Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 7. Giá tính thuế
...
10. Đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản, giá tính thuế là giá chuyển nhượng bất động sản trừ (-) giá đất được trừ để tính thuế GTGT.
...
a.4) Trường hợp cơ sở kinh doanh nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất của các tổ chức, cá nhân thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT là giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất bao gồm cả giá trị cơ sở hạ tầng (nếu có). cơ sở kinh doanh không được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của cơ sở hạ tầng đã tính trong giá trị quyền sử dụng đất được trừ không chịu thuế GTGT.
Nếu giá đất được trừ không bao gồm giá trị cơ sở hạ tầng thì cơ sở kinh doanh được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào của cơ sở hạ tầng chưa tính trong giá trị quyền sử dụng đất được trừ không chịu thuế giá trị gia tăng.
Trường hợp không xác định được giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng thì giá đất được trừ để tính thuế giá trị gia tăng là giá đất do Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quy định tại thời điểm ký hợp đồng nhận chuyển nhượng.
Ví dụ 37: Tháng 8/2013 Công ty A nhận chuyển nhượng (mua) 200m2 đất của cá nhân B ở Khu dân cư Bình An thuộc tỉnh X với giá chuyển nhượng là 6 tỷ đồng. Công ty A có hợp đồng chuyển nhượng quyền sử dụng đất có công chứng phù hợp với quy định của pháp luật về đất đai, chứng từ thanh toán tiền cho cá nhân B số tiền 6 tỷ đồng. Công ty A không đầu tư xây dựng gì trên mảnh đất này. Tháng 10/2014, Công ty A chuyển nhượng mảnh đất mua từ cá nhân B nêu trên với giá 9 tỷ đồng (bán lại với giá 9 tỷ đồng) thì Công ty A thực hiện lập hóa đơn GTGT và kê khai, nộp thuế GTGT, giá đất được trừ trong giá tính thuế GTGT là giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng (6 tỷ đồng).
Ví dụ 38: Tháng 11/2013, Công ty TNHH A nhận chuyển nhượng 300m2 đất kèm theo nhà xưởng trên đất của cá nhân B với trị giá là 10 tỷ đồng và không có đủ hồ sơ giấy tờ để xác định giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng. Đến tháng 4/2014 Công ty TNHH A chuyển nhượng 300m2 đất này kèm nhà xưởng trên đất với trị giá là 14 tỷ đồng thì giá đất được trừ để tính thuế giá trị gia tăng là giá đất do Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quy định tại thời điểm nhận chuyển nhượng (tháng 11/2013).
Ví dụ 39:
Tháng 9 năm 2013 Công ty B mua 2000 m2 đất đã có một phần cơ sở hạ tầng từ Công ty kinh doanh bất động sản A tổng giá thanh toán là 62 tỷ đồng (trong đó giá đất không chịu thuế GTGT là 40 tỷ đồng, đơn giá là 20 triệu đồng/1m2).
Trên hóa đơn Công ty A ghi:
- Giá chuyển nhượng chưa có thuế GTGT: 60 tỷ đồng
- Giá đất không chịu thuế GTGT: 40 tỷ đồng
- Thuế GTGT đối với cơ sở hạ tầng: 2 tỷ đồng
- Tổng giá thanh toán: 62 tỷ đồng
Công ty A phải kê khai thuế GTGT phải nộp như sau:
Thuế GTGT phải nộp = Thuế GTGT đầu ra - Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ
Giả sử thuế GTGT đầu vào để xây dựng cơ sở hạ tầng của Công ty A là 1,5 tỷ đồng đủ điều kiện để khấu trừ thì:
Thuế GTGT phải nộp = 2 tỷ - 1,5 tỷ = 0,5 tỷ (đồng)
Công ty B tiếp tục xây dựng cơ sở hạ tầng và xây dựng 10 căn biệt thự (diện tích sàn 200 m2/biệt thự) để bán. Tổng số thuế GTGT đầu vào để xây biệt thự là 3 tỷ đồng.
