Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 5. Các trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT
...
5. Doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Trên hóa đơn GTGT, ghi dòng giá bán là giá không có thuế GTGT, dòng thuế suất và thuế GTGT không ghi, gạch bỏ.
Trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho các đối tượng khác như hộ, cá nhân kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác thì phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo mức thuế suất 5% hướng dẫn tại khoản 5 Điều 10 Thông tư này.
Hộ, cá nhân kinh doanh, doanh nghiệp, hợp tác xã và tổ chức kinh tế khác nộp thuế GTGT theo phương pháp tính trực tiếp trên GTGT khi bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường ở khâu kinh doanh thương mại thì kê khai, tính nộp thuế GTGT theo tỷ lệ 1% trên doanh thu.
Ví dụ 19: Công ty lương thực B là cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thu mua gạo của tổ chức, cá nhân trực tiếp trồng bán ra thì ở khâu thu mua của tổ chức, cá nhân trực tiếp trồng bán ra thì gạo thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.
Trường hợp Công ty lương thực B bán gạo cho Công ty XNK C thì Công ty lương thực B không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT đối với số gạo bán cho Công ty XNK C.
Công ty lương thực B bán gạo cho Công ty TNHH D (là doanh nghiệp sản xuất bún, bánh phở) thì Công ty lương thực B không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT đối với số gạo bán cho Công ty TNHH D.
Trên hóa đơn GTGT lập, giao cho Công ty XNK C, Công ty TNHH D, Công ty lương thực B ghi rõ giá bán là giá không có thuế GTGT, dòng thuế suất và thuế GTGT không ghi, gạch bỏ.
Công ty lương thực B bán trực tiếp gạo cho người tiêu dùng thì kê khai, nộp thuế GTGT theo mức thuế suất thuế GTGT là 5% theo hướng dẫn tại khoản 5 Điều 10 Thông tư này.
Ví dụ 20: Công ty TNHH A là CSKD nộp thuế theo phương pháp khấu trừ mua cà phê nhân của nông dân trồng cà phê, sau đó Công ty TNHH A bán số cà phê nhân này cho hộ kinh doanh H thì doanh thu của Công ty TNHH A từ bán cà phê nhân cho hộ kinh doanh H áp dụng mức thuế suất 5%.
Ví dụ 21: Hộ ông X sau khi thu mua lá chè của hộ trồng chè đã bán ra cho hộ ông Y thì hộ ông X phải tính, nộp thuế GTGT theo tỷ lệ 1% trên doanh thu bán lá chè cho hộ ông Y.
Trường hợp sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã đã lập hóa đơn, kê khai, tính thuế GTGT thì người bán và người mua phải điều chỉnh hóa đơn để không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo hướng dẫn tại khoản này.

Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 12. Phương pháp khấu trừ thuế
...
5. Xác định số thuế GTGT phải nộp:
Số thuế GTGT phải nộp = Số thuế GTGT đầu ra - Số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ
Trong đó:
...
b) Thuế GTGT đầu vào bằng (=) tổng số thuế GTGT ghi trên hóa đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ (bao gồm cả tài sản cố định) dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT, số thuế GTGT ghi trên chứng từ nộp thuế của hàng hóa nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.
Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào là loại được dùng chứng từ đặc thù ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT thì cơ sở được căn cứ vào giá đã có thuế và phương pháp tính hướng dẫn tại khoản 12 Điều 7 Thông tư này để xác định giá chưa có thuế và thuế GTGT đầu vào.
Số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ được xác định theo nguyên tắc, điều kiện khấu trừ thuế GTGT quy định tại Điều 14, Điều 15, Điều 16 và Điều 17 Thông tư này.
Ví dụ 55: Trong kỳ, Công ty A thanh toán dịch vụ đầu vào được tính khấu trừ là loại đặc thù:
Tổng giá thanh toán 110 triệu đồng (giá có thuế GTGT), dịch vụ này chịu thuế là 10%, số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ tính như sau:
(Công thức, xem chi tiết tại văn bản)
Giá chưa có thuế là 100 triệu đồng, thuế GTGT là 10 triệu đồng.
