Thông tư 99/2016/TT-BTC hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 17. Giám sát hồ sơ hoàn thuế
1. Căn cứ quy định nghiệp vụ về quản lý thuế, quy trình hoàn thuế, cơ sở dữ liệu về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng, Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế xây dựng hệ thống giám sát tự động việc giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng của cơ quan thuế phù hợp với từng giai đoạn hiện đại hoá hệ thống quản lý thuế đảm bảo đầy đủ, chính xác, đúng quy định về quản lý thuế.
2. Tổng cục Thuế thực hiện giám sát tự động đối với hồ sơ hoàn thuế trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế. Trong quá trình giám sát, trường hợp Hệ thống ứng dụng quản lý thuế xác định hồ sơ không đảm bảo các Điều kiện ban hành Quyết định hoàn thuế/ Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước, Hệ thống ứng dụng quản lý thuế tự động thông báo rõ lý do và công việc phải thực hiện tiếp theo để Cục Thuế căn cứ thực hiện hoặc thông báo cho người nộp thuế thực hiện.
3. Kết quả giám sát phải được cập nhật tự động vào Hệ thống ứng dụng quản lý thuế.

Thông tư 99/2016/TT-BTC hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 31. Hiệu lực thi hành
1. Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 13 tháng 8 năm 2016.
2. Kể từ khi Thông tư này có hiệu lực thi hành, các văn bản sau đây hết hiệu lực thi hành:
- Thông tư số 94/2010/TT-BTC ngày 30/6/2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá xuất khẩu.
- Quyết định số 2404/QĐ-BTC ngày 27/9/2012 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc ban hành Chế độ kiểm tra hoàn thuế GTGT thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau.
- Thông tư số 150/2013/TT-BTC ngày 29/10/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về lập, quản lý và thực hiện hoàn thuế từ Quỹ hoàn thuế giá trị gia tăng.
3. Quy định chuyển tiếp
a) Các hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc phạm vi Điều chỉnh của Thông tư này đã nộp cơ quan thuế trước thời Điểm Thông tư này có hiệu lực thi hành, đáp ứng Điều kiện, trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng và Luật Quản lý thuế và cơ quan thuế đang giải quyết hoàn thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế (cơ quan thuế chưa ban hành quyết định hoàn thuế) được áp dụng quy định về giải quyết hoàn thuế trước thời Điểm có hiệu lực thi hành tại Thông tư này.
b) Thu hồi toàn bộ số dư tài Khoản dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng đã phân bổ cho Cục Thuế sử dụng (cấp 4) tại thời Điểm Thông tư này có hiệu lực thi hành về tài Khoản dự toán hoàn thuế giá trị gia tăng của Tổng cục Thuế (cấp 1) để quản lý dự toán tập trung tại Tổng cục Thuế. Kho bạc Nhà nước hướng dẫn chi hoàn thuế, hạch toán hoàn thuế, thu hồi hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Thông tư này.
4. Các nội dung khác không hướng dẫn tại Thông tư này được thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế hiện hành.
5. Quá trình thực hiện, nếu các văn bản liên quan dẫn chiếu tại Thông tư này được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế thì thực hiện theo văn bản mới được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế.

