Thông tư 130/2016/TT-BTC hướng dẫn Nghị định 100/2016/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế sửa đổi và sửa đổi các Thông tư về thuế do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014, Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 và Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính) như sau:
...
3. Sửa đổi, bổ sung Điều 18 như sau:
“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết phát sinh trước kỳ tính thuế tháng 7/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trước kỳ tính thuế quý 3/2016 (đối với trường hợp kê khai theo quý) đủ điều kiện hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại Khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC thì cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế theo quy định của pháp luật.
Ví dụ: Doanh nghiệp A thực hiện khai thuế GTGT theo quý, tại kỳ tính thuế quý 3/2016 có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết là 80 triệu thì doanh nghiệp A được khấu trừ vào kỳ tính thuế quý 4/2016. Trường hợp các kỳ tính thuế quý 4/2016, quý 1/2017 và quý 2/2017 vẫn còn số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết thì doanh nghiệp A chuyển số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết để tiếp tục khấu trừ tại kỳ tính thuế quý 3/2017 và các kỳ tính thuế tiếp theo.
2. Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này. Trường hợp, nếu số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.
3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư
a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mà chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.
Ví dụ: Công ty A có trụ sở chính tại Hà Nội, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại Hà Nội, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty A thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 900 triệu đồng. Công ty A phải bù trừ 500 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (900 triệu đồng), vậy số thuế GTGT mà Công ty A còn phải nộp trong kỳ tính thuế tháng 8/2016 là 400 triệu đồng.
Ví dụ: Công ty B có trụ sở chính tại Hải Phòng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại Hải Phòng, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty B thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 200 triệu đồng. Công ty B phải bù trừ 200 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (200 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty B có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết là 300 triệu đồng. Công ty B được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Ví dụ: Công ty C có trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại thành phố Hồ Chí Minh, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty C thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 300 triệu đồng. Công ty C phải bù trừ 300 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (300 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty C có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết là 200 triệu đồng. Công ty C không thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, Công ty C thực hiện kết chuyển 200 triệu đồng vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tháng 9/2016.
Ví dụ: Công ty D có trụ sở chính tại thành phố Đà Nẵng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại thành phố Đà Nẵng, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty D thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 100 triệu đồng. Vậy, tại kỳ tính thuế tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư (500 triệu đồng) thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (100 triệu đồng) thì được khấu trừ vào kỳ tính thuế tháng 9/2016.
b) Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương. Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế.
Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại Khoản 2, Khoản 3 Điều này là dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.
Ví dụ: Công ty A có trụ sở chính tại Hà Nội, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Hưng Yên, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty A thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại Hà Nội trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 900 triệu đồng. Công ty A phải bù trừ 500 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (900 triệu đồng), vậy Công ty A còn phải nộp trong kỳ tính thuế tháng 8/2016 là 400 triệu đồng.
Ví dụ: Công ty B có trụ sở chính tại Hải Phòng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Thái Bình, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty B thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại Hải Phòng trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 200 triệu đồng. Công ty B phải bù trừ 200 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (200 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty B có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 300 triệu đồng. Công ty B được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Ví dụ: Công ty C có trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Đồng Nai, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty C thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại TP. Hồ Chí Minh trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 300 triệu đồng. Công ty C phải bù trừ 300 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (300 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty C có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 200 triệu đồng. Công ty C không thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, Công ty C thực hiện kết chuyển 200 triệu đồng vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tháng 9/2016.
Ví dụ: Công ty D có trụ sở chính tại thành phố Đà Nẵng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Quảng Nam, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty D thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại thành phố Đà Nẵng trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 100 triệu đồng. Vậy, tại kỳ tính thuế tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư (500 triệu đồng) thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (100 triệu đồng) thì được khấu trừ vào kỳ tính thuế tháng 9/2016.
c) Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:
c.1) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật. Các hồ sơ đề nghị hoàn thuế dự án đầu tư nộp từ ngày 01/7/2016 của cơ sở kinh doanh nhưng tính đến ngày nộp hồ sơ không góp đủ số vốn điều lệ như đăng ký theo quy định của pháp luật thì không được hoàn thuế.
c.2) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng cơ sở kinh doanh chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. chưa được cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. chưa có văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. hoặc chưa đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện mà không cần phải có xác nhận, chấp thuận dưới hình thức văn bản theo quy định của pháp luật về đầu tư.
c.3) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh bị thu hồi giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. bị thu hồi giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. bị thu hồi văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. hoặc trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh không đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định của pháp luật về đầu tư thì thời điểm không hoàn thuế giá trị gia tăng được tính từ thời điểm cơ sở kinh doanh bị thu hồi một trong các loại giấy tờ nêu trên hoặc từ thời điểm cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, phát hiện cơ sở kinh doanh không đáp ứng được các điều kiện về đầu tư kinh doanh có điều kiện.
c.4) Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.
