Thông tư 128/2013/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất, nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất, nhập khẩu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 46. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện dự án đầu tư
1. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu phục vụ hoạt động của doanh nghiệp thực hiện theo quy định đối với từng loại hình xuất nhập khẩu hướng dẫn tại Thông tư này.
2. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá nhập khẩu tạo tài sản cố định. nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm phục vụ sản xuất của dự án ưu đãi đầu tư:
a) Đối với dự án đầu tư miễn thuế:
a.1) Đăng ký danh mục hàng hoá nhập khẩu được miễn thuế với cơ quan hải quan đối với trường hợp nhập khẩu hàng hoá tạo tài sản cố định. nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm phục vụ sản xuất của dự án ưu đãi đầu tư thuộc đối tượng được miễn thuế nhập khẩu.
Thủ tục đăng ký thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 101 Thông tư này.
a.2) Thủ tục nhập khẩu:
a.2.1) Doanh nghiệp làm thủ tục hải quan để nhập khẩu hàng hoá tại một Chi cục hải quan thuận tiện nhất thuộc Cục hải quan nơi đăng ký Danh mục hàng hóa miễn thuế.
a.2.2) Thủ tục hải quan thực hiện như hướng dẫn đối với hàng xuất nhập khẩu thương mại tại Chương I phần II Thông tư này. ngoài ra phải thực hiện thêm một số công việc theo hướng dẫn tại Điều 101, Điều 102 và Điều 103 Thông tư này.
b) Đối với dự án đầu tư không được miễn thuế:
Thủ tục hải quan thực hiện như đối với hàng hóa nhập khẩu thương mại. doanh nghiệp làm thủ tục nhập khẩu tại Chi cục hải quan nơi có hàng nhập khẩu hoặc nơi xây dựng dự án đầu tư. Doanh nghiệp chịu trách nhiệm sử dụng hàng hóa nhập khẩu phục vụ dự án đầu tư không được miễn thuế theo đúng mục đích trên Giấy chứng nhận đầu tư.
3. Thanh lý, thay đổi mục đích sử dụng hàng hoá nhập khẩu miễn thuế
a) Các hình thức thanh lý, thay đổi mục đích sử dụng hàng hoá thuộc diện thanh lý, điều kiện thanh lý, hồ sơ thanh lý hàng hoá nhập khẩu miễn thuế của dự án đầu tư trong nước và dự án có vốn đầu tư nước ngoài thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 04/2007/TT-BTM ngày 04 tháng 4 năm 2007 của Bộ Thương mại (nay là Bộ Công Thương) hướng dẫn hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, gia công, thanh lý hàng nhập khẩu và tiêu thụ sản phẩm của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài.
b) Thủ tục thanh lý, thay đổi mục đích sử dụng thực hiện tại cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu hàng hoá miễn thuế.
c) Thủ tục thanh lý, thay đổi mục đích sử dụng
c.1) Doanh nghiệp hoặc Ban thanh lý có văn bản nêu rõ lý do thanh lý, thay đổi mục đích sử dụng tên gọi, ký mã hiệu, lượng hàng, số tiền thuế đã được miễn thuế tương ứng với hàng hóa cần thanh lý, thay đổi mục đích sử dụng thuộc tờ khai nhập khẩu số, ngày, tháng, năm gửi cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu hàng hóa miễn thuế.
c.2) Trường hợp thanh lý theo hình thức xuất khẩu thì doanh nghiệp mở tờ khai xuất khẩu theo loại hình tương ứng.
c.3) Trường hợp nhượng bán tại thị trường Việt Nam, cho, biếu, tặng, tiêu huỷ thì phải thực hiện việc kê khai, tính thuế trên tờ khai hải quan mới theo hướng dẫn tại khoản 8 Điều 11 Thông tư này. Doanh nghiệp làm thủ tục hải quan theo loại hình nhập khẩu tương ứng. chính sách thuế, chính sách quản lý hàng hóa nhập khẩu áp dụng tại thời điểm đăng ký tờ khai nhập khẩu, trừ trường hợp tại thời điểm làm thủ tục nhập khẩu miễn thuế doanh nghiệp đã thực hiện đầy đủ chính sách quản lý nhập khẩu.
Trường hợp nhượng bán cho doanh nghiệp thuộc đối tượng miễn thuế nhập khẩu thì hàng hóa miễn thuế phải được trừ vào Phiếu theo dõi trừ lùi hàng hóa miễn thuế đã được cấp của doanh nghiệp được chuyển nhượng.
c.4) Khi tiêu huỷ, doanh nghiệp chịu trách nhiệm thực hiện theo quy định của cơ quan quản lý môi trường.