Thông tư 06/2012/TT-BTC hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng, Nghị định 123/2008/NĐ-CP và 121/2011/NĐ-CP do Bộ Tài chính ban hành

Điều 18. Đối tượng và trường hợp được hoàn thuế GTGT
...
3. Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.
Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Trường hợp số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh và dự án đầu tư dưới 200 triệu đồng và 3 tháng chưa được khấu trừ hết thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này.
Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư cơ sở sản xuất mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này. Trường hợp có ban quản lý dự án thì ban quản lý dự án thực hiện đăng ký, kê khai lập hồ sơ hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế (trừ ban quản lý dự án cùng địa bàn tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính do doanh nghiệp trụ sở chính lập hồ sơ hoàn thuế GTGT). Khi dự án đầu tư thành lập doanh nghiệp mới đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
*Khoản này được sửa đổi bởi Khoản 10 Điều 1 Thông tư 65/2013/TT-BTC
Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại Thông tư số 06/2012/TT-BTC:
...
10. Sửa đổi Khoản 3 ... Điều 18 Mục 2 Chương III như sau:
“3. Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.
Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Trường hợp số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh và dự án đầu tư dưới 200 triệu đồng và 3 tháng chưa được khấu trừ hết thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này.
Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này. Trường hợp có ban quản lý dự án thì ban quản lý dự án thực hiện đăng ký, kê khai lập hồ sơ hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế (trừ ban quản lý dự án cùng địa bàn tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính do doanh nghiệp trụ sở chính lập hồ sơ hoàn thuế GTGT). Khi dự án đầu tư thành lập doanh nghiệp mới đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp."*

Thông tư 06/2012/TT-BTC hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng, Nghị định 123/2008/NĐ-CP và 121/2011/NĐ-CP do Bộ Tài chính ban hành

Điều 18. Đối tượng và trường hợp được hoàn thuế GTGT
...
3. Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.
Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Trường hợp số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh và dự án đầu tư dưới 200 triệu đồng và 3 tháng chưa được khấu trừ hết thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này.
Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư cơ sở sản xuất mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này. Trường hợp có ban quản lý dự án thì ban quản lý dự án thực hiện đăng ký, kê khai lập hồ sơ hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế (trừ ban quản lý dự án cùng địa bàn tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính do doanh nghiệp trụ sở chính lập hồ sơ hoàn thuế GTGT). Khi dự án đầu tư thành lập doanh nghiệp mới đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
*Khoản này được sửa đổi bởi Khoản 10 Điều 1 Thông tư 65/2013/TT-BTC
Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại Thông tư số 06/2012/TT-BTC:
...
10. Sửa đổi Khoản 3 ... Điều 18 Mục 2 Chương III như sau:
“3. Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.
Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Trường hợp số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh và dự án đầu tư dưới 200 triệu đồng và 3 tháng chưa được khấu trừ hết thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này.
Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này. Trường hợp có ban quản lý dự án thì ban quản lý dự án thực hiện đăng ký, kê khai lập hồ sơ hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế (trừ ban quản lý dự án cùng địa bàn tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính do doanh nghiệp trụ sở chính lập hồ sơ hoàn thuế GTGT). Khi dự án đầu tư thành lập doanh nghiệp mới đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp."*

Thông tư 28/2011/TT-BTC hướng dẫn Luật quản lý thuế, Nghị định 85/2007/NĐ-CP và 106/2010/NĐ-CP do Bộ Tài chính ban hành

Điều 10. Khai thuế giá trị gia tăng
...
3. Khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ:
...
c) Trường hợp người nộp thuế thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cùng nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư thì lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.
Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi đóng trụ sở chính. Nếu số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư. Trường hợp người nộp thuế có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương, Ban Quản lý dự án có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế phụ thuộc thì Ban quản lý dự án được lập hồ sơ khai thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế.
Riêng người nộp thuế là cơ sở kinh doanh hạch toán toàn ngành có dự án đầu tư bao gồm cả dự án đầu tư ở cùng tỉnh hay khác tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương với tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì thì lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư. Đối với những trường hợp Thủ tướng Chính phủ đồng ý hoặc giao Bộ Tài chính hướng dẫn thì được thực hiện theo hướng dẫn riêng của cơ quan có thẩm quyền.
Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tháng của dự án đầu tư bao gồm:
- Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư theo mẫu số 02/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
- Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-2/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.