (sau đây gọi là kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh) thì người nộp thuế phải nộp hồ sơ khai thuế cho cơ quan thuế quản lý tại địa phương có hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh.
Căn cứ tình hình thực tế trên địa bàn quản lý, giao Cục trưởng Cục Thuế địa phương quyết định về nơi kê khai thuế đối với hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh.
Ví dụ 16: Công ty A trụ sở tại Hải Phòng, ký hợp đồng cung cấp xi măng cho Công ty B có trụ sở tại Hà Nội, theo hợp đồng, hàng hóa sẽ được Công ty A giao tại công trình mà công ty B đang xây dựng tại Hà Nội, thì hoạt động bán hàng này không được gọi là bán hàng vãng lai ngoại tỉnh. Công ty A thực hiện kê khai thuế GTGT tại Hải Phòng, không phải thực hiện kê khai bán hàng vãng lai đối với doanh thu từ hợp đồng bán hàng cho Công ty B tại Hà Nội.
Ví dụ 17: Công ty B có trụ sở tại thành phố Hồ Chí Minh, có các kho hàng tại Hải Phòng, Nghệ An không có chức năng kinh doanh. Khi Công ty B xuất bán hàng hóa tại kho ở Hải Phòng cho Công ty C tại Hưng Yên thì Công ty B không phải kê khai thuế GTGT bán hàng vãng lai tại địa phương nơi có các kho hàng (Hải Phòng, Nghệ An).
Ví dụ 18:
- Công ty A có trụ sở tại Hà Nội, ký hợp đồng với Công ty B chỉ để thực hiện tư vấn, khảo sát, thiết kế công trình được xây dựng tại Sơn La mà Công ty B là chủ đầu tư thì hoạt động này không phải hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt ngoại tỉnh. Công ty A thực hiện khai thuế GTGT đối với hợp đồng này tại trụ sở chính tại Hà Nội, không phải thực hiện kê khai tại Sơn La.
- Công ty A có trụ sở tại Hà Nội, ký hợp đồng với Công ty C để thực hiện công trình được xây dựng (trong đó có bao gồm cả hoạt động khảo sát, thiết kế) tại Sơn La mà Công ty C là chủ đầu tư thì Công ty A thực hiện khai thuế GTGT xây dựng vãng lai đối với hợp đồng này tại Sơn La.
Ví dụ 19: Công ty B trụ sở tại Hà Nội bán máy điều hòa cho khách tại Hòa Bình (bao gồm cả lắp đặt) thì Công ty B không phải nộp vãng lai tại Hòa Bình.
Ví dụ 20: Công ty A có trụ sở tại Hà Nội mua 10 căn nhà thuộc 1 dự án của Công ty B tại thành phố Hồ Chí Minh. Sau đó Công ty A bán lại các căn nhà này và thực hiện xuất hóa đơn cho khách hàng C thì Công ty A phải thực hiện kê khai, nộp thuế đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh theo tỷ lệ % doanh thu với cơ quan thuế tại thành phố Hồ Chí Minh.
*Điểm này được sửa đổi bởi Điểm a Khoản 1 Điều 2 Thông tư 26/2015/TT-BTC
Điều 2. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế. Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014) như sau:
1. Sửa đổi, bổ sung Điều 11 (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính) như sau:
a) Sửa đổi điểm đ Khoản 1 Điều 11 như sau:
“đ) Trường hợp người nộp thuế có hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh mà giá trị công trình xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh bao gồm cả thuế GTGT từ 1 tỷ đồng trở lên, và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh không thuộc trường hợp quy định tại điểm c khoản 1 Điều này, mà không thành lập đơn vị trực thuộc tại địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính (sau đây gọi là kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh) thì người nộp thuế phải nộp hồ sơ khai thuế cho cơ quan thuế quản lý tại địa phương có hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh.
Căn cứ tình hình thực tế trên địa bàn quản lý, giao Cục trưởng Cục Thuế địa phương quyết định về nơi kê khai thuế đối với hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh.
Ví dụ 16: Công ty A trụ sở tại Hải Phòng ký hợp đồng cung cấp xi măng cho Công ty B có trụ sở tại Hà Nội. Theo hợp đồng, hàng hóa sẽ được Công ty A giao tại công trình mà công ty B đang xây dựng tại Hà Nội. Hoạt động bán hàng này không được gọi là bán hàng vãng lai ngoại tỉnh. Công ty A thực hiện kê khai thuế GTGT tại Hải Phòng, không phải thực hiện kê khai thuế GTGT tại Hà Nội đối với doanh thu từ hợp đồng bán hàng cho Công ty B.
