Thông tư 156/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định 83/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 11. Khai thuế giá trị gia tăng
1. Trách nhiệm nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế
a) Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
b) Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cùng nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng chung cho cả đơn vị trực thuộc.
Nếu đơn vị trực thuộc có con dấu, tài khoản tiền gửi ngân hàng, trực tiếp bán hàng hóa, dịch vụ, kê khai đầy đủ thuế giá trị gia tăng đầu vào, đầu ra có nhu cầu kê khai nộp thuế riêng phải đăng ký nộp thuế riêng và sử dụng hóa đơn riêng.
Căn cứ tình hình thực tế trên địa bàn quản lý, giao Cục trưởng Cục Thuế địa phương quyết định về nơi kê khai thuế đối với trường hợp người nộp thuế có hoạt động kinh doanh dịch vụ ăn uống, nhà hàng, khách sạn, massage, karaoke.
c) Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị trực thuộc. nếu đơn vị trực thuộc không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính của người nộp thuế.
Đối với trường hợp người nộp thuế có dự án kinh doanh bất động sản ở địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính, có thành lập đơn vị trực thuộc (chi nhánh, Ban quản lý dự án…) thì người nộp thuế phải thực hiện đăng ký thuế và nộp thuế theo phương pháp khấu trừ đối với hoạt động kinh doanh bất động sản với cơ quan thuế địa phương nơi phát sinh hoạt động kinh doanh bất động sản.
Ví dụ 12: Công ty kinh doanh bất động sản A có trụ sở tại Hà Nội, Công ty là chủ đầu tư dự án phát triển nhà tại thành phố Đà Nẵng, Công ty thành lập chi nhánh tại Đà Nẵng để quản lý dự án thì chi nhánh Công ty A phải thực hiện đăng ký thuế, khai nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ đối với hoạt động kinh doanh bất động sản này tại Đà Nẵng.
Trường hợp các đơn vị trực thuộc của cơ sở kinh doanh nông, lâm, thủy sản đã đăng ký, thực hiện kê khai nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, có thu mua hàng hóa là nông, lâm, thủy sản để điều chuyển, xuất bán về trụ sở chính của cơ sở kinh doanh thì khi điều chuyển, xuất bán, đơn vị trực thuộc sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ, không sử dụng hóa đơn GTGT.
d) Trường hợp người nộp thuế kê khai, nộp thuế theo phương pháp khấu trừ có cơ sở sản xuất trực thuộc (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu đóng trên địa bàn cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính thì:
Nếu cơ sở sản xuất trực thuộc có hạch toán kế toán thì phải đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ tại địa phương nơi sản xuất, khi điều chuyển bán thành phẩm hoặc thành phẩm, kể cả xuất cho trụ sở chính phải sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng làm căn cứ kê khai, nộp thuế tại địa phương nơi sản xuất.
Nếu cơ sở sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán thì người nộp thuế thực hiện khai thuế tại trụ sở chính và nộp thuế cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc. Số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc được xác định theo tỷ lệ 2% (đối với hàng hóa chịu thuế suất thuế GTGT 10%) hoặc theo tỷ lệ 1% (đối với hàng hóa chịu thuế suất thuế GTGT 5%) trên doanh thu theo giá chưa có thuế GTGT của sản phẩm sản xuất ra. Việc xác định doanh thu của sản phẩm sản xuất ra được xác định trên cơ sở giá thành sản phẩm hoặc doanh thu của sản phẩm cùng loại tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất.
Trường hợp tổng số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc do người nộp thuế xác định theo nguyên tắc nêu trên lớn hơn số thuế giá trị gia tăng phải nộp của người nộp thuế tại trụ sở chính thì người nộp thuế tự phân bổ số thuế phải nộp cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc như sau: Số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc được xác định bằng (=) số thuế giá trị gia tăng phải nộp của người nộp thuế tại trụ sở chính nhân (x) với tỷ lệ (%) giữa doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm do cơ sở trực thuộc sản xuất ra hoặc sản phẩm cùng loại tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc trên tổng doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra của toàn doanh nghiệp. Nếu người nộp thuế không phát sinh số thuế phải nộp tại trụ sở chính thì người nộp thuế không phải nộp thuế cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất.
