Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 14. Nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa chịu thuế GTGT bị tổn thất.
Các trường hợp tổn thất không được bồi thường được khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm: thiên tai, hỏa hoạn, các trường hợp tổn thất không được bảo hiểm bồi thường, hàng hóa mất phẩm chất, quá hạn sử dụng phải tiêu hủy. Cơ sở kinh doanh phải có đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh các trường hợp tổn thất không được bồi thường để khấu trừ thuế.
Trường hợp hàng hóa có hao hụt tự nhiên do tính chất lý hóa trong quá trình vận chuyển, bơm rót như xăng, dầu… thì được kê khai, khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của số lượng hàng hóa thực tế hao hụt tự nhiên không vượt quá định mức hao hụt theo quy định. Số thuế GTGT đầu vào của số lượng hàng hóa hao hụt vượt định mức không được khấu trừ, hoàn thuế.
Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ hình thành tài sản cố định là nhà ăn ca, nhà nghỉ giữa ca, phòng thay quần áo, nhà để xe, nhà vệ sinh, bể nước phục vụ cho người lao động trong khu vực sản xuất, kinh doanh và nhà ở, trạm y tế cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp được khấu trừ toàn bộ.
Trường hợp nhà ở cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp do cơ sở kinh doanh đi thuê thực hiện theo quy định của pháp luật về tiêu chuẩn thiết kế và giá cho thuê nhà ở công nhân khu công nghiệp thì thuế GTGT đối với khoản tiền thuê nhà trong trường hợp này được khấu trừ theo quy định. Trường hợp cơ sở kinh doanh xây dựng hoặc mua nhà ở ngoài khu công nghiệp phục vụ cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp, nhà xây dựng hoặc nhà mua thực hiện theo quy định của pháp luật về tiêu chuẩn thiết kế nhà ở công nhân khu công nghiệp thì thuế GTGT của nhà xây dựng, nhà mua phục vụ cho công nhân được khấu trừ toàn bộ.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có các chuyên gia nước ngoài sang Việt Nam công tác, giữ các chức vụ quản lý tại Việt Nam, hưởng lương tại Việt Nam theo hợp đồng lao động ký với cơ sở kinh doanh tại Việt Nam thì cơ sở kinh doanh không được khấu trừ thuế GTGT của khoản tiền thuê nhà cho các chuyên gia nước ngoài này.
Trường hợp các chuyên gia nước ngoài vẫn là nhân viên của doanh nghiệp ở nước ngoài, chịu sự điều động của doanh nghiệp ở nước ngoài, được doanh nghiệp ở nước ngoài trả lương và hưởng các chế độ của doanh nghiệp ở nước ngoài trong thời gian sang Việt Nam công tác, giữa doanh nghiệp ở nước ngoài và cơ sở kinh doanh tại Việt Nam có hợp đồng bằng văn bản nêu rõ doanh nghiệp tại Việt Nam phải chịu các chi phí về chỗ ở cho các chuyên gia nước ngoài trong thời gian công tác ở Việt Nam thì thuế GTGT của khoản tiền thuê nhà cho các chuyên gia nước ngoài làm việc tại Việt Nam do cơ sở kinh doanh tại Việt Nam chi trả được khấu trừ.
2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ. trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra không hạch toán riêng được.
Cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT hàng tháng tạm phân bổ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào được khấu trừ trong tháng, cuối năm cơ sở kinh doanh thực hiện tính phân bổ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của năm để kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu vào đã tạm phân bổ khấu trừ theo tháng.
3. Thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định, máy móc, thiết bị, kể cả thuế GTGT đầu vào của hoạt động đi thuê những tài sản, máy móc, thiết bị này và thuế GTGT đầu vào khác liên quan đến tài sản, máy móc, thiết bị như bảo hành, sửa chữa trong các trường hợp sau đây không được khấu trừ mà tính vào nguyên giá của tài sản cố định hoặc chi phí được trừ theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn thi hành: Tài sản cố định chuyên dùng phục vụ sản xuất vũ khí, khí tài phục vụ quốc phòng, an ninh. tài sản cố định, máy móc, thiết bị của các tổ chức tín dụng, doanh nghiệp kinh doanh tái bảo hiểm, bảo hiểm nhân thọ, kinh doanh chứng khoán, cơ sở khám, chữa bệnh, cơ sở đào tạo. tàu bay dân dụng, du thuyền không sử dụng cho mục đích kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn.
Tài sản cố định là ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống (trừ ô tô sử dụng vào kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn) có trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng (giá chưa có thuế GTGT) thì số thuế GTGT đầu vào tương ứng với phần trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng không được khấu trừ.
*Khoản này được sửa đổi bởi Điều 9 Thông tư 151/2014/TT-BTC
Điều 9. Sửa đổi, bổ sung khoản 3 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:
“3. Thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định, máy móc, thiết bị, kể cả thuế GTGT đầu vào của hoạt động đi thuê những tài sản, máy móc, thiết bị này và thuế GTGT đầu vào khác liên quan đến tài sản, máy móc, thiết bị như bảo hành, sửa chữa trong các trường hợp sau đây không được khấu trừ mà tính vào nguyên giá của tài sản cố định hoặc chi phí được trừ theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn thi hành: Tài sản cố định chuyên dùng phục vụ sản xuất vũ khí, khí tài phục vụ quốc phòng, an ninh. tài sản cố định, máy móc, thiết bị của các tổ chức tín dụng, doanh nghiệp kinh doanh tái bảo hiểm, bảo hiểm nhân thọ, kinh doanh chứng khoán, cơ sở khám, chữa bệnh, cơ sở đào tạo. tàu bay dân dụng, du thuyền không sử dụng cho mục đích kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn.
Tài sản cố định là ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống (trừ ô tô sử dụng vào kinh doanh vận chuyển hàng hoá, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn. ô tô dùng để làm mẫu và lái thử cho kinh doanh ô tô) có trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng (giá chưa có thuế GTGT) thì số thuế GTGT đầu vào tương ứng với phần trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng không được khấu trừ”.*
4. Khấu trừ thuế GTGT trong một số trường hợp cụ thể như sau:
a) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung có sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT qua các khâu để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào tại các khâu được khấu trừ toàn bộ.
Ví dụ 58: Doanh nghiệp X đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất, chế biến phi lê cá tra, cá ba sa, tôm đông lạnh xuất khẩu. Doanh nghiệp tổ chức sản xuất khép kín từ khâu nuôi trồng, kể cả trường hợp thuê gia công nuôi trồng mà doanh nghiệp đầu tư toàn bộ giống, ao, hồ, hàng rào, hệ thống tưới tiêu, tàu thuyền và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, dịch vụ thú y, đến khâu chế biến tôm, cá để xuất khẩu. Doanh nghiệp X được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại tất cả các khâu sản xuất, chế biến.
Ví dụ 59: Doanh nghiệp Y đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất, chế biến các sản phẩm từ sữa tươi sống (sữa tươi tiệt trùng, sữa chua, pho mát,...). Doanh nghiệp tổ chức sản xuất khép kín từ khâu chăn nuôi, kể cả trường hợp thuê gia công chăn nuôi mà doanh nghiệp đầu tư toàn bộ con giống (bò, dê), chuồng, trại, hàng rào, trang thiết bị vắt sữa, hệ thống vệ sinh chuồng, trại và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, dịch vụ thú y, đến khâu chế biến thành các sản phẩm từ sữa. Doanh nghiệp Y được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại tất cả các khâu sản xuất, chế biến.
b) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh có dự án đầu tư thực hiện đầu tư theo nhiều giai đoạn, bao gồm cả cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập, có phương án sản xuất, kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung và sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế GTGT nhưng trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản có cung cấp hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào trong giai đoạn đầu tư để hình thành tài sản cố định được khấu trừ toàn bộ. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào không sử dụng cho đầu tư tài sản cố định phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT để kê khai khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh số chịu thuế GTGT so với tổng doanh số hàng hóa, dịch vụ bán ra.
Đối với cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư để tiếp tục sản xuất, chế biến và có văn bản cam kết tiếp tục sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT thì được kê khai, khấu trừ thuế GTGT ngay từ giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản. Đối với thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB, doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ, hoàn thuế nhưng sau đó xác định không đủ điều kiện, khấu trừ, hoàn thuế thì doanh nghiệp phải kê khai, điều chỉnh nộp lại tiền thuế GTGT đã khấu trừ, hoàn thuế. Trường hợp doanh nghiệp không thực hiện điều chỉnh, qua thanh tra, kiểm tra cơ quan thuế phát hiện ra thì cơ quan thuế sẽ thực hiện truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định. Doanh nghiệp phải hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã báo cáo, cam kết giải trình với cơ quan thuế liên quan đến việc khấu trừ, hoàn thuế.
Trường hợp cơ sở có bán hàng hóa là sản phẩm nông, lâm, thủy hải sản chưa qua chế biến hoặc mới qua sơ chế thông thường thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào được tính khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.