Ví dụ 17: Công ty B có trụ sở tại thành phố Hồ Chí Minh có các kho hàng tại Hải Phòng, Nghệ An không có chức năng kinh doanh. Khi Công ty B xuất bán hàng hóa tại kho ở Hải Phòng cho Công ty C tại Hưng Yên thì Công ty B không phải kê khai thuế GTGT tại địa phương nơi có các kho hàng (Hải Phòng, Nghệ An).
Ví dụ 18:
- Công ty A có trụ sở tại Hà Nội ký hợp đồng với Công ty B chỉ để thực hiện tư vấn, khảo sát, thiết kế công trình được xây dựng tại Sơn La mà Công ty B là chủ đầu tư thì hoạt động này không phải hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt ngoại tỉnh. Công ty A thực hiện khai thuế GTGT đối với hợp đồng này tại trụ sở chính tại Hà Nội, không phải thực hiện kê khai thuế GTGT tại Sơn La.
- Công ty A có trụ sở tại Hà Nội ký hợp đồng với Công ty C để thực hiện công trình được xây dựng (trong đó có bao gồm cả hoạt động khảo sát, thiết kế) tại Sơn La mà Công ty C là chủ đầu tư, giá trị công trình bao gồm cả thuế GTGT trên 1 tỷ đồng thì Công ty A thực hiện khai thuế GTGT xây dựng ngoại tỉnh đối với hợp đồng này tại Sơn La.
- Công ty A có trụ sở tại Hà Nội ký hợp đồng với Công ty Y để thực hiện công trình được xây dựng (trong đó có bao gồm cả hoạt động khảo sát, thiết kế) tại Yên Bái mà Công ty C là chủ đầu tư, giá trị công trình bao gồm cả thuế GTGT là 770 triệu đồng thì Công ty A không phải thực hiện khai thuế GTGT xây dựng ngoại tỉnh đối với hợp đồng này tại Sơn La
Ví dụ 19: Công ty B trụ sở tại Hà Nội bán máy điều hoà cho khách tại Hòa Bình (bao gồm cả lắp đặt) thì Công ty B không phải kê khai thuế GTGT tại Hoà Bình.
Ví dụ 20: Công ty A có trụ sở tại Hà Nội mua 10 căn nhà thuộc 1 dự án của Công ty B tại thành phố Hồ Chí Minh. Sau đó Công ty A bán lại các căn nhà này và thực hiện xuất hóa đơn cho khách hàng C thì Công ty A phải thực hiện kê khai, nộp thuế đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh theo tỷ lệ % doanh thu với cơ quan thuế tại thành phố Hồ Chí Minh.”*
...
6. Khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh không thuộc trường hợp hướng dẫn tại điểm c khoản 1 Điều này.
a) Người nộp thuế kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh thì khai thuế giá trị gia tăng tạm tính theo tỷ lệ 2% đối với hàng hoá, dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 10% hoặc theo tỷ lệ 1% đối với hàng hoá, dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5% trên doanh thu hàng hoá, dịch vụ chưa có thuế giá trị gia tăng với cơ quan Thuế quản lý địa phương nơi kinh doanh, bán hàng.
b) Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh là Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 05/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
c) Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh được nộp theo từng lần phát sinh doanh thu. Trường hợp phát sinh nhiều lần nộp hồ sơ khai thuế trong một tháng thì người nộp thuế có thể đăng ký với Cơ quan thuế nơi nộp hồ sơ khai thuế để nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo tháng.
d) Khi khai thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp, người nộp thuế phải tổng hợp doanh thu phát sinh và số thuế giá trị gia tăng đã nộp của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh trong hồ sơ khai thuế tại trụ sở chính. Số thuế đã nộp (theo chứng từ nộp tiền thuế) của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh được trừ vào số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo tờ khai thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế tại trụ sở chính.
*Điểm này được sửa đổi bởi Điểm e Khoản 1 Điều 2 Thông tư 26/2015/TT-BTC
Điều 2. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế. Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014) như sau:
1. Sửa đổi, bổ sung Điều 11 (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính) như sau:
...
e) Sửa đổi Khoản 6 Điều 11 như sau:
“6. Khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh không thuộc trường hợp hướng dẫn tại điểm c khoản 1 Điều này.
a) Người nộp thuế kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh thì khai thuế giá trị gia tăng tạm tính theo tỷ lệ 2% đối với hàng hoá chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 10% hoặc theo tỷ lệ 1% đối với hàng hoá chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5% trên doanh thu hàng hoá chưa có thuế giá trị gia tăng với cơ quan Thuế quản lý địa phương nơi có hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh.
b) Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh là Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 05/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính.
c) Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh được nộp theo từng lần phát sinh doanh thu. Trường hợp phát sinh nhiều lần nộp hồ sơ khai thuế trong một tháng thì người nộp thuế có thể đăng ký với Cơ quan thuế nơi nộp hồ sơ khai thuế để nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo tháng.
d) Khi khai thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp, người nộp thuế phải tổng hợp doanh thu phát sinh và số thuế giá trị gia tăng đã nộp của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh trong hồ sơ khai thuế tại trụ sở chính. Số thuế đã nộp (theo chứng từ nộp tiền thuế) của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh được trừ vào số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo tờ khai thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế tại trụ sở chính.”*
...
