Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 12. Phương pháp khấu trừ thuế
...
3. Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, bao gồm:
...
b) Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đang hoạt động nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ.
c) Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có thực hiện đầu tư, mua sắm tài sản cố định, máy móc, thiết bị có giá trị từ 1 tỷ đồng trở lên ghi trên hóa đơn mua tài sản cố định, máy móc, thiết bị, kể cả hóa đơn mua tài sản cố định, máy móc, thiết bị trước khi thành lập (không bao gồm ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống của cơ sở kinh doanh không hoạt động vận tải, du lịch, khách sạn). tổ chức nước ngoài, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam theo hợp đồng nhà thầu, hợp đồng nhà thầu phụ.
*Khoản này được sửa đổi bởi Khoản 3 Điều 3 Thông tư 119/2014/TT-BTC
Điều 3. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng như sau:
...
3. Sửa đổi, bổ sung khoản 3, 4 Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:
“3. Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, bao gồm:
...
b) Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đang hoạt động nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ.
Doanh nghiệp mới thành lập có thực hiện đầu tư theo dự án đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt thuộc trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có dự án đầu tư không thuộc đối tượng được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư nhưng có phương án đầu tư được người có thẩm quyền của doanh nghiệp ra quyết định đầu tư phê duyệt thuộc đối tượng đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
c) Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có thực hiện đầu tư, mua sắm, nhận góp vốn bằng tài sản cố định, máy móc, thiết bị, công cụ, dụng cụ hoặc có hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh.*

Thông tư 119/2014/TT-BTC sửa đổi Thông tư 156/2013/TT-BTC, 111/2013/TT-BTC, 219/2013/TT-BTC, 08/2013/TT-BTC, 85/2011/TT-BTC, 39/2014/TT-BTC và 78/2014/TT-BTC để cải cách, đơn giản thủ tục hành chính về thuế do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

Điều 3. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng như sau:
...
3. Sửa đổi, bổ sung khoản 3, 4 Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:
“3. Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, bao gồm:
a) Doanh nghiệp, hợp tác xã đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế GTGT dưới một tỷ đồng đã thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, sổ sách, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ.
b) Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đang hoạt động nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ.
Doanh nghiệp mới thành lập có thực hiện đầu tư theo dự án đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt thuộc trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có dự án đầu tư không thuộc đối tượng được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư nhưng có phương án đầu tư được người có thẩm quyền của doanh nghiệp ra quyết định đầu tư phê duyệt thuộc đối tượng đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
c) Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có thực hiện đầu tư, mua sắm, nhận góp vốn bằng tài sản cố định, máy móc, thiết bị, công cụ, dụng cụ hoặc có hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh.
d) Tổ chức nước ngoài, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam theo hợp đồng nhà thầu, hợp đồng nhà thầu phụ.
đ) Tổ chức kinh tế khác hạch toán được thuế GTGT đầu vào, đầu ra không bao gồm doanh nghiệp, hợp tác xã.
Doanh nghiệp, hợp tác xã hướng dẫn tại điểm a khoản này phải gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp chậm nhất là ngày 20 tháng 12 của năm trước liền kề năm người nộp thuế thực hiện phương pháp tính thuế mới.
Cơ sở kinh doanh hướng dẫn tại điểm b, c khoản này phải gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Khi gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT tới cơ quan thuế trực tiếp, cơ sở kinh doanh không phải gửi các hồ sơ, tài liệu chứng minh như dự án đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt, phương án đầu tư được người có thẩm quyền của doanh nghiệp ra quyết định đầu tư phê duyệt, hóa đơn đầu tư, mua sắm, hồ sơ nhận góp vốn, hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh. Cơ sở kinh doanh lưu giữ và xuất trình cho cơ quan thuế khi có yêu cầu. Trường hợp cơ sở kinh doanh mới thành lập từ ngày 01/01/2014 chưa đủ điều kiện đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế theo hướng dẫn tại điểm b, c khoản 3 Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính, nếu đáp ứng được các điều kiện hướng dẫn tại điểm b, c khoản này thì được áp dụng theo hướng dẫn tại điểm b, c khoản 3 Điều 12 Thông tư này.
