Thông tư 156/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định 83/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 11. Khai thuế giá trị gia tăng
...
3. Khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ
...
c) Trường hợp người nộp thuế thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cùng nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư thì lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết theo mức quy định của pháp luật về thuế GTGT thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.
Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, thì người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi đóng trụ sở chính. Nếu số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư theo mức quy định của pháp luật về thuế GTGT thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.
Trường hợp người nộp thuế có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương. Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Ví dụ 27: Doanh nghiệp A có trụ sở chính tại Hà Nội, có dự án đầu tư tại Hải Phòng, đồng thời có thành lập Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh tại Hải Phòng để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý dự án đầu tư này. Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế riêng với cơ quan thuế tại Hải Phòng.
Ví dụ 28: Doanh nghiệp A có trụ sở tại Hà Nội, năm 2014 có dự án xây dựng nhà máy thép ở Hải Phòng (dự án gồm 3 tổ hợp), dự án đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, doanh nghiệp A lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và nộp tại cơ quan thuế Hà Nội - nơi đóng trụ sở chính, và thực hiện hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư tại Hà Nội. Đến năm 2017, Nhà máy thép Hải phòng đã đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế có tổ hợp thứ nhất đi vào hoạt động và có doanh thu đầu ra thì nhà máy thực hiện kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ tại Hải Phòng. Đối với tổ hợp thứ hai và tổ hợp thứ ba vẫn đang trong giai đoạn tiếp tục xây dựng thì Nhà máy thực hiện kê khai thuế GTGT riêng cho dự án đầu tư, bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của Nhà máy và đề nghị hoàn thuế GTGT tại Hải Phòng
Ví dụ 29: Doanh nghiệp A hoạt động trong lĩnh vực xây dựng, kinh doanh bất động sản. Doanh nghiệp A có dự án xây dựng nhà chung cư để bán thì đây là hoạt động sản xuất kinh doanh chính của doanh nghiệp, không thuộc trường hợp được hoàn thuế GTGT theo dự án đầu tư.
Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư bao gồm:
- Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư theo mẫu số 02/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
- Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-2/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư và phải thực hiện bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện thì việc kê khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư theo tháng hay quý được thực hiện cùng với việc kê khai thuế giá trị gia tăng của trụ sở chính.