Ví dụ 60: Doanh nghiệp A có dự án đầu tư vườn cây cao su, có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ ở khâu đầu tư XDCB, doanh nghiệp chưa có sản phẩm làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (bao gồm cả sản phẩm chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) nhưng có dự án xây dựng nhà máy chế biến mủ cao su (thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) và cam kết sản phẩm trồng trọt tiếp tục chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT thì Công ty được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào.
Trường hợp doanh nghiệp bán mủ cao su của toàn bộ dự án thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì doanh nghiệp không được khấu trừ thuế.
Trường hợp doanh nghiệp sử dụng một phần mủ cao su khai thác của dự án vào sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT, một phần bán ra thì thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:
- Thuế GTGT đầu vào của TSCĐ (vườn cây cao su, nhà máy chế biến…): doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ (bao gồm cả thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB).
- Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ: thực hiện khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.
c) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh có dự án đầu tư, bao gồm cả cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản được tạm khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra theo phương án sản xuất, kinh doanh của cơ sở kinh doanh. Số thuế tạm khấu trừ được điều chỉnh theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra trong ba năm kể từ năm đầu tiên có doanh thu.
Ví dụ 61: Doanh nghiệp Z thành lập mới từ dự án đầu tư vào lĩnh vực vận tải. Phương án sản xuất kinh doanh theo dự án đầu tư của doanh nghiệp có doanh thu từ vận chuyển hành khách công cộng bằng xe buýt và không bằng xe buýt, từ bán quảng cáo và dịch vụ sửa chữa, bảo dưỡng phương tiện vận tải. trong đó doanh thu từ vận tải hành khách công cộng bằng xe buýt chiếm tỷ trọng 30% tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra. Giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản mua sắm phương tiện, xây dựng trạm chờ, nhà xưởng kéo dài trong 02 năm từ tháng 6/2014 đến tháng 5/2016. Trong thời gian 02 năm này, số thuế giá trị gia tăng đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản và của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho việc thành lập doanh nghiệp (chi phí thành lập doanh nghiệp) được tạm khấu trừ theo tỷ lệ 70% và được hoàn thuế theo quy định (Riêng thuế GTGT của tài sản cố định là xe ô tô đăng ký sử dụng làm xe buýt công cộng không khấu trừ). Doanh nghiệp đi vào hoạt động có doanh thu từ tháng 6/2016. Đến hết tháng 5/2019, tỷ trọng doanh thu từ vận tải hành khách công cộng bằng xe buýt trong thời gian 03 năm từ tháng 6 năm 2016 chiếm 35% tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra thì doanh nghiệp kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng của tài sản cố định đã được khấu trừ, hoàn thuế tương ứng với tỷ lệ 5% (= 70% - 65%) và tính nộp số điều chỉnh giảm khấu trừ, hoàn thuế này vào số thuế GTGT của kỳ khai thuế tháng 5/2019. Doanh nghiệp không bị xử phạt chậm nộp và không bị tính lãi chậm nộp đối với số thuế giá trị gia tăng của tài sản cố định được khấu trừ phải điều chỉnh giảm.
*Khoản này được bổ sung bởi Khoản 5 Điều 3 Thông tư 119/2014/TT-BTC
Điều 3. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng như sau:
...
5. Bổ sung ví dụ số 58a tại khoản 4 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:
“Ví dụ số 58a: Doanh nghiệp A đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất khép kín từ khâu nuôi trồng (bao gồm cả thuê gia công nuôi trồng mà doanh nghiệp A đầu tư toàn bộ giống, ao, hồ, hàng rào, hệ thống tưới tiêu, tàu thuyền và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, dịch vụ thú y…), đến khâu chế biến phi-lê cá tra đông lạnh để xuất khẩu và bán trong nước. Trong quá trình sản xuất doanh nghiệp A đã mua thêm cá tra của các doanh nghiệp khác hoặc của các hộ nông dân. Cá tra mua ngoài trước khi đưa vào nhà máy đều được tập trung nuôi tại ao hồ của doanh nghiệp A cùng cá tra do doanh nghiệp A tự nuôi. Cá tra do doanh nghiệp tự nuôi và cá tra mua ngoài được đưa vào nhà máy chế biến thành sản phẩm cá tra phi-lê (cá fillet) qua công đoạn và theo quy trình: Cá nguyên liệu - làm sạch - cắt đầu, lột da - bỏ nội tạng - cắt phi-lê - ướp muối - đông lạnh - xuất bán. Doanh nghiệp A được thực hiện kê khai khấu trừ thuế GTGT như sau:
- Doanh nghiệp A được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại nhà máy phục vụ khâu sơ chế cá tra phi-lê theo quy trình nêu trên.
- Cá tra phi-lê có nguồn gốc do doanh nghiệp A tự nuôi để xuất khẩu được áp dụng thuế suất 0% và doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào có liên quan đến hoạt động xuất khẩu cá tra phi-lê. Trường hợp doanh nghiệp nuôi cá tra sau đó chế biến thành cá tra phi-lê vừa để xuất khẩu vừa để bán trong nước thì thuế GTGT đầu vào được phân bổ theo tỷ lệ % doanh thu xuất khẩu/Tổng Doanh thu (doanh thu xuất khẩu và doanh thu bán trong nước).”*
5. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa (kể cả hàng hóa mua ngoài hoặc hàng hóa do doanh nghiệp tự sản xuất) mà doanh nghiệp sử dụng để cho, biếu, tặng, khuyến mại, quảng cáo dưới các hình thức, phục vụ cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì được khấu trừ.
6. Số thuế GTGT đã nộp theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan được khấu trừ toàn bộ, trừ trường hợp cơ quan hải quan xử phạt về gian lận, trốn thuế.
7. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT hướng dẫn tại Điều 4 Thông tư này không được khấu trừ, trừ các trường hợp sau:
a) Thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh mua vào để sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức quốc tế để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại hướng dẫn tại khoản 19 Điều 4 Thông tư này được khấu trừ toàn bộ.
b) Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đến ngày khai thác đầu tiên hoặc ngày sản xuất đầu tiên được khấu trừ toàn bộ.
8. Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.
Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
9. Số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, cơ sở kinh doanh được hạch toán vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định, trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
10. Văn phòng Tổng công ty, tập đoàn không trực tiếp hoạt động kinh doanh và các đơn vị hành chính sự nghiệp trực thuộc như: Bệnh viện, Trạm xá, Nhà nghỉ điều dưỡng, Viện, Trường đào tạo... không phải là người nộp thuế GTGT thì không được khấu trừ hay hoàn thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho hoạt động của các đơn vị này.
Trường hợp các đơn vị này có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì phải đăng ký, kê khai nộp thuế GTGT riêng cho các hoạt động này.
Ví dụ 62: Văn phòng Tổng công ty A không trực tiếp sản xuất, kinh doanh, sử dụng kinh phí do các cơ sở trực thuộc đóng góp để hoạt động nhưng Văn phòng Tổng công ty có cho thuê nhà (văn phòng) phần không sử dụng hết thì Văn phòng Tổng công ty phải hạch toán, kê khai nộp thuế riêng cho hoạt động cho thuê văn phòng. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phục vụ cho hoạt động của Văn phòng Tổng công ty không được khấu trừ hay hoàn thuế.
11. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho các hoạt động cung cấp hàng hóa, dịch vụ không kê khai, tính nộp thuế GTGT hướng dẫn tại Điều 5 Thông tư này (trừ khoản 2, khoản 3 Điều 5) được khấu trừ toàn bộ.
12. Cơ sở kinh doanh được kê khai, khấu trừ thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào dưới hình thức ủy quyền cho tổ chức, cá nhân khác mà hóa đơn mang tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền bao gồm các trường hợp sau đây:
a) Doanh nghiệp bảo hiểm ủy quyền cho người tham gia bảo hiểm sửa chữa tài sản. chi phí sửa chữa tài sản cùng các vật tư, phụ tùng thay thế có hóa đơn GTGT ghi tên người tham gia bảo hiểm, doanh nghiệp bảo hiểm thực hiện thanh toán cho người tham gia bảo hiểm phí bảo hiểm tương ứng theo hợp đồng bảo hiểm thì doanh nghiệp bảo hiểm được kê khai khấu trừ thuế GTGT tương ứng với phần bồi thường bảo hiểm thanh toán theo hóa đơn GTGT đứng tên người tham gia bảo hiểm. trường hợp phần bồi thường bảo hiểm do doanh nghiệp bảo hiểm thanh toán cho người tham gia bảo hiểm có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì phải thực hiện thanh toán qua ngân hàng.
b) Trước khi thành lập doanh nghiệp, các sáng lập viên có văn bản ủy quyền cho tổ chức, cá nhân thực hiện chi hộ một số khoản chi phí liên quan đến việc thành lập doanh nghiệp, mua sắm hàng hóa, vật tư thì doanh nghiệp được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hóa đơn GTGT đứng tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền và phải thực hiện thanh toán cho tổ chức, cá nhân được ủy quyền qua ngân hàng đối với những hóa đơn có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên.