Việc xác định tài nguyên, khoáng sản. trị giá tài nguyên, khoáng sản và thời điểm xác định trị giá tài nguyên, khoáng sản và chi phí năng lượng thực hiện theo hướng dẫn tại Khoản 23 Điều 4 Thông tư này.
4. Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu
a) Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý. trường hợp trong tháng, quý số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.
Cơ sở kinh doanh trong tháng/quý vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ bán trong nước thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ của các kỳ khai thuế giá trị gia tăng tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại.
Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu (bao gồm số thuế GTGT đầu vào hạch toán riêng được và số thuế GTGT đầu vào được phân bổ theo tỷ lệ nêu trên) nếu sau khi bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hàng hóa, dịch vụ tiêu thụ trong nước còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Số thuế GTGT được hoàn của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu không vượt quá doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nhân (x) với 10%.
Đối tượng được hoàn thuế trong một số trường hợp xuất khẩu như sau: Đối với trường hợp ủy thác xuất khẩu, là cơ sở có hàng hóa ủy thác xuất khẩu. đối với gia công chuyển tiếp, là cơ sở ký hợp đồng gia công xuất khẩu với phía nước ngoài. đối với hàng hóa xuất khẩu để thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài, là doanh nghiệp có hàng hóa, vật tư xuất khẩu thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài. đối với hàng hóa xuất khẩu tại chỗ là cơ sở kinh doanh có hàng hóa xuất khẩu tại chỗ.
b) Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan, Nghị định số 01/2015/NĐ-CP ngày 02/01/2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành phạm vi địa bàn hoạt động hải quan, trách nhiệm phối hợp trong phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới và các văn bản hướng dẫn.
Ví dụ: Công ty thương mại A nhập khẩu 500 chiếc điều hòa từ Nhật Bản và đã nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu. Sau đó Công ty thương mại A xuất khẩu 500 chiếc điều hòa này sang Campuchia thì Công ty thương mại A không phải tính thuế GTGT đầu ra, số thuế GTGT của 500 chiếc điều hòa này đã nộp ở khâu nhập khẩu và thuế GTGT đầu vào của dịch vụ vận chuyển, lưu kho không được hoàn thuế mà thực hiện khấu trừ.
Ví dụ: Công ty TNHH sản xuất và thương mại B xuất khẩu tinh bột sắn sang Trung Quốc qua đường mòn, lối mở không thuộc địa bàn hoạt động hải quan thì Công ty TNHH sản xuất và thương mại B không được hoàn thuế GTGT đối với tinh bột sắn xuất khẩu.
c) Cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với người nộp thuế sản xuất hàng hóa xuất khẩu không bị xử lý đối với hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, trốn thuế, gian lận thuế, gian lận thương mại trong thời gian hai năm liên tục. người nộp thuế không thuộc đối tượng rủi ro cao theo quy định của Luật quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.
Ví dụ: Tháng 9/2016, Công ty C đề nghị hoàn thuế GTGT đối với hàng xuất khẩu sang HongKong. Tháng 6/2015, Công ty C đã bị xử lý vi phạm pháp luật về thuế đối với hành vi trốn thuế. Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra trước khi hoàn thuế đối với đề nghị hoàn thuế của Công ty C.
5. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế giá trị gia tăng khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế giá trị gia tăng nộp thừa hoặc số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.
Cơ sở kinh doanh trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh nhưng phải giải thể, phá sản hoặc chấm dứt hoạt động chưa phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu ra của hoạt động kinh doanh chính theo dự án đầu tư thì chưa phải điều chỉnh lại số thuế giá trị gia tăng đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được hoàn. Cơ sở kinh doanh phải thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp về việc giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động theo quy định.
Trường hợp cơ sở kinh doanh sau khi làm đầy đủ thủ tục theo quy định của pháp luật về giải thể, phá sản thì đối với số thuế GTGT đã được hoàn thực hiện theo quy định của pháp luật về giải thể, phá sản và quản lý thuế. đối với số thuế GTGT chưa được hoàn thì không được giải quyết hoàn thuế.
Trường hợp cơ sở kinh doanh chấm dứt hoạt động và không phát sinh thuế GTGT đầu ra của hoạt động kinh doanh chính thì phải nộp lại số thuế đã được hoàn vào ngân sách nhà nước. Trường hợp có phát sinh bán tài sản chịu thuế GTGT thì không phải điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào tương ứng của tài sản bán ra.
