Thông tư 156/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định 83/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 11. Khai thuế giá trị gia tăng
1. Trách nhiệm nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế
...
c) Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị trực thuộc. nếu đơn vị trực thuộc không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính của người nộp thuế.
Đối với trường hợp người nộp thuế có dự án kinh doanh bất động sản ở địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính, có thành lập đơn vị trực thuộc (chi nhánh, Ban quản lý dự án…) thì người nộp thuế phải thực hiện đăng ký thuế và nộp thuế theo phương pháp khấu trừ đối với hoạt động kinh doanh bất động sản với cơ quan thuế địa phương nơi phát sinh hoạt động kinh doanh bất động sản.
Ví dụ 12: Công ty kinh doanh bất động sản A có trụ sở tại Hà Nội, Công ty là chủ đầu tư dự án phát triển nhà tại thành phố Đà Nẵng, Công ty thành lập chi nhánh tại Đà Nẵng để quản lý dự án thì chi nhánh Công ty A phải thực hiện đăng ký thuế, khai nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ đối với hoạt động kinh doanh bất động sản này tại Đà Nẵng.
Trường hợp các đơn vị trực thuộc của cơ sở kinh doanh nông, lâm, thủy sản đã đăng ký, thực hiện kê khai nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, có thu mua hàng hóa là nông, lâm, thủy sản để điều chuyển, xuất bán về trụ sở chính của cơ sở kinh doanh thì khi điều chuyển, xuất bán, đơn vị trực thuộc sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ, không sử dụng hóa đơn GTGT.

Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 18. Đối tượng và trường hợp được hoàn thuế GTGT
...
3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư mới
...
b) Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.
Trường hợp trong kỳ kê khai, cơ sở kinh doanh có số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh chưa được khấu trừ hết và số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 và khoản 3 Điều này theo quy định.
Riêng đối với dự án quan trọng quốc gia do Quốc hội quyết định chủ trương đầu tư và quy định tiêu chuẩn dự án thì không thực hiện kết chuyển mà thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương. Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều này là dự án đầu tư được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư. Trường hợp dự án đầu tư không thuộc đối tượng được phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư thì phải có phương án đầu tư được người có thẩm quyền ra quyết định đầu tư phê duyệt.
Ví dụ 78: Công ty A có trụ sở chính tại Hà Nội, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại Hưng Yên, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty A thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại Hà Nội trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 900 triệu đồng. Công ty A phải bù trừ 500 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (900 triệu đồng), vậy Công ty A còn phải nộp trong kỳ tính thuế tháng 4/2014 là 400 triệu đồng.
Ví dụ 79: Công ty B có trụ sở chính tại Hải Phòng, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại Thái Bình, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty B thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại Hải Phòng trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 200 triệu đồng. Công ty B phải bù trừ 200 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (200 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 4/2014 Công ty B có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 300 triệu đồng. Công ty B được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Ví dụ 80: Công ty C có trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại Đồng Nai, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty C thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại TP. Hồ Chí Minh trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 300 triệu đồng. Công ty C phải bù trừ 300 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (300 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 4/2014 Công ty C có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 200 triệu đồng. Công ty C không thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, Công ty C thực hiện kết chuyển 200 triệu đồng vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tháng 5/2014.
Ví dụ 81: Công ty D có trụ sở chính tại thành phố Đà Nẵng, tháng 3/2014, Công ty có dự án đầu tư mới tại Quảng Nam, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty D thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại thành phố Đà Nẵng trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 4/2014 số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 100 triệu đồng. Vậy, tại kỳ tính thuế tháng 4/2014, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư (500 triệu đồng) thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (100 triệu đồng) thì được xét hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 1 Điều này.

Công văn 10492/BTC-TCT năm 2015 về tăng cường công tác quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng do Bộ tài chính ban hành

