Thông tư 99/2016/TT-BTC hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 14. Xác định số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ được bù trừ với số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn
1. Cơ quan thuế có trách nhiệm xác định số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các Khoản thu khác còn nợ ngân sách nhà nước (sau đây gọi là tiền thuế nợ) để thực hiện bù trừ với số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế.
2. Tiền thuế nợ của người nộp thuế phải bù trừ (không bao gồm tiền thuế nợ đang thực hiện thủ tục để xoá nợ, tiền thuế nợ được nộp dần theo quy định tại Điều 32, 39 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ quy định chi Tiết thi hành một số Điều của Luật Quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật Quản lý thuế), bao gồm:
a) Tiền thuế nợ do ngành Thuế quản lý trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế.
b) Tiền thuế nợ (trừ tiền phí, tiền lệ phí hải quan) do cơ quan hải quan cung cấp theo Quy chế trao đổi thông tin và phối hợp công tác giữa cơ quan hải quan và cơ quan thuế.
c) Tiền thuế nợ Ngân sách nhà nước theo văn bản đề nghị của các cơ quan, tổ chức có thẩm quyền theo quy định của pháp luật.
3. Sau khi đã bù trừ theo quy định tại Khoản 2 Điều này, trường hợp người nộp thuế là doanh nghiệp trụ sở chính vẫn có số thuế còn được hoàn trả nhưng có Chi nhánh hạch toán phụ thuộc có số tiền thuế nợ quá hạn trên 90 ngày do cơ quan thuế quản lý trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế thì cơ quan thuế phải tiếp tục thực hiện bù trừ. Trường hợp nhiều Chi nhánh hạch toán phụ thuộc có số tiền thuế nợ thì thứ tự bù trừ ưu tiên cho Khoản nợ có hạn nộp xa nhất của Chi nhánh.
Trường hợp Chi nhánh hạch toán phụ thuộc có số thuế còn được hoàn thì phải thực hiện bù trừ với số tiền thuế nợ quá hạn trên 90 ngày của doanh nghiệp trụ sở chính.
4. Cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế phải chịu trách nhiệm về số tiền thuế nợ trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế. cơ quan, tổ chức có đề nghị số tiền thuế nợ Ngân sách nhà nước được bù trừ phải chịu trách nhiệm về số liệu đã cung cấp cho cơ quan thuế.
5. Trường hợp người nộp thuế có văn bản đề nghị cơ quan thuế trích số tiền thuế được hoàn nộp thay tiền thuế nợ ngân sách ngân sách nhà nước cho người nộp thuế khác, cơ quan thuế xác định số tiền thuế được hoàn bù trừ với số tiền thuế nợ của người nộp thuế khác (sau khi bù trừ số tiền thuế nợ của người nộp thuế quy định tại Khoản 2, Khoản 3 Điều này).
6. Sau khi nhận được Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo quy định tại Điều này, người nộp thuế có vướng mắc về số tiền thuế nợ đã bù trừ với số tiền thuế được hoàn thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế, cơ quan hải quan, cơ quan, tổ chức đề nghị bù trừ nợ có trách nhiệm giải quyết vướng mắc cho người nộp thuế.
Trường hợp số tiền thuế nợ đã bù trừ cao hơn số tiền thuế nợ thực tế thì được xác định là Khoản nộp thừa. Cơ quan thuế, cơ quan hải quan xử lý theo quy định tại Khoản 13 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 hoặc cơ quan, tổ chức đề nghị số tiền thuế nợ bù trừ xử lý theo quy định của pháp luật có liên quan.

Nghị định 83/2013/NĐ-CP hướng dẫn Luật quản lý thuế và Luật quản lý thuế sửa đổi

Điều 32. Xóa nợ tiền thuế, tỉền chậm nộp, tiền phạt
1. Trường hợp được xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt:
a) Doanh nghiệp bị tuyên bố phá sản đã thực hiện các khoản thanh toán theo quy định của pháp luật phá sản mà không còn tài sản để nộp tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.
b) Cá nhân được pháp luật coi là đã chết, mất tích, mất năng lực hành vi dân sự mà không còn tài sản để nộp tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.
c) Các khoản nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt không thuộc trường hợp nêu tại các điểm a, b khoản 1 Điều này, đáp ứng đủ các điều kiện sau:
- khoản nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã quá 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế.
- Cơ quan quản lý thuế đã áp dụng tất cả các biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế theo quy định nhưng không thu đủ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.
2. Các trường hợp xóa nợ nêu tại khoản 1 Điều này khi xem xét xóa nợ gốc thì cũng đồng thời được xóa khoản tiền chậm nộp của khoản nợ gốc đó.
3. Phạm vi tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt được xóa nợ
Các khoản tiền thuế được xóa bao gồm tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản phải thu khác thuộc ngân sách nhà nước do cơ quan quản lý thuế quản lý thu theo quy định của pháp luật.
Riêng việc xóa nợ đối với tiền sử dụng đất và tiền thuê đất được thực hiện theo luật đất đai và các văn bản hướng dẫn thi hành luật đất đai.