Ví dụ: Năm 2015, doanh nghiệp A trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh, doanh nghiệp A có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của giai đoạn đầu tư đã được cơ quan thuế hoàn trong tháng 8/2015 là 700 triệu đồng. Do khó khăn, tháng 2/2016 doanh nghiệp A quyết định giải thể và có văn bản gửi cơ quan thuế về việc sẽ giải thể thì trong giai đoạn doanh nghiệp A chưa hoàn thành thủ tục pháp lý để giải thể, cơ quan thuế chưa thu hồi lại thuế GTGT đã hoàn. Hai mươi ngày trước khi doanh nghiệp A có đủ thủ tục pháp lý để giải thể chính thức vào tháng 10/2016, doanh nghiệp thực hiện bán một (01) tài sản đã đầu tư thì doanh nghiệp A không phải điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào tương ứng của tài sản bán ra (số thuế đã được cơ quan thuế hoàn). Đối với những tài sản không bán ra, doanh nghiệp A phải kê khai điều chỉnh để nộp lại số thuế GTGT đã được hoàn.
6. Hoàn thuế GTGT đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại hoặc viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo.
a) Đối với dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại: chủ chương trình, dự án hoặc nhà thầu chính, tổ chức do phía nhà tài trợ nước ngoài chỉ định việc quản lý chương trình, dự án được hoàn lại số thuế GTGT đã trả đối với hàng hoá, dịch vụ mua ở Việt Nam để sử dụng cho chương trình, dự án.
b) Tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ nhân đạo của tổ chức, cá nhân nước ngoài để mua hàng hoá, dịch vụ phục vụ cho chương trình, dự án viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo tại Việt Nam thì được hoàn thuế GTGT đã trả của hàng hoá, dịch vụ đó.
Ví dụ: Hội chữ thập đỏ được Tổ chức quốc tế viện trợ tiền để mua hàng viện trợ nhân đạo cho nhân dân các tỉnh bị thiên tai là 200 triệu đồng. Giá trị hàng mua chưa có thuế là 200 triệu đồng, thuế GTGT là 20 triệu đồng. Hội chữ thập đỏ sẽ được hoàn thuế theo quy định là 20 triệu đồng.
Việc hoàn thuế GTGT đã trả đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
7. Đối tượng được hưởng quyền ưu đãi miễn trừ ngoại giao theo quy định của pháp luật về ưu đãi miễn trừ ngoại giao mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam để sử dụng được hoàn số thuế giá trị gia tăng đã trả ghi trên hoá đơn giá trị gia tăng hoặc trên chứng từ thanh toán ghi giá thanh toán đã có thuế giá trị gia tăng.
8. Người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mang hộ chiếu hoặc giấy tờ nhập cảnh do cơ quan có thẩm quyền nước ngoài cấp được hoàn thuế đối với hàng hoá mua tại Việt Nam mang theo người khi xuất cảnh. Việc hoàn thuế GTGT thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính về hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá của người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mua tại Việt Nam mang theo khi xuất cảnh.
9. Cơ sở kinh doanh có quyết định xử lý hoàn thuế của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật và trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.”

Thông tư 130/2016/TT-BTC hướng dẫn Nghị định 100/2016/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế sửa đổi và sửa đổi các Thông tư về thuế do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014, Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 và Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính) như sau:
...
3. Sửa đổi, bổ sung Điều 18 như sau:
“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết phát sinh trước kỳ tính thuế tháng 7/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trước kỳ tính thuế quý 3/2016 (đối với trường hợp kê khai theo quý) đủ điều kiện hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại Khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC thì cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế theo quy định của pháp luật.
Ví dụ: Doanh nghiệp A thực hiện khai thuế GTGT theo quý, tại kỳ tính thuế quý 3/2016 có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết là 80 triệu thì doanh nghiệp A được khấu trừ vào kỳ tính thuế quý 4/2016. Trường hợp các kỳ tính thuế quý 4/2016, quý 1/2017 và quý 2/2017 vẫn còn số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết thì doanh nghiệp A chuyển số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết để tiếp tục khấu trừ tại kỳ tính thuế quý 3/2017 và các kỳ tính thuế tiếp theo.
2. Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này. Trường hợp, nếu số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.
3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư
a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mà chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.
Ví dụ: Công ty A có trụ sở chính tại Hà Nội, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại Hà Nội, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty A thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 900 triệu đồng. Công ty A phải bù trừ 500 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (900 triệu đồng), vậy số thuế GTGT mà Công ty A còn phải nộp trong kỳ tính thuế tháng 8/2016 là 400 triệu đồng.
Ví dụ: Công ty B có trụ sở chính tại Hải Phòng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại Hải Phòng, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty B thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 200 triệu đồng. Công ty B phải bù trừ 200 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (200 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty B có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết là 300 triệu đồng. Công ty B được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Ví dụ: Công ty C có trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại thành phố Hồ Chí Minh, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty C thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 300 triệu đồng. Công ty C phải bù trừ 300 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (300 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty C có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết là 200 triệu đồng. Công ty C không thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, Công ty C thực hiện kết chuyển 200 triệu đồng vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tháng 9/2016.