Điều 33. Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa
1. Tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt được coi là nộp thừa khi:
a) Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp đối với từng loại thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) quy định của mục lục ngân sách nhà nước trong thời hạn 10 (mười) năm tính từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước. Đối với loại thuế phải quyết toán thuế thì người nộp thuế chỉ được xác định số thuế nộp thừa khi có số thuế đã nộp lớn hơn số thuế phải nộp theo quyết toán thuế.
b) Người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường, thuế thu nhập cá nhân (trừ trường hợp nêu tại điểm a khoản này).
2. Người nộp thuế có quyền giải quyết số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo thứ tự quy định sau:
a) Bù trừ tự động với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ hoặc còn phải nộp của cùng loại thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 29 Thông tư này (trừ trường hợp nêu tại điểm b khoản 1 Điều này).
b) Bù trừ tự động với số tiền phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo của từng loại thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) quy định của mục lục ngân sách nhà nước (trừ trường hợp nêu tại điểm b khoản 1 Điều này). Trường hợp quá 06 (sáu) tháng kể từ thời điểm phát sinh số tiền thuế nộp thừa mà không phát sinh khoản phải nộp tiếp theo thì thực hiện theo hướng dẫn tại điểm c khoản này.
c) Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo hướng dẫn tại điểm b khoản 1 Điều này và người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quy định tại điểm a khoản này sau khi thực hiện bù trừ theo hướng dẫn tại điểm a, điểm b khoản này mà vẫn còn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thì người nộp thuế gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế trực tiếp quản lý để được giải quyết hoàn thuế theo hướng dẫn tại Chương VII Thông tư này.
- Trường hợp người nộp thuế được hoàn thuế, vẫn còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt thì phải thực hiện bù trừ trước khi hoàn thuế. Thứ tự thanh toán bù trừ được thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 29 Thông tư này.
Trường hợp kết quả thanh tra, kiểm tra hoàn thuế xác định người nộp thuế vừa có số tiền thuế được hoàn, vừa có số tiền thuế bị truy thu, số tiền chậm nộp, tiền phạt thì cơ quan thuế ban hành quyết định xử lý vi phạm pháp luật về thuế đồng thời bù trừ ngay số tiền thuế được hoàn với số tiền thuế bị truy thu, số tiền chậm nộp, tiền phạt của người nộp thuế khi ra quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước.
Trường hợp số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ của người nộp thuế vừa phải nộp vào tài khoản thu ngân sách nhà nước vừa phải nộp vào tài khoản tạm thu, tạm giữ của ngân sách thì ưu tiên bù trừ cho số tiền phải nộp vào tài khoản thu ngân sách nhà nước.
Trường hợp người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt thuộc nhiều địa bàn thu ngân sách khác nhau thì được ưu tiên bù trừ đối với loại thuế có cùng địa bàn hạch toán thu ngân sách với loại thuế nộp thừa.
Trường hợp người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của nhiều cơ quan quản lý thuế khác nhau thì được ưu tiên bù trừ đối với loại thuế có cùng cơ quan quản lý loại thuế nộp thừa.
Trường hợp người nộp thuế được hoàn thuế, vẫn còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nhưng không đề nghị bù trừ khi đề nghị hoàn thuế, cơ quan thuế ra thông báo gửi người nộp thuế và phải thực hiện bù trừ số được hoàn với số thuế còn nợ ngân sách khi quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế.
- Trường hợp sau khi thực hiện bù trừ, người nộp thuế vẫn còn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thì được ngân sách nhà nước hoàn trả theo quy định.
Trường hợp hoàn các khoản thuế nộp thừa (trừ hoàn thuế TNCN) mà người nộp thuế nộp tiền thuế tại nhiều địa phương khác, khi thực hiện bù trừ số thuế nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ nêu tại điểm c khoản này, cơ quan thuế phải ghi rõ số tiền hoàn trả từ ngân sách nhà nước của từng địa phương theo tỷ lệ tương ứng với số tiền thuế đã nộp ngân sách nhà nước tại từng địa phương đó.
d) Hồ sơ hoàn thuế, thủ tục giải quyết hồ sơ hoàn thuế, thủ tục hoàn trả tiền thuế bù trừ với khoản thu NSNN được thực hiện theo hướng dẫn tại Chương VII Thông tư này.
