Thông tư 38/2015/TT-BTC Quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 132. Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa sau khi ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa
1. Trường hợp nguồn tiền hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa từ tài khoản tiền gửi (trước đây là tài khoản tạm thu), cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn, tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa phải đối chiếu trên hệ thống kế toán tập trung và xử lý theo trình tự như sau:
a) Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt thì thực hiện hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt cho người nộp thuế theo đúng quy định.
b) Trường hợp người nộp thuế phải nộp tờ khai hải quan giấy trong hồ sơ hoàn thuế, khi bù trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp lần sau của người nộp thuế, cơ quan hải quan đóng dấu trên tờ khai hải quan (bản gốc người khai hải quan lưu và bản gốc lưu tại đơn vị hải quan) được trừ thuế với nội dung "Số tiền thuế được trừ... đồng, theo Quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa số... ngày... tháng... năm... của... và Quyết định khấu trừ số... ngày... tháng... năm... của...". đồng thời đóng dấu ghi rõ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã trừ và số, ngày, tháng, năm của tờ khai hải quan được bù trừ lên bản chính quyết định hoàn thuế, các tờ khai hải quan được hoàn thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, chứng từ nộp thuế của tờ khai hải quan được hoàn thuế để theo dõi (Mẫu dấu thực hiện theo mẫu số 18/MDHT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm theo Thông tư này).
c) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của các lô hàng cùng loại hình nhập khẩu phải nộp vào tài khoản tiền gửi, cơ quan hải quan thực hiện bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn với số tiền thuế, tiền chậm nộp hoặc tiền phạt người nộp thuế còn nợ.
d) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của các lô hàng không cùng loại hình nhập khẩu phải nộp ngân sách, cơ quan hải quan viết giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước hoặc giấy nộp tiền vào tài khoản để nộp thay người nộp thuế theo đúng số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt người nộp thuế còn nợ.
đ) Trường hợp sau khi đã thực hiện bù trừ như nêu trên mà còn thừa, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt được hoàn, nộp thừa làm thủ tục hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn lại cho người nộp thuế.
e) Trường hợp người nộp thuế đề nghị không hoàn trả lại tiền thuế được hoàn hoặc tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn thừa sau khi đã thực hiện thanh toán hết các khoản nợ theo thứ tự thanh toán tiền thuế mà đề nghị cho bù trừ vào số tiền thuế phát sinh của hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần sau, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn, tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thực hiện bù trừ theo đề nghị của người nộp thuế như hướng dẫn tại điểm c, d khoản này.
g) Khi hoàn thuế, bù trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp lần sau của người nộp thuế, cơ quan hải quan cập nhật quyết định hoàn thuế, các tờ khai hải quan được hoàn thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, chứng từ nộp thuế của tờ khai hải quan được hoàn thuế để theo dõi trên hệ thống kế toán tập trung.
2. Trường hợp nguồn tiền hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa từ ngân sách:
a) Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và không yêu cầu bù trừ vào số tiền thuế phải nộp của lần tiếp theo, cơ quan hải quan gửi giấy đề nghị hoàn thuế kèm theo quyết định hoàn thuế cho Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế. Trường hợp cơ quan hải quan đã bù trừ một phần tiền thuế có cùng sắc thuế hoặc giữa các sắc thuế với nhau tại cùng địa bàn thu ngân sách thì trong giấy đề nghị hoàn thuế gửi Kho bạc Nhà nước ghi rõ số tiền còn lại của quyết định hoàn thuế đề nghị được hoàn. Căn cứ quyết định hoàn thuế do cơ quan hải quan ban hành, Kho bạc Nhà nước thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế.
b) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của các lô hàng khác, nếu có đề nghị bù trừ các khoản được hoàn trả với khoản phải nộp thì phải lập Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước (mẫu số C1-05/NS kèm theo Thông tư số 08/2013/TT-BTC ngày 10/01/2013 của Bộ Tài chính về hướng dẫn thực hiện kế toán áp dụng cho Hệ thống thông tin quản lý ngân sách và nghiệp vụ Kho bạc (TABMIS), trong đó ghi rõ nội dung phần đề nghị bù trừ cho khoản phải nộp, gửi cơ quan hải quan nơi hoàn trả để xem xét giải quyết. Sau khi cơ quan hải quan kiểm tra, xác định số thuế được bù trừ có cùng sắc thuế hoặc giữa các sắc thuế với nhau tại cùng địa bàn thu ngân sách thì gửi giấy đề nghị hoàn thuế kèm theo quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách Nhà nước cho Kho bạc Nhà nước hoặc Ngân hàng thương mại nơi hoàn trả thuế để Kho bạc Nhà nước hoặc Ngân hàng thương mại hạch toán theo quy định.