4. Báo cáo số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã xóa hàng năm
a) Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương tổng hợp số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã được xóa hàng năm theo thẩm quyền quy định tại khoản 22 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều Luật quản lý thuế gửi Bộ Tài chính khi báo cáo Bộ Tài chính quyết toán ngân sách nhà nước của tỉnh, thành phố.
b) Bộ trưởng Bộ Tài chính tổng hợp số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt được xóa hàng năm theo thẩm quyền quy định tại khoản 22 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều Luật quản lý thuế.
c) Bộ trưởng Bộ Tài chính báo cáo Chính phủ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã được xóa hàng năm theo quy định tại các điểm a, b khoản này để Chính phủ trình Quốc hội phê chuẩn quyết toán ngân sách nhà nước.
5. Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể về hồ sơ, trình tự, thủ tục giải quyết xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.
...
Điều 39. Nộp dần tiền thuế nợ
1. Người nộp thuế thuộc trường hợp bị cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế, nhưng không có khả năng nộp đủ số thuế nợ trong một lần thì được nộp dần tiền thuế nợ trong thời hạn tối đa không quá 12 tháng kể từ ngày bắt đầu của thời hạn cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế nếu có bảo lãnh của tổ chức tín dụng theo quy định của pháp luật về số tiền thuế nợ đề nghị nộp dần và cam kết tiến độ thực hiện nộp dần tiền thuế nợ, tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước.
Người nộp thuế phải thực hiện cam kết chia đều số tiền nợ để nộp dần tiền thuế theo tháng.
Riêng hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu ngoài các điều kiện trên, người nộp thuế phải nộp đủ số tiền thuế của lô hàng đang làm thủ tục hải quan trước khi thông quan hoặc giải phóng hàng hoặc phải có bảo lãnh của tổ chức tín dụng.
2. Trách nhiệm của người nộp thuế được nộp dần tiền thuế nợ.
a) Trong thời gian nộp dần tiền thuế nợ, người nộp thuế vẫn phải nộp tiền chậm nộp theo mức 0,05% trên ngày trên số tiền thuế chậm nộp.
Người nộp thuế có trách nhiệm nộp đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp đã cam kết.
*Điểm này được sửa đổi bởi Khoản 3 Điều 3 Nghị định 100/2016/NĐ-CP
Điều 3. Sửa đổi, bổ sung Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22 tháng 7 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế đã được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 91/2014/NĐ-CP ngày 01 tháng 10 năm 2014 và Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12 tháng 02 năm 2015 của Chính phủ về quản lý thuế như sau:
...
3. Điểm a khoản 2 Điều 39 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“a) Trong thời gian nộp dần tiền thuế nợ, người nộp thuế vẫn phải nộp tiền chậm nộp theo mức 0,03%/ngày trên số tiền thuế chậm nộp. Người nộp thuế có trách nhiệm nộp đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp đã cam kết.”*
c) Trường hợp người nộp thuế vi phạm cam kết về tiến độ nộp dần tiền thuế nợ, tiền chậm nộp, tổ chức bảo lãnh có trách nhiệm nộp thay cho người nộp thuế, bao gồm tiền thuế nợ, tiền chậm nộp theo mức 0,05% trên ngày được nộp dần và tiền chậm nộp theo mức 0,07% trên ngày tính trên số tiền chậm nộp kể từ thời điểm vi phạm cam kết về tiến độ nộp dần tiền thuế nợ.
*Khoản này được sửa đổi bởi Khoản 9 Điều 5 Nghị định 12/2015/NĐ-CP
Điều 5. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22 tháng 7 năm 2013 quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế, Điều 4 Nghị định số 91/2014/NĐ-CP ngày 01 tháng 10 năm 2014 sửa đổi, bổ sung một số điều tại các Nghị định quy định về thuế như sau:
…
9. Sửa đổi, bổ sung Khoản 2 Điều 39 như sau:
“2. Trách nhiệm của người nộp thuế được nộp dần tiền thuế nợ
a) Trong thời gian nộp dần tiền thuế nợ, người nộp thuế vẫn phải nộp tiền chậm nộp theo mức 0,05% trên ngày trên số tiền thuế chậm nộp. Người nộp thuế có trách nhiệm nộp đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp đã cam kết.
b) Trường hợp người nộp thuế vi phạm cam kết về tiến độ nộp dần tiền thuế nợ, tiền chậm nộp, tổ chức bảo lãnh có trách nhiệm nộp thay cho người nộp thuế tiền thuế nợ, tiền chậm nộp.”*
3. Thẩm quyền giải quyết nộp dần tiền thuế:
a) Thủ trưởng cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế giải quyết đề nghị nộp dần tiền thuế nợ của người nộp thuế.
b) Thủ trưởng cơ quan hải quan giải quyết đề nghị nộp dần tiền thuế nợ đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của người nộp thuế.
4. Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể về thủ tục, hồ sơ và trình tự giải quyết nộp dần tiền thuế nợ quy định tại Điều này.