Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế sửa đổi 2016

Điều 1
Sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 đã được sửa đổi, bổ sung một số Điều theo Luật số 31/2013/QH13:
...
3. Khoản 1 và Khoản 2 Điều 13 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.
Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.
Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:
a) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn Điều lệ như đã đăng ký. kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có Điều kiện khi chưa đủ các Điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư hoặc không bảo đảm duy trì đủ Điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động.
b) Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01 tháng 7 năm 2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.
Chính phủ quy định chi Tiết Khoản này.
2. Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hóa nhập khẩu để xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật hải quan. Thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với người nộp thuế sản xuất hàng hóa xuất khẩu không vi phạm pháp luật về thuế, hải quan trong thời gian hai năm liên tục. người nộp thuế không thuộc đối tượng rủi ro cao theo quy định của Luật quản lý thuế.”

Luật thuế giá trị gia tăng sửa đổi năm 2013

Điều 1
Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng:
...
6. Điều 12 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 12. Khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:
a) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế giá trị gia tăng đầu vào không được bồi thường của hàng hoá, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng bị tổn thất.
b) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá, dịch vụ sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế thì chỉ được khấu trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ. trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ % giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh thu hàng hoá, dịch vụ bán ra.
c) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá, dịch vụ bán cho tổ chức, cá nhân sử dụng nguồn vốn viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại được khấu trừ toàn bộ.
d) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá, dịch vụ sử dụng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu, khí được khấu trừ toàn bộ.
đ) Thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong tháng nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
2. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào được quy định như sau:
a) Có hoá đơn giá trị gia tăng mua hàng hoá, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu.
b) Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ hàng hoá, dịch vụ mua từng lần có giá trị dưới hai mươi triệu đồng.
c) Đối với hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, ngoài các điều kiện quy định tại điểm a và điểm b khoản này còn phải có: hợp đồng ký kết với bên nước ngoài về việc bán, gia công hàng hoá, cung ứng dịch vụ. hoá đơn bán hàng hoá, dịch vụ. chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. tờ khai hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu.
Việc thanh toán tiền hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu dưới hình thức thanh toán bù trừ giữa hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu với hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu, trả nợ thay Nhà nước được coi là thanh toán không dùng tiền mặt.”

Nghị định 209/2013/NĐ-CP hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng

Điều 9. Khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
Khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào được thực hiện theo quy định tại Điều 12 Luật thuế giá trị gia tăng và Khoản 6 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng.
1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:
a) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế giá trị gia tăng đầu vào không được bồi thường của hàng hóa chịu thuế giá trị gia tăng bị tổn thất và thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ hình thành tài sản cố định là nhà ăn ca, nhà nghỉ giữa ca, phòng thay quần áo, nhà để xe, nhà vệ sinh, bể nước phục vụ cho người lao động trong khu vực sản xuất, kinh doanh và nhà ở, trạm y tế cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp.
b) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế thì chỉ được khấu trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ. trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh số chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh số hàng hóa, dịch vụ bán ra.
Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung có sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng qua các khâu để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế giá trị gia tăng thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào tại các khâu được khấu trừ toàn bộ.
Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh có dự án đầu tư thực hiện đầu tư theo nhiều giai đoạn, bao gồm cả cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập, có phương án sản xuất, kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung và sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế giá trị gia tăng nhưng trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản có cung cấp hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào trong giai đoạn đầu tư để hình thành tài sản cố định được khấu trừ toàn bộ. Số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ không hình thành tài sản cố định được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh số chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh số hàng hóa, dịch vụ bán ra.
Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh có dự án đầu tư, bao gồm cả cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản được tạm khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra theo phương án sản xuất, kinh doanh của cơ sở kinh doanh. Số thuế tạm khấu trừ được điều chỉnh theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra trong ba năm kể từ năm đầu tiên có doanh thu.
Bộ Tài chính hướng dẫn xác định tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra và việc tạm khấu trừ, điều chỉnh đối với số thuế giá trị gia tăng đầu vào quy định tại Điểm này.
*Điểm này được sửa đổi bởi Khoản 6 Điều 3 Nghị định 12/2015/NĐ-CP
Điều 3. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18 tháng 12 năm 2013 quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Điều 2 Nghị định số 91/2014/NĐ-CP ngày 01 tháng 10 năm 2014 sửa đổi, bổ sung một số điều tại các Nghị định quy định về thuế như sau:
...
6. Sửa đổi, bổ sung Điểm b Khoản 1 Điều 9 như sau:
“b) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế thì chỉ được khấu trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ. trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ % giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ bán ra.
Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với các Bộ liên quan hướng dẫn việc xác định tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ bán ra làm cơ sở xác định tỷ lệ khấu trừ thuế giá trị gia tăng quy định tại Khoản này phù hợp từng lĩnh vực.
Đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung có sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng qua các khâu để sản xuất mặt hàng chịu thuế giá trị gia tăng thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của các khâu được khấu trừ toàn bộ.
Đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh có dự án đầu tư thực hiện đầu tư theo nhiều giai đoạn, bao gồm cả cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập, có phương án sản xuất, kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung và sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế giá trị gia tăng nhưng trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản có cung cấp hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào trong giai đoạn đầu tư để hình thành tài sản cố định được khấu trừ toàn bộ. Số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ không hình thành tài sản cố định được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh số chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh số hàng hóa, dịch vụ bán ra.
Đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh có dự án đầu tư, bao gồm cả cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của tài sản số định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản được tạm khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thế giá trị gia tăng so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra theo phương án sản xuất, kinh doanh của cơ sở kinh doanh, số thuế tạm khấu trừ được điều chỉnh theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra trong ba năm kể từ năm đầu tiên có doanh thu.
Bộ Tài chính hướng dẫn xác định tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra và việc tạm khấu trừ, điều chỉnh đối với số thuế giá trị gia tăng đầu vào theo quy định tại Điểm này.”*
c) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của tài sản cố định, máy móc, thiết bị, kể cả thuế giá trị gia tăng đầu vào của hoạt động đi thuê những tài sản, máy móc, thiết bị này, trong các trường hợp sau đây không được khấu trừ mà tính vào nguyên giá của tài sản cố định hoặc chi phí được trừ theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn thi hành: Tài sản cố định chuyên dùng phục vụ sản xuất vũ khí, khí tài phục vụ quốc phòng, an ninh. tài sản cố định, máy móc, thiết bị của các tổ chức tín dụng, doanh nghiệp kinh doanh tái bảo hiểm, bảo hiểm nhân thọ, kinh doanh chứng khoán, cơ sở khám, chữa bệnh, cơ sở đào tạo. tàu bay dân dụng, du thuyền không sử dụng cho mục đích kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn.
Đối với tài sản cố định là ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống (trừ ô tô sử dụng cho vào kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn) có trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào tương ứng với phần trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng không được khấu trừ.
*Điểm này được sửa đổi bởi Khoản 3 Điều 2 Nghị định 91/2014/NĐ-CP
Điều 2. Sửa đổi, bổ sung Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18 tháng 12 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng như sau:
...