Người nộp thuế phải lập và gửi “Bảng phân bổ thuế GTGT cho địa phương nơi đóng trụ sở chính và cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán” theo mẫu số 01-6/GTGT kèm theo Thông tư này cùng với hồ sơ khai thuế tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp, đồng thời gửi một bản Bảng phân bổ mẫu số 01-6/GTGT nêu trên tới các cơ quan thuế quản lý trực tiếp cơ sở sản xuất trực thuộc.
Căn cứ số thuế giá trị gia tăng được phân bổ giữa địa phương nơi đóng trụ sở chính của người nộp thuế và các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc trên Bảng phân bổ theo mẫu số 01-6/GTGT nêu trên, người nộp thuế lập chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng cho địa phương nơi có trụ sở chính và từng địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc. Trên chứng từ nộp thuế phải ghi rõ nộp vào tài khoản thu ngân sách nhà nước tại Kho bạc nhà nước đồng cấp với cơ quan thuế nơi trụ sở chính đăng ký kê khai thuế và địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc.
Ví dụ 13: Công ty A trụ sở tại Hà Nội có 2 đơn vị sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán đóng tại Hải Phòng và Hưng Yên. Sản phẩm sản xuất ra thuộc đối tượng áp dụng thuế suất thuế GTGT là 10% và do trụ sở chính xuất bán.
Trong kỳ khai thuế tháng 8/2014: doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hải Phòng là 500 triệu. doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hưng Yên là 600 triệu. Số thuế giá trị gia tăng phải nộp tại trụ sở chính của công ty A (theo tờ khai 01/GTGT) trong kỳ là: 25 triệu đồng.
Số thuế GTGT mà Công ty A phải nộp cho Hải Phòng là:
500 triệu x 2% = 10 triệu đồng.
Số thuế GTGT mà Công ty A phải nộp cho Hưng Yên là:
600 triệu x 2% = 12 triệu đồng.
Số thuế GTGT mà Công ty A phải nộp cho Hà Nội là:
25 triệu - 10 triệu - 12 triệu = 3 triệu đồng.
Ví dụ 14: Công ty A trụ sở tại Hà Nội có 3 nhà máy sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán đóng tại Hà Nội, Hải Phòng và Hưng Yên. Sản phẩm sản xuất ra do trụ sở chính xuất bán.
Trong kỳ khai thuế tháng 9/2014: doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hải Phòng là 500 triệu. doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hưng Yên là 600 triệu. doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hà Nội là 200 triệu.
Số thuế GTGT phải nộp tại trụ sở chính của Công ty A (theo tờ khai 01/GTGT) trong kỳ là: 20 triệu đồng.
Theo nguyên tắc tạm nộp tại các địa phương theo tỷ lệ 2% doanh thu đối với hàng hóa chịu thuế 10%, Công ty A xác định số thuế GTGT phải nộp cho Hải Phòng và Hưng Yên là: 500 triệu x 2% + 600 triệu x 2% = 22 triệu. Như vậy khi xác định theo nguyên tắc này thì số thuế phải nộp cho các địa phương sẽ lớn hơn số thuế GTGT phải nộp của Công ty A tại trụ sở chính. Vì vậy, Công ty A tự phân bổ số thuế GTGT phải nộp cho các địa phương như sau:
Số thuế GTGT mà Công ty A phải nộp cho Hải Phòng là:
20 triệu x 500 triệu / (500 triệu + 600 triệu +200 triệu) = 7.69 triệu đồng.
Số thuế GTGT mà Công ty A phải nộp cho Hưng Yên là:
20 triệu x 600 triệu / (500 triệu + 600 triệu + 200 triệu) = 9.23 triệu đồng.
Số thuế GTGT mà Công ty A phải nộp cho Hà Nội là:
20 triệu - 7.69 triệu - 9.23 triệu = 3.08 triệu đồng.
Ví dụ 15: Công ty A trụ sở tại Hà Nội có 2 đơn vị sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán đóng tại Hải Phòng và Hưng Yên. Sản phẩm sản xuất ra do trụ sở chính xuất bán.
Trong kỳ khai thuế tháng 10/2014: doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hải Phòng là 400 triệu. doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại nhà máy ở Hưng Yên là 500 triệu. Tháng 10/2014, Công ty A không phát sinh số thuế phải nộp tại trụ sở chính. Công ty A cũng không phải nộp thuế giá trị gia tăng cho Hải Phòng và Hưng Yên.
đ) Trường hợp người nộp thuế có hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh không thuộc trường hợp quy định tại điểm c khoản 1 Điều này, mà không thành lập đơn vị trực thuộc tại địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính (sau đây gọi là kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh) thì người nộp thuế phải nộp hồ sơ khai thuế cho cơ quan thuế quản lý tại địa phương có hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh.