Ví dụ: Công ty D có trụ sở chính tại thành phố Đà Nẵng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại thành phố Đà Nẵng, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty D thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 100 triệu đồng. Vậy, tại kỳ tính thuế tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư (500 triệu đồng) thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (100 triệu đồng) thì được khấu trừ vào kỳ tính thuế tháng 9/2016.
b) Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương. Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế.
Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại Khoản 2, Khoản 3 Điều này là dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.
Ví dụ: Công ty A có trụ sở chính tại Hà Nội, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Hưng Yên, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty A thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại Hà Nội trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 900 triệu đồng. Công ty A phải bù trừ 500 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (900 triệu đồng), vậy Công ty A còn phải nộp trong kỳ tính thuế tháng 8/2016 là 400 triệu đồng.
Ví dụ: Công ty B có trụ sở chính tại Hải Phòng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Thái Bình, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty B thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại Hải Phòng trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 200 triệu đồng. Công ty B phải bù trừ 200 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (200 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty B có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 300 triệu đồng. Công ty B được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Ví dụ: Công ty C có trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Đồng Nai, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty C thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại TP. Hồ Chí Minh trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 300 triệu đồng. Công ty C phải bù trừ 300 triệu đồng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (300 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty C có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết là 200 triệu đồng. Công ty C không thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, Công ty C thực hiện kết chuyển 200 triệu đồng vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tháng 9/2016.
Ví dụ: Công ty D có trụ sở chính tại thành phố Đà Nẵng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư mới tại Quảng Nam, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, Công ty D thực hiện kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư này tại thành phố Đà Nẵng trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư. Tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng. số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 100 triệu đồng. Vậy, tại kỳ tính thuế tháng 8/2016, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư (500 triệu đồng) thuộc trường hợp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (100 triệu đồng) thì được khấu trừ vào kỳ tính thuế tháng 9/2016.
c) Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:
c.1) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật. Các hồ sơ đề nghị hoàn thuế dự án đầu tư nộp từ ngày 01/7/2016 của cơ sở kinh doanh nhưng tính đến ngày nộp hồ sơ không góp đủ số vốn điều lệ như đăng ký theo quy định của pháp luật thì không được hoàn thuế.
c.2) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng cơ sở kinh doanh chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. chưa được cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. chưa có văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. hoặc chưa đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện mà không cần phải có xác nhận, chấp thuận dưới hình thức văn bản theo quy định của pháp luật về đầu tư.
c.3) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh bị thu hồi giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. bị thu hồi giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. bị thu hồi văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. hoặc trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh không đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định của pháp luật về đầu tư thì thời điểm không hoàn thuế giá trị gia tăng được tính từ thời điểm cơ sở kinh doanh bị thu hồi một trong các loại giấy tờ nêu trên hoặc từ thời điểm cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, phát hiện cơ sở kinh doanh không đáp ứng được các điều kiện về đầu tư kinh doanh có điều kiện.
c.4) Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.
Việc xác định tài nguyên, khoáng sản. trị giá tài nguyên, khoáng sản và thời điểm xác định trị giá tài nguyên, khoáng sản và chi phí năng lượng thực hiện theo hướng dẫn tại Khoản 23 Điều 4 Thông tư này.
4. Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu
a) Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý. trường hợp trong tháng, quý số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.
Cơ sở kinh doanh trong tháng/quý vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ bán trong nước thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ của các kỳ khai thuế giá trị gia tăng tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại.
Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu (bao gồm số thuế GTGT đầu vào hạch toán riêng được và số thuế GTGT đầu vào được phân bổ theo tỷ lệ nêu trên) nếu sau khi bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hàng hóa, dịch vụ tiêu thụ trong nước còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Số thuế GTGT được hoàn của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu không vượt quá doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nhân (x) với 10%.
Đối tượng được hoàn thuế trong một số trường hợp xuất khẩu như sau: Đối với trường hợp ủy thác xuất khẩu, là cơ sở có hàng hóa ủy thác xuất khẩu. đối với gia công chuyển tiếp, là cơ sở ký hợp đồng gia công xuất khẩu với phía nước ngoài. đối với hàng hóa xuất khẩu để thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài, là doanh nghiệp có hàng hóa, vật tư xuất khẩu thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài. đối với hàng hóa xuất khẩu tại chỗ là cơ sở kinh doanh có hàng hóa xuất khẩu tại chỗ.
b) Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan, Nghị định số 01/2015/NĐ-CP ngày 02/01/2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành phạm vi địa bàn hoạt động hải quan, trách nhiệm phối hợp trong phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới và các văn bản hướng dẫn.
Ví dụ: Công ty thương mại A nhập khẩu 500 chiếc điều hòa từ Nhật Bản và đã nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu. Sau đó Công ty thương mại A xuất khẩu 500 chiếc điều hòa này sang Campuchia thì Công ty thương mại A không phải tính thuế GTGT đầu ra, số thuế GTGT của 500 chiếc điều hòa này đã nộp ở khâu nhập khẩu và thuế GTGT đầu vào của dịch vụ vận chuyển, lưu kho không được hoàn thuế mà thực hiện khấu trừ.
