Thông tư 38/2015/TT-BTC Quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 132. Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa sau khi ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa
...
4. Trường hợp người nộp thuế nộp nhầm, nộp thừa:
a) Trường hợp nộp thừa trong năm ngân sách, trước khi kết thúc thời hạn chỉnh lý quyết toán ngân sách nhà nước và chưa kê khai, khấu trừ với cơ quan thuế (trong trường hợp nộp nhầm, nộp thừa thuế giá trị gia tăng), nếu người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp và đề nghị nộp cho số tiền còn nợ thì thực hiện điều chỉnh theo mẫu C1-07/NS ban hành kèm theo Quyết định số 759/QĐ-BTC ngày 16/4/2013 của Bộ Tài chính.
b) Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp và đề nghị được hoàn trả số tiền thuế tiền chậm nộp, tiền phạt nộp nhầm, nộp thừa:
b.1) Cơ quan hải quan ban hành Quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 11/QĐHT/TXNK phụ lục VI ban hành kèm Thông tư này, lập lệnh hoàn trả khoản thu Ngân sách nhà nước (bao gồm các liên gửi các đối tượng liên quan như quy định tại Thông tư số 128/2008/TT-BTC và 01 bản gửi cho cơ quan thuế sau khi có xác nhận đã hoàn thuế của KBNN trong trường hợp hoàn trả tiền thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa) (theo mẫu C1-04/NS ban hành kèm theo Quyết định số 759/QĐ-BTC ngày 16/4/2013 của Bộ Tài chính)) gửi Kho bạc Nhà nước nơi đã hạch toán thu Ngân sách nhà nước để thực hiện hoàn trả và đóng dấu xác nhận đã hoàn thuế trên Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách Nhà nước cho người nộp thuế theo quy định.
b.2) Cơ quan hải quan nơi ban hành quyết định xử lý tiền thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa khâu nhập khẩu gửi 01 bản Quyết định hoàn thuế, Kho bạc Nhà nước có trách nhiệm gửi 01 Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước có xác nhận đã hoàn trả khoản thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu nộp nhầm nộp thừa cho Cục Thuế quản lý người nộp thuế để cơ quan thuế làm cơ sở đối chiếu và thu hồi số tiền thuế giá trị gia tăng đã khấu trừ hoặc đã hoàn thuế (nếu có) của các chứng từ nộp thuế đã được cơ quan hải quan điều chỉnh hoặc hoàn thuế tại cơ quan hải quan theo quy định.
b.3) Người nộp thuế có trách nhiệm tự kê khai điều chỉnh số tiền thuế giá trị gia tăng đã được cơ quan hải quan hoàn nhưng đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được cơ quan thuế hoàn thuế.