13. Trường hợp cá nhân, tổ chức không kinh doanh có góp vốn bằng tài sản vào công ty trách nhiệm hữu hạn, công ty cổ phần thì chứng từ đối với tài sản góp vốn là biên bản chứng nhận góp vốn, biên bản giao nhận tài sản. Trường hợp tài sản góp vốn là tài sản mới mua, chưa sử dụng, có hóa đơn hợp pháp được hội đồng giao nhận vốn góp chấp nhận thì trị giá vốn góp được xác định theo trị giá ghi trên hóa đơn bao gồm cả thuế GTGT. Bên nhận vốn góp được kê khai khấu trừ thuế GTGT ghi trên hóa đơn mua tài sản của bên góp vốn.
14. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng khi chuyển sang nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh kể từ kỳ đầu tiên kê khai, nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế.
Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế khi chuyển sang nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng được tính số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh trong thời gian nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế mà chưa khấu trừ hết vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh trong thời gian nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn theo hướng dẫn tại Điều 18 Thông tư này và theo quy định của văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành.
Ví dụ 63: Công ty TNHH A đang áp dụng phương pháp khấu trừ thuế trong năm 2014, năm 2015 và không đủ điều kiện để áp dụng phương pháp khấu trừ thuế từ ngày 1/1/2016. Công ty TNHH A đã có hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi cơ quan thuế từ kỳ tính thuế tháng 11/2014 đến hết kỳ tính thuế tháng 10/2015 (kết thúc thời điểm xác định doanh thu để xác định phương pháp tính thuế của năm 2016 và năm 2017), số thuế đề nghị hoàn là 350 triệu đồng và trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế tháng 11/2015, Công ty TNHH A có số thuế đầu vào chưa được khấu trừ là 50 triệu đồng. Công ty TNHH A được cơ quan thuế xem xét giải quyết hoàn thuế theo quy định đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế đã gửi cơ quan thuế (số thuế đề nghị hoàn là 350 triệu đồng). số thuế đầu vào chưa được khấu trừ trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế tháng 11/2015 là 50 triệu đồng được tiếp tục kết chuyển sang kỳ tính thuế tháng 12/2015. Trường hợp tại Tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế tháng 12/2015, Công ty còn số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ thì tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.
15. Cơ sở kinh doanh không được tính khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với trường hợp:
- Hóa đơn GTGT sử dụng không đúng quy định của pháp luật như: hóa đơn GTGT không ghi thuế GTGT (trừ trường hợp đặc thù được dùng hóa đơn GTGT ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT).
- Hóa đơn không ghi hoặc ghi không đúng một trong các chỉ tiêu như tên, địa chỉ, mã số thuế của người bán nên không xác định được người bán.
- Hóa đơn không ghi hoặc ghi không đúng một trong các chỉ tiêu như tên, địa chỉ, mã số thuế của người mua nên không xác định được người mua (trừ trường hợp hướng dẫn tại khoản 12 Điều này).
- Hóa đơn, chứng từ nộp thuế GTGT giả, hóa đơn bị tẩy xóa, hóa đơn khống (không có hàng hóa, dịch vụ kèm theo).
- Hóa đơn ghi giá trị không đúng giá trị thực tế của hàng hóa, dịch vụ mua, bán hoặc trao đổi.
16. Các trường hợp đặc thù khác thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính.

Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 14. Nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa chịu thuế GTGT bị tổn thất.
Các trường hợp tổn thất không được bồi thường được khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm: thiên tai, hỏa hoạn, các trường hợp tổn thất không được bảo hiểm bồi thường, hàng hóa mất phẩm chất, quá hạn sử dụng phải tiêu hủy. Cơ sở kinh doanh phải có đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh các trường hợp tổn thất không được bồi thường để khấu trừ thuế.
Trường hợp hàng hóa có hao hụt tự nhiên do tính chất lý hóa trong quá trình vận chuyển, bơm rót như xăng, dầu… thì được kê khai, khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của số lượng hàng hóa thực tế hao hụt tự nhiên không vượt quá định mức hao hụt theo quy định. Số thuế GTGT đầu vào của số lượng hàng hóa hao hụt vượt định mức không được khấu trừ, hoàn thuế.
Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ hình thành tài sản cố định là nhà ăn ca, nhà nghỉ giữa ca, phòng thay quần áo, nhà để xe, nhà vệ sinh, bể nước phục vụ cho người lao động trong khu vực sản xuất, kinh doanh và nhà ở, trạm y tế cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp được khấu trừ toàn bộ.
Trường hợp nhà ở cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp do cơ sở kinh doanh đi thuê thực hiện theo quy định của pháp luật về tiêu chuẩn thiết kế và giá cho thuê nhà ở công nhân khu công nghiệp thì thuế GTGT đối với khoản tiền thuê nhà trong trường hợp này được khấu trừ theo quy định. Trường hợp cơ sở kinh doanh xây dựng hoặc mua nhà ở ngoài khu công nghiệp phục vụ cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp, nhà xây dựng hoặc nhà mua thực hiện theo quy định của pháp luật về tiêu chuẩn thiết kế nhà ở công nhân khu công nghiệp thì thuế GTGT của nhà xây dựng, nhà mua phục vụ cho công nhân được khấu trừ toàn bộ.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có các chuyên gia nước ngoài sang Việt Nam công tác, giữ các chức vụ quản lý tại Việt Nam, hưởng lương tại Việt Nam theo hợp đồng lao động ký với cơ sở kinh doanh tại Việt Nam thì cơ sở kinh doanh không được khấu trừ thuế GTGT của khoản tiền thuê nhà cho các chuyên gia nước ngoài này.
Trường hợp các chuyên gia nước ngoài vẫn là nhân viên của doanh nghiệp ở nước ngoài, chịu sự điều động của doanh nghiệp ở nước ngoài, được doanh nghiệp ở nước ngoài trả lương và hưởng các chế độ của doanh nghiệp ở nước ngoài trong thời gian sang Việt Nam công tác, giữa doanh nghiệp ở nước ngoài và cơ sở kinh doanh tại Việt Nam có hợp đồng bằng văn bản nêu rõ doanh nghiệp tại Việt Nam phải chịu các chi phí về chỗ ở cho các chuyên gia nước ngoài trong thời gian công tác ở Việt Nam thì thuế GTGT của khoản tiền thuê nhà cho các chuyên gia nước ngoài làm việc tại Việt Nam do cơ sở kinh doanh tại Việt Nam chi trả được khấu trừ.
2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ. trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra không hạch toán riêng được.
Cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT hàng tháng tạm phân bổ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào được khấu trừ trong tháng, cuối năm cơ sở kinh doanh thực hiện tính phân bổ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của năm để kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu vào đã tạm phân bổ khấu trừ theo tháng.
3. Thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định, máy móc, thiết bị, kể cả thuế GTGT đầu vào của hoạt động đi thuê những tài sản, máy móc, thiết bị này và thuế GTGT đầu vào khác liên quan đến tài sản, máy móc, thiết bị như bảo hành, sửa chữa trong các trường hợp sau đây không được khấu trừ mà tính vào nguyên giá của tài sản cố định hoặc chi phí được trừ theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn thi hành: Tài sản cố định chuyên dùng phục vụ sản xuất vũ khí, khí tài phục vụ quốc phòng, an ninh. tài sản cố định, máy móc, thiết bị của các tổ chức tín dụng, doanh nghiệp kinh doanh tái bảo hiểm, bảo hiểm nhân thọ, kinh doanh chứng khoán, cơ sở khám, chữa bệnh, cơ sở đào tạo. tàu bay dân dụng, du thuyền không sử dụng cho mục đích kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn.
Tài sản cố định là ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống (trừ ô tô sử dụng vào kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn) có trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng (giá chưa có thuế GTGT) thì số thuế GTGT đầu vào tương ứng với phần trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng không được khấu trừ.
*Khoản này được sửa đổi bởi Điều 9 Thông tư 151/2014/TT-BTC
Điều 9. Sửa đổi, bổ sung khoản 3 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:
“3. Thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định, máy móc, thiết bị, kể cả thuế GTGT đầu vào của hoạt động đi thuê những tài sản, máy móc, thiết bị này và thuế GTGT đầu vào khác liên quan đến tài sản, máy móc, thiết bị như bảo hành, sửa chữa trong các trường hợp sau đây không được khấu trừ mà tính vào nguyên giá của tài sản cố định hoặc chi phí được trừ theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn thi hành: Tài sản cố định chuyên dùng phục vụ sản xuất vũ khí, khí tài phục vụ quốc phòng, an ninh. tài sản cố định, máy móc, thiết bị của các tổ chức tín dụng, doanh nghiệp kinh doanh tái bảo hiểm, bảo hiểm nhân thọ, kinh doanh chứng khoán, cơ sở khám, chữa bệnh, cơ sở đào tạo. tàu bay dân dụng, du thuyền không sử dụng cho mục đích kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn.