Căn cứ tình hình thực tế trên địa bàn quản lý, giao Cục trưởng Cục Thuế địa phương quyết định về nơi kê khai thuế đối với hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh.
Ví dụ 16: Công ty A trụ sở tại Hải Phòng, ký hợp đồng cung cấp xi măng cho Công ty B có trụ sở tại Hà Nội, theo hợp đồng, hàng hóa sẽ được Công ty A giao tại công trình mà công ty B đang xây dựng tại Hà Nội, thì hoạt động bán hàng này không được gọi là bán hàng vãng lai ngoại tỉnh. Công ty A thực hiện kê khai thuế GTGT tại Hải Phòng, không phải thực hiện kê khai bán hàng vãng lai đối với doanh thu từ hợp đồng bán hàng cho Công ty B tại Hà Nội.
Ví dụ 17: Công ty B có trụ sở tại thành phố Hồ Chí Minh, có các kho hàng tại Hải Phòng, Nghệ An không có chức năng kinh doanh. Khi Công ty B xuất bán hàng hóa tại kho ở Hải Phòng cho Công ty C tại Hưng Yên thì Công ty B không phải kê khai thuế GTGT bán hàng vãng lai tại địa phương nơi có các kho hàng (Hải Phòng, Nghệ An).
Ví dụ 18:
- Công ty A có trụ sở tại Hà Nội, ký hợp đồng với Công ty B chỉ để thực hiện tư vấn, khảo sát, thiết kế công trình được xây dựng tại Sơn La mà Công ty B là chủ đầu tư thì hoạt động này không phải hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt ngoại tỉnh. Công ty A thực hiện khai thuế GTGT đối với hợp đồng này tại trụ sở chính tại Hà Nội, không phải thực hiện kê khai tại Sơn La.
- Công ty A có trụ sở tại Hà Nội, ký hợp đồng với Công ty C để thực hiện công trình được xây dựng (trong đó có bao gồm cả hoạt động khảo sát, thiết kế) tại Sơn La mà Công ty C là chủ đầu tư thì Công ty A thực hiện khai thuế GTGT xây dựng vãng lai đối với hợp đồng này tại Sơn La.
Ví dụ 19: Công ty B trụ sở tại Hà Nội bán máy điều hòa cho khách tại Hòa Bình (bao gồm cả lắp đặt) thì Công ty B không phải nộp vãng lai tại Hòa Bình.
Ví dụ 20: Công ty A có trụ sở tại Hà Nội mua 10 căn nhà thuộc 1 dự án của Công ty B tại thành phố Hồ Chí Minh. Sau đó Công ty A bán lại các căn nhà này và thực hiện xuất hóa đơn cho khách hàng C thì Công ty A phải thực hiện kê khai, nộp thuế đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh theo tỷ lệ % doanh thu với cơ quan thuế tại thành phố Hồ Chí Minh.
*Điểm này được sửa đổi bởi Điểm a Khoản 1 Điều 2 Thông tư 26/2015/TT-BTC
Điều 2. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế. Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014) như sau:
1. Sửa đổi, bổ sung Điều 11 (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính) như sau:
a) Sửa đổi điểm đ Khoản 1 Điều 11 như sau:
“đ) Trường hợp người nộp thuế có hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh mà giá trị công trình xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh bao gồm cả thuế GTGT từ 1 tỷ đồng trở lên, và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh không thuộc trường hợp quy định tại điểm c khoản 1 Điều này, mà không thành lập đơn vị trực thuộc tại địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính (sau đây gọi là kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh) thì người nộp thuế phải nộp hồ sơ khai thuế cho cơ quan thuế quản lý tại địa phương có hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh.
Căn cứ tình hình thực tế trên địa bàn quản lý, giao Cục trưởng Cục Thuế địa phương quyết định về nơi kê khai thuế đối với hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh.
Ví dụ 16: Công ty A trụ sở tại Hải Phòng ký hợp đồng cung cấp xi măng cho Công ty B có trụ sở tại Hà Nội. Theo hợp đồng, hàng hóa sẽ được Công ty A giao tại công trình mà công ty B đang xây dựng tại Hà Nội. Hoạt động bán hàng này không được gọi là bán hàng vãng lai ngoại tỉnh. Công ty A thực hiện kê khai thuế GTGT tại Hải Phòng, không phải thực hiện kê khai thuế GTGT tại Hà Nội đối với doanh thu từ hợp đồng bán hàng cho Công ty B.