3. Sửa đổi Điểm c Khoản 1 Điều 9 như sau:
“c) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của tài sản cố định, máy móc, thiết bị, kể cả thuế giá trị gia tăng đầu vào của hoạt động đi thuê những tài sản, máy móc, thiết bị này, trong các trường hợp sau đây không được khấu trừ mà tính vào nguyên giá của tài sản cố định hoặc chi phí được trừ theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn thi hành: Tài sản cố định chuyên dùng phục vụ sản xuất vũ khí, khí tài phục vụ quốc phòng, an ninh. tài sản cố định, máy móc, thiết bị của các tổ chức tín dụng, doanh nghiệp kinh doanh tái bảo hiểm, bảo hiểm nhân thọ, kinh doanh chứng khoán, cơ sở khám, chữa bệnh, cơ sở đào tạo. tàu bay dân dụng, du thuyền không sử dụng cho mục đích kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn.
Đối với tài sản cố định là ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống (trừ: ô tô sử dụng cho kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn. ô tô dùng để làm mẫu và lái thử cho kinh doanh ô tô) có trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào tương ứng với phần trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng không được khấu trừ”.*
d) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng thì không được khấu trừ, trừ trường hợp quy định tại Điểm đ và Điểm e khoản này.
đ) Thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh mua vào để sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức quốc tế để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại quy định tại Khoản 19 Điều 5 Luật thuế giá trị gia tăng được khấu trừ toàn bộ.
e) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí được khấu trừ toàn bộ.
g) Thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong tháng nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
h) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không tính thuế giá trị gia tăng quy định tại các Điểm a, d và đ Khoản 3 Điều 2 Nghị định này được khấu trừ toàn bộ.
i) Đối với số thuế giá trị gia tăng đầu vào không được khấu trừ, cơ sở kinh doanh được hạch toán vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định, trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
k) Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng khi chuyển sang nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh kể từ kỳ đầu tiên kê khai, nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế.
Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế khi chuyển sang nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng được tính số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh trong thời gian nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế mà chưa khấu trừ hết vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh trong thời gian nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn theo quy định tại Điều 10 Nghị định này và các văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành.
l) Bộ Tài chính quy định cụ thể một số trường hợp cơ sở kinh doanh được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào dưới hình thức ủy quyền cho tổ chức, cá nhân khác mà hóa đơn mang tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền.
*Khoản này được bổ sung bởi Khoản 7 Điều 3 Nghị định 12/2015/NĐ-CP
Điều 3. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18 tháng 12 năm 2013 quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Điều 2 Nghị định số 91/2014/NĐ-CP ngày 01 tháng 10 năm 2014 sửa đổi, bổ sung một số điều tại các Nghị định quy định về thuế như sau:
...
7. Bổ sung Điểm i1 vào Khoản 1 Điều 9 như sau:
“i1) Số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định, phục vụ cho sản xuất: Phân bón, máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp, tàu đánh bắt xa bờ, thức ăn gia súc, gia cầm, thủy sản và thức ăn cho vật nuôi khác tiêu thụ trong nước không được kê khai, khấu trừ mà tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào phát sinh trước ngày 01 tháng 01 năm 2015 đáp ứng điều kiện khấu trừ, hoàn thuế và thuộc diện hoàn thuế theo quy định tại Điều 10 Nghị định này.”*
2. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào:
a) Có hóa đơn giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng hàng hóa ở khâu nhập khẩu, chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng đối với trường hợp mua dịch vụ quy định tại Khoản 2 Điều 2 Nghị định này.
b) Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị dưới 20 triệu đồng.
Đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ, hóa đơn giá trị gia tăng và chứng từ không dùng tiền mặt của hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng thì cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào. Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc đến ngày 31 tháng 12 hàng năm đối với trường hợp thời điểm thanh toán theo hợp đồng sớm hơn ngày 31 tháng 12, nếu không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì cơ sở kinh doanh không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào và phải kê khai, điều chỉnh lại số thuế giá trị gia tăng đầu vào đã khấu trừ.
Hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa, dịch vụ bán ra cũng được coi là thanh toán không dùng tiền mặt. trường hợp sau khi bù trừ mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ của một nhà cung cấp có giá trị dưới 20 triệu đồng, nhưng mua nhiều lần trong cùng ngày có tổng giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
*Điểm này được sửa đổi bởi Khoản 2 Điều 2 Nghị định 91/2014/NĐ-CP
Điều 2. Sửa đổi, bổ sung Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18 tháng 12 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng như sau:
...
2. Sửa đổi Điểm b Khoản 2 Điều 9 như sau:
“b) Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị dưới 20 triệu đồng.
Đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ, hóa đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt của hàng hóa dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng thì cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.
Hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa, dịch vụ bán ra cũng được coi là thanh toán không dùng tiền mặt.”*
**Điểm này được sửa đổi bởi Khoản 8 Điều 3 Nghị định 12/2015/NĐ-CP
Điều 3. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18 tháng 12 năm 2013 quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Điều 2 Nghị định số 91/2014/NĐ-CP ngày 01 tháng 10 năm 2014 sửa đổi, bổ sung một số điều tại các Nghị định quy định về thuế như sau:
...
8. Sửa đổi Điểm b Khoản 2 Điều 9 như sau:
“b) Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, nhập khẩu, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào, nhập khẩu từng lần có giá trị dưới 20 triệu đồng.
Đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ, hóa đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt của hàng hóa dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng thì cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.
Hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa, dịch vụ bán ra cũng được coi là thanh toán không dùng tiền mặt. trường hợp sau khi bù trừ mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ của một nhà cung cấp có giá trị dưới 20 triệu đồng, nhưng mua nhiều lần trong cùng ngày có tổng giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.”**
c) Đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được áp dụng thuế suất 0% ngoài các điều kiện quy định tại Điểm a và Điểm b Khoản này còn phải đáp ứng đủ các điều kiện sau:
- Có hợp đồng bán, gia công hàng hóa xuất khẩu hoặc ủy thác gia công hàng hóa xuất khẩu, hợp đồng cung ứng dịch vụ với tổ chức, cá nhân ở nước ngoài hoặc ở trong khu phi thuế quan.
- Có chứng từ thanh toán tiền hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu không dùng tiền mặt và các chứng từ khác theo quy định của pháp luật. đối với hàng hóa xuất khẩu phải có tờ khai hải quan.
Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được thanh toán dưới hình thức bù trừ giữa hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu với hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu, trả nợ thay Nhà nước thì cũng được coi là thanh toán không dùng tiền mặt.
Các trường hợp: Bên mua nước ngoài mất khả năng thanh toán do lâm vào tình trạng phá sản. hàng hóa xuất khẩu không đảm bảo chất lượng phải tiêu hủy ngay tại cửa khẩu nước nhập và hàng hóa xuất khẩu bị tổn thất do nguyên nhân khách quan trong quá trình vận chuyển ngoài biên giới Việt Nam, phải có chứng từ, giấy tờ xác nhận của bên thứ ba thay thế cho chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì cũng được coi là chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Bộ Tài chính hướng dẫn điều kiện đối với một số trường hợp bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ đặc thù được áp dụng thuế suất 0% và hồ sơ, chứng từ thay thế cho chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 14. Nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa chịu thuế GTGT bị tổn thất.