Ngày 01/4/2015, Công ty B ký hợp đồng bán 01 căn biệt thự cho khách hàng C, giá chuyển nhượng 01 căn biệt thự chưa có thuế GTGT là 10 tỷ đồng, giá đất được trừ khi xác định giá tính thuế GTGT đối với 01 căn biệt thự bán ra:
- Giá trị quyền sử dụng đất (chưa bao gồm giá trị cơ sở hạ tầng) tại thời điểm nhận chuyển nhượng từ Công ty A cho 01 căn biệt thự là: 20 triệu x 200 m2 = 4 tỷ (đồng)
- Giá trị cơ sở hạ tầng phân bổ cho 01 căn biệt thự là:
(20 tỷ : 2000 m2) x 200 m2 = 2 tỷ (đồng)
- Giá trị quyền sử dụng đất (bao gồm cả giá trị cơ sở hạ tầng) tại thời điểm nhận chuyển nhượng từ Công ty A được trừ khi xác định giá tính thuế của 01 căn biệt thự bán ra là: 6 tỷ đồng.
Trên hóa đơn Công ty B ghi:
- Giá chuyển nhượng 01 căn biệt thự: 10 tỷ đồng
- Giá đất được trừ không chịu thuế GTGT: 6 tỷ đồng
- Thuế GTGT là 0,4 tỷ đồng [(10 tỷ - 6 tỷ) x 10%]
- Tổng giá thanh toán: 10,4 tỷ đồng
Giả sử trong tháng Công ty B bán hết 10 căn biệt thự. Khi Công ty B kê khai, nộp thuế GTGT, số thuế GTGT phải nộp = số thuế GTGT đầu ra - số thuế đầu vào được khấu trừ = 0,4 tỷ x 10 căn - 3 tỷ = 1 tỷ (đồng).
Tiền thuế GTGT đối với giá trị cơ sở hạ tầng ghi trên hóa đơn nhận chuyển nhượng từ Công ty A đối với 10 biệt thự là 2 tỷ đồng không được kê khai, khấu trừ.
Trường hợp Công ty B xác định giá trị quyền sử dụng đất không bao gồm cả giá trị cơ sở hạ tầng tại thời điểm nhận chuyển nhượng từ Công ty A được trừ khi xác định giá tính thuế của 01 căn biệt thự bán ra là 4 tỷ đồng. Trên hóa đơn Công ty B ghi:
- Giá chuyển nhượng 01 căn biệt thự: 10 tỷ đồng
- Giá đất được trừ không chịu thuế GTGT: 4 tỷ đồng
- Thuế GTGT là 0,6 tỷ đồng [(10 tỷ - 4 tỷ) x 10%]
- Tổng giá thanh toán: 10,6 tỷ đồng
Giả sử trong tháng 4/2015, Công ty B bán hết 10 căn biệt thự. Khi Công ty B kê khai, nộp thuế GTGT, số thuế GTGT phải nộp = số thuế GTGT đầu ra - số thuế đầu vào được khấu trừ (gồm thuế GTGT đầu vào để xây biệt thự và thuế GTGT đầu vào đối với giá trị cơ sở hạ tầng) = 0,6 tỷ đồng x 10 căn biệt thự - 3 tỷ đồng - 2 tỷ đồng (thuế GTGT đầu vào của cơ sở hạ tầng) = 1 tỷ đồng.
...
a.6) Trường hợp doanh nghiệp kinh doanh bất động sản có nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất nông nghiệp của người dân theo hợp đồng chuyển nhượng, sau đó được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển mục đích sử dụng sang thành đất ở để xây dựng chung cư, nhà ở... để bán thì giá đất được trừ khi tính thuế GTGT là giá đất nông nghiệp nhận chuyển nhượng từ người dân và các chi phí khác bao gồm: khoản tiền sử dụng đất nộp NSNN để chuyển mục đích sử dụng đất từ đất nông nghiệp sang đất ở, thuế thu nhập cá nhân nộp thay người dân có đất chuyển nhượng (nếu các bên có thỏa thuận doanh nghiệp kinh doanh bất động sản nộp thay).