Ví dụ 17: Công ty B có trụ sở tại thành phố Hồ Chí Minh có các kho hàng tại Hải Phòng, Nghệ An không có chức năng kinh doanh. Khi Công ty B xuất bán hàng hóa tại kho ở Hải Phòng cho Công ty C tại Hưng Yên thì Công ty B không phải kê khai thuế GTGT tại địa phương nơi có các kho hàng (Hải Phòng, Nghệ An).
Ví dụ 18:
- Công ty A có trụ sở tại Hà Nội ký hợp đồng với Công ty B chỉ để thực hiện tư vấn, khảo sát, thiết kế công trình được xây dựng tại Sơn La mà Công ty B là chủ đầu tư thì hoạt động này không phải hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt ngoại tỉnh. Công ty A thực hiện khai thuế GTGT đối với hợp đồng này tại trụ sở chính tại Hà Nội, không phải thực hiện kê khai thuế GTGT tại Sơn La.
- Công ty A có trụ sở tại Hà Nội ký hợp đồng với Công ty C để thực hiện công trình được xây dựng (trong đó có bao gồm cả hoạt động khảo sát, thiết kế) tại Sơn La mà Công ty C là chủ đầu tư, giá trị công trình bao gồm cả thuế GTGT trên 1 tỷ đồng thì Công ty A thực hiện khai thuế GTGT xây dựng ngoại tỉnh đối với hợp đồng này tại Sơn La.
- Công ty A có trụ sở tại Hà Nội ký hợp đồng với Công ty Y để thực hiện công trình được xây dựng (trong đó có bao gồm cả hoạt động khảo sát, thiết kế) tại Yên Bái mà Công ty C là chủ đầu tư, giá trị công trình bao gồm cả thuế GTGT là 770 triệu đồng thì Công ty A không phải thực hiện khai thuế GTGT xây dựng ngoại tỉnh đối với hợp đồng này tại Sơn La
Ví dụ 19: Công ty B trụ sở tại Hà Nội bán máy điều hoà cho khách tại Hòa Bình (bao gồm cả lắp đặt) thì Công ty B không phải kê khai thuế GTGT tại Hoà Bình.
Ví dụ 20: Công ty A có trụ sở tại Hà Nội mua 10 căn nhà thuộc 1 dự án của Công ty B tại thành phố Hồ Chí Minh. Sau đó Công ty A bán lại các căn nhà này và thực hiện xuất hóa đơn cho khách hàng C thì Công ty A phải thực hiện kê khai, nộp thuế đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh theo tỷ lệ % doanh thu với cơ quan thuế tại thành phố Hồ Chí Minh.”*
e) Trường hợp người nộp thuế có công trình xây dựng, lắp đặt ngoại tỉnh liên quan tới nhiều địa phương như: xây dựng đường giao thông, đường dây tải điện, đường ống dẫn nước, dẫn dầu, dẫn khí,..., không xác định được doanh thu của công trình ở từng địa phương cấp huyện, tỉnh thì người nộp thuế khai thuế giá trị gia tăng của doanh thu xây dựng, lắp đặt ngoại tỉnh chung với hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tại trụ sở chính.
*Điểm này được sửa đổi bởi Điểm b Khoản 1 Điều 2 Thông tư 26/2015/TT-BTC
Điều 2. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế. Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014) như sau:
1. Sửa đổi, bổ sung Điều 11 (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính) như sau:
…
b) Sửa đổi điểm e khoản 1 như sau:
“Trường hợp người nộp thuế có công trình xây dựng, lắp đặt ngoại tỉnh liên quan tới nhiều địa phương như: xây dựng đường giao thông, đường dây tải điện, đường ống dẫn nước, dẫn dầu, dẫn khí,..., không xác định được doanh thu của công trình ở từng địa phương cấp tỉnh thì người nộp thuế khai thuế giá trị gia tăng của doanh thu xây dựng, lắp đặt ngoại tỉnh chung với hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tại trụ sở chính và nộp thuế GTGT cho các tỉnh nơi có công trình đi qua. Số thuế GTGT phải nộp cho các tỉnh được tính theo tỷ lệ (%) giá trị đầu tư của công trình tại từng tỉnh do người nộp thuế tự xác định nhân (x) với 2% doanh thu chưa có thuế GTGT của hoạt động xây dựng công trình.