3. Trường hợp cơ quan hải quan phát hiện người được hoàn thuế vẫn còn nghĩa vụ nộp các khoản thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt khác, nhưng không đề nghị bù trừ số còn phải nộp thì cơ quan hải quan tạm dừng việc hoàn trả và yêu cầu người nộp phải thực hiện nghĩa vụ nộp với ngân sách nhà nước hoặc phải có đề nghị bù trừ tiền thuế được hoàn cho số thuế còn phải nộp. Hết thời hạn quy định theo thông báo của cơ quan hải quan, nếu người nộp thuế chưa thực hiện nghĩa vụ nộp ngân sách nhà nước (hoặc chưa lập giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước và ghi rõ nội dung đề nghị bù trừ khoản phải nộp gửi cơ quan hải quan), thì cơ quan hải quan lập Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước (mẫu số C1-05/NS kèm theo Thông tư số 08/2013/TT-BTC ngày 10/01/2013 của Bộ Tài chính) gửi Kho bạc Nhà nước nơi trực tiếp hoàn trả để thực hiện bù trừ. đồng thời, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế biết.
4. Trường hợp người nộp thuế nộp nhầm, nộp thừa:
a) Trường hợp nộp thừa trong năm ngân sách, trước khi kết thúc thời hạn chỉnh lý quyết toán ngân sách nhà nước và chưa kê khai, khấu trừ với cơ quan thuế (trong trường hợp nộp nhầm, nộp thừa thuế giá trị gia tăng), nếu người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp và đề nghị nộp cho số tiền còn nợ thì thực hiện điều chỉnh theo mẫu C1-07/NS ban hành kèm theo Quyết định số 759/QĐ-BTC ngày 16/4/2013 của Bộ Tài chính.
b) Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp và đề nghị được hoàn trả số tiền thuế tiền chậm nộp, tiền phạt nộp nhầm, nộp thừa:
b.1) Cơ quan hải quan ban hành Quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 11/QĐHT/TXNK phụ lục VI ban hành kèm Thông tư này, lập lệnh hoàn trả khoản thu Ngân sách nhà nước (bao gồm các liên gửi các đối tượng liên quan như quy định tại Thông tư số 128/2008/TT-BTC và 01 bản gửi cho cơ quan thuế sau khi có xác nhận đã hoàn thuế của KBNN trong trường hợp hoàn trả tiền thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa) (theo mẫu C1-04/NS ban hành kèm theo Quyết định số 759/QĐ-BTC ngày 16/4/2013 của Bộ Tài chính)) gửi Kho bạc Nhà nước nơi đã hạch toán thu Ngân sách nhà nước để thực hiện hoàn trả và đóng dấu xác nhận đã hoàn thuế trên Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách Nhà nước cho người nộp thuế theo quy định.
b.2) Cơ quan hải quan nơi ban hành quyết định xử lý tiền thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa khâu nhập khẩu gửi 01 bản Quyết định hoàn thuế, Kho bạc Nhà nước có trách nhiệm gửi 01 Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước có xác nhận đã hoàn trả khoản thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu nộp nhầm nộp thừa cho Cục Thuế quản lý người nộp thuế để cơ quan thuế làm cơ sở đối chiếu và thu hồi số tiền thuế giá trị gia tăng đã khấu trừ hoặc đã hoàn thuế (nếu có) của các chứng từ nộp thuế đã được cơ quan hải quan điều chỉnh hoặc hoàn thuế tại cơ quan hải quan theo quy định.
b.3) Người nộp thuế có trách nhiệm tự kê khai điều chỉnh số tiền thuế giá trị gia tăng đã được cơ quan hải quan hoàn nhưng đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được cơ quan thuế hoàn thuế.