Các trường hợp tổn thất không được bồi thường được khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm: thiên tai, hỏa hoạn, các trường hợp tổn thất không được bảo hiểm bồi thường, hàng hóa mất phẩm chất, quá hạn sử dụng phải tiêu hủy. Cơ sở kinh doanh phải có đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh các trường hợp tổn thất không được bồi thường để khấu trừ thuế.
Trường hợp hàng hóa có hao hụt tự nhiên do tính chất lý hóa trong quá trình vận chuyển, bơm rót như xăng, dầu… thì được kê khai, khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của số lượng hàng hóa thực tế hao hụt tự nhiên không vượt quá định mức hao hụt theo quy định. Số thuế GTGT đầu vào của số lượng hàng hóa hao hụt vượt định mức không được khấu trừ, hoàn thuế.
Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ hình thành tài sản cố định là nhà ăn ca, nhà nghỉ giữa ca, phòng thay quần áo, nhà để xe, nhà vệ sinh, bể nước phục vụ cho người lao động trong khu vực sản xuất, kinh doanh và nhà ở, trạm y tế cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp được khấu trừ toàn bộ.
Trường hợp nhà ở cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp do cơ sở kinh doanh đi thuê thực hiện theo quy định của pháp luật về tiêu chuẩn thiết kế và giá cho thuê nhà ở công nhân khu công nghiệp thì thuế GTGT đối với khoản tiền thuê nhà trong trường hợp này được khấu trừ theo quy định. Trường hợp cơ sở kinh doanh xây dựng hoặc mua nhà ở ngoài khu công nghiệp phục vụ cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp, nhà xây dựng hoặc nhà mua thực hiện theo quy định của pháp luật về tiêu chuẩn thiết kế nhà ở công nhân khu công nghiệp thì thuế GTGT của nhà xây dựng, nhà mua phục vụ cho công nhân được khấu trừ toàn bộ.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có các chuyên gia nước ngoài sang Việt Nam công tác, giữ các chức vụ quản lý tại Việt Nam, hưởng lương tại Việt Nam theo hợp đồng lao động ký với cơ sở kinh doanh tại Việt Nam thì cơ sở kinh doanh không được khấu trừ thuế GTGT của khoản tiền thuê nhà cho các chuyên gia nước ngoài này.
Trường hợp các chuyên gia nước ngoài vẫn là nhân viên của doanh nghiệp ở nước ngoài, chịu sự điều động của doanh nghiệp ở nước ngoài, được doanh nghiệp ở nước ngoài trả lương và hưởng các chế độ của doanh nghiệp ở nước ngoài trong thời gian sang Việt Nam công tác, giữa doanh nghiệp ở nước ngoài và cơ sở kinh doanh tại Việt Nam có hợp đồng bằng văn bản nêu rõ doanh nghiệp tại Việt Nam phải chịu các chi phí về chỗ ở cho các chuyên gia nước ngoài trong thời gian công tác ở Việt Nam thì thuế GTGT của khoản tiền thuê nhà cho các chuyên gia nước ngoài làm việc tại Việt Nam do cơ sở kinh doanh tại Việt Nam chi trả được khấu trừ.
2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ. trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra không hạch toán riêng được.
Cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT hàng tháng tạm phân bổ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào được khấu trừ trong tháng, cuối năm cơ sở kinh doanh thực hiện tính phân bổ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của năm để kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu vào đã tạm phân bổ khấu trừ theo tháng.
*Khoản này được sửa đổi bởi Điểm a Khoản 9 Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC
Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính) như sau:
…
9. Sửa đổi, bổ sung Điều 14 như sau:
a) Sửa đổi khoản 2 Điều 14 như sau:
“2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ. trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT, doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra bao gồm cả doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế không hạch toán riêng được.
Cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT hàng tháng/quý tạm phân bổ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào được khấu trừ trong tháng/quý, cuối năm cơ sở kinh doanh thực hiện tính phân bổ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của năm để kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu vào đã tạm phân bổ khấu trừ theo tháng/quý.”*
3. Thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định, máy móc, thiết bị, kể cả thuế GTGT đầu vào của hoạt động đi thuê những tài sản, máy móc, thiết bị này và thuế GTGT đầu vào khác liên quan đến tài sản, máy móc, thiết bị như bảo hành, sửa chữa trong các trường hợp sau đây không được khấu trừ mà tính vào nguyên giá của tài sản cố định hoặc chi phí được trừ theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn thi hành: Tài sản cố định chuyên dùng phục vụ sản xuất vũ khí, khí tài phục vụ quốc phòng, an ninh. tài sản cố định, máy móc, thiết bị của các tổ chức tín dụng, doanh nghiệp kinh doanh tái bảo hiểm, bảo hiểm nhân thọ, kinh doanh chứng khoán, cơ sở khám, chữa bệnh, cơ sở đào tạo. tàu bay dân dụng, du thuyền không sử dụng cho mục đích kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn.
Tài sản cố định là ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống (trừ ô tô sử dụng vào kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn) có trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng (giá chưa có thuế GTGT) thì số thuế GTGT đầu vào tương ứng với phần trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng không được khấu trừ.
4. Khấu trừ thuế GTGT trong một số trường hợp cụ thể như sau:
a) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung có sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT qua các khâu để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào tại các khâu được khấu trừ toàn bộ.
Ví dụ 58: Doanh nghiệp X đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất, chế biến phi lê cá tra, cá ba sa, tôm đông lạnh xuất khẩu. Doanh nghiệp tổ chức sản xuất khép kín từ khâu nuôi trồng, kể cả trường hợp thuê gia công nuôi trồng mà doanh nghiệp đầu tư toàn bộ giống, ao, hồ, hàng rào, hệ thống tưới tiêu, tàu thuyền và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, dịch vụ thú y, đến khâu chế biến tôm, cá để xuất khẩu. Doanh nghiệp X được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại tất cả các khâu sản xuất, chế biến.
Ví dụ 59: Doanh nghiệp Y đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất, chế biến các sản phẩm từ sữa tươi sống (sữa tươi tiệt trùng, sữa chua, pho mát,...). Doanh nghiệp tổ chức sản xuất khép kín từ khâu chăn nuôi, kể cả trường hợp thuê gia công chăn nuôi mà doanh nghiệp đầu tư toàn bộ con giống (bò, dê), chuồng, trại, hàng rào, trang thiết bị vắt sữa, hệ thống vệ sinh chuồng, trại và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, dịch vụ thú y, đến khâu chế biến thành các sản phẩm từ sữa. Doanh nghiệp Y được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại tất cả các khâu sản xuất, chế biến.
b) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh có dự án đầu tư thực hiện đầu tư theo nhiều giai đoạn, bao gồm cả cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập, có phương án sản xuất, kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung và sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế GTGT nhưng trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản có cung cấp hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào trong giai đoạn đầu tư để hình thành tài sản cố định được khấu trừ toàn bộ. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào không sử dụng cho đầu tư tài sản cố định phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT để kê khai khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh số chịu thuế GTGT so với tổng doanh số hàng hóa, dịch vụ bán ra.