Ví dụ: Công ty TNHH sản xuất và thương mại B xuất khẩu tinh bột sắn sang Trung Quốc qua đường mòn, lối mở không thuộc địa bàn hoạt động hải quan thì Công ty TNHH sản xuất và thương mại B không được hoàn thuế GTGT đối với tinh bột sắn xuất khẩu.
c) Cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với người nộp thuế sản xuất hàng hóa xuất khẩu không bị xử lý đối với hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, trốn thuế, gian lận thuế, gian lận thương mại trong thời gian hai năm liên tục. người nộp thuế không thuộc đối tượng rủi ro cao theo quy định của Luật quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.
Ví dụ: Tháng 9/2016, Công ty C đề nghị hoàn thuế GTGT đối với hàng xuất khẩu sang HongKong. Tháng 6/2015, Công ty C đã bị xử lý vi phạm pháp luật về thuế đối với hành vi trốn thuế. Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra trước khi hoàn thuế đối với đề nghị hoàn thuế của Công ty C.
5. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế giá trị gia tăng khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế giá trị gia tăng nộp thừa hoặc số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.
Cơ sở kinh doanh trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh nhưng phải giải thể, phá sản hoặc chấm dứt hoạt động chưa phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu ra của hoạt động kinh doanh chính theo dự án đầu tư thì chưa phải điều chỉnh lại số thuế giá trị gia tăng đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được hoàn. Cơ sở kinh doanh phải thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp về việc giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động theo quy định.
Trường hợp cơ sở kinh doanh sau khi làm đầy đủ thủ tục theo quy định của pháp luật về giải thể, phá sản thì đối với số thuế GTGT đã được hoàn thực hiện theo quy định của pháp luật về giải thể, phá sản và quản lý thuế. đối với số thuế GTGT chưa được hoàn thì không được giải quyết hoàn thuế.
Trường hợp cơ sở kinh doanh chấm dứt hoạt động và không phát sinh thuế GTGT đầu ra của hoạt động kinh doanh chính thì phải nộp lại số thuế đã được hoàn vào ngân sách nhà nước. Trường hợp có phát sinh bán tài sản chịu thuế GTGT thì không phải điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào tương ứng của tài sản bán ra.
Ví dụ: Năm 2015, doanh nghiệp A trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh, doanh nghiệp A có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của giai đoạn đầu tư đã được cơ quan thuế hoàn trong tháng 8/2015 là 700 triệu đồng. Do khó khăn, tháng 2/2016 doanh nghiệp A quyết định giải thể và có văn bản gửi cơ quan thuế về việc sẽ giải thể thì trong giai đoạn doanh nghiệp A chưa hoàn thành thủ tục pháp lý để giải thể, cơ quan thuế chưa thu hồi lại thuế GTGT đã hoàn. Hai mươi ngày trước khi doanh nghiệp A có đủ thủ tục pháp lý để giải thể chính thức vào tháng 10/2016, doanh nghiệp thực hiện bán một (01) tài sản đã đầu tư thì doanh nghiệp A không phải điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào tương ứng của tài sản bán ra (số thuế đã được cơ quan thuế hoàn). Đối với những tài sản không bán ra, doanh nghiệp A phải kê khai điều chỉnh để nộp lại số thuế GTGT đã được hoàn.
6. Hoàn thuế GTGT đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại hoặc viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo.
a) Đối với dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại: chủ chương trình, dự án hoặc nhà thầu chính, tổ chức do phía nhà tài trợ nước ngoài chỉ định việc quản lý chương trình, dự án được hoàn lại số thuế GTGT đã trả đối với hàng hoá, dịch vụ mua ở Việt Nam để sử dụng cho chương trình, dự án.
b) Tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ nhân đạo của tổ chức, cá nhân nước ngoài để mua hàng hoá, dịch vụ phục vụ cho chương trình, dự án viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo tại Việt Nam thì được hoàn thuế GTGT đã trả của hàng hoá, dịch vụ đó.
Ví dụ: Hội chữ thập đỏ được Tổ chức quốc tế viện trợ tiền để mua hàng viện trợ nhân đạo cho nhân dân các tỉnh bị thiên tai là 200 triệu đồng. Giá trị hàng mua chưa có thuế là 200 triệu đồng, thuế GTGT là 20 triệu đồng. Hội chữ thập đỏ sẽ được hoàn thuế theo quy định là 20 triệu đồng.
Việc hoàn thuế GTGT đã trả đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
7. Đối tượng được hưởng quyền ưu đãi miễn trừ ngoại giao theo quy định của pháp luật về ưu đãi miễn trừ ngoại giao mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam để sử dụng được hoàn số thuế giá trị gia tăng đã trả ghi trên hoá đơn giá trị gia tăng hoặc trên chứng từ thanh toán ghi giá thanh toán đã có thuế giá trị gia tăng.