Cơ sở kinh doanh hướng dẫn tại điểm d khoản này phải gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Cơ sở kinh doanh hướng dẫn tại điểm đ khoản này phải gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước ngày 20 tháng 12 của năm trước liền kề năm người nộp thuế thực hiện phương pháp tính thuế mới.
Trong thời gian 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận được Thông báo về việc áp dụng phương pháp khấu trừ, cơ quan thuế phải có văn bản thông báo cho doanh nghiệp, hợp tác xã, cơ sở kinh doanh biết việc chấp thuận hay không chấp thuận Thông báo về việc áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
4. Các trường hợp khác:
a) Trường hợp cơ sở kinh doanh có hoạt động mua, bán, chế tác vàng, bạc, đá quý thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng hoạt động này để nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng hướng dẫn tại Điều 13 Thông tư này.
b) Đối với doanh nghiệp đang nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có thành lập chi nhánh (bao gồm cả chi nhánh được thành lập từ dự án đầu tư của doanh nghiệp), nếu chi nhánh thuộc trường hợp khai thuế GTGT riêng theo quy định của pháp luật về quản lý thuế thì xác định phương pháp tính thuế của Chi nhánh theo phương pháp tính thuế của doanh nghiệp đang hoạt động. Trường hợp chi nhánh không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu hoặc chi nhánh ở địa phương cấp tỉnh, thành phố cùng nơi doanh nghiệp có trụ sở chính nhưng không thực hiện kê khai riêng thì thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính của doanh nghiệp.
c) Đối với doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập khác không thuộc các trường hợp hướng dẫn tại khoản 3 Điều này thì áp dụng phương pháp tính trực tiếp theo hướng dẫn tại Điều 13 Thông tư này.
d) Khi hết năm dương lịch đầu tiên từ khi thành lập, nếu doanh nghiệp, hợp tác xã có doanh thu từ 1 tỷ đồng trở lên theo cách xác định tại khoản 2 Điều này và thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ thì tiếp tục áp dụng phương pháp khấu trừ thuế. nếu doanh nghiệp, hợp tác xã không đạt mức doanh thu từ một tỷ đồng trở lên nhưng vẫn thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ thì được đăng ký tự nguyện tiếp tục áp dụng phương pháp khấu trừ thuế theo hướng dẫn tại điểm a khoản 3 Điều này. Sau năm dương lịch đầu tiên từ khi thành lập, doanh nghiệp, hợp tác xã áp dụng ổn định phương pháp tính thuế trong 2 năm liên tục.
Ví dụ 53: Công ty TNHH thương mại dịch vụ X thành lập và bắt đầu hoạt động từ tháng 4/2014, Công ty TNHH thương mại dịch vụ áp dụng phương pháp tính trực tiếp các kỳ tính thuế GTGT trong năm 2014. Đến hết kỳ tính thuế tháng 11/2014, Công ty TNHH thương mại dịch vụ X xác định doanh thu như sau:
Lấy chỉ tiêu tổng doanh thu trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế từ tháng 4 đến hết tháng 11 năm 2014 chia cho 8 tháng, sau đó nhân với 12 tháng.
Trường hợp doanh thu ước tính xác định được từ 1 tỷ đồng trở lên thì Công ty TNHH thương mại dịch vụ X chuyển sang áp dụng phương pháp khấu trừ thuế từ ngày 1/1/2015 và cho hai năm 2015, 2016. Trường hợp doanh thu ước tính theo cách xác định trên chưa đến 1 tỷ đồng và Công ty TNHH thương mại dịch vụ X thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ thì Công ty TNHH thương mại dịch vụ X thuộc trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ theo hướng dẫn tại khoản 3 Điều này. Nếu Công ty TNHH thương mại dịch vụ X tiếp tục đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thì Công ty TNHH thương mại dịch vụ X tiếp tục áp dụng phương pháp khấu trừ trong hai năm 2015, 2016.”