Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 18. Đối tượng và trường hợp được hoàn thuế GTGT
...
5. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế giá trị gia tăng khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế giá trị gia tăng nộp thừa hoặc số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.
Trường hợp cơ sở kinh doanh trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh giải thể không phát sinh thuế GTGT đầu ra của hoạt động kinh doanh chính theo dự án đầu tư thì không thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT. Trường hợp cơ sở kinh doanh đã được hoàn thuế cho dự án đầu tư thì phải truy hoàn số thuế đã được hoàn cho ngân sách nhà nước.

Nghị định 129/2013/NĐ-CP quy định về xử phạt vi phạm hành chính về thuế và cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế

Điều 10. Xử phạt đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn
1. Các trường hợp khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, bao gồm:
a) Hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, tăng số thuế được miễn, giảm nhưng người nộp thuế đã ghi chép kịp thời, đầy đủ các nghiệp vụ kinh tế làm phát sinh nghĩa vụ thuế trên sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ.
b) Hành vi khai sai của người nộp thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm không thuộc trường hợp quy định tại Điểm a Khoản 1 Điều này nhưng khi bị cơ quan có thẩm quyền phát hiện, người vi phạm đã tự giác nộp đủ số tiền thuế khai thiếu vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan có thẩm quyền lập biên bản vi phạm hành chính thuế hoặc cơ quan thuế lập biên bản kiểm tra thuế, kết luận thanh tra thuế.
c) Hành vi khai sai của người nộp thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm đã bị cơ quan có thẩm quyền lập biên bản kiểm tra thuế, kết luận thanh tra thuế xác định là có hành vi khai man trốn thuế, nhưng người nộp thuế vi phạm lần đầu, có tình tiết giảm nhẹ và đã tự giác nộp đủ số tiền thuế vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan có thẩm quyền ra quyết định xử phạt thì cơ quan thuế lập biên bản ghi nhận để xác định lại hành vi khai thiếu thuế.
d) Sử dụng hóa đơn, chứng từ bất hợp pháp để hạch toán giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế được miễn, giảm nhưng khi cơ quan thuế kiểm tra phát hiện, người mua chứng minh được lỗi vi phạm sử dụng hóa đơn bất hợp pháp thuộc về bên bán hàng và người mua đã hạch toán kế toán đầy đủ theo quy định.
2. Mức xử phạt đối với các hành vi vi phạm quy định tại Khoản 1 Điều này là 20% tính trên số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế đã được hoàn, số thuế được miễn, giảm cao hơn so với quy định của pháp luật thuế.