Luật quản lý thuế sửa đổi 2012

Điều 1.
...
18. Điều 60 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 60. Trách nhiệm của cơ quan quản lý thuế trong việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế
1. Việc phân loại hồ sơ hoàn thuế được quy định như sau:
a) Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau là hồ sơ của người nộp thuế có quá trình, chấp hành tốt pháp luật về thuế và các giao dịch được thanh toán qua ngân hàng theo quy định của pháp luật.
b) Các trường hợp thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau:
- Hoàn thuế theo quy định của điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.
- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu, trừ trường hợp đề nghị hoàn thuế thu nhập cá nhân.
- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn hai năm, kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận thuế.
- Hàng hóa, dịch vụ không thực hiện giao dịch thanh toán qua ngân hàng theo quy định của pháp luật.
- Doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động. giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước.
- Hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan quản lý thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế. hoặc có giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng.
- Hàng hóa nhập khẩu thuộc diện phải kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo quy định của Chính phủ.
2. Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau thì chậm nhất là sáu ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế theo đề nghị của người nộp thuế. trường hợp không đáp ứng điều kiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau thì thông báo bằng văn bản cho người nộp thuế về việc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau hoặc thông báo lý do không hoàn thuế.
3. Thời hạn kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ hoàn thuế trước, kiểm tra sau được quy định như sau:
a) Việc kiểm tra sau hoàn thuế phải được thực hiện trong thời hạn một năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế đối với các trường hợp sau đây:
- Cơ sở kinh doanh kê khai lỗ hai năm liên tục hoặc có số lỗ vượt quá vốn chủ sở hữu.
- Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế từ hoạt động kinh doanh bất động sản. kinh doanh thương mại, dịch vụ.
- Cơ sở kinh doanh thay đổi trụ sở từ hai lần trở lên trong vòng mười hai tháng, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế trở về trước.
- Cơ sở kinh doanh có sự thay đổi bất thường giữa doanh thu tính thuế và số thuế được hoàn trong giai đoạn mười hai tháng, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế trở về trước.
b) Đối với trường hợp không thuộc quy định tại điểm a khoản này, việc kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn mười năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.
4. Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau thì chậm nhất là bốn mươi ngày, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế hoặc thông báo bằng văn bản cho người nộp thuế lý do không hoàn thuế.
5. Quá thời hạn quy định tại khoản 2 và khoản 4 Điều này, nếu việc chậm ra quyết định hoàn thuế do lỗi của cơ quan quản lý thuế thì ngoài số tiền thuế phải hoàn, cơ quan quản lý thuế còn phải trả tiền lãi theo quy định của Chính phủ.”

Luật quản lý thuế sửa đổi 2012

Điều 1.
...
18. Điều 60 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 60. Trách nhiệm của cơ quan quản lý thuế trong việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế
1. Việc phân loại hồ sơ hoàn thuế được quy định như sau:
a) Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau là hồ sơ của người nộp thuế có quá trình, chấp hành tốt pháp luật về thuế và các giao dịch được thanh toán qua ngân hàng theo quy định của pháp luật.
b) Các trường hợp thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau:
- Hoàn thuế theo quy định của điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.
- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu, trừ trường hợp đề nghị hoàn thuế thu nhập cá nhân.
- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn hai năm, kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận thuế.
- Hàng hóa, dịch vụ không thực hiện giao dịch thanh toán qua ngân hàng theo quy định của pháp luật.
- Doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động. giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước.
- Hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan quản lý thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế. hoặc có giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng.
- Hàng hóa nhập khẩu thuộc diện phải kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo quy định của Chính phủ.
2. Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau thì chậm nhất là sáu ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế theo đề nghị của người nộp thuế. trường hợp không đáp ứng điều kiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau thì thông báo bằng văn bản cho người nộp thuế về việc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau hoặc thông báo lý do không hoàn thuế.
3. Thời hạn kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ hoàn thuế trước, kiểm tra sau được quy định như sau:
a) Việc kiểm tra sau hoàn thuế phải được thực hiện trong thời hạn một năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế đối với các trường hợp sau đây:
- Cơ sở kinh doanh kê khai lỗ hai năm liên tục hoặc có số lỗ vượt quá vốn chủ sở hữu.
- Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế từ hoạt động kinh doanh bất động sản. kinh doanh thương mại, dịch vụ.
- Cơ sở kinh doanh thay đổi trụ sở từ hai lần trở lên trong vòng mười hai tháng, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế trở về trước.
- Cơ sở kinh doanh có sự thay đổi bất thường giữa doanh thu tính thuế và số thuế được hoàn trong giai đoạn mười hai tháng, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế trở về trước.
b) Đối với trường hợp không thuộc quy định tại điểm a khoản này, việc kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn mười năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.
4. Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau thì chậm nhất là bốn mươi ngày, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế hoặc thông báo bằng văn bản cho người nộp thuế lý do không hoàn thuế.
5. Quá thời hạn quy định tại khoản 2 và khoản 4 Điều này, nếu việc chậm ra quyết định hoàn thuế do lỗi của cơ quan quản lý thuế thì ngoài số tiền thuế phải hoàn, cơ quan quản lý thuế còn phải trả tiền lãi theo quy định của Chính phủ.”

