Trả lời công văn số 2967/KVN-TCKT ngày 21/9/2007 và công văn số 3512/KVN-KT ngày 15/11/2007 của Tổng công ty khí về việc khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với dự án đường ống Phú Mỹ - Thành phố Hồ Chí Minh, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Tại điểm 2, mục I, Phần D Thông tư số 122/2000/TT-BTC ngày 29/12/2000 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 79/2000/NĐ-CP ngày 29/12/2000 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế giá trị gia tăng (GTGT) quy định: “Đối với cơ sở mới thành lập, đầu tư tài sản mới đã đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế nhưng chưa có phát sinh doanh thu bán hàng để tính thuế GTGT đầu ra, nếu thời gian đầu tư từ một năm trở lên được xét hoàn thuế đầu vào theo từng năm… Trường hợp cơ sở mới đầu tư nhưng chưa thành lập doanh nghiệp, hoặc đã thành lập doanh nghiệp nhưng doanh nghiệp chưa đăng ký nộp thuế thì không thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT theo quy định này”.

- Tại điểm 2, mục I, Phần D Thông tư số 120/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 158/2003/NĐ-CP ngày 10/12/2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế giá trị gia tăng và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng quy định:

“2- Đối với cơ sở kinh doanh đầu tư mới đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa phát sinh thuế đầu ra, nếu thời gian đầu tư từ một năm trở lên được xét hoàn thuế đầu vào theo từng năm. Số thuế GTGT đầu vào của tài sản đầu tư được hoàn có giá trị lớn từ 200 triệu đồng trở lên thì được xét hoàn thuế từng quý”.

- Tại điểm 2, mục I, Phần D Thông tư số 32/2007/TT-BTC ngày 9/4/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 158/2003/NĐ-CP ngày 10/12/2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế giá trị gia tăng và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng quy định:

“2- Đối với cơ sở kinh doanh đầu tư mới đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa phát sinh thuế đầu ra, và thời gian đầu tư từ một năm trở lên thì cơ sở kinh doanh vẫn phải lập tờ khai thuế hàng tháng và được xét hoàn thuế đầu vào theo từng năm dương lịch. Nếu số thuế GTGT đầu vào của tài sản đầu tư được hoàn có giá trị lớn từ 200 triệu đồng trở lên thì được xét hoàn thuế theo quý (3 tháng liên tục không phân biệt theo năm dương lịch)…”

Căn cứ các quy định trên, trường hợp Ban Quản lý dự án Đường ống dẫn khí Phú Mỹ - TP. Hồ Chí Minh trực thuộc Tổng công ty Dầu khí Việt Nam thành lập ngày 21/2/2002, được Cục Thuế tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu cấp mã số thuế ngày 15/7/2002 trong giai đoạn đầu tư xây dựng dự án, chưa thành lập doanh nghiệp, chưa đăng ký nộp thuế thì trong thời gian từ 21/2/2002 đến hết ngày 31/12/2003 không thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT theo quy định tại Thông tư số 122/2000/TT-BTC nêu trên.

Từ ngày 1/1/2004 đến trước ngày 21/9/2006 – ngày Tổng công ty Dầu khí Việt Nam chuyển nhiệm vụ, xây dựng, vận hành, khai thác cho Công ty Chế biến và Kinh doanh sản phẩm khí (nay là Tổng công ty khí), Tổng công ty Dầu khí Việt Nam (nay là Tập đoàn Dầu khí Việt Nam) – là doanh nghiệp có dự án Phú Mỹ - Thành phố Hồ Chí Minh là đối tượng được hoàn thuế GTGT đầu vào phát sinh liên quan đến dự án, nếu Tổng công ty Dầu khí Việt Nam đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế và kê khai thuế GTGT hàng tháng với cơ quan thuế theo đúng quy định tại Thông tư số 120/2003/TT-BTC nêu trên. Trường hợp Tổng công ty Dầu khí Việt Nam không đủ các điều kiện nêu trên thì toàn bộ số thuế GTGT đầu vào của Dự án phát sinh giai đoạn trước khi chuyển giao cho Tổng công ty khí sẽ được hạch toán vào chi phí xây dựng cơ bản của dự án.

Tổng cục Thuế trả lời để Tập đoàn Dầu khí Việt Nam, Tổng công ty khí biết và triển khai thực hiện./.