Tài sản cố định là ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống (trừ ô tô sử dụng vào kinh doanh vận chuyển hàng hoá, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn. ô tô dùng để làm mẫu và lái thử cho kinh doanh ô tô) có trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng (giá chưa có thuế GTGT) thì số thuế GTGT đầu vào tương ứng với phần trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng không được khấu trừ”.*
4. Khấu trừ thuế GTGT trong một số trường hợp cụ thể như sau:
a) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung có sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT qua các khâu để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào tại các khâu được khấu trừ toàn bộ.
Ví dụ 58: Doanh nghiệp X đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất, chế biến phi lê cá tra, cá ba sa, tôm đông lạnh xuất khẩu. Doanh nghiệp tổ chức sản xuất khép kín từ khâu nuôi trồng, kể cả trường hợp thuê gia công nuôi trồng mà doanh nghiệp đầu tư toàn bộ giống, ao, hồ, hàng rào, hệ thống tưới tiêu, tàu thuyền và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, dịch vụ thú y, đến khâu chế biến tôm, cá để xuất khẩu. Doanh nghiệp X được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại tất cả các khâu sản xuất, chế biến.
Ví dụ 59: Doanh nghiệp Y đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất, chế biến các sản phẩm từ sữa tươi sống (sữa tươi tiệt trùng, sữa chua, pho mát,...). Doanh nghiệp tổ chức sản xuất khép kín từ khâu chăn nuôi, kể cả trường hợp thuê gia công chăn nuôi mà doanh nghiệp đầu tư toàn bộ con giống (bò, dê), chuồng, trại, hàng rào, trang thiết bị vắt sữa, hệ thống vệ sinh chuồng, trại và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, dịch vụ thú y, đến khâu chế biến thành các sản phẩm từ sữa. Doanh nghiệp Y được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại tất cả các khâu sản xuất, chế biến.
b) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh có dự án đầu tư thực hiện đầu tư theo nhiều giai đoạn, bao gồm cả cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập, có phương án sản xuất, kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung và sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế GTGT nhưng trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản có cung cấp hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào trong giai đoạn đầu tư để hình thành tài sản cố định được khấu trừ toàn bộ. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào không sử dụng cho đầu tư tài sản cố định phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT để kê khai khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh số chịu thuế GTGT so với tổng doanh số hàng hóa, dịch vụ bán ra.
Đối với cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư để tiếp tục sản xuất, chế biến và có văn bản cam kết tiếp tục sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT thì được kê khai, khấu trừ thuế GTGT ngay từ giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản. Đối với thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB, doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ, hoàn thuế nhưng sau đó xác định không đủ điều kiện, khấu trừ, hoàn thuế thì doanh nghiệp phải kê khai, điều chỉnh nộp lại tiền thuế GTGT đã khấu trừ, hoàn thuế. Trường hợp doanh nghiệp không thực hiện điều chỉnh, qua thanh tra, kiểm tra cơ quan thuế phát hiện ra thì cơ quan thuế sẽ thực hiện truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định. Doanh nghiệp phải hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã báo cáo, cam kết giải trình với cơ quan thuế liên quan đến việc khấu trừ, hoàn thuế.
Trường hợp cơ sở có bán hàng hóa là sản phẩm nông, lâm, thủy hải sản chưa qua chế biến hoặc mới qua sơ chế thông thường thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào được tính khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.
Ví dụ 60: Doanh nghiệp A có dự án đầu tư vườn cây cao su, có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ ở khâu đầu tư XDCB, doanh nghiệp chưa có sản phẩm làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (bao gồm cả sản phẩm chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) nhưng có dự án xây dựng nhà máy chế biến mủ cao su (thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) và cam kết sản phẩm trồng trọt tiếp tục chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT thì Công ty được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào.
Trường hợp doanh nghiệp bán mủ cao su của toàn bộ dự án thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì doanh nghiệp không được khấu trừ thuế.
Trường hợp doanh nghiệp sử dụng một phần mủ cao su khai thác của dự án vào sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT, một phần bán ra thì thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:
- Thuế GTGT đầu vào của TSCĐ (vườn cây cao su, nhà máy chế biến…): doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ (bao gồm cả thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB).
- Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ: thực hiện khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.
c) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh có dự án đầu tư, bao gồm cả cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản được tạm khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra theo phương án sản xuất, kinh doanh của cơ sở kinh doanh. Số thuế tạm khấu trừ được điều chỉnh theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra trong ba năm kể từ năm đầu tiên có doanh thu.
Ví dụ 61: Doanh nghiệp Z thành lập mới từ dự án đầu tư vào lĩnh vực vận tải. Phương án sản xuất kinh doanh theo dự án đầu tư của doanh nghiệp có doanh thu từ vận chuyển hành khách công cộng bằng xe buýt và không bằng xe buýt, từ bán quảng cáo và dịch vụ sửa chữa, bảo dưỡng phương tiện vận tải. trong đó doanh thu từ vận tải hành khách công cộng bằng xe buýt chiếm tỷ trọng 30% tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra. Giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản mua sắm phương tiện, xây dựng trạm chờ, nhà xưởng kéo dài trong 02 năm từ tháng 6/2014 đến tháng 5/2016. Trong thời gian 02 năm này, số thuế giá trị gia tăng đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản và của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho việc thành lập doanh nghiệp (chi phí thành lập doanh nghiệp) được tạm khấu trừ theo tỷ lệ 70% và được hoàn thuế theo quy định (Riêng thuế GTGT của tài sản cố định là xe ô tô đăng ký sử dụng làm xe buýt công cộng không khấu trừ). Doanh nghiệp đi vào hoạt động có doanh thu từ tháng 6/2016. Đến hết tháng 5/2019, tỷ trọng doanh thu từ vận tải hành khách công cộng bằng xe buýt trong thời gian 03 năm từ tháng 6 năm 2016 chiếm 35% tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra thì doanh nghiệp kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng của tài sản cố định đã được khấu trừ, hoàn thuế tương ứng với tỷ lệ 5% (= 70% - 65%) và tính nộp số điều chỉnh giảm khấu trừ, hoàn thuế này vào số thuế GTGT của kỳ khai thuế tháng 5/2019. Doanh nghiệp không bị xử phạt chậm nộp và không bị tính lãi chậm nộp đối với số thuế giá trị gia tăng của tài sản cố định được khấu trừ phải điều chỉnh giảm.
*Khoản này được bổ sung bởi Khoản 5 Điều 3 Thông tư 119/2014/TT-BTC
Điều 3. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng như sau:
...
5. Bổ sung ví dụ số 58a tại khoản 4 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:
“Ví dụ số 58a: Doanh nghiệp A đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất khép kín từ khâu nuôi trồng (bao gồm cả thuê gia công nuôi trồng mà doanh nghiệp A đầu tư toàn bộ giống, ao, hồ, hàng rào, hệ thống tưới tiêu, tàu thuyền và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, dịch vụ thú y…), đến khâu chế biến phi-lê cá tra đông lạnh để xuất khẩu và bán trong nước. Trong quá trình sản xuất doanh nghiệp A đã mua thêm cá tra của các doanh nghiệp khác hoặc của các hộ nông dân. Cá tra mua ngoài trước khi đưa vào nhà máy đều được tập trung nuôi tại ao hồ của doanh nghiệp A cùng cá tra do doanh nghiệp A tự nuôi. Cá tra do doanh nghiệp tự nuôi và cá tra mua ngoài được đưa vào nhà máy chế biến thành sản phẩm cá tra phi-lê (cá fillet) qua công đoạn và theo quy trình: Cá nguyên liệu - làm sạch - cắt đầu, lột da - bỏ nội tạng - cắt phi-lê - ướp muối - đông lạnh - xuất bán. Doanh nghiệp A được thực hiện kê khai khấu trừ thuế GTGT như sau:
- Doanh nghiệp A được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại nhà máy phục vụ khâu sơ chế cá tra phi-lê theo quy trình nêu trên.
- Cá tra phi-lê có nguồn gốc do doanh nghiệp A tự nuôi để xuất khẩu được áp dụng thuế suất 0% và doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào có liên quan đến hoạt động xuất khẩu cá tra phi-lê. Trường hợp doanh nghiệp nuôi cá tra sau đó chế biến thành cá tra phi-lê vừa để xuất khẩu vừa để bán trong nước thì thuế GTGT đầu vào được phân bổ theo tỷ lệ % doanh thu xuất khẩu/Tổng Doanh thu (doanh thu xuất khẩu và doanh thu bán trong nước).”*
5. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa (kể cả hàng hóa mua ngoài hoặc hàng hóa do doanh nghiệp tự sản xuất) mà doanh nghiệp sử dụng để cho, biếu, tặng, khuyến mại, quảng cáo dưới các hình thức, phục vụ cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì được khấu trừ.
