Thông tư 41/2002/TT-BTC hướng dẫn chính sách thuế đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức do Bộ Tài chính ban hành
IV. TỔ CHỨC THỰC HIỆN
...
3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án ODA viện trợ không hoàn lại và dự án ODA vay ưu đãi thuộc diện được hoàn thuế GTGT:
...
3.4. Qui trình hoàn thuế giá trị gia tăng:
- Chủ dự án, nhà thầu chính thuộc đối tượng được hoàn thuế giá trị gia tăng, lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT ngay sau khi nhận được hoá đơn thanh toán đối với các trường hợp việc thanh toán được tiến hành theo định kỳ mà thời gian cách quãng giữa các lần thanh toán dài hơn 1 tháng, hoặc lập hồ sơ hoàn thuế theo định kỳ ít nhất 1 tháng một lần nhưng số ngày cách quãng giữa các kỳ không dưới 10 ngày theo lịch (chủ dự án hoặc nhà thầu chính phải đăng ký trước với cơ quan thuế về thời gian biểu nộp hồ sơ hoàn thuế). Trong vòng 3 ngày làm việc kể từ khi nhận đầy đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế, cơ quan thuế xem xét và ra quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng. Trường hợp phải bổ sung hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng thì trong vòng 3 ngày làm việc, cơ quan thuế phải có văn bản thông báo cho chủ dự án hoặc nhà thầu chính.
- Đối với dự án sử dụng nguồn ODA vay ưu đãi được Ngân sách Nhà nước cấp phát thuộc diện được hoàn thuế GTGT: trường hợp hoàn thuế cho nhà thầu chính thì hồ sơ hoàn thuế GTGT của nhà thầu chính phải có ý kiến xác nhận của Chủ dự án về số thuế GTGT được hoàn trước khi gửi hồ sơ hoàn thuế cho cơ quan thuế. Trường hợp nhà thầu kê khai bao gồm cả thuế GTGT đầu vào không dùng để xây dựng công trình sử dụng vốn ODA hoặc không dùng để sản xuất kinh doanh hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế GTGT, cung cấp cho dự án ODA thì chủ dự án phải có ý kiến ngay tại hồ sơ hoàn thuế để xác định chính xác số thuế GTGT được hoàn.
- Cơ quan thuế không hoàn thuế đối với trường hợp chủ dự án trực tiếp nhập khẩu hàng hoá thuộc đối tượng chịu thuế GTGT nhưng số thuế GTGT ở khâu nhập khẩu đã được ghi thu, ghi chi.
- Khi ban hành quyết định hoàn thuế, ngoài các liên chứng từ được luân chuyển như hướng dẫn tại mẫu số 14/GTGT "Quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng" ban hành kèm theo Thông tư số 122/2000/TT-BTC ngày 29/12/2000 của Bộ Tài chính, cơ quan thuế phải gửi thêm một liên cho chủ dự án. Riêng đối với các dự án sử dụng vốn ODA vay ưu đãi được Ngân sách Nhà nước cấp phát thuộc diện được hoàn thuế GTGT, ngoài các liên nêu trên, Cơ quan thuế gửi một liên cho Bộ Tài chính (Vụ đầu tư) để làm thủ tục ghi tăng vốn đầu tư như hướng dẫn tại Thông tư 42/2001/TT-BTC ngày 12/6/2001 của Bộ Tài chính hướng dẫn quản lý, hạch toán vốn hoàn thuế giá trị giá tăng cho các dự án sử dụng nguồn ODA.
- Trường hợp chủ dự án được ngân sách cấp phát từ nguồn vốn đối ứng để nộp thuế GTGT thì khi được hoàn thuế GTGT, chủ dự án phải nộp trả ngân sách nhà nước như hướng dẫn tại Thông tư số 42/2001/TT-BTC ngày 12/6/2001 của Bộ Tài chính hướng dẫn quản lý, hạch toán vốn hoàn thuế giá trị gia tăng cho các dự án ODA.
- Sau khi hoàn thuế giá trị gia tăng, trường hợp phát hiện các nghi vấn cần phải kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế, cơ quan thuế ra quyết định kiểm tra, thanh tra. Việc kiểm tra, thanh tra, xử lý vi phạm về hoàn thuế giá trị gia tăng thực hiện theo qui định hiện hành.