9. Công tác xử lý hoàn thuế GTGT đối với hàng xuất khẩu: việc kiểm tra, rà soát tính hợp lệ, tính chính xác của chứng từ hoàn thuế. cũng như công tác kiểm tra, thanh tra hồ sơ hoàn thuế cho hàng hóa xuất khẩu đối với Tờ khai hải quan xuất khẩu thì cơ quan Thuế phải tra cứu hồ sơ hải quan trên cơ sở dữ liệu do cơ quan Hải quan cung cấp theo Quy chế trao đổi thông tin và phối hợp công tác giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế ban hành kèm theo Quyết định số 574/QĐ-BTC ngày 30/3/2015 của Bộ trưởng Bộ Tài chính để đối chiếu đảm bảo tờ khai khớp đúng với tờ khai trên cơ sở dữ liệu trao đổi thông tin. Trường hợp không có đủ các thông tin theo hướng dẫn về trách nhiệm của cơ quan Hải quan và các thủ tục kèm theo quy định tại Luật Hải quan thì không được khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng.
- Trường hợp, hàng hóa, dịch vụ mua vào có hợp đồng và hóa đơn lập và ký sau ngày hàng hóa có xác nhận thực xuất của cơ quan Hải quan thì dừng khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng. đồng thời chuyển cơ quan có thẩm quyền điều tra, xử lý hoặc phải thực hiện thanh tra hoàn thuế để có căn cứ xử lý.
- Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng phát hiện doanh nghiệp mua hàng hóa dịch vụ có sử dụng hóa đơn của các doanh nghiệp đã được thông báo bỏ địa điểm kinh doanh thì đối với các hóa đơn phát hành sau ngày cơ quan Thuế thông báo doanh nghiệp bỏ địa điểm kinh doanh và các hóa đơn phát hành trước ngày cơ quan Thuế thông báo doanh nghiệp bỏ địa điểm kinh doanh nhưng đã được các cơ quan chức năng khẳng định là hóa đơn bất hợp pháp không được khấu trừ, hoàn thuế. Trường hợp hóa đơn phát hành trước ngày cơ quan Thuế thông báo doanh nghiệp bỏ địa điểm kinh doanh, nhưng doanh nghiệp bán hàng hóa, dịch vụ đang bị cơ quan nhà nước có thẩm quyền điều tra về hành vi mua bán hóa đơn bất hợp pháp, trốn thuế, gian lận thuế, chưa được các cơ quan chức năng khẳng định là hóa đơn bất hợp pháp thì dừng khấu trừ, hoàn thuế đối với số thuế giá trị gia tăng đầu vào tương ứng với các hóa đơn đó cho đến khi có kết luận của cơ quan chức năng (kể cả trường hợp doanh nghiệp bán hàng hóa, dịch vụ đã khai thuế, nộp thuế GTGT đầu ra đối với các hóa đơn đó).
- Không thực hiện hoàn thuế GTGT đối với chi nhánh, đơn vị hạch toán phụ thuộc chưa thực hiện bù trừ với số thuế GTGT phải nộp trong kỳ của doanh nghiệp trụ sở chính.

Công văn 10492/BTC-TCT năm 2015 về tăng cường công tác quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng do Bộ tài chính ban hành

9. Công tác xử lý hoàn thuế GTGT đối với hàng xuất khẩu: việc kiểm tra, rà soát tính hợp lệ, tính chính xác của chứng từ hoàn thuế. cũng như công tác kiểm tra, thanh tra hồ sơ hoàn thuế cho hàng hóa xuất khẩu đối với Tờ khai hải quan xuất khẩu thì cơ quan Thuế phải tra cứu hồ sơ hải quan trên cơ sở dữ liệu do cơ quan Hải quan cung cấp theo Quy chế trao đổi thông tin và phối hợp công tác giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế ban hành kèm theo Quyết định số 574/QĐ-BTC ngày 30/3/2015 của Bộ trưởng Bộ Tài chính để đối chiếu đảm bảo tờ khai khớp đúng với tờ khai trên cơ sở dữ liệu trao đổi thông tin. Trường hợp không có đủ các thông tin theo hướng dẫn về trách nhiệm của cơ quan Hải quan và các thủ tục kèm theo quy định tại Luật Hải quan thì không được khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng.
- Trường hợp, hàng hóa, dịch vụ mua vào có hợp đồng và hóa đơn lập và ký sau ngày hàng hóa có xác nhận thực xuất của cơ quan Hải quan thì dừng khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng. đồng thời chuyển cơ quan có thẩm quyền điều tra, xử lý hoặc phải thực hiện thanh tra hoàn thuế để có căn cứ xử lý.
- Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng phát hiện doanh nghiệp mua hàng hóa dịch vụ có sử dụng hóa đơn của các doanh nghiệp đã được thông báo bỏ địa điểm kinh doanh thì đối với các hóa đơn phát hành sau ngày cơ quan Thuế thông báo doanh nghiệp bỏ địa điểm kinh doanh và các hóa đơn phát hành trước ngày cơ quan Thuế thông báo doanh nghiệp bỏ địa điểm kinh doanh nhưng đã được các cơ quan chức năng khẳng định là hóa đơn bất hợp pháp không được khấu trừ, hoàn thuế. Trường hợp hóa đơn phát hành trước ngày cơ quan Thuế thông báo doanh nghiệp bỏ địa điểm kinh doanh, nhưng doanh nghiệp bán hàng hóa, dịch vụ đang bị cơ quan nhà nước có thẩm quyền điều tra về hành vi mua bán hóa đơn bất hợp pháp, trốn thuế, gian lận thuế, chưa được các cơ quan chức năng khẳng định là hóa đơn bất hợp pháp thì dừng khấu trừ, hoàn thuế đối với số thuế giá trị gia tăng đầu vào tương ứng với các hóa đơn đó cho đến khi có kết luận của cơ quan chức năng (kể cả trường hợp doanh nghiệp bán hàng hóa, dịch vụ đã khai thuế, nộp thuế GTGT đầu ra đối với các hóa đơn đó).
- Không thực hiện hoàn thuế GTGT đối với chi nhánh, đơn vị hạch toán phụ thuộc chưa thực hiện bù trừ với số thuế GTGT phải nộp trong kỳ của doanh nghiệp trụ sở chính.