6. Số thuế GTGT đã nộp theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan được khấu trừ toàn bộ, trừ trường hợp cơ quan hải quan xử phạt về gian lận, trốn thuế.
7. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT hướng dẫn tại Điều 4 Thông tư này không được khấu trừ, trừ các trường hợp sau:
a) Thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh mua vào để sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức quốc tế để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại hướng dẫn tại khoản 19 Điều 4 Thông tư này được khấu trừ toàn bộ.
b) Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đến ngày khai thác đầu tiên hoặc ngày sản xuất đầu tiên được khấu trừ toàn bộ.
8. Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.
Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
9. Số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, cơ sở kinh doanh được hạch toán vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định, trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
10. Văn phòng Tổng công ty, tập đoàn không trực tiếp hoạt động kinh doanh và các đơn vị hành chính sự nghiệp trực thuộc như: Bệnh viện, Trạm xá, Nhà nghỉ điều dưỡng, Viện, Trường đào tạo... không phải là người nộp thuế GTGT thì không được khấu trừ hay hoàn thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho hoạt động của các đơn vị này.
Trường hợp các đơn vị này có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì phải đăng ký, kê khai nộp thuế GTGT riêng cho các hoạt động này.
Ví dụ 62: Văn phòng Tổng công ty A không trực tiếp sản xuất, kinh doanh, sử dụng kinh phí do các cơ sở trực thuộc đóng góp để hoạt động nhưng Văn phòng Tổng công ty có cho thuê nhà (văn phòng) phần không sử dụng hết thì Văn phòng Tổng công ty phải hạch toán, kê khai nộp thuế riêng cho hoạt động cho thuê văn phòng. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phục vụ cho hoạt động của Văn phòng Tổng công ty không được khấu trừ hay hoàn thuế.
11. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho các hoạt động cung cấp hàng hóa, dịch vụ không kê khai, tính nộp thuế GTGT hướng dẫn tại Điều 5 Thông tư này (trừ khoản 2, khoản 3 Điều 5) được khấu trừ toàn bộ.
12. Cơ sở kinh doanh được kê khai, khấu trừ thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào dưới hình thức ủy quyền cho tổ chức, cá nhân khác mà hóa đơn mang tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền bao gồm các trường hợp sau đây:
a) Doanh nghiệp bảo hiểm ủy quyền cho người tham gia bảo hiểm sửa chữa tài sản. chi phí sửa chữa tài sản cùng các vật tư, phụ tùng thay thế có hóa đơn GTGT ghi tên người tham gia bảo hiểm, doanh nghiệp bảo hiểm thực hiện thanh toán cho người tham gia bảo hiểm phí bảo hiểm tương ứng theo hợp đồng bảo hiểm thì doanh nghiệp bảo hiểm được kê khai khấu trừ thuế GTGT tương ứng với phần bồi thường bảo hiểm thanh toán theo hóa đơn GTGT đứng tên người tham gia bảo hiểm. trường hợp phần bồi thường bảo hiểm do doanh nghiệp bảo hiểm thanh toán cho người tham gia bảo hiểm có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì phải thực hiện thanh toán qua ngân hàng.
b) Trước khi thành lập doanh nghiệp, các sáng lập viên có văn bản ủy quyền cho tổ chức, cá nhân thực hiện chi hộ một số khoản chi phí liên quan đến việc thành lập doanh nghiệp, mua sắm hàng hóa, vật tư thì doanh nghiệp được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hóa đơn GTGT đứng tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền và phải thực hiện thanh toán cho tổ chức, cá nhân được ủy quyền qua ngân hàng đối với những hóa đơn có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên.
13. Trường hợp cá nhân, tổ chức không kinh doanh có góp vốn bằng tài sản vào công ty trách nhiệm hữu hạn, công ty cổ phần thì chứng từ đối với tài sản góp vốn là biên bản chứng nhận góp vốn, biên bản giao nhận tài sản. Trường hợp tài sản góp vốn là tài sản mới mua, chưa sử dụng, có hóa đơn hợp pháp được hội đồng giao nhận vốn góp chấp nhận thì trị giá vốn góp được xác định theo trị giá ghi trên hóa đơn bao gồm cả thuế GTGT. Bên nhận vốn góp được kê khai khấu trừ thuế GTGT ghi trên hóa đơn mua tài sản của bên góp vốn.
14. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng khi chuyển sang nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh kể từ kỳ đầu tiên kê khai, nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế.
Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế khi chuyển sang nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng được tính số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh trong thời gian nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế mà chưa khấu trừ hết vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh trong thời gian nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn theo hướng dẫn tại Điều 18 Thông tư này và theo quy định của văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành.
Ví dụ 63: Công ty TNHH A đang áp dụng phương pháp khấu trừ thuế trong năm 2014, năm 2015 và không đủ điều kiện để áp dụng phương pháp khấu trừ thuế từ ngày 1/1/2016. Công ty TNHH A đã có hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi cơ quan thuế từ kỳ tính thuế tháng 11/2014 đến hết kỳ tính thuế tháng 10/2015 (kết thúc thời điểm xác định doanh thu để xác định phương pháp tính thuế của năm 2016 và năm 2017), số thuế đề nghị hoàn là 350 triệu đồng và trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế tháng 11/2015, Công ty TNHH A có số thuế đầu vào chưa được khấu trừ là 50 triệu đồng. Công ty TNHH A được cơ quan thuế xem xét giải quyết hoàn thuế theo quy định đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế đã gửi cơ quan thuế (số thuế đề nghị hoàn là 350 triệu đồng). số thuế đầu vào chưa được khấu trừ trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế tháng 11/2015 là 50 triệu đồng được tiếp tục kết chuyển sang kỳ tính thuế tháng 12/2015. Trường hợp tại Tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế tháng 12/2015, Công ty còn số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ thì tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.
15. Cơ sở kinh doanh không được tính khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với trường hợp:
- Hóa đơn GTGT sử dụng không đúng quy định của pháp luật như: hóa đơn GTGT không ghi thuế GTGT (trừ trường hợp đặc thù được dùng hóa đơn GTGT ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT).
- Hóa đơn không ghi hoặc ghi không đúng một trong các chỉ tiêu như tên, địa chỉ, mã số thuế của người bán nên không xác định được người bán.
- Hóa đơn không ghi hoặc ghi không đúng một trong các chỉ tiêu như tên, địa chỉ, mã số thuế của người mua nên không xác định được người mua (trừ trường hợp hướng dẫn tại khoản 12 Điều này).
- Hóa đơn, chứng từ nộp thuế GTGT giả, hóa đơn bị tẩy xóa, hóa đơn khống (không có hàng hóa, dịch vụ kèm theo).
- Hóa đơn ghi giá trị không đúng giá trị thực tế của hàng hóa, dịch vụ mua, bán hoặc trao đổi.
16. Các trường hợp đặc thù khác thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính.

Thông tư 78/2014/TT-BTC hướng dẫn thi hành Nghị định 218/2013/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 7. Thu nhập khác
Thu nhập khác là các khoản thu nhập chịu thuế trong kỳ tính thuế mà khoản thu nhập này không thuộc các ngành nghề, lĩnh vực kinh doanh ghi trong đăng ký kinh doanh của doanh nghiệp. Thu nhập khác bao gồm các khoản thu nhập sau:
1. Thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng chứng khoán theo hướng dẫn tại Chương IV Thông tư này.
2. Thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản theo hướng dẫn tại Chương V Thông tư này.
3. Thu nhập từ chuyển nhượng dự án đầu tư. chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư. chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản theo quy định của pháp luật.
4. Thu nhập từ quyền sở hữu, quyền sử dụng tài sản bao gồm cả tiền thu về bản quyền dưới mọi hình thức trả cho quyền sở hữu, quyền sử dụng tài sản. thu nhập về quyền sở hữu trí tuệ. thu nhập từ chuyển giao công nghệ theo quy định của pháp luật.
Thu nhập từ tiền bản quyền sở hữu trí tuệ, chuyển giao công nghệ được xác định bằng tổng số tiền thu được trừ (-) giá vốn hoặc chi phí tạo ra quyền sở hữu trí tuệ, công nghệ được chuyển giao, trừ (-) chi phí duy trì, nâng cấp, phát triển quyền sở hữu trí tuệ, công nghệ được chuyển giao và các khoản chi được trừ khác.
5. Thu nhập từ cho thuê tài sản dưới mọi hình thức.
Thu nhập từ cho thuê tài sản được xác định bằng doanh thu từ hoạt động cho thuê tài sản trừ (-) các khoản chi: chi phí khấu hao, duy tu, sửa chữa, bảo dưỡng tài sản, chi phí thuê tài sản để cho thuê lại (nếu có) và các chi được trừ khác có liên quan đến việc cho thuê tài sản.
