Thông tư 129/2008/TT-BTC hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định 123/2008/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng do Bộ Tài chính ban hành

III. PHƯƠNG PHÁP TÍNH THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG
...
1. Phương pháp khấu trừ thuế
...
1.3. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào quy định như sau:
b) Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT.
Hàng hoá, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn trên hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ. Đối với những hoá đơn này, cơ sở kinh doanh kê khai vào mục riêng trong bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào.
Đối với hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hoá, dịch vụ mua trên hai mươi triệu đồng, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hoá, dịch vụ, hoá đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào, đồng thời ghi rõ thời hạn thanh toán vào phần ghi chú trên bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào. Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào đã khấu trừ của giá trị hàng hoá không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
Ví dụ 21: Tháng 1/2009, Công ty A mua một lô hàng của Công ty B để phục vụ sản xuất kinh doanh, tổng giá trị hợp đồng là 330 triệu đồng (bao gồm cả thuế GTGT theo thuế suất 10%), theo thoả thuận trong hợp đồng đến tháng 5/2009 Công ty A mới thanh toán tiền hàng cho Công ty B.
Trong trường hợp này Công ty A được tạm kê khai thuế GTGT đầu vào vào kỳ kê khai của tháng 1/2009 là 30 triệu đồng. Đến thời hạn thanh toán tháng là 5/2009 Công ty A phải cung cấp chứng từ thanh toán qua ngân hàng có giá trị là 330 triệu đồng, nếu Công ty A không cung cấp được chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì số thuế GTGT đã tạm khấu trừ (30 triệu đồng) của tháng 1/2009 phải bị kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT được khấu trừ vào kỳ kê khai tháng 5/2009.
Trường hợp đến thời điểm thanh toán là tháng 5/2009, Công ty A cung cấp được chứng từ thanh toán quan ngân hàng nhưng số tiền ghi trên chứng từ thanh toán này có giá trị 275 triệu đồng thì Công ty A chỉ được chấp nhận khấu trừ thuế GTGT 25 triệu đồng, đồng thời Công ty A phải điều chỉnh giảm số thuế GTGT được khấu trừ vào của kỳ kê khai tháng 5/2009 là 5 triệu đồng.
Hàng hoá, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa bán ra. bù trừ công nợ. thanh toán uỷ quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng mà các phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng. Trường hợp sau khi thực hiện các hình thức thanh toán nêu trên mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Khi kê khai hoá đơn thuế giá trị gia tăng đầu vào, cơ sở kinh doanh ghi rõ phương thức thanh toán được quy định cụ thể trong hợp đồng vào phần ghi chú trên bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào.
Trường hợp mua hàng hoá, dịch vụ của một nhà cung cấp có giá trị dưới hai mươi triệu đồng nhưng mua nhiều lần trong cùng một ngày có tổng giá trị trên hai mươi triệu đồng thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.