Trường hợp hóa đơn ghi sai mức thuế suất thuế giá trị gia tăng mà các cơ sở kinh doanh chưa tự điều chỉnh, cơ quan thuế kiểm tra, phát hiện thì xử lý như sau:
Đối với cơ sở kinh doanh mua hàng hóa, dịch vụ: Nếu thuế suất thuế GTGT ghi trên hóa đơn mua vào cao hơn thuế suất đã được quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT thì khấu trừ thuế đầu vào theo thuế suất quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT. Trường hợp xác định được bên bán đã kê khai, nộp thuế theo đúng thuế suất ghi trên hóa đơn thì được khấu trừ thuế đầu vào theo thuế suất ghi trên hóa đơn nhưng phải có xác nhận của cơ quan thuế trực tiếp quản lý người bán. Nếu thuế suất thuế GTGT ghi trên hóa đơn thấp hơn thuế suất quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT thì khấu trừ thuế đầu vào theo thuế suất ghi trên hóa đơn.
Đối với cơ sở kinh doanh bán hàng hóa, dịch vụ: Trường hợp cơ sở kinh doanh khi nhập khẩu hàng hóa đã khai, nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu, khi bán cho người tiêu dùng đã lập hóa đơn ghi thuế suất thuế GTGT trên hóa đơn GTGT bán ra đúng bằng với mức thuế suất thuế GTGT đã khai, nộp thuế ở khâu nhập khẩu nhưng mức thuế suất thuế GTGT đã khai (ở khâu nhập khẩu và khâu bán ra nội địa) thấp hơn thuế suất đã được quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT và cơ sở kinh doanh không thể thu thêm được tiền của khách hàng thì số tiền đã thu của khách hàng theo hóa đơn GTGT được xác định là giá đã có thuế GTGT theo thuế suất đã được quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT để làm cơ sở xác định đúng số thuế GTGT phải nộp và xác định doanh thu tính thuế TNDN.
Ví dụ 56: Trong tháng 3 năm 2014, cơ sở kinh doanh A (là đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ) nhập khẩu sản phẩm có tên “CHAIR MM” và đã khai, nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu với mức thuế suất là 5%. Tháng 5/2014, cơ sở kinh doanh A bán 01 sản phẩm “CHAIR MM” cho khách hàng B, giá chưa có thuế GTGT là 100 triệu đồng. Do khi nhập khẩu đã áp dụng thuế suất thuế GTGT 5% nên cơ sở kinh doanh A lập hóa đơn GTGT giao cho khách hàng B ghi: giá tính thuế là 100 triệu đồng. thuế suất thuế GTGT là 5% và thuế GTGT là 5 triệu đồng, tổng giá thanh toán có thuế GTGT là 105 triệu đồng. Khách hàng B đã thanh toán đủ 105 triệu đồng.
Năm 2015, cơ quan thuế kiểm tra phát hiện cơ sở kinh doanh A áp dụng sai thuế suất thuế GTGT đối với sản phẩm “CHAIR MM” bán cho khách hàng B (thuế suất thuế GTGT đúng phải là 10%). Do giao dịch giữa cơ sở kinh doanh A và khách hàng B đã kết thúc nên cơ sở kinh doanh A không có căn cứ để thu thêm tiền của khách hàng B (khách hàng B không chấp nhận thanh toán bổ sung tiền thuế tăng thêm). Cơ quan thuế xác định lại số thuế GTGT mà cơ sở kinh doanh A phải nộp và xác định doanh thu tính thuế TNDN như sau:
Tổng giá thanh toán khách hàng B đã trả 105 triệu đồng được xác định là giá đã có thuế GTGT theo mức thuế suất 10%, số thuế GTGT phải nộp đúng được xác định như sau:
(Công thức, xem chi tiết tại văn bản)
Số thuế GTGT cơ sở kinh doanh A còn phải nộp bổ sung là:
9,545 triệu - 5 triệu = 4, 545 triệu đồng.
Doanh thu tính thuế TNDN của mặt hàng “CHAIR MM” bán cho khách hàng B được xác định là:
105 triệu - 9,545 triệu = 95, 455 triệu đồng.