6. Thu nhập từ chuyển nhượng tài sản, thanh lý tài sản (trừ bất động sản), các loại giấy tờ có giá khác.
Khoản thu nhập này được xác định bằng (=) doanh thu thu được từ việc chuyển nhượng tài sản, thanh lý tài sản trừ (-) giá trị còn lại của tài sản chuyển nhượng, thanh lý tại thời điểm chuyển nhượng, thanh lý và các khoản chi phí được trừ liên quan đến việc chuyển nhượng, thanh lý tài sản.
7. Thu nhập từ lãi tiền gửi, lãi cho vay vốn bao gồm cả tiền lãi trả chậm, lãi trả góp, phí bảo lãnh tín dụng và các khoản phí khác trong hợp đồng cho vay vốn.
- Trường hợp khoản thu từ lãi tiền gửi, lãi cho vay vốn phát sinh cao hơn các khoản chi trả lãi tiền vay theo quy định, sau khi bù trừ, phần chênh lệch còn lại tính vào thu nhập khác khi xác định thu nhập chịu thuế.
- Trường hợp khoản thu từ lãi tiền gửi, lãi cho vay vốn phát sinh thấp hơn các khoản chi trả lãi tiền vay theo quy định, sau khi bù trừ, phần chênh lệch còn lại giảm trừ vào thu nhập sản xuất kinh doanh chính khi xác định thu nhập chịu thuế.
8. Thu nhập từ hoạt động bán ngoại tệ: bằng tổng số tiền thu từ bán ngoại tệ trừ (-) tổng giá mua của số lượng ngoại tệ bán ra.
9. Thu nhập từ chênh lệch tỷ giá, được xác định cụ thể như sau:
Trong năm tính thuế doanh nghiệp có chênh lệch tỷ giá phát sinh trong kỳ và chênh lệch tỷ giá do đánh giá lại các khoản nợ phải trả có gốc ngoại tệ cuối năm tài chính, thì:
- Khoản chênh lệch tỷ giá phát sinh trong kỳ liên quan trực tiếp đến doanh thu, chi phí của hoạt động sản xuất kinh doanh chính của doanh nghiệp được tính vào chi phí hoặc thu nhập của hoạt động sản xuất kinh doanh chính của doanh nghiệp. Khoản chênh lệch tỷ giá phát sinh trong kỳ không liên quan trực tiếp đến doanh thu, chi phí của hoạt động sản xuất kinh doanh chính của doanh nghiệp, nếu phát sinh lỗ chênh lệch tỷ giá tính vào chi phí sản xuất kinh doanh chính, nếu phát sinh lãi chênh lệch tỷ giá tính vào thu nhập khác.
- Lãi chênh lệch tỷ giá do đánh giá lại các khoản nợ phải trả bằng ngoại tệ cuối năm tài chính được bù trừ với lỗ chênh lệch tỷ giá do đánh giá lại các khoản nợ phải trả bằng ngoại tệ cuối năm tài chính. Sau khi bù trừ lãi hoặc lỗ chênh lệch tỷ giá liên quan trực tiếp đến doanh thu, chi phí của hoạt động sản xuất kinh doanh chính của doanh nghiệp được tính vào thu nhập hoặc chi phí của hoạt động sản xuất kinh doanh chính của doanh nghiệp. Lãi hoặc lỗ chênh lệch tỷ giá không liên quan trực tiếp đến doanh thu, chi phí của hoạt động sản xuất kinh doanh chính của doanh nghiệp được tính vào thu nhập khác hoặc chi phí sản xuất kinh doanh chính khi xác định thu nhập chịu thuế.
Đối với khoản nợ phải thu và khoản cho vay có gốc ngoại tệ phát sinh trong kỳ, chênh lệch tỷ giá hối đoái được tính vào chi phí được trừ hoặc thu nhập là khoản chênh lệch giữa tỷ giá tại thời điểm phát sinh thu hồi nợ hoặc thu hồi khoản cho vay với tỷ giá tại thời điểm ghi nhận khoản nợ phải thu hoặc khoản cho vay ban đầu.
Các khoản chênh lệch tỷ giá nêu trên không bao gồm chênh lệch tỷ giá hối đoái do đánh giá lại số dư cuối năm là: tiền mặt, tiền gửi, tiền đang chuyển, các khoản nợ phải thu có gốc ngoại tệ.
10. Khoản nợ khó đòi đã xóa nay đòi được.
11. Khoản nợ phải trả không xác định được chủ nợ.
12. Thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh của những năm trước bị bỏ sót phát hiện ra.
13. Trường hợp doanh nghiệp có khoản thu về tiền phạt, tiền bồi thường do bên đối tác vi phạm hợp đồng hoặc các khoản thưởng do thực hiện tốt cam kết theo hợp đồng phát sinh cao hơn khoản chi tiền phạt, tiền bồi thường do vi phạm hợp đồng (các khoản phạt này không thuộc các khoản tiền phạt về vi phạm hành chính theo quy định của pháp luật về xử lý vi phạm hành chính), sau khi bù trừ, phần chênh lệch còn lại tính vào thu nhập khác.
Trường hợp doanh nghiệp có khoản thu về tiền phạt, tiền bồi thường do bên đối tác vi phạm hợp đồng hoặc các khoản thưởng do thực hiện tốt cam kết theo hợp đồng phát sinh thấp hơn khoản chi tiền phạt, tiền bồi thường do vi phạm hợp đồng (các khoản phạt này không thuộc các khoản tiền phạt về vi phạm hành chính theo quy định của pháp luật về xử lý vi phạm hành chính), sau khi bù trừ, phần chênh lệch còn lại tính giảm trừ vào thu nhập khác. Trường hợp đơn vị trong năm không phát sinh thu nhập khác thì được giảm trừ vào thu nhập hoạt động sản xuất kinh doanh.
Các khoản thu về tiền phạt, tiền bồi thường nêu trên không bao gồm các khoản tiền phạt, tiền bồi thường được ghi giảm giá trị công trình trong giai đoạn đầu tư.
14. Chênh lệch do đánh giá lại tài sản theo quy định của pháp luật để góp vốn, để điều chuyển tài sản khi chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, được xác định cụ thể như sau:
a) Chênh lệch tăng hoặc giảm do đánh giá lại tài sản là phần chênh lệch giữa giá trị đánh giá lại với giá trị còn lại của tài sản ghi trên sổ sách kế toán và tính một lần vào thu nhập khác (đối với chênh lệch tăng) hoặc giảm trừ thu nhập khác (đối với chênh lệch giảm) trong kỳ tính thuế khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp tại doanh nghiệp có tài sản đánh giá lại.
b) Chênh lệch tăng hoặc giảm do đánh giá lại giá trị quyền sử dụng đất để: góp, vốn (mà doanh nghiệp nhận giá trị quyền sử dụng đất được phân bổ dần giá trị đất vào chi phí được trừ), điều chuyển khi chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, góp vốn vào các dự án đầu tư xây dựng nhà, hạ tầng để bán tính một lần vào thu nhập khác (đối với chênh lệch tăng) hoặc giảm trừ thu nhập khác (đối với chênh lệch giảm) trong kỳ tính thuế khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp tại doanh nghiệp có quyền sử dụng đất đánh giá lại.
Riêng chênh lệch tăng do đánh giá lại giá trị quyền sử dụng đất góp vốn vào doanh nghiệp để hình thành tài sản cố định thực hiện sản xuất kinh doanh mà doanh nghiệp nhận giá trị quyền sử dụng đất không được trích khấu hao và không được phân bổ dần giá trị đất vào chi phí được trừ thì phần chênh lệch này được tính dần vào thu nhập khác của doanh nghiệp có quyền sử dụng đất đánh giá lại trong thời gian tối đa không quá 10 năm bắt đầu từ năm giá trị quyền sử dụng đất được đem góp vốn. Doanh nghiệp phải có thông báo số năm doanh nghiệp phân bổ vào thu nhập khác khi nộp hồ sơ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp của năm bắt đầu kê khai khoản thu nhập này (năm có đánh giá lại giá trị quyền sử dụng đất đem góp vốn).
Trường hợp sau khi góp vốn, doanh nghiệp tiếp tục thực hiện chuyển nhượng vốn góp bằng giá trị quyền sử dụng đất (bao gồm cả trường hợp chuyển nhượng vốn góp trước thời hạn 10 năm) thì thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng vốn góp bằng giá trị quyền sử dụng đất phải tính và kê khai nộp thuế theo thu nhập chuyển nhượng bất động sản.
Chênh lệch do đánh giá lại giá trị quyền sử dụng đất bao gồm: Đối với quyền sử dụng đất lâu dài là chênh lệch giữa giá trị đánh giá lại và giá trị của quyền sử dụng đất ghi trên sổ sách kế toán. Đối với quyền sử dụng đất có thời hạn là chênh lệch giữa giá trị đánh giá lại và giá trị còn lại chưa phân bổ của quyền sử dụng đất.
c) Doanh nghiệp nhận tài sản góp vốn, nhận tài sản điều chuyển khi chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp được trích khấu hao hoặc phân bổ dần vào chi phí theo giá đánh giá lại (trừ trường hợp giá trị quyền sử dụng đất không được trích khấu hao hoặc phân bổ vào chi phí theo quy định).