Số thuế GTGT đã nộp (theo chứng từ nộp thuế) của hoạt động xây dựng công trình liên tỉnh được trừ (-) vào số thuế phải nộp trên Tờ khai thuế GTGT (mẫu số 01/GTGT) của người nộp thuế tại trụ sở chính.
Người nộp thuế lập Bảng phân bổ số thuế GTGT phải nộp cho các địa phương nơi có công trình xây dựng, lắp đặt liên tỉnh (mẫu số 01-7/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này) và sao gửi kèm theo Tờ khai thuế GTGT cho Cục Thuế nơi được hưởng nguồn thu thuế GTGT.”*

Thông tư 130/2016/TT-BTC hướng dẫn Nghị định 100/2016/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế sửa đổi và sửa đổi các Thông tư về thuế do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014, Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 và Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính) như sau:
...
3. Sửa đổi, bổ sung Điều 18 như sau:
“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết phát sinh trước kỳ tính thuế tháng 7/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trước kỳ tính thuế quý 3/2016 (đối với trường hợp kê khai theo quý) đủ điều kiện hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại Khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC thì cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế theo quy định của pháp luật.
Ví dụ: Doanh nghiệp A thực hiện khai thuế GTGT theo quý, tại kỳ tính thuế quý 3/2016 có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết là 80 triệu thì doanh nghiệp A được khấu trừ vào kỳ tính thuế quý 4/2016. Trường hợp các kỳ tính thuế quý 4/2016, quý 1/2017 và quý 2/2017 vẫn còn số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết thì doanh nghiệp A chuyển số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết để tiếp tục khấu trừ tại kỳ tính thuế quý 3/2017 và các kỳ tính thuế tiếp theo.
2. Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này. Trường hợp, nếu số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.
3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư
a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mà chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.
Ví dụ: Công ty A có trụ sở chính tại Hà Nội, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại Hà Nội, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty A thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 900 triệu đồng. Công ty A phải bù trừ 500 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (900 triệu đồng), vậy số thuế GTGT mà Công ty A còn phải nộp trong kỳ tính thuế tháng 8/2016 là 400 triệu đồng.
Ví dụ: Công ty B có trụ sở chính tại Hải Phòng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại Hải Phòng, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty B thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 200 triệu đồng. Công ty B phải bù trừ 200 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (200 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty B có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết là 300 triệu đồng. Công ty B được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Ví dụ: Công ty C có trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại thành phố Hồ Chí Minh, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty C thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 300 triệu đồng. Công ty C phải bù trừ 300 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (300 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty C có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết là 200 triệu đồng. Công ty C không thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, Công ty C thực hiện kết chuyển 200 triệu đồng vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tháng 9/2016.
Ví dụ: Công ty D có trụ sở chính tại thành phố Đà Nẵng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại thành phố Đà Nẵng, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty D thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 100 triệu đồng. Vậy, tại kỳ tính thuế tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư (500 triệu đồng) thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (100 triệu đồng) thì được khấu trừ vào kỳ tính thuế tháng 9/2016.
b) Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương. Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế.
Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại Khoản 2, Khoản 3 Điều này là dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.
Ví dụ: Công ty A có trụ sở chính tại Hà Nội, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Hưng Yên, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty A thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại Hà Nội trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 900 triệu đồng. Công ty A phải bù trừ 500 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (900 triệu đồng), vậy Công ty A còn phải nộp trong kỳ tính thuế tháng 8/2016 là 400 triệu đồng.
Ví dụ: Công ty B có trụ sở chính tại Hải Phòng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Thái Bình, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty B thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại Hải Phòng trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 200 triệu đồng. Công ty B phải bù trừ 200 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (200 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty B có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 300 triệu đồng. Công ty B được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Ví dụ: Công ty C có trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Đồng Nai, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty C thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại TP. Hồ Chí Minh trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 300 triệu đồng. Công ty C phải bù trừ 300 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (300 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty C có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 200 triệu đồng. Công ty C không thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, Công ty C thực hiện kết chuyển 200 triệu đồng vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tháng 9/2016.
