Thông tư 129/2008/TT-BTC hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định 123/2008/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng do Bộ Tài chính ban hành

B. CĂN CỨ VÀ PHƯƠNG PHÁP TÍNH THUẾ
Căn cứ tính thuế GTGT là giá tính thuế và thuế suất.
...
III. PHƯƠNG PHÁP TÍNH THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG
Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo một trong hai phương pháp: phương pháp khấu trừ thuế và phương pháp tính trực tiếp trên GTGT.
Đối tượng áp dụng và việc xác định thuế phải nộp theo từng phương pháp như sau:
1. Phương pháp khấu trừ thuế
...
1.2. Xác định thuế GTGT phải nộp:
Số thuế GTGT phải nộp = Số thuế GTGT đầu ra - Số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ
Trong đó:
a) Số thuế giá trị gia tăng đầu ra bằng tổng số thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ bán ra ghi trên hoá đơn giá trị gia tăng.
Thuế giá trị gia tăng ghi trên hoá đơn giá trị gia tăng bằng giá tính thuế của hàng hoá, dịch vụ chịu thuế bán ra nhân (x) với thuế suất thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ đó.
Trường hợp sử dụng chứng từ ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT thì thuế GTGT đầu ra được xác định bằng giá thanh toán trừ (-) giá tính thuế quy định tại điểm 1.10 mục II phần này.
Cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng tính thuế theo phương pháp khấu trừ thuế khi bán hàng hóa, dịch vụ phải tính và thu thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ bán ra. Khi lập hoá đơn bán hàng hóa, dịch vụ, cơ sở kinh doanh phải ghi rõ giá bán chưa có thuế, thuế GTGT và tổng số tiền người mua phải thanh toán. Trường hợp hoá đơn chỉ ghi giá thanh toán (trừ trường hợp được phép dùng chứng từ đặc thù), không ghi giá chưa có thuế và thuế GTGT thì thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ bán ra phải tính trên giá thanh toán ghi trên hoá đơn, chứng từ.
Ví dụ 17: Doanh nghiệp bán sắt, thép, giá bán chưa có thuế GTGT đối với sắt F6 là: 11.000.000 đồng/tấn. thuế GTGT 10% bằng 1.100.000 đồng/tấn, nhưng khi bán có một số hoá đơn doanh nghiệp chỉ ghi giá bán là 12.100.000 đồng/tấn thì thuế GTGT tính trên doanh số bán được xác định bằng: 12.100.000 đồng/tấn x 10% = 1.210.000 đồng/tấn thay vì tính trên giá chưa có thuế là 11.000.000 đồng/tấn.
Cơ sở kinh doanh phải chấp hành chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hoá đơn, chứng từ và hướng dẫn tại Mục IV, Phần B Thông tư này. Trường hợp hoá đơn ghi sai mức thuế suất thuế giá trị gia tăng mà cơ sở kinh doanh chưa tự điều chỉnh, cơ quan thuế kiểm tra, phát hiện thì xử lý như sau:
Đối với cơ sở kinh doanh bán hàng hoá, dịch vụ: Nếu thuế suất thuế GTGT ghi trên hoá đơn cao hơn thuế suất đã được quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT thì phải kê khai, nộp thuế GTGT theo thuế suất đã ghi trên hoá. Nếu thuế suất thuế GTGT ghi trên hoá đơn thấp hơn thuế suất đã được quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT thì phải kê khai, nộp thuế GTGT theo thuế suất thuế GTGT quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT.
b) Thuế GTGT đầu vào bằng (=) tổng số thuế GTGT ghi trên hoá đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ (bao gồm cả tài sản cố định) dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT, số thuế GTGT ghi trên chứng từ nộp thuế của hàng hoá nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.
Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào là loại được dùng chứng từ đặc thù ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT thì cơ sở được căn cứ vào giá đã có thuế và phương pháp tính nêu tại Điểm 1.10, Mục I, Phần B Thông tư này để xác định giá không có thuế và thuế GTGT đầu vào.
Ví dụ 18: Trong kỳ, Công ty A thanh toán dịch vụ đầu vào được tính khấu trừ là loại đặc thù:
Tổng giá thanh toán 110 triệu đồng (giá có thuế GTGT), dịch vụ này chịu thuế là 10%, số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ tính như sau:
(Công thức, xem chi tiết tại văn bản)
Giá chưa có thuế là 100 triệu đồng, thuế GTGT là 10 triệu đồng.
Trường hợp hoá đơn ghi sai mức thuế suất thuế giá trị gia tăng mà các cơ sở kinh doanh chưa tự điều chỉnh, cơ quan thuế kiểm tra, phát hiện thì xử lý như sau:
Đối với cơ sở kinh doanh mua hàng hoá, dịch vụ: Nếu thuế suất thuế GTGT ghi trên hoá đơn mua vào cao hơn thuế suất đã được quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT thì khấu trừ thuế đầu vào theo thuế suất quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT. Trường hợp xác định được bên bán đã kê khai, nộp thuế theo đúng thuế suất ghi trên hoá đơn thì được khấu trừ thuế đầu vào theo thuế suất ghi trên hoá đơn nhưng phải có xác nhận của cơ quan thuế trực tiếp quản lý người bán. Nếu thuế suất thuế GTGT ghi trên hoá đơn thấp hơn thuế suất quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT thì khấu trừ thuế đầu vào theo thuế suất ghi trên hoá đơn.
c) Xác định thuế GTGT đầu vào được khấu trừ:
c.1. Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ.
c.2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ. trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh số chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh số của hàng hoá, dịch vụ bán ra.
c.3. Thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT và không chịu thuế GTGT thì được khấu trừ toàn bộ.
Thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định trong các trường hợp sau đây không được khấu trừ mà tính vào nguyên giá của tài sản cố định: tài sản cố định chuyên dùng phục vụ sản xuất vũ khí, khí tài phục vụ quốc phòng, an ninh. tài sản cố định là nhà làm trụ sở văn phòng và các thiết bị chuyên dùng phục vụ hoạt động tín dụng của các tổ chức tín dụng, doanh nghiệp kinh doanh tái bảo hiểm, bảo hiểm nhân thọ, kinh doanh chứng khoán, các bệnh viện, trường học. tàu bay dân dụng, du thuyền không sử dụng cho mục đích kinh doanh vận chuyển hàng hoá, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn.
Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp như nhà ăn ca, nhà nghỉ giữa ca, nhà ở miễn phí, phòng thay quần áo, nhà để xe, nhà vệ sinh, bể nước phục vụ cho người lao động làm việc trong khu vực sản xuất, kinh doanh và nhà ở, trạm y tế cho người lao động làm việc trong các khu công nghiệp được khấu trừ toàn bộ.
Tài sản cố định là ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống (trừ ô tô sử dụng vào kinh doanh vận chuyển hàng hoá, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn) có trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng thì số thuế GTGT đầu vào tương ứng với phần trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng không được khấu trừ.
c.4. Cơ sở sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng đánh bắt thuỷ, hải sản có tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán kết quả sản xuất kinh doanh tập trung có sử dụng sản phẩm ở các khâu sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp. nuôi trồng, đánh bắt thuỷ, hải sản làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (bao gồm sản phẩm nông, lâm, thuỷ sản chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào phục vụ cho sản xuất kinh doanh ở tất cả các khâu đầu tư xây dựng cơ bản, sản xuất, chế biến. Trường hợp cơ sở có bán hàng hóa là sản phẩm nông, lâm, thuỷ hải sản chưa qua chế biến hoặc mới qua sơ chế thông thường thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào được tính khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.
c.5. Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, tài sản cố định mua vào bị tổn thất, bị hỏng do thiên tai, hoả hoạn, tai nạn bất ngờ không được khấu trừ.
c.6. Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá (kể cả hàng hoá mua ngoài hoặc hàng hoá do doanh nghiệp tự sản xuất) mà doanh nghiệp sử dụng để khuyến mại, quảng cáo dưới các hình thức phục vụ cho sản xuất kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT thì được khấu trừ.
c.7. Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng nêu tại mục II phần A Thông tư này được tính vào nguyên giá tài sản cố định, giá trị nguyên vật liệu hoặc chi phí kinh doanh. Trừ các trường hợp sau:
- Thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh mua vào để sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức quốc tế để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại quy định tại điểm 19.e mục II phần A Thông tư này được khấu trừ toàn bộ.
- Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá, dịch vụ sử dụng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí được khấu trừ toàn bộ.
c.8. Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ còn sót hoá đơn hoặc chứng từ nộp thuế chưa kê khai, khấu trừ thì được kê khai, khấu trừ bổ sung. thời gian để kê khai, khấu trừ bổ sung tối đa là 6 (sáu) tháng, kể từ tháng phát sinh hoá đơn, chứng từ bỏ sót.
Ví dụ 19: Cơ sở kinh doanh A có 01 hoá đơn GTGT mua vào lập ngày 10/2/2009. Trong kỳ kê khai thuế tháng 2/2009, kế toán của cơ sở kinh doanh bỏ sót không kê khai hoá đơn này thì cơ sở kinh doanh A được kê khai và khấu trừ bổ sung tối đa là kỳ kê khai tháng 7/2009.
c.9. Số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, cơ sở kinh doanh được hạch toán vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc vào tính vào nguyên giá tài sản cố định theo quy định của pháp luật.
c.10. Văn phòng Tổng công ty, tập đoàn không trực tiếp hoạt động kinh doanh và các đơn vị hành chính sự nghiệp trực thuộc như: Bệnh viện, Trạm xá, Nhà nghỉ điều dưỡng, Viện, Trường đào tạo... không thuộc đối tượng nộp thuế GTGT thì không được khấu trừ hay hoàn thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ mua vào phục vụ cho hoạt động của các đơn vị này.
Trường hợp các đơn vị này có hoạt động kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT thì phải đăng ký, kê khai nộp thuế GTGT riêng cho các hoạt động này.
Ví dụ 20: Văn phòng Tổng công ty A không trực tiếp sản xuất, kinh doanh, sử dụng kinh phí do các cơ sở trực thuộc đóng góp để hoạt động nhưng Văn phòng Tổng công ty có cho thuê nhà (văn phòng) phần không sử dụng hết thì Văn phòng Tổng công ty phải hạch toán, kê khai nộp thuế riêng cho hoạt động cho thuê văn phòng. Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ phục vụ cho hoạt động của Văn phòng Tổng công ty không được khấu trừ hay hoàn thuế. Văn phòng Tổng công ty phải sử dụng kinh phí nộp cấp trên để thanh toán.