Thông tư 156/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định 83/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 12. Khai thuế thu nhập doanh nghiệp
...
6. Khai thuế thu nhập doanh nghiệp quý tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hoá, dịch vụ (không bao gồm trường hợp khai thuế thu nhập doanh nghiệp tạm tính quý dành cho người nộp thuế khai theo tỷ lệ thu nhập chịu thuế trên doanh thu) áp dụng đối với: Đơn vị sự nghiệp, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị xã hội và tổ chức xã hội nghề nghiệp có phát sinh hoạt động kinh doanh hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế thu nhập doanh nghiệp mà các đơn vị này hạch toán được doanh thu nhưng không hạch toán và xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh.
Đơn vị sự nghiệp, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị xã hội và tổ chức xã hội nghề nghiệp thực hiện kê khai thuế thu nhập doanh nghiệp theo quý tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa dịch vụ theo tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp mẫu số 04/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này.
Trường hợp đơn vị sự nghiệp, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị xã hội và tổ chức xã hội nghề nghiệp có phát sinh thường xuyên hoạt động kinh doanh hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế thu nhập doanh nghiệp thì được kê khai hàng quý và không phải thực hiện quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp năm.
Trường hợp đơn vị sự nghiệp, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị xã hội và tổ chức xã hội nghề nghiệp không phát sinh thường xuyên hoạt động kinh doanh hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế thu nhập doanh nghiệp thì thực hiện kê khai thuế thu nhập doanh nghiệp theo từng lần phát
*Điều này được sửa đổi bởi Điều 16 Thông tư 151/2014/TT-BTC
Điều 16. Sửa đổi Điều 12, Thông tư số 156/2013/TT-BTC như sau:
“ Điều 12. Khai thuế thu nhập doanh nghiệp
...
6. Trường hợp doanh nghiệp có cơ sở sản xuất (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) hạch toán phụ thuộc hoạt động tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với địa bàn nơi đơn vị đóng trụ sở chính thì khi nộp thuế thu nhập doanh nghiệp, doanh nghiệp tại nơi đóng trụ sở chính có trách nhiệm nộp cả phần phát sinh tại nơi đóng trụ sở chính và ở nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc.
a) Thủ tục luân chuyển chứng từ giữa Kho bạc và cơ quan Thuế
Doanh nghiệp tự xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp được tính nộp tại nơi có trụ sở chính và các cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp để lập chứng từ nộp thuế thu nhập doanh nghiệp cho địa phương nơi có trụ sở chính và từng địa phương nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc. Trên chứng từ nộp thuế phải ghi rõ nộp vào tài khoản thu ngân sách nhà nước tại Kho bạc Nhà nước đồng cấp với cơ quan thuế nơi trụ sở chính đăng ký kê khai thuế và địa phương nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc. Kho bạc Nhà nước nơi đóng trụ sở chính chuyển tiền và chứng từ thu ngân sách nhà nước cho Kho bạc Nhà nước liên quan để hạch toán thu ngân sách nhà nước phần thuế của cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc.
b) Quyết toán thuế
Doanh nghiệp khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp tại nơi đóng trụ sở chính, số thuế thu nhập doanh nghiệp còn phải nộp được xác định bằng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp theo quyết toán trừ đi số đã tạm nộp tại nơi đóng trụ sở chính và tạm nộp tại nơi có các cơ sở sản xuất phụ thuộc. Số thuế thu nhập doanh nghiệp còn phải nộp hoặc hoàn khi quyết toán cũng được phân bổ theo đúng tỷ lệ tại nơi đóng trụ sở chính và tại nơi có các cơ sở sản xuất phụ thuộc.*

Thông tư 78/2014/TT-BTC hướng dẫn thi hành Nghị định 218/2013/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 3. Phương pháp tính thuế
...
5. Đơn vị sự nghiệp, tổ chức khác không phải là doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam, doanh nghiệp nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp mà các đơn vị này xác định được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ, cụ thể như sau:
+ Đối với dịch vụ (bao gồm cả lãi tiền gửi, lãi tiền cho vay): 5%.
Riêng hoạt động giáo dục, y tế, biểu diễn nghệ thuật: 2%.
+ Đối với kinh doanh hàng hóa: 1%.
+ Đối với hoạt động khác: 2%.
Ví dụ 3: Đơn vị sự nghiệp A có phát sinh hoạt động cho thuê nhà, doanh thu cho thuê nhà một (01) năm là 100 triệu đồng, đơn vị không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động cho thuê nhà nêu trên do vậy đơn vị lựa chọn kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ như sau:
Số thuế TNDN phải nộp = 100.000.000 đồng x 5% = 5.000.000 đồng.