Ví dụ: Công ty D có trụ sở chính tại thành phố Đà Nẵng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Quảng Nam, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty D thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại thành phố Đà Nẵng trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 100 triệu đồng. Vậy, tại kỳ tính thuế tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư (500 triệu đồng) thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (100 triệu đồng) thì được khấu trừ vào kỳ tính thuế tháng 9/2016.
c) Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:
c.1) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật. Các hồ sơ đề nghị hoàn thuế dự án đầu tư nộp từ ngày 01/7/2016 của cơ sở kinh doanh nhưng tính đến ngày nộp hồ sơ không góp đủ số vốn điều lệ như đăng ký theo quy định của pháp luật thì không được hoàn thuế.
c.2) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng cơ sở kinh doanh chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. chưa được cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. chưa có văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. hoặc chưa đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện mà không cần phải có xác nhận, chấp thuận dưới hình thức văn bản theo quy định của pháp luật về đầu tư.
c.3) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh bị thu hồi giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. bị thu hồi giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. bị thu hồi văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. hoặc trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh không đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định của pháp luật về đầu tư thì thời điểm không hoàn thuế giá trị gia tăng được tính từ thời điểm cơ sở kinh doanh bị thu hồi một trong các loại giấy tờ nêu trên hoặc từ thời điểm cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, phát hiện cơ sở kinh doanh không đáp ứng được các điều kiện về đầu tư kinh doanh có điều kiện.
c.4) Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.
Việc xác định tài nguyên, khoáng sản. trị giá tài nguyên, khoáng sản và thời điểm xác định trị giá tài nguyên, khoáng sản và chi phí năng lượng thực hiện theo hướng dẫn tại Khoản 23 Điều 4 Thông tư này.
4. Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu
a) Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý. trường hợp trong tháng, quý số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.
Cơ sở kinh doanh trong tháng/quý vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ bán trong nước thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ của các kỳ khai thuế giá trị gia tăng tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại.
Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu (bao gồm số thuế GTGT đầu vào hạch toán riêng được và số thuế GTGT đầu vào được phân bổ theo tỷ lệ nêu trên) nếu sau khi bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hàng hóa, dịch vụ tiêu thụ trong nước còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Số thuế GTGT được hoàn của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu không vượt quá doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nhân (x) với 10%.
Đối tượng được hoàn thuế trong một số trường hợp xuất khẩu như sau: Đối với trường hợp ủy thác xuất khẩu, là cơ sở có hàng hóa ủy thác xuất khẩu. đối với gia công chuyển tiếp, là cơ sở ký hợp đồng gia công xuất khẩu với phía nước ngoài. đối với hàng hóa xuất khẩu để thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài, là doanh nghiệp có hàng hóa, vật tư xuất khẩu thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài. đối với hàng hóa xuất khẩu tại chỗ là cơ sở kinh doanh có hàng hóa xuất khẩu tại chỗ.
b) Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan, Nghị định số 01/2015/NĐ-CP ngày 02/01/2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành phạm vi địa bàn hoạt động hải quan, trách nhiệm phối hợp trong phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới và các văn bản hướng dẫn.
Ví dụ: Công ty thương mại A nhập khẩu 500 chiếc điều hòa từ Nhật Bản và đã nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu. Sau đó Công ty thương mại A xuất khẩu 500 chiếc điều hòa này sang Campuchia thì Công ty thương mại A không phải tính thuế GTGT đầu ra, số thuế GTGT của 500 chiếc điều hòa này đã nộp ở khâu nhập khẩu và thuế GTGT đầu vào của dịch vụ vận chuyển, lưu kho không được hoàn thuế mà thực hiện khấu trừ.
Ví dụ: Công ty TNHH sản xuất và thương mại B xuất khẩu tinh bột sắn sang Trung Quốc qua đường mòn, lối mở không thuộc địa bàn hoạt động hải quan thì Công ty TNHH sản xuất và thương mại B không được hoàn thuế GTGT đối với tinh bột sắn xuất khẩu.
c) Cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với người nộp thuế sản xuất hàng hóa xuất khẩu không bị xử lý đối với hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, trốn thuế, gian lận thuế, gian lận thương mại trong thời gian hai năm liên tục. người nộp thuế không thuộc đối tượng rủi ro cao theo quy định của Luật quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.
Ví dụ: Tháng 9/2016, Công ty C đề nghị hoàn thuế GTGT đối với hàng xuất khẩu sang HongKong. Tháng 6/2015, Công ty C đã bị xử lý vi phạm pháp luật về thuế đối với hành vi trốn thuế. Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra trước khi hoàn thuế đối với đề nghị hoàn thuế của Công ty C.
5. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế giá trị gia tăng khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế giá trị gia tăng nộp thừa hoặc số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.
Cơ sở kinh doanh trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh nhưng phải giải thể, phá sản hoặc chấm dứt hoạt động chưa phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu ra của hoạt động kinh doanh chính theo dự án đầu tư thì chưa phải điều chỉnh lại số thuế giá trị gia tăng đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được hoàn. Cơ sở kinh doanh phải thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp về việc giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động theo quy định.
Trường hợp cơ sở kinh doanh sau khi làm đầy đủ thủ tục theo quy định của pháp luật về giải thể, phá sản thì đối với số thuế GTGT đã được hoàn thực hiện theo quy định của pháp luật về giải thể, phá sản và quản lý thuế. đối với số thuế GTGT chưa được hoàn thì không được giải quyết hoàn thuế.
Trường hợp cơ sở kinh doanh chấm dứt hoạt động và không phát sinh thuế GTGT đầu ra của hoạt động kinh doanh chính thì phải nộp lại số thuế đã được hoàn vào ngân sách nhà nước. Trường hợp có phát sinh bán tài sản chịu thuế GTGT thì không phải điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào tương ứng của tài sản bán ra.
Ví dụ: Năm 2015, doanh nghiệp A trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh, doanh nghiệp A có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của giai đoạn đầu tư đã được cơ quan thuế hoàn trong tháng 8/2015 là 700 triệu đồng. Do khó khăn, tháng 2/2016 doanh nghiệp A quyết định giải thể và có văn bản gửi cơ quan thuế về việc sẽ giải thể thì trong giai đoạn doanh nghiệp A chưa hoàn thành thủ tục pháp lý để giải thể, cơ quan thuế chưa thu hồi lại thuế GTGT đã hoàn. Hai mươi ngày trước khi doanh nghiệp A có đủ thủ tục pháp lý để giải thể chính thức vào tháng 10/2016, doanh nghiệp thực hiện bán một (01) tài sản đã đầu tư thì doanh nghiệp A không phải điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào tương ứng của tài sản bán ra (số thuế đã được cơ quan thuế hoàn). Đối với những tài sản không bán ra, doanh nghiệp A phải kê khai điều chỉnh để nộp lại số thuế GTGT đã được hoàn.
6. Hoàn thuế GTGT đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại hoặc viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo.
a) Đối với dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại: chủ chương trình, dự án hoặc nhà thầu chính, tổ chức do phía nhà tài trợ nước ngoài chỉ định việc quản lý chương trình, dự án được hoàn lại số thuế GTGT đã trả đối với hàng hoá, dịch vụ mua ở Việt Nam để sử dụng cho chương trình, dự án.
b) Tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ nhân đạo của tổ chức, cá nhân nước ngoài để mua hàng hoá, dịch vụ phục vụ cho chương trình, dự án viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo tại Việt Nam thì được hoàn thuế GTGT đã trả của hàng hoá, dịch vụ đó.
Ví dụ: Hội chữ thập đỏ được Tổ chức quốc tế viện trợ tiền để mua hàng viện trợ nhân đạo cho nhân dân các tỉnh bị thiên tai là 200 triệu đồng. Giá trị hàng mua chưa có thuế là 200 triệu đồng, thuế GTGT là 20 triệu đồng. Hội chữ thập đỏ sẽ được hoàn thuế theo quy định là 20 triệu đồng.
Việc hoàn thuế GTGT đã trả đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
7. Đối tượng được hưởng quyền ưu đãi miễn trừ ngoại giao theo quy định của pháp luật về ưu đãi miễn trừ ngoại giao mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam để sử dụng được hoàn số thuế giá trị gia tăng đã trả ghi trên hoá đơn giá trị gia tăng hoặc trên chứng từ thanh toán ghi giá thanh toán đã có thuế giá trị gia tăng.
8. Người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mang hộ chiếu hoặc giấy tờ nhập cảnh do cơ quan có thẩm quyền nước ngoài cấp được hoàn thuế đối với hàng hoá mua tại Việt Nam mang theo người khi xuất cảnh. Việc hoàn thuế GTGT thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính về hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá của người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mua tại Việt Nam mang theo khi xuất cảnh.
9. Cơ sở kinh doanh có quyết định xử lý hoàn thuế của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật và trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.”