3. Việc hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa cho người nộp thuế đã chết, mất tích, mất năng lực hành vi dân sự được thực hiện như sau:
a) Đối với người nộp thuế được pháp luật coi là đã chết:
Trường hợp di sản đã được chia thì việc hoàn trả tiền thuế nộp thừa, tiền chậm nộp, tiền phạt của người chết được thực hiện cho những người hưởng thừa kế trong phạm vi di sản do người chết để lại, nhưng không vượt quá phần tài sản mà mình được nhận, trừ trường hợp có thỏa thuận khác.
Trường hợp di sản chưa được chia thì việc hoàn trả tiền thuế tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa của người chết được thực hiện cho người quản lý di sản.
Trường hợp Nhà nước, cơ quan, tổ chức hưởng di sản theo di chúc thì cũng được hoàn trả tiền thuế tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa của người chết để lại như người thừa kế là cá nhân.
Trong trường hợp không có người thừa kế theo di chúc, theo pháp luật hoặc có nhưng từ chối nhận di sản thì việc hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa của người chết để lại được thực hiện theo quy định của pháp luật dân sự.
b) Đối với người nộp thuế bị tuyên bố mất tích, người bị tuyên bố mất năng lực hành vi dân sự, việc hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được thực hiện bởi người mà tòa án giao quản lý tài sản của người bị tuyên bố mất tích, người bị tuyên bố mất năng lực hành vi dân sự thực hiện trong phạm vi tài sản được giao quản lý.
c) Phương thức hoàn trả số thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa cho người nộp thuế đã chết, mất tích, mất năng lực hành vi dân sự được thực hiện theo hướng dẫn tại khoản 2 Điều này.
4. Tổ chức, cá nhân chi trả thu nhập từ tiền lương, tiền công được cá nhân ủy quyền quyết toán thuế thu nhập cá nhân có trách nhiệm bù trừ số thuế nộp thừa, nộp thiếu, khấu trừ số thuế còn phải nộp, trả cho cá nhân nộp thừa khi quyết toán thuế. Tổ chức, cá nhân chi trả thu nhập ứng trước tiền để trả cho cá nhân có số thuế nộp thừa và thực hiện quyết toán với cơ quan thuế như sau:
a) Trường hợp trên tờ khai quyết toán thuế (mẫu số 05/KK-TNCN ban hành kèm theo Thông tư này), nghĩa vụ quyết toán thay cho cá nhân có số thuế nộp thừa, thì tổ chức, cá nhân chi trả thu nhập thực hiện như sau:
- Trường hợp trên bảng kê 05-1/BK-TNCN chỉ có cá nhân nộp thừa thì tổ chức, cá nhân chi trả thu nhập thực hiện bù trừ hoặc đề nghị hoàn trả theo hướng dẫn tại khoản 5 Điều này.
- Trường hợp trên bảng kê 05-1/BK-TNCN có tổng số tiền thuế của các cá nhân nộp thừa lớn hơn tổng số tiền thuế của các cá nhân nộp thiếu thì tổ chức, cá nhân chi trả thu nhập khấu trừ tiền thuế của cá nhân nộp thiếu để hoàn trả cho các cá nhân nộp thừa. Sau khi thực hiện bù trừ, tổ chức, cá nhân chi trả thu nhập thực hiện bù trừ hoặc đề nghị hoàn trả theo hướng dẫn tại khoản 5 Điều này.
b) Trường hợp trên tờ khai quyết toán thuế, nghĩa vụ quyết toán thay cho cá nhân có số thuế còn phải nộp ngân sách nhà nước thì tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện khấu trừ tiền thuế của cá nhân nộp thiếu để hoàn trả cho các cá nhân nộp thừa. Sau khi thực hiện bù trừ, tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện bù trừ hoặc đề nghị hoàn trả theo hướng dẫn tại khoản 5 Điều này.
5. Nghĩa vụ quyết toán thay cho cá nhân được bù trừ với nghĩa vụ khấu trừ của tổ chức, cá nhân chi trả thu nhập.
- Trường hợp nghĩa vụ quyết toán thay cho cá nhân có số thuế nộp thừa, đồng thời nghĩa vụ khấu trừ cũng có số thuế nộp thừa thì tổ chức, cá nhân chi trả thu nhập lập Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/ĐNHT ban hành tại Thông tư này cho cả 2 nghĩa vụ này, gửi cơ quan thuế trực tiếp quản lý để hoàn trả thuế.