5. Việc hạch toán hoàn trả thực hiện như sau:
a) Trường hợp bù trừ tiền thuế, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa phải đối chiếu trên hệ thống kế toán tập trung và xử lý theo trình tự như sau:
a.1) Nếu người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt thì thực hiện hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt cho người nộp thuế theo đúng quy định.
a.2) Khi bù trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp lần sau của người nộp thuế, cơ quan hải quan cập nhật trên hệ thống kế toán tập trung theo chi tiết tờ khai.
b) Trường hợp Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế đồng thời là Kho bạc Nhà nước nơi thu thuế thì việc hạch toán hoàn trả thực hiện theo hướng dẫn tại điểm a khoản 2 Điều này. Việc hạch toán thu ngân sách thực hiện theo lệnh thu của cơ quan hải quan, thanh toán số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn thừa (nếu có) cho người nộp thuế.
c) Trường hợp Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế khác với Kho bạc Nhà nước nơi thu thuế thì Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả hạch toán hoàn trả thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này chuyển số tiền được hoàn trả cùng với lệnh thu ngân sách của cơ quan hải quan cho Kho bạc Nhà nước nơi thu thuế để hạch toán thu ngân sách Nhà nước theo đúng nội dung ghi trên lệnh thu, thanh toán số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn thừa (nếu có) cho người nộp thuế.
Kho bạc Nhà nước sau khi thực hiện hoàn trả thuế gửi một (01) bản chứng từ hoàn trả thuế cho cơ quan hải quan nơi ban hành quyết định hoàn thuế/hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa để theo dõi, quản lý.

Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 15. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Có hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.
2. Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT.
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt gồm chứng từ thanh toán qua ngân hàng và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt khác hướng dẫn tại khoản 3 và khoản 4 Điều này.
3. Chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán (tài khoản của bên mua và tài khoản của bên bán phải là tài khoản đã đăng ký hoặc thông báo với cơ quan thuế) mở tại các tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán theo các hình thức thanh toán phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành như séc, ủy nhiệm chi hoặc lệnh chi, ủy nhiệm thu, nhờ thu, thẻ ngân hàng, thẻ tín dụng, sim điện thoại (ví điện tử) và các hình thức thanh toán khác theo quy định (bao gồm cả trường hợp bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua sang tài khoản bên bán mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân hoặc bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân sang tài khoản bên bán nếu tài khoản này đã được đăng ký giao dịch với cơ quan thuế).
a) Các chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán hoặc chứng từ thanh toán theo các hình thức không phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành không đủ điều kiện để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ hai mươi triệu đồng trở lên.
b) Hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn từ hai mươi triệu đồng trở lên theo giá đã có thuế GTGT nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ. Đối với những hóa đơn này, cơ sở kinh doanh kê khai vào mục hàng hóa, dịch vụ không đủ điều kiện khấu trừ trong bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào.
c) Đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hóa, dịch vụ mua từ hai mươi triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ bằng văn bản, hóa đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào, đồng thời ghi rõ thời hạn thanh toán vào phần ghi chú trên bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc trước ngày 31 tháng 12 hàng năm đối với trường hợp thời điểm thanh toán theo hợp đồng sớm hơn ngày 31 tháng 12, cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc đến ngày 31 tháng 12 hàng năm đối với trường hợp thời điểm thanh toán theo hợp đồng sớm hơn ngày 31 tháng 12, nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ của giá trị hàng hóa không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Sau khi cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tương ứng với giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, cơ sở kinh doanh mới có được chứng từ chứng minh việc thanh toán qua ngân hàng thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung.
Trường hợp đã quá hạn thanh toán chậm trả theo quy định trong hợp đồng hoặc đến ngày 31 tháng 12 hàng năm, cơ sở kinh doanh không thực hiện điều chỉnh giảm theo quy định nhưng trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra tại trụ sở, cơ sở kinh doanh có đầy đủ chứng từ chứng minh đã thanh toán qua ngân hàng thì nếu việc không điều chỉnh giảm không dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn thì cơ sở kinh doanh bị xử phạt vi phạm về thủ tục thuế, nếu việc không điều chỉnh giảm dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn thì cơ sở kinh doanh bị truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định của Luật Quản lý thuế.
Trường hợp cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra tại trụ sở và có quyết định xử lý không chấp nhận cho khấu trừ thuế đối với các hóa đơn GTGT không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, sau khi có quyết định xử lý của cơ quan thuế cơ sở kinh doanh mới có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì:
- Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung thuế GTGT.
- Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã không điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung nếu có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong thời hạn 6 tháng kể từ tháng có Quyết định xử lý của cơ quan thuế.
Ví dụ 64:
Trong năm 2014, Công ty TNHH ANB có phát sinh các hóa đơn GTGT mua hàng theo hợp đồng trả chậm như sau:
- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 3/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/9/2014.
- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 4/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/10/2014.
- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 5/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/11/2014.
- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 6/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/12/2014.
