Trả lời công văn số 14/TN/09 ngày 14/10/2009 của Công ty TNHH TÔNI đề nghị hướng dẫn về việc khấu trừ thuế GTGT bổ sung, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại điểm 1.2.c Mục III, Phần B Thông tư số 32/2007/TT-BTC ngày 09/4/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 158/2003/NĐ-CP ngày 10/12/2003, Nghị định số 148/2004/NĐ-CP ngày 23/7/2004 và Nghị định số 156/2005/NĐ-CP ngày 15/12/2005 của Chinh phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế GTGT và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT hướng dẫn xác định thuế GTGT đầu vào được khấu trừ.

Tại điểm 5.9 Mục IV, Phần B Thông tư số 32/2007/TT-BTC nêu trên hướng dẫn: "5.9- Cơ sở kinh doanh đã xuất bán, cung ứng hàng hoá, dịch vụ và lập hoá đơn do hàng hoá, dịch vụ không đảm bảo chất lượng, quy cách... phải điều chỉnh (tăng, giảm) giá bán thì bên bán và bên mua phải lập biên bản hoặc có thoả thuận bằng văn bản ghi rõ số lượng, quy cách hàng hoá, mức giá tăng (giảm) theo hoá đơn bán hàng (số ký hiệu, ngày, tháng của hoá đơn, thời gian), lý do tăng (giảm) giá, đồng thời bên bán lập hoá đơn điều chỉnh mức giá được điều chỉnh. Hoá đơn ghi rõ điều chỉnh giá cho hàng hoá, dịch vụ tại hoá đơn số, ký hiệu... Căn cứ vào hoá đơn điều chỉnh giá, bên bán và bên mua kê khai điều chỉnh doanh số mua, bán, thuế đầu ra, đầu vào".

Tại điểm 1.3, mục III, Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng và hướng dẫn thi hành Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày 08/12/2008 của chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế GTGT hướng dẫn về điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Tại điểm 2.9, Mục IV, Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC nêu trên hướng dẫn: "Cơ sở kinh doanh đã xuất bán, cung ứng hàng hoá, dịch vụ và lập hoá đơn do hàng hoá, dịch vụ không đảm bảo chất lượng, quy cách, kiểu dáng hoặc ghi sai thuế suất phải điều chỉnh (tăng, giảm) giá bán, điều chỉnh thuế suất thuế GTGT thì bên bán và bên mua phải lập biên bản hoặc có thoả thuận bằng văn bản ghi rõ số lượng, quy cách hàng hoá, mức giá tăng (giảm) theo hoá đơn bán hàng (số ký hiệu, ngày, tháng của hoá đơn, thời gian), lý do tăng (giảm) giá, lý do điều chỉnh thuế suất đồng thời bên bán lập hoá đơn điều chỉnh mức giá được điều chỉnh. Hoá đơn ghi rõ điều chỉnh (tăng, giảm) giá bán, (không được ghi số âm (-)), thuế GTGT cho hàng hoá, dịch vụ tại hoá đơn số, ký hiệu... Căn cứ vào hoá đơn điều chỉnh, bên bán và bên mua kê khai điều chỉnh doanh số mua, bán, thuế đầu ra, đầu vào. Trường hợp thuế suất ghi trên hoá đơn bán ra cao hơn thuế suất quy định, nếu không xác định được người mua thì không được lập hoá đơn điều chỉnh thuế GTGT".

Tại điểm 5.1, Mục I phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế hướng dẫn : "5.1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót, nhầm lẫn gây ảnh hưởng đến số thuế phải nộp thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế. Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế".

Căn cứ các hướng dẫn trên, trường hợp Công ty TNHH TÔNI (bên nhận gia công) gia công các chi tiết là sản phẩm cơ khí tiêu dùng cho Công ty Khuôn đúc TSUKUBA Việt Nam (bên đưa gia công) thuộc diện áp dụng thuế suất GTGT 10%, nhưng Công ty TNHH TÔNI lập hoá đơn GTGT áp sai thuế suất cho Công ty Khuôn đúc TSUKUBA Việt Nam. Sau đó, năm 2009 Công ty TNHH TÔNI đã tự phát hiện sai sót do áp dụng sai thuế suất và đã lập hoá đơn GTGT điều chỉnh đồng thời kê khai bổ sung số thuế GTGT thiếu và nộp số tiền phạt chậm nộp trước khi cơ quan thuế kiểm tra phát hiện thì hoá đơn GTGT điều chỉnh này Công ty Khuôn đúc TSUKUBA Việt Nam được kê khai, khấu trừ bổ sung thuế GTGT đầu vào nhưng phải trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

Tổng cục thuế trả lời Công ty TNHH TÔNI được biết./.