*Khoản này được sửa đổi bởi Điều 2 Thông tư 151/2014/TT-BTC
Điều 2. Sửa đổi, bổ sung Khoản 14, Điều 7, Thông tư số 78/2014/TT-BTC như sau:
“14. Chênh lệch do đánh giá lại tài sản theo quy định của pháp luật để góp vốn, để điều chuyển tài sản khi chia, tách, hợp nhất, sáp nhập,chuyển đổi loại hình doanh nghiệp (trừ trường hợp cổ phần hóa, sắp xếp, đổi mới doanh nghiệp 100% vốn nhà nước), được xác định cụ thể như sau:
a) Chênh lệch tăng hoặc giảm do đánh giá lại tài sản là phần chênh lệch giữa giá trị đánh giá lại với giá trị còn lại của tài sản ghi trên sổ sách kế toán và tính một lần vào thu nhập khác (đối với chênh lệch tăng) hoặc giảm trừ thu nhập khác (đối với chênh lệch giảm) trong kỳ tính thuế khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp tại doanh nghiệp có tài sản đánh giá lại.
b) Chênh lệch tăng hoặc giảm do đánh giá lại giá trị quyền sử dụng đất để: góp vốn (mà doanh nghiệp nhận giá trị quyền sử dụng đất được phân bổ dần giá trị đất vào chi phí được trừ), điều chuyển khi chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, góp vốn vào các dự án đầu tư xây dựng nhà, hạ tầng để bán tính một lần vào thu nhập khác (đối với chênh lệch tăng) hoặc giảm trừ thu nhập khác (đối với chênh lệch giảm) trong kỳ tính thuế khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp tại doanh nghiệp có quyền sử dụng đất đánh giá lại.
Riêng chênh lệch tăng do đánh giá lại giá trị quyền sử dụng đất góp vốn vào doanh nghiệp để hình thành tài sản cố định thực hiện sản xuất kinh doanh mà doanh nghiệp nhận giá trị quyền sử dụng đất không được trích khấu hao và không được phân bổ dần giá trị đất vào chi phí được trừ thì phần chênh lệch này được tính dần vào thu nhập khác của doanh nghiệp có quyền sử dụng đất đánh giá lại trong thời gian tối đa không quá 10 năm bắt đầu từ năm giá trị quyền sử dụng đất được đem góp vốn. Doanh nghiệp phải có thông báo số năm doanh nghiệp phân bổ vào thu nhập khác khi nộp hồ sơ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp của năm bắt đầu kê khai khoản thu nhập này (năm có đánh giá lại giá trị quyền sử dụng đất đem góp vốn).
Trường hợp sau khi góp vốn, doanh nghiệp tiếp tục thực hiện chuyển nhượng vốn góp bằng giá trị quyền sử dụng đất (bao gồm cả trường hợp chuyển nhượng vốn góp trước thời hạn 10 năm) thì thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng vốn góp bằng giá trị quyền sử dụng đất phải tính và kê khai nộp thuế theo thu nhập chuyển nhượng bất động sản.
Chênh lệch do đánh giá lại giá trị quyền sử dụng đất bao gồm: Đối với quyền sử dụng đất lâu dài là chênh lệch giữa giá trị đánh giá lại và giá trị của quyền sử dụng đất ghi trên sổ sách kế toán. Đối với quyền sử dụng đất có thời hạn là chênh lệch giữa giá trị đánh giá lại và giá trị còn lại chưa phân bổ của quyền sử dụng đất.
c) Doanh nghiệp nhận tài sản góp vốn, nhận tài sản điều chuyển khi chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp được trích khấu hao hoặc phân bổ dần vào chi phí theo giá đánh giá lại (trừ trường hợp giá trị quyền sử dụng đất không được trích khấu hao hoặc phân bổ vào chi phí theo quy định).”*
15. Quà biếu, quà tặng bằng tiền, bằng hiện vật. thu nhập nhận được bằng tiền, bằng hiện vật từ các nguồn tài trợ. thu nhập nhận được từ các khoản hỗ trợ tiếp thị, hỗ trợ chi phí, chiết khấu thanh toán, thưởng khuyến mại và các khoản hỗ trợ khác. Các khoản thu nhập nhận được bằng hiện vật thì giá trị của hiện vật được xác định bằng giá trị của hàng hóa, dịch vụ tương đương tại thời điểm nhận.
16. Các khoản tiền, tài sản, lợi ích vật chất khác doanh nghiệp nhận được từ các tổ chức, cá nhân theo thỏa thuận, hợp đồng phù hợp với pháp luật dân sự do doanh nghiệp bàn giao lại vị trí đất cũ để di dời cơ sở sản xuất kinh doanh sau khi trừ các khoản chi phí liên quan như chi phí di dời (chi phí vận chuyển, lắp đặt), giá trị còn lại của tài sản cố định và các chi phí khác (nếu có).
Riêng các khoản tiền, tài sản, lợi ích vật chất doanh nghiệp nhận được theo chính sách của Nhà nước, được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền phê duyệt để di dời cơ sở sản xuất thì thực hiện quản lý, sử dụng theo quy định của pháp luật có liên quan.
17. Các khoản trích trước vào chi phí nhưng không sử dụng hoặc sử dụng không hết theo kỳ hạn trích lập mà doanh nghiệp không hạch toán điều chỉnh giảm chi phí. khoản hoàn nhập dự phòng bảo hành công trình xây dựng.
18. Các khoản thu nhập liên quan đến việc tiêu thụ hàng hóa, cung cấp dịch vụ không tính trong doanh thu như: thưởng giải phóng tàu nhanh, tiền thưởng phục vụ trong ngành ăn uống, khách sạn sau khi đã trừ các khoản chi phí để tạo ra khoản thu nhập đó.
19. Thu nhập về tiêu thụ phế liệu, phế phẩm sau khi đã trừ chi phí thu hồi và chi phí tiêu thụ, được xác định cụ thể như sau:
- Trường hợp doanh nghiệp phát sinh khoản thu nhập từ bán phế liệu, phế phẩm được tạo ra trong quá trình sản xuất của các sản phẩm đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thì khoản thu nhập này được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.
- Trường hợp doanh nghiệp phát sinh khoản thu nhập từ bán phế liệu, phế phẩm được tạo ra trong quá trình sản xuất của các sản phẩm không được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thì khoản thu nhập này được tính vào thu nhập khác.
20. Khoản tiền hoàn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu của hàng hóa đã thực xuất khẩu, thực nhập khẩu phát sinh ngay trong năm quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp thì được tính giảm trừ chi phí trong năm quyết toán đó. Trường hợp khoản tiền hoàn thuế xuất, nhập khẩu của hàng hóa đã thực xuất khẩu, thực nhập khẩu phát sinh của các năm quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp trước thì tính vào thu nhập khác của năm quyết toán phát sinh khoản thu nhập. Khoản thu nhập này liên quan trực tiếp đến lĩnh vực sản xuất kinh doanh đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thì khoản thu nhập này được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Khoản thu nhập này không liên quan trực tiếp lĩnh vực sản xuất kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thì khoản thu nhập này được tính vào thu nhập khác.
21. Các khoản thu nhập từ các hoạt động góp vốn cổ phần, liên doanh, liên kết kinh tế trong nước được chia từ thu nhập trước khi nộp thuế thu nhập doanh nghiệp.
22. Thu nhập nhận được từ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ ở nước ngoài.
- Doanh nghiệp Việt Nam đầu tư ra nước ngoài có thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh tại nước ngoài, thực hiện kê khai và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp hiện hành của Việt nam, kể cả trường hợp doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập theo quy định của nước doanh nghiệp đầu tư. Mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp để tính và kê khai thuế đối với các khoản thu nhập từ nước ngoài là 22% (từ ngày 01/01/2016 là 20%), không áp dụng mức thuế suất ưu đãi (nếu có) mà doanh nghiệp Việt Nam đầu tư ra nước ngoài đang được hưởng theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp hiện hành.
Cơ quan thuế có quyền ấn định thu nhập chịu thuế từ hoạt động sản xuất kinh doanh tại nước ngoài của doanh nghiệp Việt Nam đầu tư ra nước ngoài đối với các trường hợp vi phạm quy định về kê khai, nộp thuế.
- Trường hợp khoản thu nhập từ dự án đầu tư tại nước ngoài đã chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (hoặc một loại thuế có bản chất tương tự như thuế thu nhập doanh nghiệp) ở nước ngoài, khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp tại Việt Nam, doanh nghiệp Việt Nam đầu tư ra nước ngoài được trừ số thuế đã nộp ở nước ngoài hoặc đã được đối tác nước tiếp nhận đầu tư trả thay (kể cả thuế đối với tiền lãi cổ phần), nhưng số thuế được trừ không vượt quá số thuế thu nhập tính theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp của Việt Nam. Số thuế thu nhập doanh nghiệp Việt Nam đầu tư ra nước ngoài được miễn, giảm đối với phần lợi nhuận được hưởng từ dự án đầu tư ở nước ngoài theo luật pháp của nước doanh nghiệp đầu tư cũng được trừ khi xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp tại Việt Nam.