Công ty TNHH ANB đã kê khai khấu trừ thuế GTGT khi nhận được hóa đơn GTGT mua hàng. Đến thời điểm thanh toán theo các hợp đồng, Công ty TNHH ANB chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, Công ty TNHH ANB được lựa chọn kê khai điều chỉnh giảm theo từng hóa đơn hoặc đến ngày 31/12/2014, Công ty TNHH ANB vẫn chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì trong kỳ kê khai thuế tháng 12/2014, Công ty TNHH ANB thực hiện tổng hợp kê khai điều chỉnh giảm cho tất cả 4 hóa đơn GTGT mua hàng nói trên theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
Ví dụ 65:
Tại Công ty TNHH Super có tình hình như sau:
Tháng 2, 3 năm 2014 Công ty TNHH Super có hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là ngày 31/10/2014. Căn cứ hóa đơn GTGT do người bán cung cấp, Công ty TNHH Super đã kê khai khấu trừ thuế GTGT trên Tờ khai thuế GTGT tháng 2, tháng 3 năm 2014. Đến thời hạn trả (ngày 31/10/2014) do có khó khăn về tài chính nên Công ty TNHH Super chưa thanh toán theo đúng thời hạn trong hợp đồng. Trong kỳ kê khai tháng 10/2014, Công ty TNHH Super đã tự kê khai điều chỉnh giảm theo quy định đối với số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ, đồng thời đã khai tăng chi phí tính thuế TNDN khoản chi phí tương ứng số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ điều chỉnh giảm.
Tháng 4 năm 2015, cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra về thuế GTGT tại Công ty TNHH Super. Đối với hóa đơn GTGT mua hàng trong tháng 2, tháng 3 năm 2014 theo hợp đồng trả chậm với thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2014, do Công ty đã tự điều chỉnh giảm số thuế đã kê khai khấu trừ theo quy định nên Đoàn kiểm tra ghi nhận số liệu đã điều chỉnh giảm.
Tháng 5 năm 2015 cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý về thuế GTGT đối với Công ty TNHH Super (trong Quyết định không có nội dung xử lý về thuế GTGT của các hóa đơn GTGT mua hàng trong tháng 2, tháng 3 năm 2014 theo hợp đồng trả chậm với thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2014 do Đoàn kiểm tra đã ghi nhận số liệu kế toán đã điều chỉnh giảm).
Tháng 12 năm 2015 Công ty TNHH Super có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 2, 3 năm 2014 (thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2014) thì Công ty TNHH Super được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT. Đồng thời Công ty TNHH Super thực hiện điều chỉnh giảm chi phí tính thuế TNDN tương ứng.
Ví dụ 66:
Tại Công ty TNHH YKK có tình hình như sau:
Tháng 3, 4 năm 2014 Công ty TNHH YKK có hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là ngày 30/9/2014. Căn cứ hóa đơn GTGT do người bán cung cấp, Công ty TNHH YKK đã kê khai khấu trừ thuế GTGT trên Tờ khai thuế tháng 3, tháng 4 năm 2014. Đến thời hạn trả (ngày 30/9/2014), Công ty TNHH YKK không có khả năng thanh toán, tuy nhiên, Công ty đã không kê khai điều chỉnh giảm. Đến thời điểm ngày 31/12/2014, Công ty TNHH YKK cũng không kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã khấu trừ chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
Tháng 4 năm 2015, cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra về thuế GTGT tại Công ty TNHH YKK, thời kỳ kiểm tra là năm 2014. Tại thời điểm kiểm tra, Công ty TNHH YKK không xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là ngày 30/9/2014. Đoàn kiểm tra xử lý không chấp thuận cho Công ty TNHH YKK được kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
Tháng 5 năm 2015 cơ quan thuế đã ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế GTGT tại Công ty TNHH YKK.
Trường hợp trong tháng 10 năm 2015 Công ty TNHH YKK có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 3 năm 2014 (thời hạn trả là trong tháng 9 năm 2014) thì Công ty TNHH YKK được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT do thời điểm có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong thời hạn 6 tháng kể từ khi cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế.
Trường hợp trong tháng 12 năm 2015, Công ty TNHH YKK có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 4 năm 2014 (thời hạn thanh toán là ngày 30/9/2014) thì Công ty TNHH YKK không được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT do thời điểm có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đã quá thời hạn 6 tháng kể từ khi cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế.