Đối với cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư để tiếp tục sản xuất, chế biến và có văn bản cam kết tiếp tục sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT thì được kê khai, khấu trừ thuế GTGT ngay từ giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản. Đối với thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB, doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ, hoàn thuế nhưng sau đó xác định không đủ điều kiện, khấu trừ, hoàn thuế thì doanh nghiệp phải kê khai, điều chỉnh nộp lại tiền thuế GTGT đã khấu trừ, hoàn thuế. Trường hợp doanh nghiệp không thực hiện điều chỉnh, qua thanh tra, kiểm tra cơ quan thuế phát hiện ra thì cơ quan thuế sẽ thực hiện truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định. Doanh nghiệp phải hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã báo cáo, cam kết giải trình với cơ quan thuế liên quan đến việc khấu trừ, hoàn thuế.
Trường hợp cơ sở có bán hàng hóa là sản phẩm nông, lâm, thủy hải sản chưa qua chế biến hoặc mới qua sơ chế thông thường thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào được tính khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.
Ví dụ 60: Doanh nghiệp A có dự án đầu tư vườn cây cao su, có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ ở khâu đầu tư XDCB, doanh nghiệp chưa có sản phẩm làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (bao gồm cả sản phẩm chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) nhưng có dự án xây dựng nhà máy chế biến mủ cao su (thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) và cam kết sản phẩm trồng trọt tiếp tục chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT thì Công ty được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào.
Trường hợp doanh nghiệp bán mủ cao su của toàn bộ dự án thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì doanh nghiệp không được khấu trừ thuế.
Trường hợp doanh nghiệp sử dụng một phần mủ cao su khai thác của dự án vào sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT, một phần bán ra thì thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:
- Thuế GTGT đầu vào của TSCĐ (vườn cây cao su, nhà máy chế biến…): doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ (bao gồm cả thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB).
- Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ: thực hiện khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.
c) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh có dự án đầu tư, bao gồm cả cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản được tạm khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra theo phương án sản xuất, kinh doanh của cơ sở kinh doanh. Số thuế tạm khấu trừ được điều chỉnh theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra trong ba năm kể từ năm đầu tiên có doanh thu.
Ví dụ 61: Doanh nghiệp Z thành lập mới từ dự án đầu tư vào lĩnh vực vận tải. Phương án sản xuất kinh doanh theo dự án đầu tư của doanh nghiệp có doanh thu từ vận chuyển hành khách công cộng bằng xe buýt và không bằng xe buýt, từ bán quảng cáo và dịch vụ sửa chữa, bảo dưỡng phương tiện vận tải. trong đó doanh thu từ vận tải hành khách công cộng bằng xe buýt chiếm tỷ trọng 30% tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra. Giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản mua sắm phương tiện, xây dựng trạm chờ, nhà xưởng kéo dài trong 02 năm từ tháng 6/2014 đến tháng 5/2016. Trong thời gian 02 năm này, số thuế giá trị gia tăng đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản và của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho việc thành lập doanh nghiệp (chi phí thành lập doanh nghiệp) được tạm khấu trừ theo tỷ lệ 70% và được hoàn thuế theo quy định (Riêng thuế GTGT của tài sản cố định là xe ô tô đăng ký sử dụng làm xe buýt công cộng không khấu trừ). Doanh nghiệp đi vào hoạt động có doanh thu từ tháng 6/2016. Đến hết tháng 5/2019, tỷ trọng doanh thu từ vận tải hành khách công cộng bằng xe buýt trong thời gian 03 năm từ tháng 6 năm 2016 chiếm 35% tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra thì doanh nghiệp kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng của tài sản cố định đã được khấu trừ, hoàn thuế tương ứng với tỷ lệ 5% (= 70% - 65%) và tính nộp số điều chỉnh giảm khấu trừ, hoàn thuế này vào số thuế GTGT của kỳ khai thuế tháng 5/2019. Doanh nghiệp không bị xử phạt chậm nộp và không bị tính lãi chậm nộp đối với số thuế giá trị gia tăng của tài sản cố định được khấu trừ phải điều chỉnh giảm.
*Khoản này được bổ sung bởi Khoản 5 Điều 3 Thông tư 119/2014/TT-BTC
Điều 3. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng như sau:
...
5. Bổ sung ví dụ số 58a tại khoản 4 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:
“Ví dụ số 58a: Doanh nghiệp A đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất khép kín từ khâu nuôi trồng (bao gồm cả thuê gia công nuôi trồng mà doanh nghiệp A đầu tư toàn bộ giống, ao, hồ, hàng rào, hệ thống tưới tiêu, tàu thuyền và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, dịch vụ thú y…), đến khâu chế biến phi-lê cá tra đông lạnh để xuất khẩu và bán trong nước. Trong quá trình sản xuất doanh nghiệp A đã mua thêm cá tra của các doanh nghiệp khác hoặc của các hộ nông dân. Cá tra mua ngoài trước khi đưa vào nhà máy đều được tập trung nuôi tại ao hồ của doanh nghiệp A cùng cá tra do doanh nghiệp A tự nuôi. Cá tra do doanh nghiệp tự nuôi và cá tra mua ngoài được đưa vào nhà máy chế biến thành sản phẩm cá tra phi-lê (cá fillet) qua công đoạn và theo quy trình: Cá nguyên liệu - làm sạch - cắt đầu, lột da - bỏ nội tạng - cắt phi-lê - ướp muối - đông lạnh - xuất bán. Doanh nghiệp A được thực hiện kê khai khấu trừ thuế GTGT như sau:
- Doanh nghiệp A được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại nhà máy phục vụ khâu sơ chế cá tra phi-lê theo quy trình nêu trên.
- Cá tra phi-lê có nguồn gốc do doanh nghiệp A tự nuôi để xuất khẩu được áp dụng thuế suất 0% và doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào có liên quan đến hoạt động xuất khẩu cá tra phi-lê. Trường hợp doanh nghiệp nuôi cá tra sau đó chế biến thành cá tra phi-lê vừa để xuất khẩu vừa để bán trong nước thì thuế GTGT đầu vào được phân bổ theo tỷ lệ % doanh thu xuất khẩu/Tổng Doanh thu (doanh thu xuất khẩu và doanh thu bán trong nước).”*
5. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa (kể cả hàng hóa mua ngoài hoặc hàng hóa do doanh nghiệp tự sản xuất) mà doanh nghiệp sử dụng để cho, biếu, tặng, khuyến mại, quảng cáo dưới các hình thức, phục vụ cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì được khấu trừ.
6. Số thuế GTGT đã nộp theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan được khấu trừ toàn bộ, trừ trường hợp cơ quan hải quan xử phạt về gian lận, trốn thuế.
7. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT hướng dẫn tại Điều 4 Thông tư này không được khấu trừ, trừ các trường hợp sau:
a) Thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh mua vào để sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức quốc tế để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại hướng dẫn tại khoản 19 Điều 4 Thông tư này được khấu trừ toàn bộ.
b) Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đến ngày khai thác đầu tiên hoặc ngày sản xuất đầu tiên được khấu trừ toàn bộ.
8. Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.
Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
9. Số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, cơ sở kinh doanh được hạch toán vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định, trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
10. Văn phòng Tổng công ty, tập đoàn không trực tiếp hoạt động kinh doanh và các đơn vị hành chính sự nghiệp trực thuộc như: Bệnh viện, Trạm xá, Nhà nghỉ điều dưỡng, Viện, Trường đào tạo... không phải là người nộp thuế GTGT thì không được khấu trừ hay hoàn thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho hoạt động của các đơn vị này.
Trường hợp các đơn vị này có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì phải đăng ký, kê khai nộp thuế GTGT riêng cho các hoạt động này.
Ví dụ 62: Văn phòng Tổng công ty A không trực tiếp sản xuất, kinh doanh, sử dụng kinh phí do các cơ sở trực thuộc đóng góp để hoạt động nhưng Văn phòng Tổng công ty có cho thuê nhà (văn phòng) phần không sử dụng hết thì Văn phòng Tổng công ty phải hạch toán, kê khai nộp thuế riêng cho hoạt động cho thuê văn phòng. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phục vụ cho hoạt động của Văn phòng Tổng công ty không được khấu trừ hay hoàn thuế.
11. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho các hoạt động cung cấp hàng hóa, dịch vụ không kê khai, tính nộp thuế GTGT hướng dẫn tại Điều 5 Thông tư này (trừ khoản 2, khoản 3 Điều 5) được khấu trừ toàn bộ.
12. Cơ sở kinh doanh được kê khai, khấu trừ thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào dưới hình thức ủy quyền cho tổ chức, cá nhân khác mà hóa đơn mang tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền bao gồm các trường hợp sau đây:
a) Doanh nghiệp bảo hiểm ủy quyền cho người tham gia bảo hiểm sửa chữa tài sản. chi phí sửa chữa tài sản cùng các vật tư, phụ tùng thay thế có hóa đơn GTGT ghi tên người tham gia bảo hiểm, doanh nghiệp bảo hiểm thực hiện thanh toán cho người tham gia bảo hiểm phí bảo hiểm tương ứng theo hợp đồng bảo hiểm thì doanh nghiệp bảo hiểm được kê khai khấu trừ thuế GTGT tương ứng với phần bồi thường bảo hiểm thanh toán theo hóa đơn GTGT đứng tên người tham gia bảo hiểm. trường hợp phần bồi thường bảo hiểm do doanh nghiệp bảo hiểm thanh toán cho người tham gia bảo hiểm có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì phải thực hiện thanh toán qua ngân hàng.
b) Trước khi thành lập doanh nghiệp, các sáng lập viên có văn bản ủy quyền cho tổ chức, cá nhân thực hiện chi hộ một số khoản chi phí liên quan đến việc thành lập doanh nghiệp, mua sắm hàng hóa, vật tư thì doanh nghiệp được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hóa đơn GTGT đứng tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền và phải thực hiện thanh toán cho tổ chức, cá nhân được ủy quyền qua ngân hàng đối với những hóa đơn có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên.
13. Trường hợp cá nhân, tổ chức không kinh doanh có góp vốn bằng tài sản vào công ty trách nhiệm hữu hạn, công ty cổ phần thì chứng từ đối với tài sản góp vốn là biên bản chứng nhận góp vốn, biên bản giao nhận tài sản. Trường hợp tài sản góp vốn là tài sản mới mua, chưa sử dụng, có hóa đơn hợp pháp được hội đồng giao nhận vốn góp chấp nhận thì trị giá vốn góp được xác định theo trị giá ghi trên hóa đơn bao gồm cả thuế GTGT. Bên nhận vốn góp được kê khai khấu trừ thuế GTGT ghi trên hóa đơn mua tài sản của bên góp vốn.
14. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng khi chuyển sang nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh kể từ kỳ đầu tiên kê khai, nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế.
Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế khi chuyển sang nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng được tính số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh trong thời gian nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế mà chưa khấu trừ hết vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh trong thời gian nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn theo hướng dẫn tại Điều 18 Thông tư này và theo quy định của văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành.
Ví dụ 63: Công ty TNHH A đang áp dụng phương pháp khấu trừ thuế trong năm 2014, năm 2015 và không đủ điều kiện để áp dụng phương pháp khấu trừ thuế từ ngày 1/1/2016. Công ty TNHH A đã có hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi cơ quan thuế từ kỳ tính thuế tháng 11/2014 đến hết kỳ tính thuế tháng 10/2015 (kết thúc thời điểm xác định doanh thu để xác định phương pháp tính thuế của năm 2016 và năm 2017), số thuế đề nghị hoàn là 350 triệu đồng và trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế tháng 11/2015, Công ty TNHH A có số thuế đầu vào chưa được khấu trừ là 50 triệu đồng. Công ty TNHH A được cơ quan thuế xem xét giải quyết hoàn thuế theo quy định đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế đã gửi cơ quan thuế (số thuế đề nghị hoàn là 350 triệu đồng). số thuế đầu vào chưa được khấu trừ trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế tháng 11/2015 là 50 triệu đồng được tiếp tục kết chuyển sang kỳ tính thuế tháng 12/2015. Trường hợp tại Tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế tháng 12/2015, Công ty còn số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ thì tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.
15. Cơ sở kinh doanh không được tính khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với trường hợp:
- Hóa đơn GTGT sử dụng không đúng quy định của pháp luật như: hóa đơn GTGT không ghi thuế GTGT (trừ trường hợp đặc thù được dùng hóa đơn GTGT ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT).
- Hóa đơn không ghi hoặc ghi không đúng một trong các chỉ tiêu như tên, địa chỉ, mã số thuế của người bán nên không xác định được người bán.
- Hóa đơn không ghi hoặc ghi không đúng một trong các chỉ tiêu như tên, địa chỉ, mã số thuế của người mua nên không xác định được người mua (trừ trường hợp hướng dẫn tại khoản 12 Điều này).
- Hóa đơn, chứng từ nộp thuế GTGT giả, hóa đơn bị tẩy xóa, hóa đơn khống (không có hàng hóa, dịch vụ kèm theo).
- Hóa đơn ghi giá trị không đúng giá trị thực tế của hàng hóa, dịch vụ mua, bán hoặc trao đổi.
16. Các trường hợp đặc thù khác thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính.
*Điều này được bổ sung bởi Điểm b Khoản 9 Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC
Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính) như sau:
…
9. Sửa đổi, bổ sung Điều 14 như sau:
…
b) Bổ sung khoản 14a vào Điều 14 như sau:
“14a. Số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định phục vụ cho sản xuất: phân bón, máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp, tàu đánh bắt xa bờ, thức ăn gia súc, gia cầm, thủy sản và thức ăn cho vật nuôi khác tiêu thụ trong nước không được kê khai, khấu trừ mà tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào thể hiện trên hóa đơn giá trị gia tăng, chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu phát sinh trước ngày 01 tháng 01 tháng 2015 đáp ứng điều kiện khấu trừ, hoàn thuế và thuộc diện hoàn thuế theo quy định tại Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 và Thông tư này.”*
Điều 15. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Có hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.
2. Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT.
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt gồm chứng từ thanh toán qua ngân hàng và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt khác hướng dẫn tại khoản 3 và khoản 4 Điều này.
3. Chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán (tài khoản của bên mua và tài khoản của bên bán phải là tài khoản đã đăng ký hoặc thông báo với cơ quan thuế) mở tại các tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán theo các hình thức thanh toán phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành như séc, ủy nhiệm chi hoặc lệnh chi, ủy nhiệm thu, nhờ thu, thẻ ngân hàng, thẻ tín dụng, sim điện thoại (ví điện tử) và các hình thức thanh toán khác theo quy định (bao gồm cả trường hợp bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua sang tài khoản bên bán mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân hoặc bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân sang tài khoản bên bán nếu tài khoản này đã được đăng ký giao dịch với cơ quan thuế).
a) Các chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán hoặc chứng từ thanh toán theo các hình thức không phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành không đủ điều kiện để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ hai mươi triệu đồng trở lên.
b) Hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn từ hai mươi triệu đồng trở lên theo giá đã có thuế GTGT nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ. Đối với những hóa đơn này, cơ sở kinh doanh kê khai vào mục hàng hóa, dịch vụ không đủ điều kiện khấu trừ trong bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào.
c) Đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hóa, dịch vụ mua từ hai mươi triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ bằng văn bản, hóa đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào, đồng thời ghi rõ thời hạn thanh toán vào phần ghi chú trên bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc trước ngày 31 tháng 12 hàng năm đối với trường hợp thời điểm thanh toán theo hợp đồng sớm hơn ngày 31 tháng 12, cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc đến ngày 31 tháng 12 hàng năm đối với trường hợp thời điểm thanh toán theo hợp đồng sớm hơn ngày 31 tháng 12, nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ của giá trị hàng hóa không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Sau khi cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tương ứng với giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, cơ sở kinh doanh mới có được chứng từ chứng minh việc thanh toán qua ngân hàng thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung.
Trường hợp đã quá hạn thanh toán chậm trả theo quy định trong hợp đồng hoặc đến ngày 31 tháng 12 hàng năm, cơ sở kinh doanh không thực hiện điều chỉnh giảm theo quy định nhưng trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra tại trụ sở, cơ sở kinh doanh có đầy đủ chứng từ chứng minh đã thanh toán qua ngân hàng thì nếu việc không điều chỉnh giảm không dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn thì cơ sở kinh doanh bị xử phạt vi phạm về thủ tục thuế, nếu việc không điều chỉnh giảm dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn thì cơ sở kinh doanh bị truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định của Luật Quản lý thuế.
Trường hợp cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra tại trụ sở và có quyết định xử lý không chấp nhận cho khấu trừ thuế đối với các hóa đơn GTGT không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, sau khi có quyết định xử lý của cơ quan thuế cơ sở kinh doanh mới có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì:
- Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung thuế GTGT.
- Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã không điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung nếu có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong thời hạn 6 tháng kể từ tháng có Quyết định xử lý của cơ quan thuế.
Ví dụ 64:
Trong năm 2014, Công ty TNHH ANB có phát sinh các hóa đơn GTGT mua hàng theo hợp đồng trả chậm như sau:
- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 3/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/9/2014.
- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 4/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/10/2014.
- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 5/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/11/2014.
- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 6/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/12/2014.
Công ty TNHH ANB đã kê khai khấu trừ thuế GTGT khi nhận được hóa đơn GTGT mua hàng. Đến thời điểm thanh toán theo các hợp đồng, Công ty TNHH ANB chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, Công ty TNHH ANB được lựa chọn kê khai điều chỉnh giảm theo từng hóa đơn hoặc đến ngày 31/12/2014, Công ty TNHH ANB vẫn chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì trong kỳ kê khai thuế tháng 12/2014, Công ty TNHH ANB thực hiện tổng hợp kê khai điều chỉnh giảm cho tất cả 4 hóa đơn GTGT mua hàng nói trên theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
Ví dụ 65:
Tại Công ty TNHH Super có tình hình như sau:
Tháng 2, 3 năm 2014 Công ty TNHH Super có hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là ngày 31/10/2014. Căn cứ hóa đơn GTGT do người bán cung cấp, Công ty TNHH Super đã kê khai khấu trừ thuế GTGT trên Tờ khai thuế GTGT tháng 2, tháng 3 năm 2014. Đến thời hạn trả (ngày 31/10/2014) do có khó khăn về tài chính nên Công ty TNHH Super chưa thanh toán theo đúng thời hạn trong hợp đồng. Trong kỳ kê khai tháng 10/2014, Công ty TNHH Super đã tự kê khai điều chỉnh giảm theo quy định đối với số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ, đồng thời đã khai tăng chi phí tính thuế TNDN khoản chi phí tương ứng số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ điều chỉnh giảm.
Tháng 4 năm 2015, cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra về thuế GTGT tại Công ty TNHH Super. Đối với hóa đơn GTGT mua hàng trong tháng 2, tháng 3 năm 2014 theo hợp đồng trả chậm với thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2014, do Công ty đã tự điều chỉnh giảm số thuế đã kê khai khấu trừ theo quy định nên Đoàn kiểm tra ghi nhận số liệu đã điều chỉnh giảm.
Tháng 5 năm 2015 cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý về thuế GTGT đối với Công ty TNHH Super (trong Quyết định không có nội dung xử lý về thuế GTGT của các hóa đơn GTGT mua hàng trong tháng 2, tháng 3 năm 2014 theo hợp đồng trả chậm với thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2014 do Đoàn kiểm tra đã ghi nhận số liệu kế toán đã điều chỉnh giảm).
Tháng 12 năm 2015 Công ty TNHH Super có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 2, 3 năm 2014 (thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2014) thì Công ty TNHH Super được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT. Đồng thời Công ty TNHH Super thực hiện điều chỉnh giảm chi phí tính thuế TNDN tương ứng.
Ví dụ 66:
Tại Công ty TNHH YKK có tình hình như sau:
Tháng 3, 4 năm 2014 Công ty TNHH YKK có hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là ngày 30/9/2014. Căn cứ hóa đơn GTGT do người bán cung cấp, Công ty TNHH YKK đã kê khai khấu trừ thuế GTGT trên Tờ khai thuế tháng 3, tháng 4 năm 2014. Đến thời hạn trả (ngày 30/9/2014), Công ty TNHH YKK không có khả năng thanh toán, tuy nhiên, Công ty đã không kê khai điều chỉnh giảm. Đến thời điểm ngày 31/12/2014, Công ty TNHH YKK cũng không kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã khấu trừ chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
Tháng 4 năm 2015, cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra về thuế GTGT tại Công ty TNHH YKK, thời kỳ kiểm tra là năm 2014. Tại thời điểm kiểm tra, Công ty TNHH YKK không xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là ngày 30/9/2014. Đoàn kiểm tra xử lý không chấp thuận cho Công ty TNHH YKK được kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
Tháng 5 năm 2015 cơ quan thuế đã ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế GTGT tại Công ty TNHH YKK.
Trường hợp trong tháng 10 năm 2015 Công ty TNHH YKK có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 3 năm 2014 (thời hạn trả là trong tháng 9 năm 2014) thì Công ty TNHH YKK được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT do thời điểm có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong thời hạn 6 tháng kể từ khi cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế.
Trường hợp trong tháng 12 năm 2015, Công ty TNHH YKK có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 4 năm 2014 (thời hạn thanh toán là ngày 30/9/2014) thì Công ty TNHH YKK không được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT do thời điểm có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đã quá thời hạn 6 tháng kể từ khi cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế.