Hồ sơ đính kèm khi kê khai và nộp thuế của doanh nghiệp Việt Nam đầu tư ra nước ngoài đối với khoản thu nhập từ dự án đầu tư tại nước ngoài bao gồm:
+ Văn bản của doanh nghiệp về việc phân chia lợi nhuận của dự án đầu tư tại nước ngoài.
+ Báo cáo tài chính của doanh nghiệp đã được tổ chức kiểm toán độc lập xác nhận.
+ Tờ khai thuế thu nhập của doanh nghiệp thuộc dự án đầu tư tại nước ngoài (bản sao có xác nhận của đại diện có thẩm quyền của dự án đầu tư tại nước ngoài).
+ Biên bản quyết toán thuế đối với doanh nghiệp (nếu có).
+ Xác nhận số thuế đã nộp tại nước ngoài hoặc chứng từ chứng minh số thuế đã nộp ở nước ngoài.
- Trường hợp dự án đầu tư tại nước ngoài chưa phát sinh thu nhập chịu thuế (hoặc đang phát sinh lỗ), khi kê khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp hàng năm, doanh nghiệp Việt Nam đầu tư ra nước ngoài chỉ phải nộp Báo cáo tài chính có xác nhận của cơ quan kiểm toán độc lập hoặc của cơ quan có thẩm quyền của nước doanh nghiệp đầu tư và Tờ khai thuế thu nhập của dự án đầu tư tại nước ngoài (nộp 1 bản sao có xác nhận của đại diện có thẩm quyền của dự án đầu tư tại nước ngoài và có đóng dấu của doanh nghiệp). Số lỗ phát sinh từ dự án đầu tư ở nước ngoài không được trừ vào số thu nhập phát sinh của doanh nghiệp trong nước khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp.
- Khoản thu nhập từ dự án đầu tư tại nước ngoài được kê khai vào quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp của năm tiếp sau năm tài chính phát sinh khoản thu nhập tại nước ngoài hoặc kê khai vào quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp của năm tài chính cùng với năm phát sinh khoản thu nhập tại nước ngoài nếu doanh nghiệp có đủ cơ sở và chứng từ xác định được số thu nhập và số thuế thu nhập đã nộp của dự án đầu tư tại nước ngoài.
Đối với khoản thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh của dự án đầu tư tại nước đã ký Hiệp định tránh đánh thuế hai lần với Việt Nam, doanh nghiệp Việt Nam đầu tư ra nước ngoài kê khai và nộp thuế theo quy định tại Hiệp định.
23. Các khoản thu nhập khác theo quy định của pháp luật.

Thông tư 119/2014/TT-BTC sửa đổi Thông tư 156/2013/TT-BTC, 111/2013/TT-BTC, 219/2013/TT-BTC, 08/2013/TT-BTC, 85/2011/TT-BTC, 39/2014/TT-BTC và 78/2014/TT-BTC để cải cách, đơn giản thủ tục hành chính về thuế do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 3. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng như sau:
...
2. Sửa đổi, bổ sung khoản 4 Điều 7 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:
“4. Giá tính thuế đối với sản phẩm, hàng hóa, dịch vụ tiêu dùng nội bộ.
Hàng hóa luân chuyển nội bộ như hàng hóa được xuất để chuyển kho nội bộ, xuất vật tư, bán thành phẩm, để tiếp tục quá trình sản xuất trong một cơ sở sản xuất, kinh doanh hoặc hàng hóa, dịch vụ do cơ sở kinh doanh xuất hoặc cung ứng sử dụng phục vụ hoạt động kinh doanh thì không phải tính, nộp thuế GTGT.
Trường hợp cơ sở kinh doanh tự sản xuất, xây dựng tài sản cố định (tài sản cố định tự làm) để phục vụ sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì khi hoàn thành, nghiệm thu, bàn giao, cơ sở kinh doanh không phải lập hóa đơn. Thuế GTGT đầu vào hình thành nên tài sản cố định tự làm được kê khai, khấu trừ theo quy định.
Trường hợp xuất máy móc, thiết bị, vật tư, hàng hóa dưới hình thức cho vay, cho mượn hoặc hoàn trả, nếu có hợp đồng và các chứng từ liên quan đến giao dịch phù hợp, cơ sở kinh doanh không phải lập hóa đơn, tính, nộp thuế GTGT.
Ví dụ 24: Đơn vị A là doanh nghiệp sản xuất quạt điện, dùng 50 sản phẩm quạt lắp vào các phân xưởng sản xuất để phục vụ hoạt động kinh doanh của đơn vị thị đơn vị A không phải tính nộp thuế GTGT đối với hoạt động xuất 50 sản phẩm quạt điện này.
Ví dụ 25: Cơ sở sản xuất hàng may mặc B có phân xưởng sợi và phân xưởng may. Cơ sở B xuất sợi thành phẩm từ phân xưởng sợi cho phân xưởng may để tiếp tục quá trình sản xuất thì cơ sở B không phải tính và nộp thuế GTGT đối với sợi xuất cho phân xưởng may.
Ví dụ 26: Công ty cổ phần P tự xây dựng nhà nghỉ giữa ca cho công nhân ở trong khu vực sản xuất kinh doanh. Công ty cổ phần P không có đơn vị, tổ, đội trực thuộc thực hiện hoạt động xây dựng này. Khi hoàn thành, nghiệm thu nhà nghỉ giữa ca, Công ty cổ phần P không phải lập hóa đơn. Thuế GTGT đầu vào hình thành nhà nghỉ giữa ca được kê khai, khấu trừ theo quy định.
Ví dụ 27: Công ty Y là doanh nghiệp sản xuất nước uống đóng chai, giá chưa có thuế GTGT 1 chai nước đóng chai trên thị trường là 4.000 đồng. Công ty Y xuất ra 300 chai nước đóng chai để phục vụ trong các cuộc họp công ty thì Công ty Y không phải kê khai, tính thuế GTGT.
Ví dụ 28: Công ty Y là doanh nghiệp sản xuất nước uống đóng chai, giá chưa có thuế GTGT 1 chai nước đóng chai trên thị trường là 4.000 đồng. Công ty Y xuất ra 300 chai nước đóng chai với mục đích không phục vụ sản xuất kinh doanh thì Công ty Y phải kê khai, tính thuế GTGT đối với 300 chai nước xuất dùng không phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh nêu trên với giá tính thuế là 4.000 x 300 = 1.200.000 đồng.
Riêng đối với cơ sở kinh doanh có sử dụng hàng hóa, dịch vụ tiêu dùng nội bộ, luân chuyển nội bộ phục vụ cho sản xuất kinh doanh như vận tải, hàng không, đường sắt, bưu chính viễn thông không phải tính thuế GTGT đầu ra, cơ sở kinh doanh phải có văn bản quy định rõ đối tượng và mức khống chế hàng hóa dịch vụ sử dụng nội bộ theo thẩm quyền quy định.”

Thông tư 119/2014/TT-BTC sửa đổi Thông tư 156/2013/TT-BTC, 111/2013/TT-BTC, 219/2013/TT-BTC, 08/2013/TT-BTC, 85/2011/TT-BTC, 39/2014/TT-BTC và 78/2014/TT-BTC để cải cách, đơn giản thủ tục hành chính về thuế do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 6. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp như sau:
1. Sửa đổi, bổ sung điểm b khoản 3 Điều 5 Thông tư số 78/2014/TT-BTC như sau:
“b) Đối với hàng hóa, dịch vụ dùng để trao đổi (không bao gồm hàng hóa, dịch vụ sử dụng để tiếp tục quá trình sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp) được xác định theo giá bán của sản phẩm, hàng hóa, dịch vụ cùng loại hoặc tương đương trên thị trường tại thời điểm trao đổi.
Ví dụ: Doanh nghiệp A có chức năng sản xuất phụ tùng ôtô và lắp ráp ôtô. Doanh nghiệp A dùng sản phẩm lốp ôtô do doanh nghiệp sản xuất để trưng bày, giới thiệu sản phẩm hoặc dùng lốp ôtô để tiếp tục lắp ráp thành ôtô hoàn chỉnh thì trong trường hợp này sản phẩm lốp ôtô của doanh nghiệp không phải quy đổi để tính vào doanh thu tính thuế thu nhập doanh nghiệp.
Ví dụ: Doanh nghiệp B là doanh nghiệp sản xuất máy tính. Trong năm doanh nghiệp B có xuất một số máy tính do chính doanh nghiệp sản xuất cho cán bộ công nhân viên để dùng làm việc tại doanh nghiệp thì các sản phẩm máy tính này không phải quy đổi để tính vào doanh thu tính thuế thu nhập doanh nghiệp”.