- Trường hợp nghĩa vụ quyết toán thay cho cá nhân có số thuế nộp thừa, đồng thời nghĩa vụ khấu trừ không có số thuế còn phải nộp hoặc không có số thuế nộp thừa {số thuế bằng 0 (không)} thì tổ chức, cá nhân chi trả thu nhập lập Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/ĐNHT ban hành tại Thông tư này gửi cơ quan thuế trực tiếp quản lý để hoàn trả thuế theo quy định.
- Trường hợp nghĩa vụ khấu trừ có số thuế nộp thừa, đồng thời nghĩa vụ quyết toán thay không có số thuế còn phải nộp hoặc không có số thuế nộp thừa {số thuế bằng 0 (không)}thì tổ chức, cá nhân chi trả thu nhập lập Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/ĐNHT ban hành tại Thông tư này gửi cơ quan thuế trực tiếp quản lý để hoàn trả thuế theo quy định.
- Trường hợp nghĩa vụ quyết toán thay cho cá nhân có số thuế nộp thừa, đồng thời nghĩa vụ khấu trừ có số thuế còn phải nộp hoặc nghĩa vụ quyết toán thay cho cá nhân có số thuế còn phải nộp, đồng thời nghĩa vụ khấu trừ có số thuế nộp thừa thì tổ chức, cá nhân chi trả thu nhập lập Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/ĐNHT ban hành tại Thông tư này để thực hiện bù trừ, trong đó ghi rõ nội dung phần đề nghị bù trừ cho khoản phải nộp gửi cơ quan thuế trực tiếp quản lý để hoàn trả thuế theo quy định.
*Khoản này được sửa đổi bởi Điều 22 Thông tư 92/2015/TT-BTC
Điều 22. Sửa đổi, bổ sung khoản 5 Điều 33 Thông tư số 156/2013/TT-BTC như sau:
“5. Nghĩa vụ quyết toán thay cho cá nhân được bù trừ với nghĩa vụ khấu trừ của tổ chức, cá nhân chi trả thu nhập. Trường hợp sau khi bù trừ có số thuế phải nộp thì tổ chức, cá nhân trả thu nhập phải nộp đủ số thuế còn thiếu vào ngân sách nhà nước. Trường hợp sau khi bù trừ có số thuế nộp thừa được cơ quan thuế tự động bù trừ vào số thuế phải nộp của kỳ tính thuế tiếp theo hoặc tổ chức, cá nhân trả thu nhập lập Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/ĐNHT ban hành tại Thông tư số 156/2013/TT-BTC gửi cơ quan thuế trực tiếp quản lý để hoàn trả thuế theo quy định.”*
...
Điều 58. Giải quyết hồ sơ hoàn thuế
1. Tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế
a) Đối với hồ sơ hoàn thuế của tổ chức, cá nhân là người nộp thuế và có mã số thuế thì được nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp của tổ chức, cá nhân đó.
Đối với hồ sơ hoàn thuế của tổ chức, cá nhân không phải là người nộp thuế thì nộp tại Cục Thuế quản lý địa bàn nơi tổ chức có trụ sở điều hành, nơi cá nhân có địa chỉ thường trú.
Đối với hồ sơ hoàn thuế của tổ chức, cá nhân trả thu nhập và cá nhân trực tiếp nộp hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân thì được nộp tại nơi nộp hồ sơ quyết toán thuế.
b) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế được nộp trực tiếp tại cơ quan thuế, công chức quản lý thuế tiếp nhận và đóng dấu tiếp nhận hồ sơ, ghi thời gian nhận hồ sơ, ghi nhận các tài liệu trong hồ sơ.
c) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế được gửi qua đường bưu chính, công chức quản lý thuế đóng dấu ghi ngày nhận hồ sơ và ghi vào sổ văn thư của cơ quan thuế.
d) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế được nộp thông qua giao dịch điện tử thì việc tiếp nhận, kiểm tra, chấp nhận hồ sơ hoàn thuế do cơ quan thuế thực hiện thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử.
đ) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế chưa đầy đủ, trong thời hạn 03 (ba) ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế phải thông báo cho người nộp thuế để hoàn chỉnh hồ sơ.
2. Các trường hợp thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế
- Hoàn thuế theo quy định của điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.
- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu, trừ trường hợp đề nghị hoàn thuế thu nhập cá nhân. Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế là người nộp thuế có hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi đến cơ quan thuế lần đầu và thuộc đối tượng, trường hợp được hoàn thuế. Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi đến cơ quan thuế lần đầu nhưng không thuộc diện được hoàn thuế theo quy định thì lần đề nghị hoàn thuế kế tiếp theo vẫn xác định là đề nghị hoàn thuế lần đầu.
- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 (hai) năm, kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế.