Ví dụ 67:
Tháng 9/2014, Cục thuế tỉnh B qua kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế đã ban hành Quyết định xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty cổ phần PNG. Tại Quyết định xử lý có nội dung thu hồi tiền hoàn thuế GTGT 460 triệu đồng là khoản tiền thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 20 triệu đồng trở lên Công ty đã thực hiện kê khai, khấu trừ nhưng đến thời điểm kiểm tra đã quá thời hạn thanh toán theo hợp đồng mà chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng của bộ hồ sơ đã được hoàn thuế của kỳ hoàn từ tháng 8/2013 đến tháng 8/2014. Công ty cổ phần PNG đã chấp hành nộp đầy đủ vào NSNN số tiền thuế truy thu.
Trong tháng 10/2014, Công ty cổ phần PNG có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hóa đơn mua hàng hóa theo hợp đồng đã quá hạn thanh toán tương ứng với số thuế GTGT 460 triệu đồng đã bị cơ quan thuế thu hồi thì trong tháng 10/2014, Công ty cổ phần PNG được kê khai bổ sung điều chỉnh theo quy định.
*Điểm này được sửa đổi bởi Điểm a Khoản 6 Điều 3 Thông tư 119/2014/TT-BTC
Điều 3. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng như sau:
...
6. Sửa đổi, bổ sung Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:
a) Sửa đổi khổ thứ nhất điểm c khoản 3 Điều 15 như sau:
“c) Đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hóa, dịch vụ mua từ hai mươi triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ bằng văn bản, hóa đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc trước ngày 31 tháng 12 hàng năm đối với trường hợp thời điểm thanh toán theo hợp đồng sớm hơn ngày 31 tháng 12, cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào”.*
*Khoản này được sửa đổi bởi Điểm b Khoản 6 Điều 3 Thông tư 119/2014/TT-BTC
Điều 3. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng như sau:
...
6. Sửa đổi, bổ sung Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:
...
b) Sửa đổi, bổ sung khổ đầu khoản 3 Điều 15 như sau:
“3. Chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán (tài khoản của bên mua và tài khoản của bên bán phải là tài khoản đã đăng ký hoặc thông báo với cơ quan thuế. Bên mua không cần phải đăng ký hoặc thông báo với cơ quan thuế tài khoản tiền vay tại các tổ chức tín dụng dùng để thanh toán cho nhà cung cấp) mở tại các tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán theo các hình thức thanh toán phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành như séc, uỷ nhiệm chi hoặc lệnh chi, uỷ nhiệm thu, nhờ thu, thẻ ngân hàng, thẻ tín dụng, sim điện thoại (ví điện tử) và các hình thức thanh toán khác theo quy định (bao gồm cả trường hợp bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua sang tài khoản bên bán mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân hoặc bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân sang tài khoản bên bán nếu tài khoản này đã được đăng ký giao dịch với cơ quan thuế).”*
**Khoản này được sửa đổi bởi Điều 1 Thông tư 173/2016/TT-BTC
Điều 1.
Sửa đổi, bổ sung khổ thứ nhất khoản 3 Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014, Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014, Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính) như sau:
“3. Chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán mở tại các tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán theo các hình thức thanh toán phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành như séc, ủy nhiệm chi hoặc lệnh chi, ủy nhiệm thu, nhờ thu, thẻ ngân hàng, thẻ tín dụng, sim điện thoại (ví điện tử) và các hình thức thanh toán khác theo quy định (bao gồm cả trường hợp bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua sang tài khoản bên bán mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân hoặc bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân sang tài khoản bên bán).”**
4. Các trường hợp thanh toán không dùng tiền mặt khác để khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm:
a) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có biên bản đối chiếu số liệu và xác nhận giữa hai bên về việc thanh toán bù trừ giữa hàng hóa, dịch vụ mua vào với hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng. Trường hợp bù trừ công nợ qua bên thứ ba phải có biên bản bù trừ công nợ của ba (3) bên làm căn cứ khấu trừ thuế.
b) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức bù trừ công nợ như vay, mượn tiền. cấn trừ công nợ qua người thứ ba mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có hợp đồng vay, mượn tiền dưới hình thức văn bản được lập trước đó và có chứng từ chuyển tiền từ tài khoản của bên cho vay sang tài khoản của bên đi vay đối với khoản vay bằng tiền bao gồm cả trường hợp bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với khoản tiền mà người bán hỗ trợ cho người mua, hoặc nhờ người mua chi hộ.
c) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào được thanh toán ủy quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng (bao gồm cả trường hợp bên bán yêu cầu bên mua thanh toán tiền qua ngân hàng cho bên thứ ba do bên bán chỉ định) thì việc thanh toán theo ủy quyền hoặc thanh toán cho bên thứ ba theo chỉ định của bên bán phải được quy định cụ thể trong hợp đồng dưới hình thức văn bản và bên thứ ba là một pháp nhân hoặc thể nhân đang hoạt động theo quy định của pháp luật.
Trường hợp sau khi thực hiện các hình thức thanh toán nêu trên mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Khi kê khai hóa đơn thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh ghi rõ phương thức thanh toán được quy định cụ thể trong hợp đồng vào phần ghi chú trên bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào.
*Điểm này được sửa đổi bởi Điểm c Khoản 6 Điều 3 Thông tư 119/2014/TT-BTC
Điều 3. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng như sau:
...
6. Sửa đổi, bổ sung Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:
...
c) Sửa đổi, bổ sung điểm c khoản 4 Điều 15 như sau:
“c) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào được thanh toán uỷ quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng (bao gồm cả trường hợp bên bán yêu cầu bên mua thanh toán tiền qua ngân hàng cho bên thứ ba do bên bán chỉ định) thì việc thanh toán theo uỷ quyền hoặc thanh toán cho bên thứ ba theo chỉ định của bên bán phải được quy định cụ thể trong hợp đồng dưới hình thức văn bản và bên thứ ba là một pháp nhân hoặc thể nhân đang hoạt động theo quy định của pháp luật.
Trường hợp sau khi thực hiện các hình thức thanh toán nêu trên mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng”.*
d) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào được thanh toán qua ngân hàng vào tài khoản của bên thứ ba mở tại Kho bạc Nhà nước để thực hiện cưỡng chế bằng biện pháp thu tiền, tài sản do tổ chức, cá nhân khác đang nắm giữ (theo Quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền) thì cũng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Ví dụ 68:
Công ty A mua hàng của Công ty B và Công ty A đang còn nợ tiền hàng của Công ty B. Tuy nhiên Công ty B đang còn nợ tiền thuế vào ngân sách nhà nước. Căn cứ Luật Quản lý thuế, cơ quan thuế thực hiện thu tiền, tài sản của Công ty B do Công ty A đang nắm giữ để thi hành quyết định hành chính thuế thì khi Công ty A chuyển tiền vào tài khoản thu ngân sách cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng, số thuế GTGT đầu vào tương ứng với doanh số của hàng hóa mua vào được kê khai, khấu trừ.
Ví dụ 69:
Công ty C thực hiện ký hợp đồng kinh tế với Công ty D về việc cung cấp hàng hóa và Công ty D đang còn nợ tiền hàng của Công ty C.