Công văn 1030/TCT-KK năm 2016 thực hiện giám sát hoàn thuế giá trị gia tăng theo Công văn 3357/BTC-TCT do Tổng cục Thuế ban hành

3. Tổng cục Thuế chỉ thực hiện giám sát việc tuân thủ các quy định của pháp luật về thủ tục giải quyết hồ sơ hoàn thuế. Cục Thuế chịu trách nhiệm về tính chính xác của đối tượng được hoàn thuế, trường hợp được hoàn thuế, số tiền được hoàn thuế và số liệu kèm theo hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế.
a) Hồ sơ đủ điều kiện giám sát hoàn thuế bao gồm:
- Tờ khai thuế GTGT của kỳ hoàn thuế được lập đúng với từng trường hợp khai thuế quy định tại Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính, công văn số 4943/TCT-KK ngày 23/11/2015 của Tổng cục Thuế, các hướng dẫn của Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế và đã được cập nhật vào hệ thống TMS.
- Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước đảm bảo đầy đủ các thông tin theo mẫu quy định tại Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính, có số thuế đề nghị hoàn đúng với số thuế đề nghị hoàn trên tờ khai của kỳ hoàn tương ứng và đã được cập nhật vào hệ thống TMS.
- Phiếu đề xuất hoàn thuế: Có đầy đủ thông tin theo mẫu quy định ban hành theo công văn này. Cục Thuế Scan toàn bộ Phiếu đề xuất hoàn thuế gửi kèm Danh sách đề nghị phê duyệt Quyết định hoàn thuế GTGT gửi Tổng cục Thuế qua thư điện tử [email protected].
Cục Thuế sử dụng Mẫu Phiếu đề xuất hoàn thuế ban hành công văn này đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT để thay thế Mẫu 06/QTr-HT kèm theo công văn số 3228/TCT-KK ngày 12/8/2014 của Tổng cục Thuế về việc sửa đổi, bổ sung một số điểm tại quy trình hoàn thuế 905 để lập Phiếu đề xuất hoàn thuế. Các Phiếu đề xuất hoàn thuế được lập từ ngày ban hành công văn này trở về trước thì được thực hiện theo Mẫu 06/QTr-HT kèm theo công văn số 3228/TCT-KK nêu trên mà không phải lập lại theo mẫu mới ban hành kèm công văn này.
- Bản Scan Phiếu thẩm định hồ sơ hoàn thuế.
- Bản Scan dự thảo Quyết định hoàn thuế/Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu NSNN đúng theo mẫu quy định tại Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính đã được Lãnh đạo Cục Thuế ký duyệt nhưng chưa lấy số văn thư để lưu hành quyết định và đã được nhập vào hệ thống TMS.
- Biên bản kiểm tra, Kết luận thanh tra đối với trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế (sau đây gọi chung là Biên bản kiểm tra) theo đúng quy định tại Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính. Cục Thuế Scan toàn bộ Biên bản kiểm tra gửi kèm Danh sách đề nghị phê duyệt Quyết định hoàn thuế GTGT về Tổng cục Thuế qua thư điện tử [email protected].
b) Bản Scan Danh sách đề nghị phê duyệt Quyết định hoàn thuế GTGT (Ban hành kèm theo công văn số 3357/BTC-TCT ngày 14/03/2016).
c) Tổng cục Thuế không thực hiện giám sát đối với hồ sơ gửi không đúng quy định a, b nêu trên.