Thông tư 123/2012/TT-BTC hướng dẫn Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 14/2008/QH12, Nghị định 124/2008/NĐ-CP, 122/2011/NĐ-CP do Bộ Tài chính ban hành

Điều 3. Phương pháp tính thuế
...
4. Trường hợp doanh nghiệp thực hiện chuyển đổi kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp (bao gồm cả chuyển đổi kỳ tính thuế từ năm dương lịch sang năm tài chính hoặc ngược lại) thì kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp của năm chuyển đổi không vượt quá 12 tháng. Doanh nghiệp đang trong thời gian được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp mà có thực hiện chuyển đổi kỳ tính thuế thì doanh nghiệp được lựa chọn: Ưu đãi trong năm chuyển đổi kỳ tính thuế hoặc nộp thuế theo mức thuế suất phổ thông của năm chuyển đổi kỳ tính thuế và hưởng ưu đãi thuế sang năm tiếp theo.
Ví dụ 1: Doanh nghiệp A (DN A) kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2011 áp dụng theo năm dương lịch, đầu năm 2012 lựa chọn chuyển đổi sang năm tài chính từ ngày 01/4 năm này sang ngày 31/03 năm sau, thì kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp năm chuyển đổi (năm chuyển đổi 2012) được tính từ ngày 01/01/2012 đến hết ngày 31/03/2012 (3 tháng), kỳ tính thuế TNDN năm tiếp theo được tính từ ngày 01/04/2012 đến hết ngày 31/03/2013.
Ví dụ 2: Cũng trường hợp nêu trên nhưng DN A được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (miễn thuế 2 năm, giảm 50% thuế TNDN trong 3 năm tiếp theo), năm 2009 bắt đầu được miễn thuế thì DN A sẽ hưởng ưu đãi thuế như sau (miễn thuế năm 2009, 2010. giảm 50% thuế năm 2011, 2012, 2013).
Trường hợp doanh nghiệp lựa chọn giảm 50% thuế theo kỳ tính thuế năm chuyển đổi 2012 thì doanh nghiệp tiếp tục thực hiện giảm 50% thuế TNDN năm chuyển đổi và năm tính thuế tiếp theo (năm tài chính 2012 từ 1/4/2012 đến 31/3/2013).
Trường hợp doanh nghiệp lựa chọn không hưởng ưu đãi giảm 50% thuế TNDN đối với kỳ tính thuế TNDN năm chuyển đổi 2012 (kỳ tính thuế năm chuyển đổi 2012 kê khai nộp thuế theo mức thuế suất phổ thông) thì doanh nghiệp được giảm 50% thuế TNDN năm tài chính 2012 (từ 1/4/2012 đến 31/3/2013) và năm tài chính 2013 (từ 1/4/2013 đến 31/3/2014).