Ví dụ 67:
Tháng 9/2014, Cục thuế tỉnh B qua kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế đã ban hành Quyết định xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty cổ phần PNG. Tại Quyết định xử lý có nội dung thu hồi tiền hoàn thuế GTGT 460 triệu đồng là khoản tiền thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 20 triệu đồng trở lên Công ty đã thực hiện kê khai, khấu trừ nhưng đến thời điểm kiểm tra đã quá thời hạn thanh toán theo hợp đồng mà chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng của bộ hồ sơ đã được hoàn thuế của kỳ hoàn từ tháng 8/2013 đến tháng 8/2014. Công ty cổ phần PNG đã chấp hành nộp đầy đủ vào NSNN số tiền thuế truy thu.
Trong tháng 10/2014, Công ty cổ phần PNG có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hóa đơn mua hàng hóa theo hợp đồng đã quá hạn thanh toán tương ứng với số thuế GTGT 460 triệu đồng đã bị cơ quan thuế thu hồi thì trong tháng 10/2014, Công ty cổ phần PNG được kê khai bổ sung điều chỉnh theo quy định.
4. Các trường hợp thanh toán không dùng tiền mặt khác để khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm:
a) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có biên bản đối chiếu số liệu và xác nhận giữa hai bên về việc thanh toán bù trừ giữa hàng hóa, dịch vụ mua vào với hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng. Trường hợp bù trừ công nợ qua bên thứ ba phải có biên bản bù trừ công nợ của ba (3) bên làm căn cứ khấu trừ thuế.
b) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức bù trừ công nợ như vay, mượn tiền. cấn trừ công nợ qua người thứ ba mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có hợp đồng vay, mượn tiền dưới hình thức văn bản được lập trước đó và có chứng từ chuyển tiền từ tài khoản của bên cho vay sang tài khoản của bên đi vay đối với khoản vay bằng tiền bao gồm cả trường hợp bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với khoản tiền mà người bán hỗ trợ cho người mua, hoặc nhờ người mua chi hộ.
c) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào được thanh toán ủy quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng (bao gồm cả trường hợp bên bán yêu cầu bên mua thanh toán tiền qua ngân hàng cho bên thứ ba do bên bán chỉ định) thì việc thanh toán theo ủy quyền hoặc thanh toán cho bên thứ ba theo chỉ định của bên bán phải được quy định cụ thể trong hợp đồng dưới hình thức văn bản và bên thứ ba là một pháp nhân hoặc thể nhân đang hoạt động theo quy định của pháp luật.
Trường hợp sau khi thực hiện các hình thức thanh toán nêu trên mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Khi kê khai hóa đơn thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh ghi rõ phương thức thanh toán được quy định cụ thể trong hợp đồng vào phần ghi chú trên bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào.
d) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào được thanh toán qua ngân hàng vào tài khoản của bên thứ ba mở tại Kho bạc Nhà nước để thực hiện cưỡng chế bằng biện pháp thu tiền, tài sản do tổ chức, cá nhân khác đang nắm giữ (theo Quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền) thì cũng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Ví dụ 68:
Công ty A mua hàng của Công ty B và Công ty A đang còn nợ tiền hàng của Công ty B. Tuy nhiên Công ty B đang còn nợ tiền thuế vào ngân sách nhà nước. Căn cứ Luật Quản lý thuế, cơ quan thuế thực hiện thu tiền, tài sản của Công ty B do Công ty A đang nắm giữ để thi hành quyết định hành chính thuế thì khi Công ty A chuyển tiền vào tài khoản thu ngân sách cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng, số thuế GTGT đầu vào tương ứng với doanh số của hàng hóa mua vào được kê khai, khấu trừ.
Ví dụ 69:
Công ty C thực hiện ký hợp đồng kinh tế với Công ty D về việc cung cấp hàng hóa và Công ty D đang còn nợ tiền hàng của Công ty C.
Thực hiện Quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về việc yêu cầu thu toàn bộ số tiền mà Công ty D đang còn nợ Công ty C để chuyển vào tài khoản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền mở tại Kho bạc Nhà nước để giải quyết “Tranh chấp hợp đồng mua bán hàng hóa” giữa Công ty C và đối tác.
Khi Công ty D chuyển trả số tiền vào tài khoản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền (việc chuyển tiền này không được quy định cụ thể trong hợp đồng mua bán giữa Công ty C và Công ty D) thì trường hợp này cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng, số thuế GTGT đầu vào tương ứng với doanh số của hàng hóa mua vào được kê khai, khấu trừ.
5. Trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ của một nhà cung cấp có giá trị dưới hai mươi triệu đồng nhưng mua nhiều lần trong cùng một ngày có tổng giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Nhà cung cấp là người nộp thuế có mã số thuế, trực tiếp khai và nộp thuế GTGT.