8. Người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mang hộ chiếu hoặc giấy tờ nhập cảnh do cơ quan có thẩm quyền nước ngoài cấp được hoàn thuế đối với hàng hoá mua tại Việt Nam mang theo người khi xuất cảnh. Việc hoàn thuế GTGT thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính về hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá của người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mua tại Việt Nam mang theo khi xuất cảnh.
9. Cơ sở kinh doanh có quyết định xử lý hoàn thuế của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật và trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.”

Thông tư 38/2015/TT-BTC Quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 49. Xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa
1. Tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu là nộp thừa trong các trường hợp:
a) Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp (bao gồm cả thuế giá trị gia tăng đã nộp đối với hàng hóa đã nhập khẩu nhưng tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan. hàng hóa đã xuất khẩu nhưng nhập khẩu trở lại Việt Nam. hàng hóa nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu đã nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định, sau đó đã thực tế xuất khẩu sản phẩm) đối với từng loại thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ, kể cả việc bù trừ giữa các loại thuế với nhau. hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo. hoặc hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt. trừ trường hợp không được miễn xử phạt do đã thực hiện quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế của cơ quan quản lý thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định tại khoản 2 Điều 111 Luật Quản lý thuế.
b) Người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường, thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp.
2. Hồ sơ, thủ tục xử lý đối với số tiền thuế được hoàn quy định tại điểm b khoản 1 Điều này thực hiện theo hướng dẫn tại mục 4 chương VI Thông tư này.
3. Việc xử lý đối với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quy định tại điểm a khoản 1 Điều này được hướng dẫn như sau:
a) Hồ sơ bao gồm:
a.1) Công văn đề nghị xử lý tiền thuế nộp thừa, tiền chậm nộp, tiền phạt: 01 bản chính, trong đó nêu rõ:
Số tờ khai hải quan. số chứng từ nộp thuế, tiền chậm nộp. số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp. số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp. số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa. lý do nộp thừa, hướng xử lý.
a.2) Các chứng từ, tài liệu chứng minh số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa: 01 bản chụp (trừ trường hợp khi đăng ký tờ khai hải quan, người nộp thuế đã nộp chứng từ này trong hồ sơ hải quan).
a.3) Biên lai nộp phạt: nộp 01 bản chụp.
b) Cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ do người nộp thuế nộp, đối chiếu với hồ sơ hải quan gốc lưu tại đơn vị, tính chính xác, đúng quy định của hồ sơ và xử lý như sau:
b.1) Trường hợp xác định thực tế số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp. kê khai của người nộp thuế là chính xác thì ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 11/QĐHT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm Thông tư này.
b.2) Trường hợp xác định thực tế số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp nhưng kê khai của người nộp thuế về số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa chưa chính xác thì thông báo bằng văn bản cho người nộp thuế biết và ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa phù hợp với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa đúng theo quy định.
b.3) Trường hợp xác định thực tế không có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp. cơ quan hải quan thông báo bằng văn bản cho người nộp thuế biết, nêu rõ cơ sở xác định không có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa.
c) Thời hạn cơ quan hải quan xử lý hồ sơ nêu tại điểm b khoản này là 05 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ đề nghị trả lại tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa.
d) Trên cơ sở quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa. cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa phải thanh khoản số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa và cập nhật các thông tin số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa trên Hệ thống của cơ quan hải quan.
4. Thẩm quyền quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa: Cơ quan hải quan nơi có phát sinh tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa cho người nộp thuế theo quy định.
5. Số tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa được xử lý đồng thời với hoàn thuế nhập khẩu (nếu có) và thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 132 Thông tư này.
...
Điều 132. Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa sau khi ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa
1. Trường hợp nguồn tiền hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa từ tài khoản tiền gửi (trước đây là tài khoản tạm thu), cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn, tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa phải đối chiếu trên hệ thống kế toán tập trung và xử lý theo trình tự như sau:
a) Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt thì thực hiện hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt cho người nộp thuế theo đúng quy định.
b) Trường hợp người nộp thuế phải nộp tờ khai hải quan giấy trong hồ sơ hoàn thuế, khi bù trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp lần sau của người nộp thuế, cơ quan hải quan đóng dấu trên tờ khai hải quan (bản gốc người khai hải quan lưu và bản gốc lưu tại đơn vị hải quan) được trừ thuế với nội dung "Số tiền thuế được trừ... đồng, theo Quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa số... ngày... tháng... năm... của... và Quyết định khấu trừ số... ngày... tháng... năm... của...". đồng thời đóng dấu ghi rõ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã trừ và số, ngày, tháng, năm của tờ khai hải quan được bù trừ lên bản chính quyết định hoàn thuế, các tờ khai hải quan được hoàn thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, chứng từ nộp thuế của tờ khai hải quan được hoàn thuế để theo dõi (Mẫu dấu thực hiện theo mẫu số 18/MDHT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm theo Thông tư này).
c) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của các lô hàng cùng loại hình nhập khẩu phải nộp vào tài khoản tiền gửi, cơ quan hải quan thực hiện bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn với số tiền thuế, tiền chậm nộp hoặc tiền phạt người nộp thuế còn nợ.
d) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của các lô hàng không cùng loại hình nhập khẩu phải nộp ngân sách, cơ quan hải quan viết giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước hoặc giấy nộp tiền vào tài khoản để nộp thay người nộp thuế theo đúng số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt người nộp thuế còn nợ.
