Thông tư 123/2012/TT-BTC hướng dẫn Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 14/2008/QH12, Nghị định 124/2008/NĐ-CP, 122/2011/NĐ-CP do Bộ Tài chính ban hành

Điều 14. Thu nhập từ chuyển nhượng vốn
...
2. Căn cứ tính thuế:
a) Thu nhập tính thuế từ chuyển nhượng vốn được xác định:
Thu nhập tính thuế = Giá chuyển nhượng - Giá mua của phần vốn chuyển nhượng - Chi phí chuyển nhượng

Trong đó:
- Giá chuyển nhượng được xác định là tổng giá trị thực tế mà bên chuyển nhượng thu được theo hợp đồng chuyển nhượng.
Trường hợp hợp đồng chuyển nhượng vốn quy định việc thanh toán theo hình thức trả góp, trả chậm thì doanh thu của hợp đồng chuyển nhượng không bao gồm lãi trả góp, lãi trả chậm theo thời hạn quy định trong hợp đồng.
Trường hợp hợp đồng chuyển nhượng không quy định giá thanh toán hoặc cơ quan thuế có cơ sở để xác định giá thanh toán không phù hợp theo giá thị trường, cơ quan thuế có quyền kiểm tra và ấn định giá chuyển nhượng. Doanh nghiệp có chuyển nhượng một phần vốn góp trong doanh nghiệp mà giá chuyển nhượng đối với phần vốn góp này không phù hợp theo giá thị trường thì cơ quan thuế được ấn định lại toàn bộ giá trị của doanh nghiệp tại thời điểm chuyển nhượng để xác định lại giá chuyển nhượng tương ứng với tỷ lệ phần vốn góp chuyển nhượng.
Căn cứ ấn định giá chuyển nhượng dựa vào tài liệu điều tra của cơ quan thuế hoặc căn cứ giá chuyển nhượng vốn của các trường hợp khác ở cùng thời gian, cùng tổ chức kinh tế hoặc các hợp đồng chuyển nhượng tương tự tại thời điểm chuyển nhượng. Trường hợp việc ấn định giá chuyển nhượng của cơ quan thuế không phù hợp thì được căn cứ theo giá thẩm định của các tổ chức định giá chuyên nghiệp có thẩm quyền xác định giá chuyển nhượng tại thời điểm chuyển nhượng theo đúng quy định.
- Giá mua của phần vốn chuyển nhượng được xác định đối với từng trường hợp như sau:
+ Nếu là chuyển nhượng vốn góp thành lập doanh nghiệp là giá trị phần vốn góp trên cơ sở sổ sách, hồ sơ, chứng từ kế toán tại thời điểm chuyển nhượng vốn và được các bên tham gia đầu tư vốn hoặc tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh xác nhận, hoặc kết quả kiểm toán của công ty kiểm toán độc lập đối với doanh nghiệp 100% vốn nước ngoài.
+ Nếu là phần vốn do mua lại thì giá mua là giá trị vốn tại thời điểm mua, Giá mua được xác định căn cứ vào hợp đồng mua lại phần vốn góp, chứng từ thanh toán.
Trường hợp doanh nghiệp hạch toán kế toán bằng đồng ngoại tệ (đã được Bộ Tài chính chấp thuận) có chuyển nhượng vốn góp bằng ngoại tệ thì giá chuyển nhượng và giá mua của phần vốn chuyển nhượng được xác định bằng đồng ngoại tệ. Trường hợp doanh nghiệp hạch toán kế toán bằng đồng Việt Nam có chuyển nhượng vốn góp bằng ngoại tệ thì giá chuyển nhượng phải được xác định bằng đồng Việt Nam theo tỷ giá giao dịch bình quân trên thị trường ngoại tệ liên ngân hàng do Ngân hàng Nhà nước Việt Nam công bố tại thời điểm chuyển nhượng.
- Chi phí chuyển nhượng là các khoản chi thực tế liên quan trực tiếp đến việc chuyển nhượng, có chứng từ, hoá đơn hợp pháp. Trường hợp chi phí chuyển nhượng phát sinh ở nước ngoài thì các chứng từ gốc đó phải được một cơ quan công chứng hoặc kiểm toán độc lập của nước có chi phí phát sinh xác nhận và chứng từ phải được dịch ra tiếng Việt (có xác nhận của đại diện có thẩm quyền).
Chi phí chuyển nhượng bao gồm: chi phí để làm các thủ tục pháp lý cần thiết cho việc chuyển nhượng. các khoản phí và lệ phí phải nộp khi làm thủ tục chuyển nhượng. các chi phí giao dịch, đàm phán, ký kết hợp đồng chuyển nhượng và các chi phí khác có chứng từ chứng minh.
Ví dụ 12: Doanh nghiệp A góp 400 tỷ đồng gồm 320 tỷ đồng là giá trị nhà xưởng và 80 tỷ đồng tiền mặt để thành lập doanh nghiệp liên doanh sản xuất giấy vệ sinh sau đó doanh nghiệp A chuyển nhượng phần vốn góp nêu trên cho doanh nghiệp B với giá là 550 tỷ đồng. Vốn góp của doanh nghiệp A tại thời điểm chuyển nhượng trên sổ sách kế toán là 400 tỷ đồng, chi phí liên quan đến việc chuyển nhượng vốn là 70 tỷ đồng. Thu nhập để tính thuế thu nhập từ chuyển nhượng vốn trong trường hợp này là 80 tỷ đồng (550 - 400 - 70).

