Thông tư 129/2008/TT-BTC hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định 123/2008/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng do Bộ Tài chính ban hành

B. CĂN CỨ VÀ PHƯƠNG PHÁP TÍNH THUẾ
Căn cứ tính thuế GTGT là giá tính thuế và thuế suất.
I. GIÁ TÍNH THUẾ
1. Giá tính thuế của hàng hoá, dịch vụ được xác định cụ thể như sau:
...
1.8. Đối với hoạt động kinh doanh bất động sản, giá tính thuế là giá chuyển nhượng bất động sản trừ (-) giá đất (hoặc giá thuê đất) thực tế tại thời điểm chuyển nhượng. Trường hợp giá đất tại thời điểm chuyển nhượng do người nộp thuế kê khai không đủ căn cứ để xác định giá tính thuế hợp lý theo quy định của pháp luật thì tính trừ theo giá đất (hoặc giá thuê đất) do UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quy định tại thời điểm chuyển nhượng bất động sản. Giá đất tính trừ để xác định giá tính thuế tối đa không vượt quá số tiền đất thu của khách hàng.
Trường hợp xây dựng, kinh doanh cơ sở hạ tầng, xây dựng nhà để bán, chuyển nhượng có thu tiền theo tiến độ thực hiện dự án hoặc tiến độ thu tiền ghi trong hợp đồng, giá đất được trừ (-) là giá đất thực tế tại thời điểm thu tiền lần đầu theo tiến độ. Giá đất được trừ tính theo tỷ lệ (%) của số tiền thu theo tiến độ thực hiện dự án hoặc tiến độ thu tiền ghi trong hợp đồng với giá đất thực tế tại thời điểm chuyển nhượng (thời điểm thu tiền lần đầu theo tiến độ).
Ví dụ 9: Công ty Đầu tư và phát triển nhà A được Nhà nước giao 10.000 m2 đất để xây dựng nhà bán. Công ty bán 01 căn nhà có diện tích đất là 100 m2, giá bán nhà và chuyển quyền sử dụng đất chưa có thuế GTGT là 2 tỷ đồng (trong đó giá nhà bao gồm cả cơ sở hạ tầng 1,2 tỷ, giá chuyển quyền sử dụng đất do Công ty kê khai là 8 triệu/m2).
Cơ quan thuế quản lý trực tiếp xác định giá Công ty kê khai chưa đủ căn cứ để xác định giá tính thuế hợp lý theo quy định của pháp luật.
Tại thời điểm chuyển nhượng, giá đất do UBND quy định là 6 triệu đồng/m2 thì giá tính thuế GTGT đối với căn nhà trên là:
2 tỷ - (6 triệu đồng x 100 m2) = 1,4 tỷ đồng.
Thuế GTGT đầu ra là: 1,4 tỷ đồng x 10% = 140 triệu đồng.
Ví dụ 10: Công ty kinh doanh bất động sản C bán một căn biệt thự, giá ghi trên hợp đồng chuyển nhượng là 8 tỷ đồng, trong đó giá bán nhà là 5 tỷ đồng, giá đất là 3 tỷ đồng. Công ty C thu tiền theo tiến độ thực hiện dự án. Khách mua phải trả tiền làm 3 lần, lần thứ nhất là 30% hợp đồng (2,4 tỷ đồng), lần thứ hai là 50% hợp đồng (4 tỷ đồng), lần thứ ba thanh toán số còn lại là 1,6 tỷ đồng thì giá tính thuế GTGT từng lần như sau :
Giá tính thuế GTGT lần đầu :
2,4 tỷ - 30% x 3 tỷ = 1,5 tỷ đồng
Giá tính thuế GTGT lần thứ hai là :
4 tỷ - 50% x 3 tỷ = 2,5 tỷ đồng
Giá tính thuế GTGT lần thứ ba là :
1,6 tỷ - 20% x 3 tỷ = 1 tỷ đồng
- Ðối với cơ sở kinh doanh được Nhà nước cho thuê đất để đầu tư cơ sở hạ tầng để cho thuê, giá tính thuế là giá cho thuê cơ sở hạ tầng chưa bao gồm thuế giá trị gia tăng trừ (-) tiền thuê đất phải nộp Ngân sách nhà nước.
Ví dụ 11: Công ty Đầu tư kinh doanh hạ tầng khu công nghiệp Y được Nhà nước cho thuê 500.000 m2 đất trong thời gian 50 năm để xây dựng hạ tầng kỹ thuật cho thuê. Giá cho thuê đất là 300.000 đồng/m2/năm. Sau khi đầu tư hạ tầng, Công ty Y cho Công ty Z thuê 5.000 m2 trong 20 năm để xây dựng nhà máy sản xuất, giá thuê đất chưa có thuế GTGT (chưa kể phí tiện ích công cộng) là 800.000 đồng/m2/năm. Công ty Z trả tiền thuê hạ tầng một năm một lần.
Giá tính thuế GTGT đối với tiền thu từ cho thuê hạ tầng một năm đối với Công ty Đầu tư kinh doanh hạ tầng khu công nghiệp Y cho Công ty Z thuê là:
(5.000 m2 x 800.000 đồng) - (5.000 m2 x 300.000 đồng) x 01 năm = 2.500.000.000 đồng.
Thuế GTGT là: 2.500.000.000 đ x 10% = 250.000.000 đồng.