Thực hiện Quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về việc yêu cầu thu toàn bộ số tiền mà Công ty D đang còn nợ Công ty C để chuyển vào tài khoản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền mở tại Kho bạc Nhà nước để giải quyết “Tranh chấp hợp đồng mua bán hàng hóa” giữa Công ty C và đối tác.
Khi Công ty D chuyển trả số tiền vào tài khoản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền (việc chuyển tiền này không được quy định cụ thể trong hợp đồng mua bán giữa Công ty C và Công ty D) thì trường hợp này cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng, số thuế GTGT đầu vào tương ứng với doanh số của hàng hóa mua vào được kê khai, khấu trừ.
5. Trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ của một nhà cung cấp có giá trị dưới hai mươi triệu đồng nhưng mua nhiều lần trong cùng một ngày có tổng giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Nhà cung cấp là người nộp thuế có mã số thuế, trực tiếp khai và nộp thuế GTGT.
*Điều này được sửa đổi bởi Khoản 10 Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC
Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính) như sau:
…
10. Sửa đổi, bổ sung Điều 15 (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính) như sau:
“Điều 15. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Có hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.
2. Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ các trường hợp giá trị hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu từng lần có giá trị dưới hai mươi triệu đồng, hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT và trường hợp cơ sở kinh doanh nhập khẩu hàng hóa là quà biếu, quà tặng của tổ chức, cá nhân ở nước ngoài.
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt gồm chứng từ thanh toán qua ngân hàng và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt khác hướng dẫn tại khoản 3 và khoản 4 Điều này.
3. Chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán (tài khoản của bên mua và tài khoản của bên bán phải là tài khoản đã đăng ký hoặc thông báo với cơ quan thuế. Bên mua không cần phải đăng ký hoặc thông báo với cơ quan thuế tài khoản tiền vay tại các tổ chức tín dụng dùng để thanh toán cho nhà cung cấp) mở tại các tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán theo các hình thức thanh toán phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành như séc, uỷ nhiệm chi hoặc lệnh chi, uỷ nhiệm thu, nhờ thu, thẻ ngân hàng, thẻ tín dụng, sim điện thoại (ví điện tử) và các hình thức thanh toán khác theo quy định (bao gồm cả trường hợp bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua sang tài khoản bên bán mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân hoặc bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân sang tài khoản bên bán nếu tài khoản này đã được đăng ký giao dịch với cơ quan thuế).
a) Các chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán hoặc chứng từ thanh toán theo các hình thức không phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành không đủ điều kiện để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ hai mươi triệu đồng trở lên.
b) Hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn từ hai mươi triệu đồng trở lên theo giá đã có thuế GTGT nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ.
c) Đối với hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hoá, dịch vụ mua từ hai mươi triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hoá, dịch vụ bằng văn bản, hoá đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng thì cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.
Trường hợp khi thanh toán, cơ sở kinh doanh không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng vào kỳ tính thuế phát sinh việc thanh toán bằng tiền mặt (kể cả trong trường hợp cơ quan thuế và các cơ quan chức năng đã có quyết định thanh tra, kiểm tra kỳ tính thuế có phát sinh thuế GTGT đã kê khai, khấu trừ).
4. Các trường hợp thanh toán không dùng tiền mặt khác để khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm:
a) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có biên bản đối chiếu số liệu và xác nhận giữa hai bên về việc thanh toán bù trừ giữa hàng hóa, dịch vụ mua vào với hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng. Trường hợp bù trừ công nợ qua bên thứ ba phải có biên bản bù trừ công nợ của ba (3) bên làm căn cứ khấu trừ thuế.
b) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức bù trừ công nợ như vay, mượn tiền. cấn trừ công nợ qua người thứ ba mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có hợp đồng vay, mượn tiền dưới hình thức văn bản được lập trước đó và có chứng từ chuyển tiền từ tài khoản của bên cho vay sang tài khoản của bên đi vay đối với khoản vay bằng tiền bao gồm cả trường hợp bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với khoản tiền mà người bán hỗ trợ cho người mua, hoặc nhờ người mua chi hộ.
c) Trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào được thanh toán uỷ quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng (bao gồm cả trường hợp bên bán yêu cầu bên mua thanh toán tiền qua ngân hàng cho bên thứ ba do bên bán chỉ định) thì việc thanh toán theo uỷ quyền hoặc thanh toán cho bên thứ ba theo chỉ định của bên bán phải được quy định cụ thể trong hợp đồng dưới hình thức văn bản và bên thứ ba là một pháp nhân hoặc thể nhân đang hoạt động theo quy định của pháp luật.
Trường hợp sau khi thực hiện các hình thức thanh toán nêu trên mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
d) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào được thanh toán qua ngân hàng vào tài khoản của bên thứ ba mở tại Kho bạc Nhà nước để thực hiện cưỡng chế bằng biện pháp thu tiền, tài sản do tổ chức, cá nhân khác đang nắm giữ (theo Quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền) thì cũng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Ví dụ 68:
Công ty A mua hàng của Công ty B và Công ty A đang còn nợ tiền hàng của Công ty B. Tuy nhiên Công ty B đang còn nợ tiền thuế vào ngân sách nhà nước. Căn cứ Luật Quản lý thuế, cơ quan thuế thực hiện thu tiền, tài sản của Công ty B do Công ty A đang nắm giữ để thi hành quyết định hành chính thuế thì khi Công ty A chuyển tiền vào tài khoản thu ngân sách cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng, số thuế GTGT đầu vào tương ứng với doanh số của hàng hóa mua vào được kê khai, khấu trừ.
Ví dụ 69:
Công ty C thực hiện ký hợp đồng kinh tế với Công ty D về việc cung cấp hàng hóa và Công ty D đang còn nợ tiền hàng của Công ty C.
Thực hiện Quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về việc yêu cầu thu toàn bộ số tiền mà Công ty D đang còn nợ Công ty C để chuyển vào tài khoản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền mở tại Kho bạc Nhà nước để giải quyết “Tranh chấp hợp đồng mua bán hàng hóa” giữa Công ty C và đối tác.
Khi Công ty D chuyển trả số tiền vào tài khoản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền (việc chuyển tiền này không được quy định cụ thể trong hợp đồng mua bán giữa Công ty C và Công ty D) thì trường hợp này cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng, số thuế GTGT đầu vào tương ứng với doanh số của hàng hóa mua vào được kê khai, khấu trừ.
5. Trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ của một nhà cung cấp có giá trị dưới hai mươi triệu đồng nhưng mua nhiều lần trong cùng một ngày có tổng giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Nhà cung cấp là người nộp thuế có mã số thuế, trực tiếp khai và nộp thuế GTGT.
Trường hợp người nộp thuế là cơ sở kinh doanh có các cửa hàng là các đơn vị phụ thuộc sử dụng chung mã số thuế và mẫu hóa đơn của cơ sở kinh doanh, trên hoá đơn có tiêu thức “Cửa hàng số” để phân biệt các cửa hàng của cơ sở kinh doanh và có đóng dấu treo của từng cửa hàng thì mỗi cửa hàng là một nhà cung cấp.”*