Nghị định 65/2013/NĐ-CP hướng dẫn Luật thuế thu nhập cá nhân và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế thu nhập cá nhân

Điều 31. Trách nhiệm khấu trừ, khai thuế, công bố thông tin của tổ chức trả thu nhập, tổ chức nơi cá nhân chuyển nhượng vốn, tổ chức lưu ký, phát hành chứng khoán, tổ chức Việt Nam ký hợp đồng mua dịch vụ của nhà thầu nước ngoài không hoạt động tại Việt Nam
...
3. Doanh nghiệp nơi cá nhân có phần vốn góp được chuyển nhượng có trách nhiệm yêu cầu cá nhân cung cấp chứng từ đã hoàn thành nghĩa vụ thuế đối với phần vốn đã chuyển nhượng trước khi làm thủ tục thay đổi danh sách thành viên góp vốn hoặc danh sách cổ đông. Trường hợp doanh nghiệp thực hiện thủ tục thay đổi danh sách thành viên góp vốn hoặc danh sách cổ đông trong trường hợp chuyển nhượng vốn mà không có chứng từ chứng minh cá nhân chuyển nhượng vốn đã hoàn thành nghĩa vụ thuế thì doanh nghiệp nơi cá nhân chuyển nhượng vốn chịu trách nhiệm nộp thuế thay cho các cá nhân này.
*Điều này được sửa đổi bởi Khoản 16 Điều 2 Nghị định 12/2015/NĐ-CP
16. Sửa đổi, bổ sung Điều 31 như sau:
“Điều 31. Trách nhiệm khấu trừ, khai thuế, công bố thông tin của tổ chức trả thu nhập, tổ chức nơi cá nhân chuyển nhượng vốn, tổ chức lưu ký, phát hành chứng khoán, tổ chức Việt Nam ký hợp đồng mua dịch vụ của nhà thầu nước ngoài không hoạt động tại Việt Nam
...
3. Doanh nghiệp nơi cá nhân có phần vốn được chuyển nhượng có trách nhiệm yêu cầu cá nhân cung cấp chứng từ đã hoàn thành nghĩa vụ thuế đối với phần vốn đã chuyển nhượng trước khi làm thủ tục thay đổi danh sách thành viên góp vốn hoặc danh sách cổ đông. Trường hợp doanh nghiệp thực hiện thủ tục thay đổi danh sách thành viên góp vốn hoặc danh sách cổ đông trong trường hợp chuyển nhượng vốn mà không có chứng từ chứng minh cá nhân chuyển nhượng vốn đã hoàn thành nghĩa vụ thuế thì doanh nghiệp nơi cá nhân chuyển nhượng vốn chịu trách nhiệm nộp thuế thay cho các cá nhân này.*