Trường hợp người nộp thuế có nhiều lần đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 (hai) năm, nếu trong lần đề nghị hoàn thuế đầu tiên tính từ sau thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế, cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không có hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn quy định tại khoản 33 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế, hoặc hành vi trốn thuế, gian lận thuế quy định tại Điều 108 Luật Quản lý thuế và khoản 34 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế thì những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế. Trường hợp phát hiện những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, người nộp thuế vẫn có hành vi khai sai đối với hồ sơ hoàn thuế, hành vi trốn thuế, gian lận thuế quy định tại khoản 33 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế, Điều 108 Luật Quản lý thuế và khoản 34 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế thì hồ sơ đề nghị hoàn thuế vẫn thuộc đối tượng kiểm tra trước hoàn theo đúng thời hạn 02 (hai) năm kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế.
- Hàng hóa, dịch vụ trong bộ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không thực hiện giao dịch thanh toán qua ngân hàng theo quy định, bao gồm cả hàng hóa, dịch vụ mua bán trong nội địa và hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, nhập khẩu. Quy định này không áp dụng đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT, cụ thể: Trường hợp hàng hóa, dịch vụ trong bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT không thực hiện thanh toán qua ngân hàng theo quy định của pháp luật thuế GTGT thì cơ quan thuế không phải thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trước khi hoàn thuế và xử lý không hoàn thuế GTGT đối với số thuế GTGT liên quan đến hàng hóa, dịch vụ này.
- Doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động. giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước.
- Hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế. hoặc có giải trình, bổ sung lần hai nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng. Quy định này không áp dụng đối với phần hàng hóa, dịch vụ đủ điều kiện và thủ tục hoàn thuế theo quy định.
*Khoản này được sửa đổi bởi Điểm a Khoản 14 Điều 2 Thông tư 26/2015/TT-BTC
Điều 2. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế. Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014) như sau:
...
14. Sửa đổi, bổ sung Điều 58 như sau:
a) Sửa đổi, bổ sung Khoản 2 như sau:
“2. Các trường hợp thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế
- Hoàn thuế theo quy định của điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên. Riêng đối với hồ sơ hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần của các hãng vận tải nước ngoài thì thực hiện theo hướng dẫn tại điểm b Khoản 14 Điều 2 Thông tư này.
- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu, trừ trường hợp đề nghị hoàn thuế thu nhập cá nhân. Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế là người nộp thuế có hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi đến cơ quan thuế lần đầu và thuộc đối tượng, trường hợp được hoàn thuế. Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi đến cơ quan thuế lần đầu nhưng không thuộc diện được hoàn thuế theo quy định thì lần đề nghị hoàn thuế kế tiếp theo vẫn xác định là đề nghị hoàn thuế lần đầu.
- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 (hai) năm, kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế.
Trường hợp người nộp thuế có nhiều lần đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 (hai) năm, nếu trong lần đề nghị hoàn thuế đầu tiên tính từ sau thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế, cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không có hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn quy định tại khoản 33 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế, hoặc hành vi trốn thuế, gian lận thuế quy định tại Điều 108 Luật Quản lý thuế và khoản 34 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế thì những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế. Trường hợp phát hiện những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, người nộp thuế vẫn có hành vi khai sai đối với hồ sơ hoàn thuế, hành vi trốn thuế, gian lận thuế quy định tại khoản 33 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế, Điều 108 Luật Quản lý thuế và khoản 34 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế thì hồ sơ đề nghị hoàn thuế vẫn thuộc đối tượng kiểm tra trước hoàn theo đúng thời hạn 02 (hai) năm kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế.
- Hàng hóa, dịch vụ trong bộ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không thực hiện giao dịch thanh toán qua ngân hàng theo quy định, bao gồm cả hàng hóa, dịch vụ mua bán trong nội địa và hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, nhập khẩu. Quy định này không áp dụng đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT, cụ thể: Trường hợp hàng hóa, dịch vụ trong bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT không thực hiện thanh toán qua ngân hàng theo quy định của pháp luật thuế GTGT thì cơ quan thuế không phải thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trước khi hoàn thuế và xử lý không hoàn thuế GTGT đối với số thuế GTGT liên quan đến hàng hóa, dịch vụ này.
- Doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động. giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước.
- Hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế. hoặc có giải trình, bổ sung lần hai nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng. Quy định này không áp dụng đối với phần hàng hóa, dịch vụ đủ điều kiện và thủ tục hoàn thuế theo quy định.”*
3. Trách nhiệm giải quyết hồ sơ hoàn thuế
a) Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau (trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c khoản này) thì chậm nhất là 06 (sáu) ngày làm việc kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, căn cứ hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế, thủ trưởng cơ quan thuế các cấp phải ban hành Thông báo về việc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo mẫu số 01/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư này hoặc Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu Ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này và/hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế theo mẫu số 02/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư này gửi người nộp thuế.
