Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 5. Các trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT
...
5. Doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Trên hóa đơn GTGT, ghi dòng giá bán là giá không có thuế GTGT, dòng thuế suất và thuế GTGT không ghi, gạch bỏ.
Trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho các đối tượng khác như hộ, cá nhân kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác thì phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo mức thuế suất 5% hướng dẫn tại khoản 5 Điều 10 Thông tư này.
Hộ, cá nhân kinh doanh, doanh nghiệp, hợp tác xã và tổ chức kinh tế khác nộp thuế GTGT theo phương pháp tính trực tiếp trên GTGT khi bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường ở khâu kinh doanh thương mại thì kê khai, tính nộp thuế GTGT theo tỷ lệ 1% trên doanh thu.
Ví dụ 19: Công ty lương thực B là cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thu mua gạo của tổ chức, cá nhân trực tiếp trồng bán ra thì ở khâu thu mua của tổ chức, cá nhân trực tiếp trồng bán ra thì gạo thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.
Trường hợp Công ty lương thực B bán gạo cho Công ty XNK C thì Công ty lương thực B không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT đối với số gạo bán cho Công ty XNK C.
Công ty lương thực B bán gạo cho Công ty TNHH D (là doanh nghiệp sản xuất bún, bánh phở) thì Công ty lương thực B không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT đối với số gạo bán cho Công ty TNHH D.
Trên hóa đơn GTGT lập, giao cho Công ty XNK C, Công ty TNHH D, Công ty lương thực B ghi rõ giá bán là giá không có thuế GTGT, dòng thuế suất và thuế GTGT không ghi, gạch bỏ.
Công ty lương thực B bán trực tiếp gạo cho người tiêu dùng thì kê khai, nộp thuế GTGT theo mức thuế suất thuế GTGT là 5% theo hướng dẫn tại khoản 5 Điều 10 Thông tư này.
Ví dụ 20: Công ty TNHH A là CSKD nộp thuế theo phương pháp khấu trừ mua cà phê nhân của nông dân trồng cà phê, sau đó Công ty TNHH A bán số cà phê nhân này cho hộ kinh doanh H thì doanh thu của Công ty TNHH A từ bán cà phê nhân cho hộ kinh doanh H áp dụng mức thuế suất 5%.
Ví dụ 21: Hộ ông X sau khi thu mua lá chè của hộ trồng chè đã bán ra cho hộ ông Y thì hộ ông X phải tính, nộp thuế GTGT theo tỷ lệ 1% trên doanh thu bán lá chè cho hộ ông Y.
Trường hợp sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã đã lập hóa đơn, kê khai, tính thuế GTGT thì người bán và người mua phải điều chỉnh hóa đơn để không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo hướng dẫn tại khoản này