đ) Trường hợp sau khi đã thực hiện bù trừ như nêu trên mà còn thừa, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt được hoàn, nộp thừa làm thủ tục hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn lại cho người nộp thuế.
e) Trường hợp người nộp thuế đề nghị không hoàn trả lại tiền thuế được hoàn hoặc tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn thừa sau khi đã thực hiện thanh toán hết các khoản nợ theo thứ tự thanh toán tiền thuế mà đề nghị cho bù trừ vào số tiền thuế phát sinh của hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần sau, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn, tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thực hiện bù trừ theo đề nghị của người nộp thuế như hướng dẫn tại điểm c, d khoản này.
g) Khi hoàn thuế, bù trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp lần sau của người nộp thuế, cơ quan hải quan cập nhật quyết định hoàn thuế, các tờ khai hải quan được hoàn thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, chứng từ nộp thuế của tờ khai hải quan được hoàn thuế để theo dõi trên hệ thống kế toán tập trung.
2. Trường hợp nguồn tiền hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa từ ngân sách:
a) Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và không yêu cầu bù trừ vào số tiền thuế phải nộp của lần tiếp theo, cơ quan hải quan gửi giấy đề nghị hoàn thuế kèm theo quyết định hoàn thuế cho Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế. Trường hợp cơ quan hải quan đã bù trừ một phần tiền thuế có cùng sắc thuế hoặc giữa các sắc thuế với nhau tại cùng địa bàn thu ngân sách thì trong giấy đề nghị hoàn thuế gửi Kho bạc Nhà nước ghi rõ số tiền còn lại của quyết định hoàn thuế đề nghị được hoàn. Căn cứ quyết định hoàn thuế do cơ quan hải quan ban hành, Kho bạc Nhà nước thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế.
b) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của các lô hàng khác, nếu có đề nghị bù trừ các khoản được hoàn trả với khoản phải nộp thì phải lập Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước (mẫu số C1-05/NS kèm theo Thông tư số 08/2013/TT-BTC ngày 10/01/2013 của Bộ Tài chính về hướng dẫn thực hiện kế toán áp dụng cho Hệ thống thông tin quản lý ngân sách và nghiệp vụ Kho bạc (TABMIS), trong đó ghi rõ nội dung phần đề nghị bù trừ cho khoản phải nộp, gửi cơ quan hải quan nơi hoàn trả để xem xét giải quyết. Sau khi cơ quan hải quan kiểm tra, xác định số thuế được bù trừ có cùng sắc thuế hoặc giữa các sắc thuế với nhau tại cùng địa bàn thu ngân sách thì gửi giấy đề nghị hoàn thuế kèm theo quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách Nhà nước cho Kho bạc Nhà nước hoặc Ngân hàng thương mại nơi hoàn trả thuế để Kho bạc Nhà nước hoặc Ngân hàng thương mại hạch toán theo quy định.
3. Trường hợp cơ quan hải quan phát hiện người được hoàn thuế vẫn còn nghĩa vụ nộp các khoản thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt khác, nhưng không đề nghị bù trừ số còn phải nộp thì cơ quan hải quan tạm dừng việc hoàn trả và yêu cầu người nộp phải thực hiện nghĩa vụ nộp với ngân sách nhà nước hoặc phải có đề nghị bù trừ tiền thuế được hoàn cho số thuế còn phải nộp. Hết thời hạn quy định theo thông báo của cơ quan hải quan, nếu người nộp thuế chưa thực hiện nghĩa vụ nộp ngân sách nhà nước (hoặc chưa lập giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước và ghi rõ nội dung đề nghị bù trừ khoản phải nộp gửi cơ quan hải quan), thì cơ quan hải quan lập Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước (mẫu số C1-05/NS kèm theo Thông tư số 08/2013/TT-BTC ngày 10/01/2013 của Bộ Tài chính) gửi Kho bạc Nhà nước nơi trực tiếp hoàn trả để thực hiện bù trừ. đồng thời, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế biết.