Trường hợp này, đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau, khoảng thời gian kể từ ngày cơ quan thuế phát hành thông báo đề nghị giải trình, bổ sung đến ngày cơ quan thuế nhận được văn bản giải trình, bổ sung của người nộp thuế không tính trong thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế.
b) Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau (trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c khoản này) thì chậm nhất là 40 (bốn mươi) ngày, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, thủ trưởng cơ quan thuế các cấp phải ban hành Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu Ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này và/hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế theo mẫu số 02/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư này gửi người nộp thuế.
Thời gian giãn, hoãn việc kiểm tra trước hoàn thuế do nguyên nhân từ phía người nộp thuế không tính trong thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế.
c) Đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế nộp thừa theo quy định tại khoản 13 Điều 1 Luật số 21/2012/QH12 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế đã có xác nhận nộp thừa của cơ quan nhà nước có thẩm quyền (như: xác nhận của cơ quan Hải quan về số tiền thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu, hoặc biên bản thanh tra, kiểm tra thuế của cơ quan thuế kết luận số tiền thuế nộp thừa): Chậm nhất là 05 (năm) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, thủ trưởng cơ quan thuế các cấp phải ban hành Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu Ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này gửi người nộp thuế. Trường hợp này, cơ quan thuế không thực hiện phân loại hồ sơ thuộc diện: hoàn thuế trước, kiểm tra sau. kiểm tra trước, hoàn thuế sau.
d) Trường hợp cơ quan thuế kiểm tra xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn khác số thuế đề nghị hoàn thì xử lý như sau:
- Nếu số thuế đề nghị hoàn lớn hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đủ điều kiện được hoàn.
- Nếu số thuế đề nghị hoàn nhỏ hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đề nghị hoàn.
Trong quá trình kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, nếu cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thì giải quyết tạm hoàn số thuế đã đủ điều kiện hoàn, không chờ kiểm tra xác minh toàn bộ hồ sơ mới thực hiện hoàn thuế. đối với số thuế cần kiểm tra xác minh, yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơ thì xử lý hoàn thuế khi có đủ điều kiện theo quy định.
đ) Thẩm quyền hoàn thuế
Căn cứ vào số thuế người nộp thuế được hoàn, số thuế còn nợ, thủ trưởng cơ quan thuế các cấp thực hiện theo một trong hai trường hợp sau:
- Ban hành Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này trong trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.
- Ban hành Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu Ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này trong trường hợp người nộp thuế được hoàn thuế theo hồ sơ hoàn thuế và còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của các loại thuế khác.
Riêng trường hợp hoàn thuế GTGT của người nộp thuế do Chi cục Thuế quản lý trực tiếp thì Cục trưởng Cục Thuế quyết định hoàn thuế.
Trong các quyết định hoàn thuế nêu trên phải nêu rõ tên người nộp thuế được hoàn thuế, số thuế được hoàn, nơi nhận tiền hoàn thuế.
e) Trường hợp giải quyết hồ sơ hoàn thuế chậm do lỗi của cơ quan thuế thì ngoài số tiền thuế được hoàn theo quy định, người nộp thuế còn được trả tiền lãi tính trên số thuế bị hoàn chậm cho thời gian chậm giải quyết hoàn thuế. Lãi suất tính tiền lãi do hoàn thuế chậm là lãi suất cơ bản do Ngân hàng nhà nước công bố có hiệu lực tại thời điểm cơ quan thuế ra quyết định hoàn trả tiền thuế. Số ngày tính tiền lãi kể từ ngày tiếp theo ngày cuối cùng của thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định đến ngày ban hành Quyết định hoàn thuế/Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu Ngân sách nhà nước, bao gồm cả ngày nghỉ (thứ bảy, chủ nhật, ngày lễ, ngày tết).
Số tiền lãi được ghi trong quyết định hoàn thuế và người nộp thuế được thanh toán tiền lãi cùng với số tiền hoàn thuế.
Nguồn tiền trả lãi được lấy từ Quỹ hoàn thuế theo quy định của Bộ Tài chính.
4. Kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau
a) Việc kiểm tra sau hoàn thuế phải được thực hiện trong thời hạn 01 (một) năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế đối với các trường hợp sau:
- Cơ sở kinh doanh kê khai lỗ 02 (hai) năm liên tục liền kề trước năm có quyết định hoàn thuế hoặc có số lỗ vượt quá vốn chủ sở hữu tính đến năm liền kề trước năm có quyết định hoàn thuế. Số lỗ được xác định theo hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp. trường hợp có biên bản thanh tra, kiểm tra của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền thì số lỗ được xác định theo kết luận thanh tra, kiểm tra.
- Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế từ hoạt động kinh doanh bất động sản, kinh doanh thương mại, dịch vụ. Trường hợp cơ sở sản xuất kinh doanh ngành nghề tổng hợp không tách riêng được số thuế được hoàn từ hoạt động kinh doanh bất động sản, thương mại, dịch vụ mà có tỷ lệ doanh thu của hoạt động kinh doanh bất động sản, thương mại, dịch vụ trên tổng doanh thu của toàn bộ hoạt động sản xuất kinh doanh của cơ sở sản xuất kinh doanh của kỳ phát sinh số thuế đề nghị hoàn từ trên 50% trở lên thì áp dụng kiểm tra sau hoàn trong thời hạn 01 (một) năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.
- Cơ sở kinh doanh thay đổi trụ sở từ 02 (hai) lần trở lên trong vòng 12 (mười hai) tháng kể từ ngày có quyết định hoàn thuế trở về trước.
- Cơ sở kinh doanh có sự thay đổi bất thường về doanh thu tính thuế và số thuế được hoàn trong giai đoạn 12 (mười hai) tháng, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế trở về trước.
b) Đối với trường hợp không thuộc quy định tại điểm a khoản này, việc kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn 10 (mười) năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.
*Khoản này được sửa đổi bởi Điểm b Khoản 14 Điều 2 Thông tư 26/2015/TT-BTC
Điều 2. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế. Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014) như sau:
...
14. Sửa đổi, bổ sung Điều 58 như sau:
...
b) Sửa đổi, bổ sung Khoản 4 như sau:
“4. Kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau
a) Việc kiểm tra sau hoàn thuế phải được thực hiện trong thời hạn 01 (một) năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế đối với các trường hợp sau:
- Cơ sở kinh doanh kê khai lỗ 02 (hai) năm liên tục liền kề trước năm có quyết định hoàn thuế hoặc có số lỗ vượt quá vốn chủ sở hữu tính đến năm liền kề trước năm có quyết định hoàn thuế. Số lỗ được xác định theo hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp. trường hợp có biên bản thanh tra, kiểm tra của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền thì số lỗ được xác định theo kết luận thanh tra, kiểm tra.
- Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế từ hoạt động kinh doanh bất động sản, kinh doanh thương mại, dịch vụ. Trường hợp cơ sở sản xuất kinh doanh ngành nghề tổng hợp không tách riêng được số thuế được hoàn từ hoạt động kinh doanh bất động sản, thương mại, dịch vụ mà có tỷ lệ doanh thu của hoạt động kinh doanh bất động sản, thương mại, dịch vụ trên tổng doanh thu của toàn bộ hoạt động sản xuất kinh doanh của cơ sở sản xuất kinh doanh của kỳ phát sinh số thuế đề nghị hoàn từ trên 50% trở lên thì áp dụng kiểm tra sau hoàn trong thời hạn 01 (một) năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.
- Cơ sở kinh doanh thay đổi trụ sở từ 02 (hai) lần trở lên trong vòng 12 (mười hai) tháng kể từ ngày có quyết định hoàn thuế trở về trước.
- Cơ sở kinh doanh có sự thay đổi bất thường về doanh thu tính thuế và số thuế được hoàn trong giai đoạn 12 (mười hai) tháng, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế trở về trước.
- Các hãng vận tải nước ngoài đề nghị hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần.
b) Đối với trường hợp không thuộc quy định tại điểm a khoản này, việc kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn 10 (mười) năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.”*

Thông tư 156/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định 83/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 58. Giải quyết hồ sơ hoàn thuế
...
3. Trách nhiệm giải quyết hồ sơ hoàn thuế
...
c) Đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế nộp thừa theo quy định tại khoản 13 Điều 1 Luật số 21/2012/QH12 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế đã có xác nhận nộp thừa của cơ quan nhà nước có thẩm quyền (như: xác nhận của cơ quan Hải quan về số tiền thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu, hoặc biên bản thanh tra, kiểm tra thuế của cơ quan thuế kết luận số tiền thuế nộp thừa): Chậm nhất là 05 (năm) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, thủ trưởng cơ quan thuế các cấp phải ban hành Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu Ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này gửi người nộp thuế. Trường hợp này, cơ quan thuế không thực hiện phân loại hồ sơ thuộc diện: hoàn thuế trước, kiểm tra sau. kiểm tra trước, hoàn thuế sau.