Bộ Tài chính nhận được kiến nghị của một số doanh nghiệp về việc áp dụng thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ do các doanh nghiệp chế xuất (DNCX) nhập khẩu từ nước ngoài trong thời gian kể từ ngày Thông tư số 32/2007/TT-BTC có hiệu lực thi hành (ngày 04/06/2007) đến ngày Thông tư số 30/2008/TT-BTC có hiệu lực thi hành (ngày 10/05/2008). Về vấn đề này, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

Căn cứ Điều 2 Luật thuế GTGT, điều 3 Luật thuế xuất khẩu, nhập khẩu; khoản 2 điều 1 Nghị định 149/2005/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; điều 40 Quy chế khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao (ban hành kèm theo Nghị định số 36/CP ngày 24/04/1997 của Chính phủ nay là Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14/03/2008 của Chính phủ quy định về khu công nghiệp, khu chế xuất và khu kinh tế) thì hàng hóa do các DNCX nhập khẩu từ nước ngoài không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.

Trường hợp DNCX đã kê khai nộp thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài từ ngày 04/06/2007 đến ngày 10/05/2008 thì được hoàn lại số thuế GTGT đã nộp vào ngân sách nhà nước theo hướng dẫn tại điểm 5, Mục I Phần D Thông tư số 32/2007/TT-BTC

Cục Hải quan các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm rà soát lại các trường hợp đã thu thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài của DNCX để thông báo cho DNCX biết và cấp giấy xác nhận theo quy định tại điểm 5.3 Mục IV Phần E Thông tư số 59/2007/TT-BTC ngày 14/06/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Cục thuế phối hợp với Cục Hải quan các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương hướng dẫn DNCX lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế trong đó nêu rõ căn cứ đề nghị hoàn; số tiền thuế đề nghị hoàn kèm theo giấy xác nhận của cơ quan Hải quan. Cục thuế trực tiếp quản lý DNCX thực hiện hoàn thuế GTGT hàng hóa nhập khẩu theo hướng dẫn trên.

Bộ Tài chính thông báo để Cục Thuế, Cục Hải quan các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương được biết và thực hiện