4. Trường hợp người nộp thuế nộp nhầm, nộp thừa:
a) Trường hợp nộp thừa trong năm ngân sách, trước khi kết thúc thời hạn chỉnh lý quyết toán ngân sách nhà nước và chưa kê khai, khấu trừ với cơ quan thuế (trong trường hợp nộp nhầm, nộp thừa thuế giá trị gia tăng), nếu người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp và đề nghị nộp cho số tiền còn nợ thì thực hiện điều chỉnh theo mẫu C1-07/NS ban hành kèm theo Quyết định số 759/QĐ-BTC ngày 16/4/2013 của Bộ Tài chính.
b) Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp và đề nghị được hoàn trả số tiền thuế tiền chậm nộp, tiền phạt nộp nhầm, nộp thừa:
b.1) Cơ quan hải quan ban hành Quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 11/QĐHT/TXNK phụ lục VI ban hành kèm Thông tư này, lập lệnh hoàn trả khoản thu Ngân sách nhà nước (bao gồm các liên gửi các đối tượng liên quan như quy định tại Thông tư số 128/2008/TT-BTC và 01 bản gửi cho cơ quan thuế sau khi có xác nhận đã hoàn thuế của KBNN trong trường hợp hoàn trả tiền thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa) (theo mẫu C1-04/NS ban hành kèm theo Quyết định số 759/QĐ-BTC ngày 16/4/2013 của Bộ Tài chính)) gửi Kho bạc Nhà nước nơi đã hạch toán thu Ngân sách nhà nước để thực hiện hoàn trả và đóng dấu xác nhận đã hoàn thuế trên Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách Nhà nước cho người nộp thuế theo quy định.
b.2) Cơ quan hải quan nơi ban hành quyết định xử lý tiền thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa khâu nhập khẩu gửi 01 bản Quyết định hoàn thuế, Kho bạc Nhà nước có trách nhiệm gửi 01 Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước có xác nhận đã hoàn trả khoản thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu nộp nhầm nộp thừa cho Cục Thuế quản lý người nộp thuế để cơ quan thuế làm cơ sở đối chiếu và thu hồi số tiền thuế giá trị gia tăng đã khấu trừ hoặc đã hoàn thuế (nếu có) của các chứng từ nộp thuế đã được cơ quan hải quan điều chỉnh hoặc hoàn thuế tại cơ quan hải quan theo quy định.
b.3) Người nộp thuế có trách nhiệm tự kê khai điều chỉnh số tiền thuế giá trị gia tăng đã được cơ quan hải quan hoàn nhưng đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được cơ quan thuế hoàn thuế.
5. Việc hạch toán hoàn trả thực hiện như sau:
a) Trường hợp bù trừ tiền thuế, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa phải đối chiếu trên hệ thống kế toán tập trung và xử lý theo trình tự như sau:
a.1) Nếu người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt thì thực hiện hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt cho người nộp thuế theo đúng quy định.
a.2) Khi bù trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp lần sau của người nộp thuế, cơ quan hải quan cập nhật trên hệ thống kế toán tập trung theo chi tiết tờ khai.
b) Trường hợp Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế đồng thời là Kho bạc Nhà nước nơi thu thuế thì việc hạch toán hoàn trả thực hiện theo hướng dẫn tại điểm a khoản 2 Điều này. Việc hạch toán thu ngân sách thực hiện theo lệnh thu của cơ quan hải quan, thanh toán số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn thừa (nếu có) cho người nộp thuế.
c) Trường hợp Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế khác với Kho bạc Nhà nước nơi thu thuế thì Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả hạch toán hoàn trả thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này chuyển số tiền được hoàn trả cùng với lệnh thu ngân sách của cơ quan hải quan cho Kho bạc Nhà nước nơi thu thuế để hạch toán thu ngân sách Nhà nước theo đúng nội dung ghi trên lệnh thu, thanh toán số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn thừa (nếu có) cho người nộp thuế.
Kho bạc Nhà nước sau khi thực hiện hoàn trả thuế gửi một (01) bản chứng từ hoàn trả thuế cho cơ quan hải quan nơi ban hành quyết định hoàn thuế/hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa để theo dõi, quản lý.

Luật quản lý thuế sửa đổi 2012

Điều 1.
Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế:
...
13. Điều 47 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 47. Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa
1. Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp đối với từng loại thuế trong thời hạn mười năm, kể từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ, kể cả việc bù trừ giữa các loại thuế với nhau. hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo. hoặc hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.
2. Trường hợp người nộp thuế yêu cầu trả lại số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thì cơ quan quản lý thuế phải ra quyết định trả lại số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa hoặc có văn bản trả lời nêu rõ lý do không hoàn trả trong thời hạn năm ngày làm việc, kể từ ngày nhận được văn bản yêu cầu.”

Luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật 2015

Điều 156. Áp dụng văn bản quy phạm pháp luật
1. Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng từ thời điểm bắt đầu có hiệu lực.
Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng đối với hành vi xảy ra tại thời điểm mà văn bản đó đang có hiệu lực. Trong trường hợp quy định của văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực trở về trước thì áp dụng theo quy định đó.